| 1 | /* |
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| 3 | PHYML : a program that computes maximum likelihood phylogenies from |
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| 4 | DNA or AA homologous sequences |
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| 6 | Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward |
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| 8 | All parts of the source except where indicated are distributed under |
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| 9 | the GNU public licence. See http://www.opensource.org for details. |
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| 11 | */ |
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| 13 | #include <config.h> |
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| 15 | #ifndef INIT_H |
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| 16 | #define INIT_H |
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| 18 | #include "utilities.h" |
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| 20 | void Init_Eigen_Struct(eigen *this); |
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| 21 | void Init_Scalar_Dbl(scalar_dbl *p); |
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| 22 | void Init_Scalar_Int(scalar_int *p); |
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| 23 | void Init_Vect_Dbl(int len,vect_dbl *p); |
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| 24 | void Init_Vect_Int(int len,vect_int *p); |
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| 25 | void Init_Tree(t_tree *tree,int n_otu); |
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| 26 | void Init_Edge_Light(t_edge *b,int num); |
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| 27 | void Init_Node_Light(t_node *n,int num); |
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| 28 | void Init_NNI(nni *a_nni); |
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| 29 | void Init_Nexus_Format(nexcom **com); |
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| 30 | void Init_Mat(matrix *mat,calign *data); |
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| 31 | void Set_Defaults_Input(option *io); |
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| 32 | void Set_Defaults_Model(t_mod *mod); |
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| 33 | void Set_Defaults_Optimiz(t_opt *s_opt); |
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| 34 | void XML_Init_Node(xml_node *prev,xml_node *new_node,char *name); |
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| 35 | void Init_One_Spr(t_spr *a_spr); |
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| 36 | void Init_Model(calign *data,t_mod *mod,option *io); |
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| 37 | int Init_Qmat_Dayhoff(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 38 | int Init_Qmat_DCMut(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 39 | int Init_Qmat_MtArt(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 40 | int Init_Qmat_HIVb(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 41 | int Init_Qmat_HIVw(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 42 | int Init_Qmat_JTT(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 43 | int Init_Qmat_MtREV(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 44 | int Init_Qmat_LG(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 45 | int Init_Qmat_WAG(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 46 | int Init_Qmat_RtREV(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 47 | int Init_Qmat_CpREV(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 48 | int Init_Qmat_VT(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 49 | int Init_Qmat_Blosum62(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 50 | int Init_Qmat_MtMam(phydbl *daa,phydbl *pi); |
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| 51 | void XML_Init_Attribute(xml_attr *attr); |
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| 52 | void Init_String(t_string *ts); |
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| 53 | void Init_Triplet_Struct(triplet *triplet); |
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| 54 | void Init_Efrq(t_efrq *f); |
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| 55 | void M4_Init_Model(m4 *m4mod, calign *data, t_mod *mod); |
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| 56 | void RATES_Init_Rate_Struct(t_rate *rates, t_rate *existing_rates, int n_otu); |
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| 57 | void Init_Rmat(t_rmat *rmat); |
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| 58 | void Init_MGF_Bl(t_tree *tree); |
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| 59 | |
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| 60 | #endif |
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