source: branches/lib/NTREE/ad_transpro.cxx

Last change on this file was 18979, checked in by westram, 4 years ago
  • fix use of empty labels:
    • AW_window::label no longer
      • accepts empty labels.
      • allows to overwrite existing labels (assume this happens by mistake).
    • create_toggle_field:
      • assert label is used (in flavor with label-parameter)
      • remove empty and NULp labels passed (from callers).
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 8.9 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ad_transpro.cxx                                   //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "NT_local.h"
12
13#include <TranslateRealign.h>
14#include <awt_sel_boxes.hxx>
15#include <AP_codon_table.hxx>
16#include <AP_pro_a_nucs.hxx>
17#include <aw_awars.hxx>
18#include <aw_root.hxx>
19#include <aw_msg.hxx>
20#include <arbdbt.h>
21#include <arb_defs.h>
22
23#define AWAR_TRANSPRO_PREFIX "transpro/"
24#define AWAR_TRANSPRO_SOURCE AWAR_TRANSPRO_PREFIX "source"
25#define AWAR_TRANSPRO_DEST   AWAR_TRANSPRO_PREFIX "dest"
26
27// translator only:
28#define AWAR_TRANSPRO_POS    AWAR_TRANSPRO_PREFIX "pos" // [0..3]: 0-2 = reading frame; 3 = autodetect
29#define AWAR_TRANSPRO_MODE   AWAR_TRANSPRO_PREFIX "mode"
30#define AWAR_TRANSPRO_XSTART AWAR_TRANSPRO_PREFIX "xstart"
31#define AWAR_TRANSPRO_WRITE  AWAR_TRANSPRO_PREFIX "write"
32
33// realigner only:
34#define AWAR_REALIGN_INCALI  AWAR_TRANSPRO_PREFIX "incali"
35#define AWAR_REALIGN_UNMARK  AWAR_TRANSPRO_PREFIX "unmark"
36#define AWAR_REALIGN_CUTOFF  "tmp/" AWAR_TRANSPRO_PREFIX "cutoff" // dangerous -> do not save
37
38static void transpro_event(AW_window *aww) {
39    GB_ERROR error = GB_begin_transaction(GLOBAL.gb_main);
40    if (!error) {
41#if defined(DEBUG) && 0
42        test_AWT_get_codons();
43#endif
44        AW_root *aw_root       = aww->get_root();
45        char    *ali_source    = aw_root->awar(AWAR_TRANSPRO_SOURCE)->read_string();
46        char    *ali_dest      = aw_root->awar(AWAR_TRANSPRO_DEST)->read_string();
47        char    *mode          = aw_root->awar(AWAR_TRANSPRO_MODE)->read_string();
48        int      startpos      = aw_root->awar(AWAR_TRANSPRO_POS)->read_int();
49        bool     save2fields   = aw_root->awar(AWAR_TRANSPRO_WRITE)->read_int();
50        bool     translate_all = aw_root->awar(AWAR_TRANSPRO_XSTART)->read_int();
51
52        error             = ALI_translate_marked(GLOBAL.gb_main, strcmp(mode, "fields") == 0, save2fields, startpos, translate_all, ali_source, ali_dest);
53        if (!error) error = GBT_check_data(GLOBAL.gb_main, NULp);
54
55        free(mode);
56        free(ali_dest);
57        free(ali_source);
58    }
59    GB_end_transaction_show_error(GLOBAL.gb_main, error, aw_message);
60}
61
62static void nt_trans_cursorpos_changed(AW_root *awr) {
63    AW_awar *awar_startpos = awr->awar(AWAR_TRANSPRO_POS);
64
65    if (awar_startpos->read_int() != AUTODETECT_STARTPOS) {
66        int pos = bio2info(awr->awar(AWAR_CURSOR_POSITION)->read_int());
67        pos     = pos % 3;
68        awar_startpos->write_int(pos);
69    }
70}
71
72AW_window *NT_create_dna_2_pro_window(AW_root *root) {
73    GB_transaction ta(GLOBAL.gb_main);
74
75    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
76    aws->init(root, "TRANSLATE_DNA_TO_PRO", "TRANSLATE DNA TO PRO");
77
78    aws->load_xfig("transpro.fig");
79
80    aws->at("close");
81    aws->callback(AW_POPDOWN);
82    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
83
84    aws->callback(makeHelpCallback("translate_dna_2_pro.hlp"));
85    aws->at("help");
86    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
87
88    aws->at("source");
89    awt_create_ALI_selection_list(GLOBAL.gb_main, (AW_window *)aws, AWAR_TRANSPRO_SOURCE, "dna=:rna=");
90
91    aws->at("dest");
92    awt_create_ALI_selection_list(GLOBAL.gb_main, (AW_window *)aws, AWAR_TRANSPRO_DEST, "pro=:ami=");
93
94    root->awar_int(AWAR_PROTEIN_TYPE, AWAR_PROTEIN_TYPE_bacterial_code_index, GLOBAL.gb_main);
95    aws->at("table");
96    aws->create_option_menu(AWAR_PROTEIN_TYPE);
97    for (int code_nr=0; code_nr<AWT_CODON_TABLES; code_nr++) {
98        aws->insert_option(AWT_get_codon_code_name(code_nr), "", code_nr);
99    }
100    aws->update_option_menu();
101
102    aws->at("mode");
103    aws->create_toggle_field(AWAR_TRANSPRO_MODE);
104    aws->insert_toggle("from fields 'codon_start' and 'transl_table'", "", "fields");
105    aws->insert_default_toggle("use settings below (same for all species):", "", "settings");
106    aws->update_toggle_field();
107
108    aws->at("pos");
109    aws->create_option_menu(AWAR_TRANSPRO_POS);
110    for (int p = 1; p <= 3; ++p) {
111        char label[2] = { char(p+'0'), 0 };
112        aws->insert_option(label, label, bio2info(p));
113    }
114    aws->insert_option("choose best", "choose best", AUTODETECT_STARTPOS);
115
116    aws->update_option_menu();
117    aws->get_root()->awar_int(AWAR_CURSOR_POSITION)->add_callback(nt_trans_cursorpos_changed);
118
119    aws->at("write");
120    aws->label("Save settings (to 'codon_start'+'transl_table')");
121    aws->create_toggle(AWAR_TRANSPRO_WRITE);
122
123    aws->at("start");
124    aws->label("Translate all data");
125    aws->create_toggle(AWAR_TRANSPRO_XSTART);
126
127    aws->at("translate");
128    aws->callback(transpro_event);
129    aws->highlight();
130    aws->create_button("TRANSLATE", "TRANSLATE", "T");
131
132    aws->window_fit();
133
134    return aws;
135}
136
137static void realign_event(AW_window *aww) {
138    AW_root  *aw_root          = aww->get_root();
139    char     *ali_source       = aw_root->awar(AWAR_TRANSPRO_DEST)->read_string();
140    char     *ali_dest         = aw_root->awar(AWAR_TRANSPRO_SOURCE)->read_string();
141    bool      unmark_succeeded = aw_root->awar(AWAR_REALIGN_UNMARK)->read_int();
142    bool      cutoff_dna       = aw_root->awar(AWAR_REALIGN_CUTOFF)->read_int();
143    size_t    neededLength     = 0;
144    GBDATA   *gb_main          = GLOBAL.gb_main;
145    GB_ERROR  error            = ALI_realign_marked(gb_main, ali_source, ali_dest, neededLength, unmark_succeeded, cutoff_dna);
146
147    if (!error && neededLength) {
148        bool auto_inc_alisize = aw_root->awar(AWAR_REALIGN_INCALI)->read_int();
149        if (auto_inc_alisize) {
150            {
151                GB_transaction ta(gb_main);
152                error = ta.close(GBT_set_alignment_len(gb_main, ali_dest, neededLength));
153            }
154            if (!error) {
155                aw_message(GBS_global_string("Alignment length of '%s' has been set to %zu\n"
156                                             "running re-aligner again!",
157                                             ali_dest, neededLength));
158
159                error = ALI_realign_marked(gb_main, ali_source, ali_dest, neededLength, unmark_succeeded, cutoff_dna);
160                if (neededLength) {
161                    error = GBS_global_string("internal error: neededLength=%zu (after autoinc)", neededLength);
162                }
163            }
164        }
165        else {
166            GB_transaction ta(gb_main);
167            long           destLen = GBT_get_alignment_len(gb_main, ali_dest);
168            nt_assert(destLen>0 && size_t(destLen)<neededLength);
169            error = GBS_global_string("Missing %zu columns in alignment '%s' (got=%li, need=%zu)\n"
170                                      "(check toggle to permit auto-increment)",
171                                      size_t(neededLength-destLen), ali_dest, destLen, neededLength);
172        }
173    }
174
175    if (error) aw_message(error);
176    free(ali_dest);
177    free(ali_source);
178}
179
180AW_window *NT_create_realign_dna_window(AW_root *root) {
181    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
182    aws->init(root, "REALIGN_DNA", "Realign DNA");
183
184    aws->load_xfig("realign_dna.fig");
185
186    aws->at("close");
187    aws->callback(AW_POPDOWN);
188    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
189
190    aws->callback(makeHelpCallback("realign_dna.hlp"));
191    aws->at("help");
192    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
193
194    aws->at("source");
195#if defined(DEVEL_RALF)
196    awt_create_ALI_selection_button(GLOBAL.gb_main, aws, AWAR_TRANSPRO_SOURCE, "dna=:rna="); // @@@ nonsense here - just testing awt_create_ALI_selection_button somewhere
197#else // !defined(DEVEL_RALF)
198    awt_create_ALI_selection_list(GLOBAL.gb_main, aws, AWAR_TRANSPRO_SOURCE, "dna=:rna=");
199#endif
200    aws->at("dest");
201    awt_create_ALI_selection_list(GLOBAL.gb_main, aws, AWAR_TRANSPRO_DEST, "pro=:ami=");
202
203    aws->at("autolen"); aws->create_toggle(AWAR_REALIGN_INCALI);
204    aws->at("unmark");  aws->create_toggle(AWAR_REALIGN_UNMARK);
205    aws->at("cutoff");  aws->create_toggle(AWAR_REALIGN_CUTOFF);
206
207    aws->at("realign");
208    aws->callback(realign_event);
209    aws->create_autosize_button("REALIGN", "Realign marked species", "R");
210
211    return aws;
212}
213
214
215void NT_create_transpro_variables(AW_root *root, AW_default props) {
216    root->awar_string(AWAR_TRANSPRO_SOURCE, "",         props);
217    root->awar_string(AWAR_TRANSPRO_DEST,   "",         props);
218    root->awar_string(AWAR_TRANSPRO_MODE,   "settings", props);
219
220    root->awar_int(AWAR_TRANSPRO_POS,    0, props);
221    root->awar_int(AWAR_TRANSPRO_XSTART, 1, props);
222    root->awar_int(AWAR_TRANSPRO_WRITE,  0, props);
223    root->awar_int(AWAR_REALIGN_INCALI,  0, props);
224    root->awar_int(AWAR_REALIGN_UNMARK,  0, props);
225    root->awar_int(AWAR_REALIGN_CUTOFF,  0, props);
226}
227
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.