source: branches/nameserver/GDE/RAxML/globalVariables.h

Last change on this file was 10409, checked in by aboeckma, 12 years ago

Updated raxml to current version
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.7 KB
Line 
1/*  RAxML-VI-HPC (version 2.2) a program for sequential and parallel estimation of phylogenetic trees
2 *  Copyright August 2006 by Alexandros Stamatakis
3 *
4 *  Partially derived from
5 *  fastDNAml, a program for estimation of phylogenetic trees from sequences by Gary J. Olsen
6 * 
7 *  and
8 *
9 *  Programs of the PHYLIP package by Joe Felsenstein.
10 *
11 *  This program is free software; you may redistribute it and/or modify its
12 *  under the terms of the GNU General Public License as published by the Free
13 *  Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option)
14 *  any later version.
15 *
16 *  This program is distributed in the hope that it will be useful, but
17 *  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
18 *  or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
19 *  for more details.
20 *
21 *
22 *  For any other enquiries send an Email to Alexandros Stamatakis
23 *  Alexandros.Stamatakis@epfl.ch
24 *
25 *  When publishing work that is based on the results from RAxML-VI-HPC please cite:
26 *
27 *  Alexandros Stamatakis:"RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models".
28 *  Bioinformatics 2006; doi: 10.1093/bioinformatics/btl446
29 */
30
31#if (defined(_WAYNE_MPI) || defined (_QUARTET_MPI))
32int processes;
33#endif
34
35int processID;
36infoList iList;
37FILE   *INFILE;
38
39int Thorough = 0;
40
41int globalArgc;
42char **globalArgv;
43
44char run_id[128] = "", 
45  workdir[1024] = "", 
46  seq_file[1024] = "", 
47  tree_file[1024]="", 
48  verboseSplitsFileName[1024] = "",
49  weightFileName[1024] = "", 
50  modelFileName[1024] = "", 
51  excludeFileName[1024] = "",
52  bootStrapFile[1024] = "", 
53  permFileName[1024] = "", 
54  resultFileName[1024] = "", 
55  logFileName[1024] = "", 
56  checkpointFileName[1024] = "", 
57  infoFileName[1024] = "", 
58  randomFileName[1024] = "",   
59  bootstrapFileName[1024] = "", 
60  bootstrapFileNamePID[1024] = "",
61  bipartitionsFileName[1024] = "",
62  bipartitionsFileNameBranchLabels[1024] = "",
63  icFileNameBranchLabels[1024] = "",
64  ratesFileName[1024] = "", 
65  perSiteLLsFileName[1024] = "", 
66  lengthFileName[1024] = "", 
67  lengthFileNameModel[1024] = "",
68  proteinModelFileName[1024] = "",
69  secondaryStructureFileName[1024] = "",
70  binaryModelParamsOutputFileName[1024] = "",
71  binaryModelParamsInputFileName[1024] = "",
72  quartetGroupingFileName[1024];
73
74
75
76
77
78char *protModels[NUM_PROT_MODELS] = {"DAYHOFF", "DCMUT", "JTT", "MTREV", "WAG", "RTREV", "CPREV", "VT", 
79                                     "BLOSUM62", "MTMAM", "LG", "MTART", "MTZOA", "PMB", "HIVB", "HIVW", 
80                                     "JTTDCMUT", "FLU",  "DUMMY", "DUMMY2", "AUTO", "LG4M", "LG4X", "PROT_FILE", "GTR_UNLINKED", "GTR"};
81
82const char binaryStateNames[2]   = {'0', '1'};
83const char dnaStateNames[4]      = {'A', 'C', 'G', 'T'};
84const char protStateNames[20]    = {'A','R', 'N', 'D', 'C', 'Q', 'E', 'G', 'H', 
85                                    'I', 'L', 'K', 'M', 'F', 'P', 'S', 'T', 'W', 
86                                    'Y', 'V'};
87const char genericStateNames[32] = {'0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', 
88                                    '8', '9', 'A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F',
89                                    'G', 'H', 'I', 'J', 'K', 'L', 'M', 'N',
90                                    'O', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'U', 'V'};
91
92const char inverseMeaningBINARY[4] = {'_', '0', '1', '-'};
93const char inverseMeaningDNA[16]   = {'_', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', '-'};
94const char inverseMeaningPROT[23]  = {'A','R', 'N', 'D', 'C', 'Q', 'E', 'G', 'H', 'I', 'L', 'K', 'M', 'F', 'P', 'S', 
95                               'T', 'W', 'Y', 'V', 'B', 'Z', '-'};
96const char inverseMeaningGeneric32[33] = {'0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', 
97                                    '8', '9', 'A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F',
98                                    'G', 'H', 'I', 'J', 'K', 'L', 'M', 'N',
99                                    'O', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'U', 'V',
100                                    '-'};
101const char inverseMeaningGeneric64[33] = {'0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', 
102                                    '8', '9', 'A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F',
103                                    'G', 'H', 'I', 'J', 'K', 'L', 'M', 'N',
104                                    'O', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'U', 'V',
105                                    '-'};
106
107const unsigned int bitVectorIdentity[256] = {0 ,1 ,2 ,3 ,4 ,5 ,6 ,7 ,8 ,9 ,10 ,11 ,12 ,13 ,14 ,15 ,16 ,17 ,18 ,19 ,20 ,21 ,22 ,23 ,24 ,25 ,26 ,
108                                             27 ,28 ,29 ,30 ,31 ,32 ,33 ,34 ,35 ,36 ,37 ,38 ,39 ,40 ,41 ,42 ,43 ,44 ,45 ,46 ,47 ,48 ,49 ,50 ,51 ,
109                                             52 ,53 ,54 ,55 ,56 ,57 ,58 ,59 ,60 ,61 ,62 ,63 ,64 ,65 ,66 ,67 ,68 ,69 ,70 ,71 ,72 ,73 ,74 ,75 ,76 ,
110                                             77 ,78 ,79 ,80 ,81 ,82 ,83 ,84 ,85 ,86 ,87 ,88 ,89 ,90 ,91 ,92 ,93 ,94 ,95 ,96 ,97 ,98 ,99 ,100 ,101 ,
111                                             102 ,103 ,104 ,105 ,106 ,107 ,108 ,109 ,110 ,111 ,112 ,113 ,114 ,115 ,116 ,117 ,118 ,119 ,120 ,121 ,122 ,
112                                             123 ,124 ,125 ,126 ,127 ,128 ,129 ,130 ,131 ,132 ,133 ,134 ,135 ,136 ,137 ,138 ,139 ,140 ,141 ,142 ,143 ,
113                                             144 ,145 ,146 ,147 ,148 ,149 ,150 ,151 ,152 ,153 ,154 ,155 ,156 ,157 ,158 ,159 ,160 ,161 ,162 ,163 ,164 ,
114                                             165 ,166 ,167 ,168 ,169 ,170 ,171 ,172 ,173 ,174 ,175 ,176 ,177 ,178 ,179 ,180 ,181 ,182 ,183 ,184 ,185 ,
115                                             186 ,187 ,188 ,189 ,190 ,191 ,192 ,193 ,194 ,195 ,196 ,197 ,198 ,199 ,200 ,201 ,202 ,203 ,204 ,205 ,206 ,
116                                             207 ,208 ,209 ,210 ,211 ,212 ,213 ,214 ,215 ,216 ,217 ,218 ,219 ,220 ,221 ,222 ,223 ,224 ,225 ,226 ,227 ,
117                                             228 ,229 ,230 ,231 ,232 ,233 ,234 ,235 ,236 ,237 ,238 ,239 ,240 ,241 ,242 ,243 ,244 ,245 ,246 ,247 ,248 ,
118                                             249 ,250 ,251 ,252 ,253 ,254 ,255};
119
120
121
122const unsigned int bitVectorAA[23] = {1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, 
123                                      256, 512, 1024, 2048, 4096, 
124                                      8192, 16384, 32768, 65536, 131072, 262144, 
125                                      524288, 12 /* N | D */, 96 /*Q | E*/, 1048575 /* - */};
126
127const unsigned int bitVectorSecondary[256] = {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 
128                                              10, 11, 12, 13, 14, 15, 0, 16, 32, 48, 64, 80, 96, 112, 128, 144, 160, 176, 192, 
129                                              208, 224, 240, 0, 17, 34, 51, 68, 85, 102, 119, 136, 153, 170, 187, 204, 221, 238, 
130                                              255, 0, 256, 512, 768, 1024, 1280, 1536, 1792, 2048, 2304, 2560, 2816, 3072, 3328, 
131                                              3584, 3840, 0, 257, 514, 771, 1028, 1285, 1542, 1799, 2056, 2313, 2570, 2827, 3084, 
132                                              3341, 3598, 3855, 0, 272, 544, 816, 1088, 1360, 1632, 1904, 2176, 2448, 2720, 2992, 
133                                              3264, 3536, 3808, 4080, 0, 273, 546, 819, 1092, 1365, 1638, 1911, 2184, 2457, 2730, 
134                                              3003, 3276, 3549, 3822, 4095, 0, 4096, 8192, 12288, 16384, 20480, 24576, 28672, 32768, 
135                                              36864, 40960, 45056, 49152, 53248, 57344, 61440, 0, 4097, 8194, 12291, 16388, 20485, 24582, 
136                                              28679, 32776, 36873, 40970, 45067, 49164, 53261, 57358, 61455, 0, 4112, 8224, 12336, 16448, 
137                                              20560, 24672, 28784, 32896, 37008, 41120, 45232, 49344, 53456, 57568, 61680, 0, 4113, 8226, 
138                                              12339, 16452, 20565, 24678, 28791, 32904, 37017, 41130, 45243, 49356, 53469, 57582, 61695, 
139                                              0, 4352, 8704, 13056, 17408, 21760, 26112, 30464, 34816, 39168, 43520, 47872, 52224, 56576, 
140                                              60928, 65280, 0, 4353, 8706, 13059, 17412, 21765, 26118, 30471, 34824, 39177, 43530, 47883, 
141                                              52236, 56589, 60942, 65295, 0, 4368, 8736, 13104, 17472, 21840, 26208, 30576, 34944, 39312, 
142                                              43680, 48048, 52416, 56784, 61152, 65520, 0, 4369, 8738, 13107, 17476, 21845, 26214, 30583, 
143                                              34952, 39321, 43690, 48059, 52428, 56797, 61166, 65535};
144
145const unsigned int bitVector32[33] = {1,     2,    4,    8,   16,   32,    64,   128,
146                                      256, 512, 1024, 2048, 4096, 8192, 16384, 32768,
147                                      65536, 131072, 262144, 524288, 1048576, 2097152, 4194304, 8388608,
148                                      16777216, 33554432, 67108864, 134217728, 268435456, 536870912, 1073741824, 2147483648u, 
149                                      4294967295u};
150
151/*const unsigned int bitVector64[65] = {};*/
152
153const unsigned int mask32[32] = {1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, 4096, 8192, 16384, 32768, 65536, 131072, 
154                                        262144, 524288, 1048576, 2097152, 4194304, 8388608, 16777216, 33554432, 67108864, 134217728, 
155                                        268435456, 536870912, 1073741824, 2147483648U};
156
157const char *secondaryModelList[21] = { "S6A (GTR)", "S6B", "S6C", "S6D", "S6E", "S7A (GTR)", "S7B", "S7C", "S7D", "S7E", "S7F", "S16 (GTR)", "S16A", "S16B", "S16C", 
158                                       "S16D", "S16E", "S16F", "S16I", "S16J", "S16K"};
159
160double masterTime;
161int partCount = 0;
162int optimizeRateCategoryInvocations = 1;
163
164
165
166
167
168partitionLengths pLengths[MAX_MODEL] = {
169 
170  /* BINARY */
171  {4,   4, 1,  4,  2, 1, 2,  8, 2, 2, FALSE, 3, inverseMeaningBINARY, 2, FALSE, bitVectorIdentity},
172 
173  /* DNA */
174  {16, 16, 3, 16, 12, 6, 4, 64, 6, 4, FALSE, 15, inverseMeaningDNA, 4, FALSE, bitVectorIdentity},
175       
176  /* AA */
177  {400, 400, 19, 400, 380, 190, 20, 460, 190, 20, FALSE, 22, inverseMeaningPROT, 20, TRUE, bitVectorAA},
178 
179  /* SECONDARY_DATA */
180
181  {256, 256, 15, 256, 240, 120, 16, 4096, 120, 16, FALSE, 255, (char*)NULL, 16, TRUE, bitVectorSecondary},
182
183 
184  /* SECONDARY_DATA_6 */
185  {36, 36, 5, 36, 30, 15, 6, 384, 15, 6, FALSE, 63, (char*)NULL, 6, TRUE, bitVectorIdentity},
186
187 
188  /* SECONDARY_DATA_7 */
189  {49,   49,    6,   49, 42,  21, 7, 896, 21, 7, FALSE, 127, (char*)NULL, 7, TRUE, bitVectorIdentity},
190
191  /* 32 states */
192  {1024, 1024, 31, 1024, 992, 496, 32, 1056, 496, 32, FALSE, 32, inverseMeaningGeneric32, 32, TRUE, bitVector32},
193 
194  /* 64 states */
195  {4096, 4096, 63, 4096, 4032, 2016, 64, 4160, 64, 2016, FALSE, 64, (char*)NULL, 64, TRUE, (unsigned int*)NULL}
196};
197
198partitionLengths pLength;
199
200     
201
202
203
204
205#ifdef _USE_PTHREADS
206volatile int             NumberOfJobs;
207volatile int             jobCycle;
208volatile int             threadJob;
209volatile int             NumberOfThreads;
210
211
212volatile double          *reductionBuffer;
213volatile double          *reductionBufferTwo;
214volatile double          *reductionBufferThree;
215volatile int             *reductionBufferParsimony;
216volatile char             *barrierBuffer;
217
218volatile branchInfo      **branchInfos;
219pthread_mutex_t          mutex;
220#endif
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.