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Line 
1/* global variables */
2extern int                              abortMove;                                                  /* flag determining whether to abort move        */
3extern int                              *activeParams[NUM_LINKED];              /* a table holding the parameter status          */
4extern int              *activeParts;                           /* partitions changes should apply to            */
5extern int                              autoClose;                              /* autoclose                                     */
6extern int                              autoOverwrite;                          /* Overwrite or append outputfiles when nowarnings=yes */
7extern int                              chainHasAdgamma;                                                /* indicates if chain has adgamma HMMs                   */
8extern Chain                    chainParams;                            /* holds parameters for Markov chain             */
9extern CharInformation  *charInfo;                                                              /* holds critical information about characters   */
10extern char                             **charSetNames;                         /* holds names of character sets                 */
11extern int                              *compCharPos;                               /* char position in compressed matrix            */
12extern int                              *compColPos;                                /* column position in compressed matrix                  */
13extern SafeLong             *compMatrix;                                    /* compressed character matrix                                       */
14extern int                              compMatrixRowSize;                          /* row size of compressed matrix                             */
15extern Comptree                 comptreeParams;                         /* holds parameters for comparetree command      */
16extern char                             **constraintNames;                                          /* holds names of constraints                    */
17extern SafeLong         **definedConstraint;                    /* holds information about defined constraints   */
18extern SafeLong        **definedConstraintTwo;                  /* bitfields representing second taxa sets of defined constraints (used for PARTIAL constraints)                                  */
19extern SafeLong        **definedConstraintPruned;               /* bitfields representing taxa sets of defined constraints after delited taxa are removed                                         */
20extern SafeLong        **definedConstraintTwoPruned;            /* bitfields representing second taxa sets of defined constraints  after delited taxa are removed(used for PARTIAL constraints)   */
21extern int                              dataType;                               /* type of data                                  */
22extern Calibration      defaultCalibration;                     /* default model settings                        */
23extern ModelParams      defaultModel;                           /* default model settings                        */
24extern int                              defChars;                               /* flag for whether number of characters is known*/
25extern int                              defMatrix;                              /* flag for whether matrix is successfull read   */
26extern int                              defPairs;                               /* flag for whether constraints on tree are read */
27extern int                              defPartition;                           /* flag for whether character partition is read  */
28extern int                              defTaxa;                                /* are taxon labels defined ?                    */
29extern Doublet                  doublet[16];                            /* holds information on states for doublets      */
30extern int                              echoMB;                                                             /* flag used by Manual to prevent echoing        */
31extern SafeLong         expecting;                                                              /* variable denoting expected token type         */
32extern int                              fileNameChanged;                                            /* has file name been changed?                   */
33extern int                              foundNewLine;                           /* whether a new line has been found             */
34extern char                             gapId;                                  /* gap character Id                              */
35extern SafeLong                 globalSeed;                             /* seed that is initialized at start up          */
36extern char                             **headerNames;                          /* string to hold headers in sump and plot       */
37extern int                              inComment;                              /* flag for whether input stream is commented    */
38extern int                              inferAncStates;                                             /* should ancestral states be inferred (y/n)     */
39extern int                              inferSiteOmegas;                                                /* should site omega values be inferred (y/n)    */
40extern int                              inferSiteRates;                                             /* should site rates be inferred (y/n)           */
41extern int                              inferPosSel;                                                /* should positive selection be inferred (y/n)   */
42extern char                             inputFileName[100];                     /* input (NEXUS) file name                       */
43extern int                              inTreesBlock;                           /* are we in the sumt block                      */
44extern int                              inValidCommand;                         /* a useful flag set whenever you enter a cmd    */
45extern int                      isInAmbig, isInPoly;                    /* flags whether we are within () or {}          */
46extern int                      isMixed;                                            /* flags whether dataset is mixed                */
47extern int                              inMrbayesBlock;                         /* flag for whether we are in a mrbayes block    */
48extern int                              *intValues;                             /* integer values of parameters                  */
49extern int                              isTaxsetDef;                                                    /* is a taxon set defined                        */
50extern int                              isTranslateDef;                                                 /* is a translation block defined                */
51extern int                              isTranslateDiff;                                            /* is translate different from current taxaset?  */
52extern int              *linkTable[NUM_LINKED];                 /* how parameters are linked across parts        */
53extern int                              localOutGroup;                                      /* outgroup for non-excluded taxa                */
54extern char                             **localTaxonNames;                                              /* points to names of non-excluded taxa          */
55extern FILE                             *logFileFp;                             /* file pointer to log file                      */
56extern char                             logFileName[100];                       /* name of the log file                          */
57extern int                              logToFile;                              /* should screen output be logged to a file      */
58extern char                             manFileName[100];                                               /* name of man file                                                              */
59extern char                             matchId;                                /* mach character Id                             */
60extern int                              *matrix;                                /* matrix containing original data               */
61extern int                      matrixHasPoly;                          /* flag for whether matrix has polymorphisms     */
62extern int                              memAllocs[NUM_ALLOCS];                  /* allocated memory flags                        */
63extern int                              mode;                                               /* mode of program (interactive/noninteractive)  */
64extern char             **modelIndicatorParams;                 /* model indicator params                        */
65extern char             ***modelElementNames;                   /* names for component models                    */
66extern MCMCMove             **moves;                                                            /* vector of applicable moves                                    */
67extern MoveType             moveTypes[NUM_MOVE_TYPES];              /* holds information on the move types           */
68extern char                             missingId;                              /* missing character Id                          */
69extern Tree                             **mcmcTree;                                                             /* pointers to mcmc trees                                                */
70extern Model                    *modelParams;                                                   /* holds model params for partitions             */
71extern ModelInfo                *modelSettings;                                                 /* stores important info on model params         */
72extern int              nBitsInALong;                           /* number of bits in a SafeLong                  */
73extern Calibration      *nodeCalibration;                       /* holds information about node calibrations     */
74extern int                              noWarn;                                                 /* no warnings on overwriting files              */
75extern int              nPThreads;                              /* number of pthreads to use                     */
76extern int                              numActiveLocks;                                             /* number of active, locked nodes                */
77extern int                              numApplicableMoves;                                             /* number of moves applicable to parameters      */
78extern int                              numChar;                                /* number of characters in character matrix      */
79extern int                              numCharSets;                            /* holds number of character sets                */
80extern int                              numComments;                            /* number of nested comments                                 */
81extern int                              numCompressedChars;                     /* number of compressed characters                               */
82extern int                              numCurrentDivisions;                    /* number of partitions of data                  */
83extern int                              numDefinedConstraints;                  /* number of constraints defined                 */
84extern enum ConstraintType  *definedConstraintsType;            /* Store type of constraint                      */
85extern int                              numDefinedPartitions;                   /* number of partitions defined                  */
86extern int                              numDefinedSpeciespartitions;            /* number of species partitions defined          */
87extern int                              numGlobalChains;                                                /* number of global chains                                               */
88extern int                              numLocalTaxa;                                               /* number of non-excluded taxa                   */
89extern int                              numLocalChar;                                                   /* number of non-excluded characters             */
90extern int                              numMoveTypes;                               /* the number of move types                      */
91extern int                              numOpenExeFiles;                                            /* number of execute files open                  */
92extern int                              numParams;                                                              /* number of parameters in model                                 */
93extern int                              numDivisions;                           /* number of current divisions                   */
94extern int                              numPrintParams;                                             /* number of substitution model parameters to print */
95extern int                              numPrintTreeParams;                                             /* number of tree model parameters to print      */
96extern CLFlt                    *numSitesOfPat;                             /* no. sites of each pattern                                         */
97extern int                              numSpecies;                             /* number of species in current speciespartition */
98extern int                              numTaxa;                                /* number of taxa in character matrix            */
99extern int                              numTaxaSets;                            /* holds number of taxa sets                     */
100extern int                              numTopologies;                                              /* number of topologies for one chain and state      */
101extern int                              numTranslates;                          /* number of taxa in active translate block      */
102extern int                              numTrees;                                                       /* number of trees for one chain and state           */
103extern int                              numUserTrees;                                               /* number of defined user trees                                  */
104extern int              *numVars;                               /* number of variables in setting arrays         */
105extern int                              *origChar;                                          /* index from compressed char to original char   */
106extern int                              outGroupNum;                            /* number of outgroup taxon                      */
107extern ParmInfo                 paramTable[];                                               /* information on parameters                     */
108extern MrBFlt                   *paramValues;                                               /* values of parameters                          */
109extern int              **partitionId;                          /* holds information about defined partitions    */
110extern char                             **partitionNames;                       /* hold names of partitions (first is "default") */
111extern MrBFlt                   *parameterValues;                       /* vector holding sump or plot parameters        */
112extern Param                    *params;                                                                /* vector of parameters in model                                 */
113extern int                              partitionNum;                           /* index of current partition                    */
114extern Plot                             plotParams;                             /* holds parameters for plot command             */
115extern int                              precision;                              /* precision of samples and summary stats        */
116extern int                              *printAncStates;                        /* divisions to print anc states for             */
117extern int                              quitOnError;                                                    /* quit on error?                                                    */
118extern int                              readComment;                                                    /* should we read comment (looking for &)?       */
119extern int                              readWord;                                                           /* should we read a word next?                   */
120extern ReassembleInfo   reassembleParams;                               /* holds parameters for reassemble command       */
121extern int                              replaceLogFile;                         /* should logfile be replace/appended to         */
122extern SafeLong                 runIDSeed;                              /* seed used only for generating run ID [stamp]  */
123extern SafeLong                 safeLongWithAllBitsSet;                 /* a SafeLong with all bits set, for bit ops     */
124extern int                              setUpAnalysisSuccess;                   /* Set to YES if analysis is set without error   */
125extern int                              scientific;                             /* use scientific format for samples ?           */
126extern ShowmovesParams  showmovesParams;                                            /* holds parameters for Showmoves command        */
127extern char                             spacer[10];                             /* holds blanks for printing indentations        */
128extern NameSet              *speciesNameSets;                       /* hold species name sets, one for each speciespartition */
129extern int              **speciespartitionId;                   /* holds info about defined speciespartitions    */
130extern char                             **speciespartitionNames;                /* hold names of speciespartitions (first is "default") */
131extern int                              speciespartitionNum;                    /* index of current species partition            */
132extern char                         stamp[11];                              /* holds a unique identifier for each analysis   */
133extern SafeLong                 swapSeed;                               /* seed used only for determining which to swap  */
134extern int                              state[MAX_CHAINS];                                              /* state of chain                                                                */
135extern MrBFlt                   *stdStateFreqs;                                     /* std char state frequencies                                        */
136extern int                              *stdType;                                               /* compressed std char type: ord, unord, irrev  */
137extern Sump                             sumpParams;                             /* holds parameters for sump command             */
138extern char                             sumpToken[];                                                    /* string holding a .p file token                */
139extern char                             *sumpTokenP;                                                    /* pointer to a .p file token                                    */
140extern Sumt                             sumtParams;                             /* holds parameters for sumt command             */
141extern Sumss                    sumssParams;                            /* holds parameters for sumss command            */
142extern char                             stamp[11];                                      /* holds a unique identifier for each analysis   */
143extern int                              stdStateFreqsRowSize;                                   /* row size for stdStateFreqs                                    */
144extern int                              *sympiIndex;                                                    /* sympi state freq index for multistate chars   */
145extern TaxaInformation  *taxaInfo;                                                              /* holds critical information about taxa         */
146extern char                             **taxaNames;                            /* holds name of taxa                            */
147extern char                             **taxaSetNames;                         /* holds names of taxa sets                      */
148extern SafeLong         **taxaSet;                              /* holds information about defined taxasets      */
149extern int              *tempActiveConstraints;                 /* info on the active constraints in prset       */
150extern int              *tempLinkUnlink[NUM_LINKED];            /* for changing parameter linkage                */
151extern int              *tempLinkUnlinkVec;                     /* for changing parameter linkage                */
152extern MrBFlt           *tempNum;                               /* vector of numbers used for setting arrays     */
153extern int                              *tempSet;                               /* temporarily holds defined character set       */
154extern int                      theAmbigChar;                           /* int containing ambiguous character            */
155extern int                              *tiIndex;                                               /* compressed std char ti index                  */
156extern Calibration              *tipCalibration;                        /* holds tip calibrations                        */
157extern char                             **transFrom;                            /* translation block information                 */
158extern char                             **transTo;                              /* translation block information                 */
159extern int                              userBrlensDef;                          /* are the branch lengths on user tree defined   */
160extern int              userLevel;                              /* the level of the user                         */     
161extern PolyTree                 *userTree[];                                                /* array of user trees                                                       */
162extern char                         workingDir[100];                        /* working directory                             */
163#if defined (BEAGLE_ENABLED)
164extern int              tryToUseBEAGLE;                         /* try to use the BEAGLE library                 */
165extern long             beagleFlags;                            /* BEAGLE requirement flags                      */
166extern int*                             beagleResource;                                             /* BEAGLE resource list                          */
167extern int                              beagleResourceCount;                                    /* BEAGLE resource list length                   */
168extern int              beagleInstanceCount;                    /* total number of BEAGLE instances              */
169extern int              beagleScalingScheme;                    /* BEAGLE dynamic scaling                        */
170extern int                              beagleScalingFrequency;                                 /* BEAGLE rescaling frequency                    */
171extern int                              recalcScalers;                                          /* shoud we recalculate scalers for one of divisions for current state YES/NO */
172#endif
173#if defined (THREADS_ENABLED)
174extern int                          tryToUseThreads;                                            /* try to use pthreads with BEAGLE library       */
175#endif
176
177/* Aamodel parameters */
178extern MrBFlt                   aaJones[20][20];                 /* rates for Jones model                        */
179extern MrBFlt                   aaDayhoff[20][20];           /* rates for Dayhoff model                      */
180extern MrBFlt                   aaMtrev24[20][20];               /* rates for mtrev24 model                      */
181extern MrBFlt                   aaMtmam[20][20];                 /* rates for mtmam model                        */
182extern MrBFlt                   aartREV[20][20];             /* rates for rtREV model                        */
183extern MrBFlt                   aaWAG[20][20];               /* rates for WAG model                          */
184extern MrBFlt                   aacpREV[20][20];             /* rates for aacpREV model                      */
185extern MrBFlt                   aaVt[20][20];                /* rates for VT model                           */
186extern MrBFlt                   aaBlosum[20][20];            /* rates for Blosum62 model                     */
187extern MrBFlt                   jonesPi[20];                 /* stationary frequencies for Jones model       */
188extern MrBFlt                   dayhoffPi[20];               /* stationary frequencies for Dayhoff model     */
189extern MrBFlt                   mtrev24Pi[20];               /* stationary frequencies for mtrev24 model     */
190extern MrBFlt                   mtmamPi[20];                 /* stationary frequencies for mtmam model       */
191extern MrBFlt                   rtrevPi[20];                 /* stationary frequencies for rtREV model       */
192extern MrBFlt                   wagPi[20];                   /* stationary frequencies for WAG model         */
193extern MrBFlt                   cprevPi[20];                 /* stationary frequencies for aacpREV model     */
194extern MrBFlt                   vtPi[20];                    /* stationary frequencies for VT model          */
195extern MrBFlt                   blosPi[20];                  /* stationary frequencies for Blosum62 model    */
196
197#if defined (PRINT_RATEMULTIPLIERS_CPP)
198extern FILE             *rateMultfp;
199#endif
200
201#if defined (MPI_ENABLED)
202extern int                              proc_id;                                /* process ID (0, 1, ..., num_procs-1)                        */
203extern int                              num_procs;                              /* number of active processors                                */
204extern MrBFlt                   myStateInfo[7];                         /* likelihood/prior/heat/ran/moveInfo vals of me              */
205extern MrBFlt                   partnerStateInfo[7];                    /* likelihood/prior/heat/ran/moveInfo vals of partner         */
206#endif
207
208#if defined (FAST_LOG)
209extern CLFlt                    scalerValue[];
210extern CLFlt                    logValue[];
211#endif
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.