| 1 | // =============================================================== // |
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| 3 | // File : NJ.hxx // |
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| 4 | // Purpose : // |
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| 6 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 7 | // http://www.arb-home.de/ // |
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| 9 | // =============================================================== // |
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| 11 | #ifndef NJ_HXX |
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| 12 | #define NJ_HXX |
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| 14 | #ifndef ARB_ASSERT_H |
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| 15 | #include <arb_assert.h> |
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| 16 | #endif |
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| 17 | #ifndef ARBTOOLS_H |
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| 18 | #include <arbtools.h> |
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| 19 | #endif |
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| 20 | #ifndef AP_MATRIX_HXX |
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| 21 | #include <AP_matrix.hxx> |
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| 22 | #endif |
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| 23 | |
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| 24 | #define ph_assert(cond) arb_assert(cond) |
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| 26 | typedef double AP_FLOAT; |
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| 28 | struct PH_NEIGHBOUR_DIST { |
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| 29 | long i, j; |
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| 30 | AP_FLOAT val; |
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| 31 | |
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| 32 | PH_NEIGHBOUR_DIST *next, *previous; |
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| 33 | |
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| 34 | PH_NEIGHBOUR_DIST(); |
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| 35 | |
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| 36 | void remove() { |
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| 37 | ph_assert(previous); // already removed |
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| 38 | if (next) { next->previous = previous; } |
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| 39 | previous->next = next; previous = NULp; |
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| 40 | }; |
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| 41 | |
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| 42 | void add(PH_NEIGHBOUR_DIST *root) { |
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| 43 | next = root->next; |
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| 44 | root->next = this; |
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| 45 | previous = root; |
|---|
| 46 | if (next) next->previous = this; |
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| 47 | }; |
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| 48 | }; |
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| 49 | |
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| 50 | class PH_NEIGHBOURJOINING : virtual Noncopyable { |
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| 51 | PH_NEIGHBOUR_DIST **dist_matrix; |
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| 52 | PH_NEIGHBOUR_DIST *dist_list; // array of dist_list lists |
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| 53 | long dist_list_size; |
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| 54 | AP_FLOAT dist_list_corr; |
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| 55 | AP_FLOAT *net_divergence; |
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| 56 | |
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| 57 | long size; |
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| 58 | long *swap_tab; |
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| 59 | long swap_size; |
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| 60 | |
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| 61 | void remove_taxa_from_dist_list(long i); |
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| 62 | void add_taxa_to_dist_list(long j); |
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| 63 | AP_FLOAT get_max_net_divergence(); |
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| 64 | void remove_taxa_from_swap_tab(long i); |
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| 65 | |
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| 66 | public: |
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| 67 | |
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| 68 | PH_NEIGHBOURJOINING(const AP_smatrix& smatrix); |
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| 69 | ~PH_NEIGHBOURJOINING(); |
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| 70 | |
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| 71 | void join_nodes(long i, long j, AP_FLOAT &leftl, AP_FLOAT& rightlen); |
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| 72 | AP_FLOAT get_min_ij(long& i, long& j); |
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| 73 | void get_last_ij(long& i, long& j); |
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| 74 | AP_FLOAT get_dist(long i, long j); |
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| 75 | |
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| 76 | #if defined(UNIT_TESTS) // UT_DIFF |
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| 77 | // test inspection |
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| 78 | AP_FLOAT get_net_divergence(long i) { return net_divergence[i]; } |
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| 79 | #endif |
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| 80 | }; |
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| 81 | |
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| 82 | #else |
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| 83 | #error NJ.hxx included twice |
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| 84 | #endif // NJ_HXX |
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