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Line 
1#define MAXARGS 100
2
3typedef struct {
4        char *str;
5        sint *flag;
6        int type;
7        char **arg;
8} cmd_line_data;
9
10/*
11   command line switches
12*/
13sint setoptions = -1;
14sint sethelp = -1;
15sint setinteractive = -1;
16sint setbatch = -1;
17sint setgapopen = -1;
18sint setgapext = -1;
19sint setpwgapopen = -1;
20sint setpwgapext = -1;
21sint setoutorder = -1;
22sint setbootlabels = -1;
23sint setpwmatrix = -1;
24sint setmatrix = -1;
25sint setpwdnamatrix = -1;
26sint setdnamatrix = -1;
27sint setnegative = -1;
28sint setnoweights = -1;
29sint setoutput = -1;
30sint setoutputtree = -1;
31sint setquicktree = -1;
32sint settype = -1;
33sint setcase = -1;
34sint setseqno = -1;
35
36sint setseqno_range = -1;
37sint setrange = -1;
38
39sint settransweight = -1;
40sint setseed = -1;
41sint setscore = -1;
42sint setwindow = -1;
43sint setktuple = -1;
44sint setkimura = -1;
45sint settopdiags = -1;
46sint setpairgap = -1;
47sint settossgaps = -1;
48sint setnopgap = -1;
49sint setnohgap = -1;
50sint setnovgap = -1;
51sint sethgapres = -1;
52sint setvgapres = -1;
53sint setuseendgaps = -1;
54sint setmaxdiv = -1;
55sint setgapdist = -1;
56sint setdebug = -1;
57sint setoutfile = -1;
58sint setinfile = -1;
59sint setprofile1 = -1;
60sint setprofile2 = -1;
61sint setalign = -1;
62sint setconvert = -1;
63sint setnewtree = -1;
64sint setusetree = -1;
65sint setnewtree1 = -1;
66sint setusetree1 = -1;
67sint setnewtree2 = -1;
68sint setusetree2 = -1;
69sint setbootstrap = -1;
70sint settree = -1;
71sint setprofile = -1;
72sint setsequences = -1;
73sint setsecstr1 = -1;
74sint setsecstr2 = -1;
75sint setsecstroutput = -1;
76sint sethelixgap = -1;
77sint setstrandgap = -1;
78sint setloopgap = -1;
79sint setterminalgap = -1;
80sint sethelixendin = -1;
81sint sethelixendout = -1;
82sint setstrandendin = -1;
83sint setstrandendout = -1;
84
85/*
86   multiple alignment parameters
87*/
88float           dna_gap_open = 15.0,  dna_gap_extend = 6.66;
89float           prot_gap_open = 10.0, prot_gap_extend = 0.2;
90sint            profile_type = PROFILE;
91sint            gap_dist = 4;
92sint            output_order   = ALIGNED;
93sint            divergence_cutoff = 30;
94sint        matnum = 3;
95char            mtrxname[FILENAMELEN+1] = "gonnet";
96sint        dnamatnum = 1;
97char            dnamtrxname[FILENAMELEN+1] = "iub";
98char            hyd_residues[] = "GPSNDQEKR";
99Boolean         no_weights = FALSE;
100Boolean         neg_matrix = FALSE;
101Boolean         no_hyd_penalties = FALSE;
102Boolean         no_var_penalties = TRUE;
103Boolean         no_pref_penalties = FALSE;
104Boolean         use_endgaps = FALSE;
105Boolean         endgappenalties = FALSE;
106Boolean         reset_alignments_new  = FALSE;          /* DES */
107Boolean         reset_alignments_all  = FALSE;          /* DES */
108sint            output_struct_penalties = 0;
109sint        struct_penalties1 = NONE;
110sint        struct_penalties2 = NONE;
111Boolean         use_ss1 = TRUE;
112Boolean         use_ss2 = TRUE;
113sint        helix_penalty = 4;
114sint        strand_penalty = 4;
115sint        loop_penalty = 1;
116sint        helix_end_minus = 3;
117sint        helix_end_plus = 0;
118sint        strand_end_minus = 1;
119sint        strand_end_plus = 1;
120sint        helix_end_penalty = 2;
121sint        strand_end_penalty = 2;
122Boolean     use_ambiguities = FALSE;
123
124/*
125   pairwise alignment parameters
126*/
127float           dna_pw_go_penalty = 15.0,  dna_pw_ge_penalty = 6.66;
128float           prot_pw_go_penalty = 10.0, prot_pw_ge_penalty = 0.1;
129sint        pw_matnum = 3;
130char            pw_mtrxname[FILENAMELEN+1] = "gonnet";
131sint        pw_dnamatnum = 1;
132char            pw_dnamtrxname[FILENAMELEN+1] = "iub";
133char     usermtrxname[FILENAMELEN+1], pw_usermtrxname[FILENAMELEN+1];
134char     dnausermtrxname[FILENAMELEN+1], pw_dnausermtrxname[FILENAMELEN+1];
135
136Boolean         quick_pairalign = FALSE;
137float           transition_weight = 0.5;
138sint            new_seq;
139
140/*
141   quick pairwise alignment parameters
142*/
143sint            dna_ktup      = 2;   /* default parameters for DNA */
144sint                    dna_wind_gap  = 5;
145sint                    dna_signif    = 4;
146sint                    dna_window    = 4;
147
148sint            prot_ktup     = 1;   /* default parameters for proteins */
149sint            prot_wind_gap = 3;
150sint            prot_signif   = 5;
151sint            prot_window   = 5;
152Boolean         percent=TRUE;
153Boolean         tossgaps = FALSE;
154Boolean         kimura = FALSE;
155
156
157sint            boot_ntrials  = 1000;
158unsigned sint    boot_ran_seed = 111;
159
160
161sint                    debug = 0;
162
163Boolean         explicit_dnaflag = FALSE; /* Explicit setting of sequence type on comm.line*/
164Boolean         lowercase = TRUE; /* Flag for GDE output - set on comm. line*/
165Boolean         cl_seq_numbers = FALSE;
166
167Boolean         seqRange = FALSE; /* Ramu */
168
169Boolean         output_clustal = TRUE;
170Boolean         output_gcg     = FALSE;
171Boolean         output_phylip  = FALSE;
172Boolean         output_nbrf    = FALSE;
173Boolean         output_gde     = FALSE;
174Boolean         output_nexus   = FALSE;
175Boolean         output_fasta   = FALSE;
176
177Boolean         showaln        = TRUE;
178Boolean         save_parameters = FALSE;
179
180/* DES */
181Boolean         output_tree_clustal   = FALSE;
182Boolean         output_tree_phylip    = TRUE;
183Boolean         output_tree_distances = FALSE;
184Boolean         output_tree_nexus = FALSE;
185Boolean         output_pim = FALSE;
186
187
188sint            bootstrap_format      = BS_BRANCH_LABELS;
189
190/*These are all the positively scoring groups that occur in the Gonnet Pam250
191matrix. There are strong and weak groups, defined as strong score >0.5 and
192weak score =<0.5. Strong matching columns to be assigned ':' and weak matches
193assigned '.' in the clustal output format.
194*/
195
196char *res_cat1[] = {
197                "STA",
198                "NEQK",
199                "NHQK",
200                "NDEQ",
201                "QHRK",
202                "MILV",
203                "MILF",
204                "HY",
205                "FYW",
206                NULL };
207
208char *res_cat2[] = {
209                "CSA",
210                "ATV",
211                "SAG",
212                "STNK",
213                "STPA",
214                "SGND",
215                "SNDEQK",
216                "NDEQHK",
217                "NEQHRK",
218                "FVLIM",
219                "HFY",
220                NULL };
221
222
223
224static char *type_arg[] = {
225                "protein",
226                "dna",
227                ""};
228
229static char *bootlabels_arg[] = {
230                "node",
231                "branch",
232                ""};
233
234static char *outorder_arg[] = {
235                "input",
236                "aligned",
237                ""};
238
239static char *case_arg[] = {
240                "lower",
241                "upper",
242                ""};
243
244static char *seqno_arg[] = {
245                "off",
246                "on",
247                ""};
248
249static char *seqno_range_arg[] = {
250                "off",
251                "on",
252                ""};
253
254static char *score_arg[] = {
255                "percent",
256                "absolute",
257                ""};
258
259static char *output_arg[] = {
260                "gcg",
261                "gde",
262                "pir",
263                "phylip",
264                "nexus",
265                "fasta",
266                ""};
267
268static char *outputtree_arg[] = {
269                "nj",
270                "phylip",
271                "dist",
272                "nexus",
273                ""};
274
275static char *outputsecstr_arg[] = {
276                "structure",
277                "mask",
278                "both",
279                "none",
280                ""};
281
282/*
283     command line initialisation
284
285     type = 0    no argument
286     type = 1    integer argument
287     type = 2    float argument
288     type = 3    string argument
289     type = 4    filename
290     type = 5    opts
291*/
292#define NOARG 0
293#define INTARG 1
294#define FLTARG 2
295#define STRARG 3
296#define FILARG 4
297#define OPTARG 5
298
299
300/* command line switches for DATA       **************************/
301cmd_line_data cmd_line_file[] = {
302     "infile",          &setinfile,             FILARG, NULL,
303     "profile1",        &setprofile1,           FILARG, NULL,
304     "profile2",        &setprofile2,           FILARG, NULL,
305     "",                NULL,                   -1};
306/* command line switches for VERBS      **************************/
307cmd_line_data cmd_line_verb[] = {
308     "help",            &sethelp,               NOARG,  NULL,
309     "check",       &sethelp,                   NOARG,  NULL,
310     "options",         &setoptions,            NOARG,  NULL,
311     "align",           &setalign,              NOARG,  NULL,
312     "newtree",         &setnewtree,            FILARG, NULL,
313     "usetree",         &setusetree,            FILARG, NULL,
314     "newtree1",        &setnewtree1,           FILARG, NULL,
315     "usetree1",        &setusetree1,           FILARG, NULL,
316     "newtree2",        &setnewtree2,           FILARG, NULL,
317     "usetree2",        &setusetree2,           FILARG, NULL,
318     "bootstrap",       &setbootstrap,          NOARG,  NULL,
319     "tree",            &settree,               NOARG,  NULL,
320     "quicktree",       &setquicktree,          NOARG,  NULL,
321     "convert",         &setconvert,            NOARG,  NULL,
322     "interactive",     &setinteractive,        NOARG,  NULL,
323     "batch",           &setbatch,              NOARG,  NULL,
324     "",                NULL,                   -1};
325/* command line switches for PARAMETERS **************************/
326cmd_line_data cmd_line_para[] = {
327     "type",            &settype,               OPTARG, type_arg,
328     "profile", &setprofile,    NOARG,  NULL,
329     "sequences",       &setsequences,  NOARG,  NULL,
330     "matrix",          &setmatrix,             FILARG, NULL,
331     "dnamatrix",       &setdnamatrix,          FILARG, NULL,
332     "negative",        &setnegative,           NOARG,  NULL,
333     "noweights",       &setnoweights,          NOARG,  NULL,
334     "gapopen",         &setgapopen,            FLTARG, NULL,
335     "gapext",          &setgapext,             FLTARG, NULL,
336     "endgaps",         &setuseendgaps,         NOARG,  NULL,
337     "nopgap",          &setnopgap,             NOARG,  NULL,
338     "nohgap",          &setnohgap,             NOARG,  NULL,
339     "novgap",          &setnovgap,             NOARG,  NULL,
340     "hgapresidues",    &sethgapres,            STRARG, NULL,
341     "maxdiv",          &setmaxdiv,             INTARG, NULL,
342
343     "gapdist",         &setgapdist,            INTARG, NULL,
344     "pwmatrix",        &setpwmatrix,           FILARG, NULL,
345     "pwdnamatrix",     &setpwdnamatrix,        FILARG, NULL,
346     "pwgapopen",       &setpwgapopen,          FLTARG, NULL,
347     "pwgapext",        &setpwgapext,           FLTARG, NULL,
348     "ktuple",          &setktuple,             INTARG, NULL,
349     "window",          &setwindow,             INTARG, NULL,
350     "pairgap",         &setpairgap,            INTARG, NULL,
351     "topdiags",        &settopdiags,           INTARG, NULL,
352     "score",           &setscore,              OPTARG, score_arg,
353     "transweight",     &settransweight,        FLTARG, NULL,
354     "seed",            &setseed,               INTARG, NULL,
355     "kimura",          &setkimura,             NOARG,  NULL,
356     "tossgaps",        &settossgaps,           NOARG,  NULL,
357     "bootlabels",      &setbootlabels,         OPTARG, bootlabels_arg,
358     "debug",           &setdebug,              INTARG, NULL,
359     "output",          &setoutput,             OPTARG, output_arg,
360     "outputtree",      &setoutputtree,         OPTARG, outputtree_arg,
361     "outfile",         &setoutfile,            FILARG, NULL,
362     "outorder",        &setoutorder,           OPTARG, outorder_arg,
363     "case",            &setcase,               OPTARG, case_arg,
364     "seqnos",          &setseqno,              OPTARG, seqno_arg,
365
366     "seqno_range",     &setseqno_range,        OPTARG, seqno_range_arg, /* this one should be on/off  and */
367     "range",           &setrange,             STRARG, NULL,  /* this one should be like 10:20  ,   messy option settings */
368
369     "nosecstr1",   &setsecstr1,                NOARG, NULL,
370     "nosecstr2",   &setsecstr2,                NOARG, NULL,
371     "secstrout",   &setsecstroutput,   OPTARG,  outputsecstr_arg,
372     "helixgap",    &sethelixgap,               INTARG, NULL,
373     "strandgap",   &setstrandgap,              INTARG, NULL,
374     "loopgap",     &setloopgap,                INTARG, NULL,
375     "terminalgap", &setterminalgap,    INTARG, NULL,
376     "helixendin",  &sethelixendin,             INTARG, NULL,
377     "helixendout", &sethelixendout,    INTARG, NULL,
378     "strandendin", &setstrandendin,    INTARG, NULL,
379     "strandendout",&setstrandendout,   INTARG, NULL,
380
381     "",                NULL,                   -1};
382
383
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.