source: branches/nameserver/GDE/MUSCLE/src/glbalignsimple.cpp

Last change on this file was 10390, checked in by aboeckma, 12 years ago

added muscle sourcles amd makefile
File size: 9.0 KB
Line 
1#include "muscle.h"
2#include <math.h>
3#include "pwpath.h"
4#include "profile.h"
5#include <stdio.h>
6
7#define TRACE   0
8
9#if     1 // SINGLE_AFFINE
10
11extern bool g_bKeepSimpleDP;
12extern SCORE *g_DPM;
13extern SCORE *g_DPD;
14extern SCORE *g_DPI;
15extern char *g_TBM;
16extern char *g_TBD;
17extern char *g_TBI;
18
19static const char *LocalScoreToStr(SCORE s)
20        {
21        static char str[16];
22        if (s < -100000)
23                return "     *";
24        sprintf(str, "%6.1f", s);
25        return str;
26        }
27
28static void ListTB(const char *TBM_, const ProfPos *PA, const ProfPos *PB,
29  unsigned uPrefixCountA, unsigned uPrefixCountB)
30        {
31        Log("        ");
32        for (unsigned uPrefixLengthB = 0; uPrefixLengthB < uPrefixCountB; ++uPrefixLengthB)
33                {
34                char c = ' ';
35                if (uPrefixLengthB > 0)
36                        c = ConsensusChar(PB[uPrefixLengthB - 1]);
37                Log(" %4u:%c", uPrefixLengthB, c);
38                }
39        Log("\n");
40        for (unsigned uPrefixLengthA = 0; uPrefixLengthA < uPrefixCountA; ++uPrefixLengthA)
41                {
42                char c = ' ';
43                if (uPrefixLengthA > 0)
44                        c = ConsensusChar(PA[uPrefixLengthA - 1]);
45                Log("%4u:%c  ", uPrefixLengthA, c);
46                for (unsigned uPrefixLengthB = 0; uPrefixLengthB < uPrefixCountB; ++uPrefixLengthB)
47                        Log(" %6c", TBM(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB));
48                Log("\n");
49                }
50        }
51
52static void ListDP(const SCORE *DPM_, const ProfPos *PA, const ProfPos *PB,
53  unsigned uPrefixCountA, unsigned uPrefixCountB)
54        {
55        Log("        ");
56        for (unsigned uPrefixLengthB = 0; uPrefixLengthB < uPrefixCountB; ++uPrefixLengthB)
57                {
58                char c = ' ';
59                if (uPrefixLengthB > 0)
60                        c = ConsensusChar(PB[uPrefixLengthB - 1]);
61                Log(" %4u:%c", uPrefixLengthB, c);
62                }
63        Log("\n");
64        for (unsigned uPrefixLengthA = 0; uPrefixLengthA < uPrefixCountA; ++uPrefixLengthA)
65                {
66                char c = ' ';
67                if (uPrefixLengthA > 0)
68                        c = ConsensusChar(PA[uPrefixLengthA - 1]);
69                Log("%4u:%c  ", uPrefixLengthA, c);
70                for (unsigned uPrefixLengthB = 0; uPrefixLengthB < uPrefixCountB; ++uPrefixLengthB)
71                        Log(" %s", LocalScoreToStr(DPM(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB)));
72                Log("\n");
73                }
74        }
75
76SCORE GlobalAlignSimple(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,
77  unsigned uLengthB, PWPath &Path)
78        {
79        assert(uLengthB > 0 && uLengthA > 0);
80
81        SetTermGaps(PA, uLengthA);
82        SetTermGaps(PB, uLengthB);
83
84        const unsigned uPrefixCountA = uLengthA + 1;
85        const unsigned uPrefixCountB = uLengthB + 1;
86
87// Allocate DP matrices
88        const size_t LM = uPrefixCountA*uPrefixCountB;
89        SCORE *DPL_ = new SCORE[LM];
90        SCORE *DPM_ = new SCORE[LM];
91        SCORE *DPD_ = new SCORE[LM];
92        SCORE *DPI_ = new SCORE[LM];
93
94        char *TBM_ = new char[LM];
95        char *TBD_ = new char[LM];
96        char *TBI_ = new char[LM];
97
98        memset(TBM_, '?', LM);
99        memset(TBD_, '?', LM);
100        memset(TBI_, '?', LM);
101
102        DPM(0, 0) = 0;
103        DPD(0, 0) = MINUS_INFINITY;
104        DPI(0, 0) = MINUS_INFINITY;
105
106        DPM(1, 0) = MINUS_INFINITY;
107        DPD(1, 0) = PA[0].m_scoreGapOpen;
108        TBD(1, 0) = 'D';
109        DPI(1, 0) = MINUS_INFINITY;
110
111        DPM(0, 1) = MINUS_INFINITY;
112        DPD(0, 1) = MINUS_INFINITY;
113        DPI(0, 1) = PB[0].m_scoreGapOpen;
114        TBI(0, 1) = 'I';
115
116// Empty prefix of B is special case
117        for (unsigned uPrefixLengthA = 2; uPrefixLengthA < uPrefixCountA; ++uPrefixLengthA)
118                {
119        // M=LetterA+LetterB, impossible with empty prefix
120                DPM(uPrefixLengthA, 0) = MINUS_INFINITY;
121
122        // D=LetterA+GapB
123                DPD(uPrefixLengthA, 0) = DPD(uPrefixLengthA - 1, 0) + g_scoreGapExtend;
124                TBD(uPrefixLengthA, 0) = 'D';
125
126        // I=GapA+LetterB, impossible with empty prefix
127                DPI(uPrefixLengthA, 0) = MINUS_INFINITY;
128                }
129
130// Empty prefix of A is special case
131        for (unsigned uPrefixLengthB = 2; uPrefixLengthB < uPrefixCountB; ++uPrefixLengthB)
132                {
133        // M=LetterA+LetterB, impossible with empty prefix
134                DPM(0, uPrefixLengthB) = MINUS_INFINITY;
135
136        // D=LetterA+GapB, impossible with empty prefix
137                DPD(0, uPrefixLengthB) = MINUS_INFINITY;
138
139        // I=GapA+LetterB
140                DPI(0, uPrefixLengthB) = DPI(0, uPrefixLengthB - 1) + g_scoreGapExtend;
141                TBI(0, uPrefixLengthB) = 'I';
142                }
143
144// Special case to agree with NWFast, no D-I transitions so...
145        DPD(uLengthA, 0) = MINUS_INFINITY;
146//      DPI(0, uLengthB) = MINUS_INFINITY;
147
148// ============
149// Main DP loop
150// ============
151        SCORE scoreGapCloseB = MINUS_INFINITY;
152        for (unsigned uPrefixLengthB = 1; uPrefixLengthB < uPrefixCountB; ++uPrefixLengthB)
153                {
154                const ProfPos &PPB = PB[uPrefixLengthB - 1];
155
156                SCORE scoreGapCloseA = MINUS_INFINITY;
157                for (unsigned uPrefixLengthA = 1; uPrefixLengthA < uPrefixCountA; ++uPrefixLengthA)
158                        {
159                        const ProfPos &PPA = PA[uPrefixLengthA - 1];
160
161                        {
162                // Match M=LetterA+LetterB
163                        SCORE scoreLL = ScoreProfPos2(PPA, PPB);
164                        DPL(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = scoreLL;
165
166                        SCORE scoreMM = DPM(uPrefixLengthA-1, uPrefixLengthB-1);
167                        SCORE scoreDM = DPD(uPrefixLengthA-1, uPrefixLengthB-1) + scoreGapCloseA;
168                        SCORE scoreIM = DPI(uPrefixLengthA-1, uPrefixLengthB-1) + scoreGapCloseB;
169
170                        SCORE scoreBest;
171                        if (scoreMM >= scoreDM && scoreMM >= scoreIM)
172                                {
173                                scoreBest = scoreMM;
174                                TBM(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = 'M';
175                                }
176                        else if (scoreDM >= scoreMM && scoreDM >= scoreIM)
177                                {
178                                scoreBest = scoreDM;
179                                TBM(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = 'D';
180                                }
181                        else 
182                                {
183                                assert(scoreIM >= scoreMM && scoreIM >= scoreDM);
184                                scoreBest = scoreIM;
185                                TBM(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = 'I';
186                                }
187                        DPM(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = scoreBest + scoreLL;
188                        }
189
190                        {
191                // Delete D=LetterA+GapB
192                        SCORE scoreMD = DPM(uPrefixLengthA-1, uPrefixLengthB) +
193                          PA[uPrefixLengthA-1].m_scoreGapOpen;
194                        SCORE scoreDD = DPD(uPrefixLengthA-1, uPrefixLengthB) + g_scoreGapExtend;
195
196                        SCORE scoreBest;
197                        if (scoreMD >= scoreDD)
198                                {
199                                scoreBest = scoreMD;
200                                TBD(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = 'M';
201                                }
202                        else
203                                {
204                                assert(scoreDD >= scoreMD);
205                                scoreBest = scoreDD;
206                                TBD(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = 'D';
207                                }
208                        DPD(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = scoreBest;
209                        }
210
211                // Insert I=GapA+LetterB
212                        {
213                        SCORE scoreMI = DPM(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB-1) +
214                          PB[uPrefixLengthB - 1].m_scoreGapOpen;
215                        SCORE scoreII = DPI(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB-1) + g_scoreGapExtend;
216
217                        SCORE scoreBest;
218                        if (scoreMI >= scoreII)
219                                {
220                                scoreBest = scoreMI;
221                                TBI(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = 'M';
222                                }
223                        else 
224                                {
225                                assert(scoreII > scoreMI);
226                                scoreBest = scoreII;
227                                TBI(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = 'I';
228                                }
229                        DPI(uPrefixLengthA, uPrefixLengthB) = scoreBest;
230                        }
231
232                        scoreGapCloseA = PPA.m_scoreGapClose;
233                        }
234                scoreGapCloseB = PPB.m_scoreGapClose;
235                }
236
237#if TRACE
238        Log("\n");
239        Log("Simple DPL:\n");
240        ListDP(DPL_, PA, PB, uPrefixCountA, uPrefixCountB);
241        Log("\n");
242        Log("Simple DPM:\n");
243        ListDP(DPM_, PA, PB, uPrefixCountA, uPrefixCountB);
244        Log("\n");
245        Log("Simple DPD:\n");
246        ListDP(DPD_, PA, PB, uPrefixCountA, uPrefixCountB);
247        Log("\n");
248        Log("Simple DPI:\n");
249        ListDP(DPI_, PA, PB, uPrefixCountA, uPrefixCountB);
250        Log("\n");
251        Log("Simple TBM:\n");
252        ListTB(TBM_, PA, PB, uPrefixCountA, uPrefixCountB);
253        Log("\n");
254        Log("Simple TBD:\n");
255        ListTB(TBD_, PA, PB, uPrefixCountA, uPrefixCountB);
256        Log("\n");
257        Log("Simple TBI:\n");
258        ListTB(TBI_, PA, PB, uPrefixCountA, uPrefixCountB);
259#endif
260
261// Trace-back
262// ==========
263        Path.Clear();
264
265// Find last edge
266        SCORE M = DPM(uLengthA, uLengthB);
267        SCORE D = DPD(uLengthA, uLengthB) + PA[uLengthA-1].m_scoreGapClose;
268        SCORE I = DPI(uLengthA, uLengthB) + PB[uLengthB-1].m_scoreGapClose;
269        char cEdgeType = '?';
270
271        SCORE BestScore = MINUS_INFINITY;
272        if (M >= D && M >= I)
273                {
274                cEdgeType = 'M';
275                BestScore = M;
276                }
277        else if (D >= M && D >= I)
278                {
279                cEdgeType = 'D';
280                BestScore = D;
281                }
282        else 
283                {
284                assert(I >= M && I >= D);
285                cEdgeType = 'I';
286                BestScore = I;
287                }
288
289#if     TRACE
290        Log("Simple: MAB=%.4g DAB=%.4g IAB=%.4g best=%c\n", M, D, I, cEdgeType);
291#endif
292
293        unsigned PLA = uLengthA;
294        unsigned PLB = uLengthB;
295        for (;;)
296                {
297                PWEdge Edge;
298                Edge.cType = cEdgeType;
299                Edge.uPrefixLengthA = PLA;
300                Edge.uPrefixLengthB = PLB;
301#if     TRACE
302                Log("Prepend %c%d.%d\n", Edge.cType, PLA, PLB);
303#endif
304                Path.PrependEdge(Edge);
305
306                switch (cEdgeType)
307                        {
308                case 'M':
309                        assert(PLA > 0);
310                        assert(PLB > 0);
311                        cEdgeType = TBM(PLA, PLB);
312                        --PLA;
313                        --PLB;
314                        break;
315
316                case 'D':
317                        assert(PLA > 0);
318                        cEdgeType = TBD(PLA, PLB);
319                        --PLA;
320                        break;
321
322                case 'I':
323                        assert(PLB > 0);
324                        cEdgeType = TBI(PLA, PLB);
325                        --PLB;
326                        break;
327               
328                default:
329                        Quit("Invalid edge %c", cEdgeType);
330                        }
331                if (0 == PLA && 0 == PLB)
332                        break;
333                }
334        Path.Validate();
335
336//      SCORE Score = TraceBack(PA, uLengthA, PB, uLengthB, DPM_, DPD_, DPI_, Path);
337
338#if     TRACE
339        SCORE scorePath = FastScorePath2(PA, uLengthA, PB, uLengthB, Path);
340        Path.LogMe();
341        Log("Score = %s Path = %s\n", LocalScoreToStr(BestScore), LocalScoreToStr(scorePath));
342#endif
343
344        if (g_bKeepSimpleDP)
345                {
346                g_DPM = DPM_;
347                g_DPD = DPD_;
348                g_DPI = DPI_;
349
350                g_TBM = TBM_;
351                g_TBD = TBD_;
352                g_TBI = TBI_;
353                }
354        else
355                {
356                delete[] DPM_;
357                delete[] DPD_;
358                delete[] DPI_;
359
360                delete[] TBM_;
361                delete[] TBD_;
362                delete[] TBI_;
363                }
364
365        return BestScore;
366        }
367
368#endif // SINLGLE_AFFINE
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.