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1/*
2Copyright (c) 2012-2013 Arne Boeckman
3Copyright (c) 2012-2013 Elmar Pruesse
4
5This file is part of SINA.
6
7SINA is free software: you can redistribute it and/or modify
8it under the terms of the GNU General Public License as published by
9the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
10(at your option) any later version.
11
12This program is distributed in the hope that it will be useful,
13but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
14MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
15GNU General Public License for more details.
16
17You should have received a copy of the GNU General Public License
18along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19*/
20
21#define BOOST_TEST_MODULE CSEQ_COMPARATOR_module
22#include <boost/test/unit_test.hpp>
23
24#include "../cseq_comparator.h"
25using namespace sina;
26
27#include <string>
28using std::string;
29
30#define EQUAL BOOST_CHECK_EQUAL
31#define CASE BOOST_AUTO_TEST_CASE
32#define FCASE BOOST_FIXTURE_TEST_CASE
33
34BOOST_AUTO_TEST_SUITE(CSEQ_COMPARATOR_test);
35
36
37cseq c1 ("", "----AGCUAGCU-------");
38cseq c2 ("", "--------AGCUAGCU---");
39cseq c3 ("", "----AGCUAGCUAGCU---");
40cseq c4 ("", "--------AGCU-------");
41cseq c5 ("", "----AGAGAGAG-------");
42cseq c6 ("", "--------AGAGAGAG---");
43cseq c7 ("", "----agagAGAGagag---");
44cseq c8 ("", "----AG-CU-A-G-CU---");
45cseq c9 ("", "----MGCU-A-G-CU--");
46cseq c10("", "----NNCUBADG-CU----");
47cseq c11("", "---VVVCUAGCU-----");
48
49CASE(cover_basic) {
50    cseq_comparator comp(CMP_IUPAC_OPTIMISTIC,
51                         CMP_DIST_NONE,
52                         CMP_COVER_ABS, false);
53   
54    EQUAL(comp(c1,c1), 8);
55    EQUAL(comp(c1,c2), 4);
56    EQUAL(comp(c1,c3), 8);
57    EQUAL(comp(c1,c4), 4);
58    EQUAL(comp(c1,c5), 4);
59    EQUAL(comp(c1,c6), 2);
60    EQUAL(comp(c1,c7), 4);
61    EQUAL(comp(c2,c2), 8);
62    EQUAL(comp(c2,c3), 8);
63    EQUAL(comp(c2,c4), 4);
64    EQUAL(comp(c2,c5), 2);
65    EQUAL(comp(c2,c6), 4);
66    EQUAL(comp(c2,c7), 4);
67    EQUAL(comp(c3,c3), 12);
68    EQUAL(comp(c3,c4), 4);
69    EQUAL(comp(c3,c5), 4);
70    EQUAL(comp(c3,c6), 4);
71    EQUAL(comp(c3,c7), 6);
72    EQUAL(comp(c4,c4), 4);
73    EQUAL(comp(c4,c5), 2);
74    EQUAL(comp(c4,c6), 2);
75    EQUAL(comp(c4,c7), 2);
76    EQUAL(comp(c5,c5), 8);
77    EQUAL(comp(c5,c6), 4);
78    EQUAL(comp(c5,c7), 8);
79    EQUAL(comp(c6,c6), 8);
80    EQUAL(comp(c6,c7), 8);
81    EQUAL(comp(c7,c7), 12);
82}
83
84CASE(cover_lowercase) {
85  cseq_comparator comp(CMP_IUPAC_OPTIMISTIC,
86                       CMP_DIST_NONE,
87                       CMP_COVER_ABS, true);
88
89  EQUAL(comp(c1,c7),2);
90  EQUAL(comp(c2,c7),2);
91  EQUAL(comp(c3,c7),2);
92  EQUAL(comp(c4,c7),2);
93  EQUAL(comp(c5,c7),4);
94  EQUAL(comp(c6,c7),4);
95  EQUAL(comp(c7,c7),4);
96
97}
98
99CASE(iupac_compare) {
100    cseq_comparator comp(CMP_IUPAC_PESSIMISTIC,
101                         CMP_DIST_NONE,
102                         CMP_COVER_ABS, false);
103
104    //pessimistic tests
105    EQUAL(comp(c1,c9), 3);
106    EQUAL(comp(c1,c2), 4);
107    EQUAL(comp(c1,c10),2);
108    EQUAL(comp(c1,c11),6);
109
110
111    //optimistic tests
112    cseq_comparator comp2(CMP_IUPAC_OPTIMISTIC,
113                          CMP_DIST_NONE,
114                          CMP_COVER_ABS, false);
115    EQUAL(comp2(c1,c9), 4);
116    EQUAL(comp2(c1,c2), 4);
117    EQUAL(comp2(c1,c10),4);
118    EQUAL(comp2(c1,c11),8);
119
120}
121
122CASE(cover_either) {
123
124    // CMP_COVER_QUERY and CMP_COVER_TARGET
125    // should be the same, just reversed parameters
126    cseq_comparator comp(CMP_IUPAC_PESSIMISTIC,
127                         CMP_DIST_NONE,
128                         CMP_COVER_QUERY, false);
129
130    cseq_comparator comp2(CMP_IUPAC_PESSIMISTIC,
131                         CMP_DIST_NONE,
132                         CMP_COVER_TARGET, false);
133
134    EQUAL(comp(c1,c1), comp2(c1,c1));
135    EQUAL(comp(c1,c2), comp2(c2,c1));
136    EQUAL(comp(c1,c3), comp2(c3,c1));
137    EQUAL(comp(c1,c4), comp2(c4,c1));
138    EQUAL(comp(c1,c5), comp2(c5,c1));
139    EQUAL(comp(c1,c6), comp2(c6,c1));
140    EQUAL(comp(c1,c7), comp2(c7,c1));
141    EQUAL(comp(c2,c2), comp2(c2,c2));
142    EQUAL(comp(c2,c3), comp2(c3,c2));
143    EQUAL(comp(c2,c4), comp2(c4,c2));
144    EQUAL(comp(c2,c5), comp2(c5,c2));
145    EQUAL(comp(c2,c6), comp2(c6,c2));
146    EQUAL(comp(c2,c7), comp2(c7,c2));
147    EQUAL(comp(c3,c3), comp2(c3,c3));
148    EQUAL(comp(c3,c4), comp2(c4,c3));
149    EQUAL(comp(c3,c5), comp2(c5,c3));
150    EQUAL(comp(c3,c6), comp2(c6,c3));
151    EQUAL(comp(c3,c7), comp2(c7,c3));
152    EQUAL(comp(c4,c4), comp2(c4,c4));
153    EQUAL(comp(c4,c5), comp2(c5,c4));
154    EQUAL(comp(c4,c6), comp2(c6,c4));
155    EQUAL(comp(c4,c7), comp2(c7,c4));
156    EQUAL(comp(c5,c5), comp2(c5,c5));
157    EQUAL(comp(c5,c6), comp2(c6,c5));
158    EQUAL(comp(c5,c7), comp2(c7,c5));
159    EQUAL(comp(c6,c6), comp2(c6,c6));
160    EQUAL(comp(c6,c7), comp2(c7,c6));
161    EQUAL(comp(c7,c7), comp2(c7,c7));
162
163
164}
165
166CASE(cover_overlap) {
167    cseq_comparator comp(CMP_IUPAC_PESSIMISTIC,
168                         CMP_DIST_NONE,
169                         CMP_COVER_OVERLAP, false);
170
171    //OVERLAP: relative to length of overlapping part
172    EQUAL(comp(c1,c1), 1);
173    EQUAL(comp(c1,c2), 1);
174    EQUAL(comp(c1,c3), 1);
175    EQUAL(comp(c1,c4), 1);
176    EQUAL(comp(c1,c5), 4.0f/8);
177    EQUAL(comp(c1,c6), 2.0f/4);
178    EQUAL(comp(c1,c8), 2.0f/8); 
179    EQUAL(comp(c2,c2), 1);
180    EQUAL(comp(c2,c3), 1);
181    EQUAL(comp(c2,c4), 1);
182    EQUAL(comp(c2,c5), 2.0f/4);
183    EQUAL(comp(c2,c6), 2.0f/4);
184    EQUAL(comp(c2,c7), 2.0f/4);
185    EQUAL(comp(c2,c11), 1);
186    EQUAL(comp(c10,c11), 2.0f/8);
187
188}
189
190CASE(cover_all) {
191
192    cseq_comparator comp(CMP_IUPAC_PESSIMISTIC,
193                         CMP_DIST_NONE,
194                         CMP_COVER_ALL, false);
195
196
197    EQUAL(comp(c1,c2), 4/12.0f);
198    EQUAL(comp(c1,c3), 8/12.0f);
199    EQUAL(comp(c1,c4), 4/8.0f);
200    EQUAL(comp(c1,c5), 4/8.0f);
201    EQUAL(comp(c1,c6), 2/12.0f);
202    EQUAL(comp(c1,c7), 4/12.0f);
203    EQUAL(comp(c2,c2), 8/8.0f);
204    EQUAL(comp(c2,c3), 8/12.0f);
205    EQUAL(comp(c2,c4), 4/8.0f);
206    EQUAL(comp(c2,c5), 2/12.0f);
207    EQUAL(comp(c2,c6), 4/8.0f);
208    EQUAL(comp(c2,c7), 4/12.0f);
209    EQUAL(comp(c3,c3), 12/12.0f);
210    EQUAL(comp(c3,c4), 4/12.0f);
211    EQUAL(comp(c3,c5), 4/12.0f);
212    EQUAL(comp(c3,c6), 4/12.0f);
213    EQUAL(comp(c3,c7), 6/12.0f);
214    EQUAL(comp(c4,c4), 4/4.0f);
215    EQUAL(comp(c4,c5), 2/8.0f);
216    EQUAL(comp(c4,c6), 2/8.0f);
217    EQUAL(comp(c4,c7), 2/12.0f);
218    EQUAL(comp(c5,c5), 8/8.0f);
219    EQUAL(comp(c5,c6), 4/12.0f);
220    EQUAL(comp(c5,c7), 8/12.0f);
221    EQUAL(comp(c6,c6), 8/8.0f);
222
223}
224
225CASE(cover_min){
226    cseq_comparator comp(CMP_IUPAC_PESSIMISTIC,
227                          CMP_DIST_NONE,
228                          CMP_COVER_MIN, false);
229
230
231      EQUAL(comp(c1,c2), 4/8.0f);
232      EQUAL(comp(c1,c3), 1);
233      EQUAL(comp(c1,c4), 1);
234      EQUAL(comp(c1,c5), 4/8.0f);
235      EQUAL(comp(c1,c6), 2/8.0f);
236      EQUAL(comp(c1,c7), 4/8.0f);
237      EQUAL(comp(c2,c2), 1);
238      EQUAL(comp(c2,c3), 1);
239
240}
241
242CASE(cover_max){
243    cseq_comparator comp(CMP_IUPAC_PESSIMISTIC,
244                          CMP_DIST_NONE,
245                          CMP_COVER_MAX, false);
246
247
248
249//    cseq c1 ("",0, "----AGCUAGCU-------");
250//    cseq c3 ("",0, "----AGCUAGCUAGCU---");
251
252      EQUAL(comp(c1,c2), 4/8.0f);
253      EQUAL(comp(c1,c3), 8/12.0f);
254
255}
256
257
258BOOST_AUTO_TEST_SUITE_END(); // CSEQ_COMPARATOR_test
259
260/*
261  Local Variables:
262  mode:c++
263  c-file-style:"stroustrup"
264  c-file-offsets:((innamespace . 0)(inline-open . 0)(case-label . +))
265  indent-tabs-mode:nil
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