| 1 | // ============================================================= // |
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| 3 | // File : seqio.hxx // |
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| 4 | // Purpose : // |
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| 5 | // // |
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| 6 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 7 | // http://www.arb-home.de/ // |
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| 8 | // // |
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| 9 | // ============================================================= // |
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| 11 | #ifndef SEQIO_HXX |
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| 12 | #define SEQIO_HXX |
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| 14 | #ifndef ARBDB_BASE_H |
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| 15 | #include <arbdb_base.h> |
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| 16 | #endif |
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| 17 | #ifndef ARB_MSG_H |
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| 18 | #include <arb_msg.h> |
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| 19 | #endif |
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| 20 | #ifndef SMARTPTR_H |
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| 21 | #include <smartptr.h> |
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| 22 | #endif |
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| 23 | |
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| 24 | class AP_filter; |
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| 25 | |
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| 26 | namespace SEQIO { |
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| 27 | |
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| 28 | enum ExportWhich { |
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| 29 | EBF_ALL, |
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| 30 | EBF_MARKED, |
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| 31 | EBF_ONE, // export explicitely specified species |
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| 32 | }; |
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| 33 | |
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| 34 | inline void appendTo(char*& content, char sep, char*& toAppend) { |
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| 35 | if (content) { |
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| 36 | freeset(content, GBS_global_string_copy("%s%c%s", content, sep, toAppend)); |
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| 37 | freenull(toAppend); |
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| 38 | } |
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| 39 | else { |
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| 40 | reassign(content, toAppend); |
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| 41 | } |
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| 42 | } |
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| 43 | |
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| 44 | bool read_string_pair(FILE *in, char *&s1, char *&s2, size_t& lineNr); |
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| 45 | char *fgets_smartLF(char *s, int size, FILE *stream); |
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| 46 | |
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| 47 | GB_ERROR export_by_format(GBDATA *gb_main, ExportWhich which, const char *one_species, |
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| 48 | AP_filter *filter, int cut_stop_codon, int compress, |
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| 49 | const char *dbname, const char *formname, const char *field_transfer_set, |
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| 50 | const char *outname, int multiple, char **real_outname); |
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| 51 | |
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| 52 | struct ExportFormatInfo { |
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| 53 | SmartCharPtr suffix; // default output file suffix (optional) |
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| 54 | SmartCharPtr description; // description (optional) |
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| 55 | }; |
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| 56 | |
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| 57 | GB_ERROR get_exportFormat_information(const char *eft_formname, ExportFormatInfo& info); |
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| 58 | char *get_exportFormat_evalForm(const char *eft_formname, GB_ERROR& error); |
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| 59 | }; |
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| 60 | |
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| 61 | #else |
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| 62 | #error seqio.hxx included twice |
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| 63 | #endif // SEQIO_HXX |
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