source: branches/nameserver/GENOM/GEN_map.cxx

Last change on this file was 18125, checked in by westram, 5 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 70.7 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : GEN_map.cxx                                       //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in 2001           //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
8//   http://www.arb-home.de/                                       //
9//                                                                 //
10// =============================================================== //
11
12#include "GEN_local.hxx"
13#include "GEN_gene.hxx"
14#include "GEN_graphic.hxx"
15#include "GEN_nds.hxx"
16#include "EXP_local.hxx"
17
18#include <dbui.h>
19#include <db_query.h>
20
21#include <awt.hxx>
22#include <awt_prompt.hxx>
23#include <awt_input_mask.hxx>
24
25#include <aw_preset.hxx>
26#include <aw_awars.hxx>
27#include <aw_question.hxx>
28#include <AW_rename.hxx>
29#include <aw_msg.hxx>
30#include <aw_root.hxx>
31
32#include <adGene.h>
33#include <ad_cb.h>
34
35#include <arb_progress.h>
36#include <rootAsWin.h>
37#include <mode_text.h>
38
39#include <map>
40
41using namespace std;
42
43extern GBDATA *GLOBAL_gb_main;
44
45// -----------------------
46//      GEN_map_window
47
48class GEN_map_window : public AW_window_menu_modes { // derived from a Noncopyable
49    int          window_nr;
50    GEN_graphic *gen_graphic;
51    AWT_canvas  *gen_canvas;
52
53public:
54    GEN_map_window(int window_nr_) :
55        AW_window_menu_modes(),
56        window_nr(window_nr_),
57        gen_graphic(NULp),
58        gen_canvas(NULp)
59    {}
60
61    void init(AW_root *root, GBDATA *gb_main);
62
63    GEN_graphic *get_graphic() const { gen_assert(gen_graphic); return gen_graphic; }
64    AWT_canvas *get_canvas() const { gen_assert(gen_canvas); return gen_canvas; }
65    int get_nr() const { return window_nr; }
66
67    GBDATA *get_gb_main() const { return get_canvas()->gb_main; }
68};
69
70// ------------------------
71//      GEN_map_manager
72
73DECLARE_CBTYPE_FVV_AND_BUILDERS(GenmapWindowCallback, void, GEN_map_window*); // generates makeGenmapWindowCallback
74
75class GEN_map_manager : virtual Noncopyable {
76    static AW_root         *aw_root;
77    static GBDATA          *gb_main;
78    static GEN_map_manager *the_manager;            // there can be only one!
79
80    int              window_counter;
81    GEN_map_window **windows;   // array of managed windows
82    int              windows_size; // size of 'windows' array
83
84public:
85
86    GEN_map_manager();
87
88    static bool initialized() { return aw_root; }
89    static void initialize(AW_root *aw_root_, GBDATA *gb_main_) { aw_root = aw_root_; gb_main = gb_main_; }
90
91    static GEN_map_manager *get_map_manager();
92
93    GEN_map_window *get_map_window(int nr);
94
95    int no_of_managed_windows() { return window_counter; }
96
97    static void with_all_mapped_windows(const GenmapWindowCallback& gwcb);
98    static void with_all_mapped_windows(void (*cb)(GEN_map_window*)) { with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(cb)); }
99};
100
101// ____________________________________________________________
102// start of implementation of class GEN_map_manager:
103
104AW_root         *GEN_map_manager::aw_root     = NULp;
105GBDATA          *GEN_map_manager::gb_main     = NULp;
106GEN_map_manager *GEN_map_manager::the_manager = NULp;
107
108GEN_map_manager::GEN_map_manager() :
109    window_counter(0),
110    windows(new GEN_map_window *[5]),
111    windows_size(5)
112{
113    gen_assert(!the_manager);   // only one instance allowed
114    the_manager = this;
115}
116
117GEN_map_manager *GEN_map_manager::get_map_manager() {
118    if (!the_manager) {
119        gen_assert(aw_root);    // call initialize() before!
120        new GEN_map_manager;  // sets the manager
121        gen_assert(the_manager);
122    }
123    return the_manager;
124}
125
126void GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(const GenmapWindowCallback& gwcb) {
127    if (aw_root) { // no genemap opened yet
128        GEN_map_manager *mm       = get_map_manager();
129        int              winCount = mm->no_of_managed_windows();
130        for (int nr = 0; nr<winCount; ++nr) {
131            gwcb(mm->get_map_window(nr));
132        }
133    }
134}
135
136GEN_map_window *GEN_map_manager::get_map_window(int nr) {
137    gen_assert(aw_root);
138    gen_assert(nr >= 0);
139    if (nr<window_counter) {
140        return windows[nr]; // window has already been created before
141    }
142
143    gen_assert(nr == window_counter); // increase nr sequentially!
144
145    window_counter++;
146    if (window_counter>windows_size) {
147        int             new_windows_size = windows_size+5;
148        GEN_map_window **new_windows      = new GEN_map_window*[new_windows_size];
149
150        for (int i = 0; i<windows_size; ++i) new_windows[i] = windows[i];
151
152        delete [] windows;
153        windows      = new_windows;
154        windows_size = new_windows_size;
155    }
156
157    gen_assert(nr<windows_size);
158
159    windows[nr] = new GEN_map_window(nr);
160    windows[nr]->init(aw_root, gb_main);
161
162    return windows[nr];
163}
164
165// -end- of implementation of class GEN_map_manager.
166
167
168
169const char *GEN_window_local_awar_name(const char *awar_name, int window_nr) {
170    return GBS_global_string("%s_%i", awar_name, window_nr);
171}
172
173static void reinit_NDS_4_window(GEN_map_window *win) {
174    AWT_auto_refresh allowed_on(win->get_canvas());
175    win->get_graphic()->get_gen_root()->reinit_NDS();
176    win->get_canvas()->request_refresh();
177}
178
179static void GEN_NDS_changed(GBDATA *gb_viewkey) {
180    GBDATA *gb_main = GB_get_root(gb_viewkey);
181    GEN_make_node_text_init(gb_main);
182    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(reinit_NDS_4_window);
183}
184
185struct gene_container_changed_cb_data {
186    AWT_canvas  *canvas;
187    GEN_graphic *graphic;
188    GBDATA      *gb_gene_data; // callback was installed for this gene_data
189
190    gene_container_changed_cb_data() : canvas(NULp), graphic(NULp), gb_gene_data(NULp) {}
191    gene_container_changed_cb_data(AWT_canvas *canvas_, GEN_graphic *graphic_, GBDATA *gb_gene_data_) :
192        canvas(canvas_),
193        graphic(graphic_),
194        gb_gene_data(gb_gene_data_)
195    {}
196};
197
198static void GEN_gene_container_changed_cb(GBDATA*, gene_container_changed_cb_data *cb_data) {
199    AWT_auto_refresh allowed_on(cb_data->canvas);
200    cb_data->graphic->reinit_gen_root(cb_data->canvas, true);
201    cb_data->canvas->request_refresh();
202}
203
204int GEN_find_windowNr_for(GEN_graphic *wanted_graphic) {
205    // returns window_nr of GEN_map_window using 'wanted_graphic' (or -1)
206    if (GEN_map_manager::initialized()) {
207        GEN_map_manager *mapman = GEN_map_manager::get_map_manager();
208        for (int window_nr = 0; window_nr<mapman->no_of_managed_windows(); ++window_nr) {
209            GEN_map_window *mapwin = mapman->get_map_window(window_nr);
210            if (mapwin && mapwin->get_graphic() == wanted_graphic) {
211                return window_nr;
212            }
213        }
214    }
215    return -1;
216}
217
218inline GBDATA *GEN_get_local_gene_data(GEN_graphic *gg) {
219    int window_nr = GEN_find_windowNr_for(gg);
220    gen_assert(window_nr>=0);
221
222    GBDATA *gb_gene_data = NULp;
223    if (window_nr>=0) {
224        const char *organism = gg->get_aw_root()->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->read_char_pntr();
225        if (organism) {
226            GBDATA *gb_main              = gg->get_gb_main();
227            GBDATA *gb_species           = GBT_find_species(gb_main, organism);
228            if (gb_species) gb_gene_data = GEN_expect_gene_data(gb_species);
229        }
230    }
231
232    return gb_gene_data;
233}
234
235
236static void GEN_gene_container_cb_installer(CbInstallMode install, AWT_canvas *gmw, GEN_graphic *gg) {
237    typedef map<GEN_graphic*, gene_container_changed_cb_data> callback_dict;
238    static callback_dict                                      installed_callbacks;
239
240    callback_dict::iterator found = installed_callbacks.find(gg);
241    if (found == installed_callbacks.end()) {
242        gen_assert(install == INSTALL_CBS); // if not installing -> entry has to exist!
243        installed_callbacks[gg] = gene_container_changed_cb_data(gmw, gg, NULp);
244        found                   = installed_callbacks.find(gg);
245        gen_assert(found != installed_callbacks.end());
246    }
247
248    gene_container_changed_cb_data *curr_cb_data = &(found->second);
249
250    switch (install) {
251        case INSTALL_CBS: {
252            gen_assert(!curr_cb_data->gb_gene_data); // NULp means : no callback installed
253
254            GBDATA         *gb_main = gg->get_gb_main();
255            GB_transaction  ta(gb_main);
256
257            curr_cb_data->gb_gene_data = GEN_get_local_gene_data(gg);
258
259            if (curr_cb_data->gb_gene_data) {
260                GB_add_callback(curr_cb_data->gb_gene_data, GB_CB_CHANGED_OR_DELETED, makeDatabaseCallback(GEN_gene_container_changed_cb, curr_cb_data));
261            }
262            break;
263        }
264        case REMOVE_CBS: {
265            if (curr_cb_data->gb_gene_data) { // if callback is installed
266                GB_remove_callback(curr_cb_data->gb_gene_data, GB_CB_CHANGED_OR_DELETED, makeDatabaseCallback(GEN_gene_container_changed_cb, curr_cb_data));
267                curr_cb_data->gb_gene_data = NULp;
268            }
269            break;
270        }
271        case FORGET_CBS: {
272            curr_cb_data->gb_gene_data = NULp;
273            break;
274        }
275    }
276}
277
278static void GEN_jump_cb(AW_window *aww, bool force_center_if_fits) {
279    // force_center_if_fits==true => center gene if it fits into display
280    GEN_map_window *win = DOWNCAST(GEN_map_window*, aww);
281
282    AW_device             *device = win->get_graphic()->get_device();
283    const AW_screen_area&  screen = device->get_area_size();
284#if defined(DEBUG)
285    printf("Window %i: screen is: %i/%i -> %i/%i\n", win->get_nr(), screen.l, screen.t, screen.r, screen.b);
286#endif // DEBUG
287
288    AWT_canvas *canvas = win->get_canvas();
289    AWT_auto_refresh allowed_on(canvas);
290    const GEN_root *gen_root = win->get_graphic()->get_gen_root();
291    if (gen_root) {
292        const AW::Rectangle& wrange = gen_root->get_selected_range();
293
294        if (wrange.valid()) {
295#if defined(DEBUG)
296            printf("Window %i: Draw world range of selected gene is: %f/%f -> %f/%f\n",
297                   win->get_nr(), wrange.left(), wrange.top(), wrange.right(), wrange.bottom());
298#endif // DEBUG
299
300            AW::Rectangle srange = device->transform(wrange);
301#if defined(DEBUG)
302            printf("Window %i: Draw screen range of selected gene is: %f/%f -> %f/%f\n",
303                   win->get_nr(), srange.left(), srange.top(), srange.right(), srange.bottom());
304#endif // DEBUG
305
306            int         scrollx = 0;
307            int         scrolly = 0;
308
309            if (srange.top() < 0) {
310                scrolly = AW_INT(srange.top())-2;
311            }
312            else if (srange.bottom() > screen.b) {
313                scrolly = AW_INT(srange.bottom())-screen.b+2;
314            }
315            if (srange.left() < 0) {
316                scrollx = AW_INT(srange.left())-2;
317            }
318            else if (srange.right() > screen.r) {
319                scrollx = AW_INT(srange.right())-screen.r+2;
320            }
321
322            if (force_center_if_fits) {
323                if (!scrollx) { // no scrolling needed, i.e. gene fits onto display horizontally
324                    int gene_center_x   = AW_INT((srange.left()+srange.right())/2);
325                    int screen_center_x = (screen.l+screen.r)/2;
326                    scrollx             = gene_center_x-screen_center_x;
327#if defined(DEBUG)
328                    printf("center x\n");
329#endif // DEBUG
330                }
331                if (!scrolly) { // no scrolling needed, i.e. gene fits onto display vertically
332                    int gene_center_y   = AW_INT((srange.top()+srange.bottom())/2);
333                    int screen_center_y = (screen.t+screen.b)/2;
334                    scrolly             = gene_center_y-screen_center_y;
335#if defined(DEBUG)
336                    printf("center y\n");
337#endif // DEBUG
338                }
339            }
340
341#if defined(DEBUG)
342            printf("scroll %i/%i\n", scrollx, scrolly);
343#endif // DEBUG
344
345            canvas->scroll(scrollx, scrolly);
346        }
347    }
348    canvas->request_refresh();
349}
350
351static void GEN_jump_cb_auto(AW_root *root, GEN_map_window *win, bool force_refresh, bool force_zoom_reset) {
352    AWT_canvas *ntw = win->get_canvas();
353    assert_no_auto_refresh_for(ntw); // otherwise jump doesn't work!
354
355    int jump = root->awar(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP)->read_int();
356    if (jump || force_refresh || force_zoom_reset) {
357        AWT_auto_refresh allowed_on(ntw);
358        if (force_zoom_reset) ntw->request_zoom_reset();
359        ntw->request_refresh();
360    }
361    if (jump) {
362        GEN_jump_cb(win, false);
363    }
364}
365
366static void GEN_local_organism_or_gene_name_changed_cb(AW_root *awr, GEN_map_window *win) {
367    {
368        AWT_auto_refresh allowed_on(win->get_canvas());
369        win->get_graphic()->reinit_gen_root(win->get_canvas(), false);
370    }
371    GEN_jump_cb_auto(awr, win, true, false);
372}
373
374#define DISPLAY_TYPE_BIT(disp_type) (1<<(disp_type))
375#define ALL_DISPLAY_TYPES           (DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLES)-1)
376
377static void GEN_map_window_refresh(GEN_map_window *win) {
378    AWT_auto_refresh allowed_on(win->get_canvas());
379    win->get_canvas()->request_refresh();
380}
381void GEN_refresh_all_windows() {
382    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(GEN_map_window_refresh);
383}
384
385static void GEN_map_window_refresh_if_display_type(GEN_map_window *win, bool zoom_reset, int display_type_mask) {
386    int my_display_type = win->get_graphic()->get_display_style();
387    if (display_type_mask & DISPLAY_TYPE_BIT(my_display_type)) {
388        if (zoom_reset) {
389            GEN_jump_cb_auto(AW_root::SINGLETON, win, true, true);
390        }
391        else {
392            GEN_map_window_refresh(win);
393        }
394    }
395}
396
397static void GEN_update_unlocked_organism_and_gene_awars(GEN_map_window *win, const char *organismName, const char *geneName) {
398    AW_root *aw_root   = win->get_graphic()->get_aw_root();
399    int      window_nr = win->get_nr();
400    if (!aw_root->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr))->read_int()) {
401        aw_root->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->write_string(organismName);
402    }
403    if (!aw_root->awar(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr))->read_int()) {
404        aw_root->awar(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr))->write_string(geneName);
405    }
406}
407
408static void GEN_organism_or_gene_changed_cb(AW_root *awr) {
409    char *organism = awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
410    char *gene     = awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
411
412    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(GEN_update_unlocked_organism_and_gene_awars, organism, gene));
413
414    free(gene);
415    free(organism);
416}
417
418
419static void GEN_local_lock_changed_cb(AW_root *awr, GEN_map_window *win, bool gene_lock) {
420    int window_nr = win->get_nr();
421
422    const char *local_awar_name      = NULp;
423    const char *local_lock_awar_name = NULp;
424    const char *global_awar_name     = NULp;
425
426    if (gene_lock) {
427        local_awar_name      = AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr);
428        local_lock_awar_name = AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr);
429        global_awar_name     = AWAR_GENE_NAME;
430    }
431    else { // otherwise organism
432        local_awar_name      = AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr);
433        local_lock_awar_name = AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr);
434        global_awar_name     = AWAR_ORGANISM_NAME;
435    }
436
437    AW_awar *local_awar  = awr->awar(local_awar_name);
438    AW_awar *global_awar = awr->awar(global_awar_name);
439
440    int lock_value = awr->awar(local_lock_awar_name)->read_int();
441    if (lock_value == 0) { // lock has been removed -> map to global awar
442        local_awar->map(global_awar);
443    }
444    else { // lock has been installed -> unmap from global awar
445        local_awar->unmap();
446        char *content = global_awar->read_string();
447        local_awar->write_string(content);
448        free(content);
449    }
450}
451
452// -------------------------------------
453//      display parameter change cb
454
455static void GEN_display_param_changed_cb(AW_root*, bool zoom_reset, int display_type_mask) {
456    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(GEN_map_window_refresh_if_display_type, zoom_reset, display_type_mask));
457}
458inline void set_display_update_callback(AW_root *awr, const char *awar_name, bool zoom_reset, int display_type_mask) {
459    awr->awar(awar_name)->add_callback(makeRootCallback(GEN_display_param_changed_cb, zoom_reset, display_type_mask));
460}
461
462// --------------------------
463//      View-local AWARS
464
465static void GEN_create_genemap_local_awars(AW_root *aw_root, AW_default /* def */, int window_nr) {
466    // awars local to each view
467
468    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_DISPLAY_TYPE(window_nr), GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL); // @@@ FIXME: make local
469
470    aw_root->awar_string(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr), "");
471    aw_root->awar_string(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr), "");
472
473    aw_root->awar_int(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr), 0);
474    aw_root->awar_int(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr), 0);
475}
476
477static void GEN_add_local_awar_callbacks(AW_root *awr, AW_default /* def */, GEN_map_window *win) {
478    int window_nr = win->get_nr();
479
480    RootCallback nameChangedCb = makeRootCallback(GEN_local_organism_or_gene_name_changed_cb, win);
481    awr->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->add_callback(nameChangedCb);
482    awr->awar(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr))    ->add_callback(nameChangedCb);
483
484    AW_awar *awar_lock_orga = awr->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr));
485    AW_awar *awar_lock_gene = awr->awar(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr));
486
487    awar_lock_orga->add_callback(makeRootCallback(GEN_local_lock_changed_cb, win, false));
488    awar_lock_gene->add_callback(makeRootCallback(GEN_local_lock_changed_cb, win, true));
489
490    awar_lock_orga->touch();
491    awar_lock_gene->touch();
492}
493
494// ----------------------
495//      global AWARS
496
497static void GEN_create_genemap_global_awars(AW_root *aw_root, AW_default def, GBDATA *gb_main) {
498    // layout options:
499
500    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE, 150)->set_minmax(0, 500);
501    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN, 0);
502    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS, 0);
503
504    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, 15000)->set_minmax(1, 100000);
505    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR, 0.1)->set_minmax(0, 1);
506    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT, 20)->set_minmax(0, 100);
507    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE, 5)->set_minmax(-20, 20);
508
509    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X, 1.0)->set_minmax(0, 10);
510    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y, 0.3)->set_minmax(0, 10);
511
512    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE, 50)->set_minmax(0, 100);
513    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE, 4)->set_minmax(0, 100);
514
515    // other options:
516
517    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP, 1);
518
519    GEN_create_nds_vars(aw_root, def, gb_main, makeDatabaseCallback(GEN_NDS_changed));
520}
521
522static void GEN_add_global_awar_callbacks(AW_root *awr) {
523    enum { REFRESH_ONLY = 0, ZOOM_RESET = 1 };
524
525    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE,          REFRESH_ONLY, ALL_DISPLAY_TYPES^DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
526    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN,         REFRESH_ONLY, ALL_DISPLAY_TYPES);
527    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS,        REFRESH_ONLY, ALL_DISPLAY_TYPES);
528
529    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
530    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR,   ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
531    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT,    ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
532    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE,     ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
533
534    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X,   ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
535    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y,   ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
536
537    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE,       ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
538    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE,      ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
539
540    awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->add_callback(GEN_organism_or_gene_changed_cb);
541    awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->add_callback(GEN_organism_or_gene_changed_cb);
542}
543
544
545// --------------------------------------------------------------------------------
546
547static void GEN_mode_event(AW_window *aws, GEN_map_window *win, AWT_COMMAND_MODE mode) {
548    const char *text = NULp;
549    switch (mode) {
550        case AWT_MODE_SELECT: text = MODE_TEXT_1BUTTON("SELECT", "click to select a gene"); break;
551        case AWT_MODE_INFO:   text = MODE_TEXT_1BUTTON("INFO",   "click for info");         break;
552
553        case AWT_MODE_ZOOM: text = MODE_TEXT_STANDARD_ZOOMMODE(); break;
554
555        default: text = no_mode_text_defined(); break;
556    }
557
558    gen_assert(strlen(text) < AWAR_FOOTER_MAX_LEN); // text too long!
559
560    aws->get_root()->awar(AWAR_FOOTER)->write_string(text);
561
562    AWT_canvas       *canvas = win->get_canvas();
563    AWT_auto_refresh  allowed_on(canvas);
564
565    canvas->set_mode(mode);
566    canvas->request_refresh();
567}
568
569static void GEN_undo_cb(AW_window*, GB_UNDO_TYPE undo_type, GBDATA *gb_main) {
570    GB_ERROR error = GB_undo(gb_main, undo_type);
571    if (error) {
572        aw_message(error);
573    }
574    else {
575        GB_begin_transaction(gb_main);
576        GB_commit_transaction(gb_main);
577    }
578}
579
580static AW_window *GEN_create_options_window(AW_root *awr) {
581    static AW_window_simple *aws = NULp;
582
583    if (!aws) {
584        aws = new AW_window_simple;
585
586        aws->init(awr, "GEN_OPTS", "Genemap options");
587        aws->load_xfig("gen_options.fig");
588
589        aws->at("close");
590        aws->callback(AW_POPDOWN);
591        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
592
593        aws->callback(makeHelpCallback("gen_options.hlp"));
594        aws->at("help");
595        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
596
597        aws->auto_space(5, 5);
598        aws->label_length(26);
599
600        const int FIELDWIDTH  = 12;
601        const int SCALERWIDTH = 300;
602
603        // all displays:
604        aws->at("arrow_size");      aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH);
605
606        aws->at("show_hidden");
607        aws->label("Show hidden genes");
608        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN);
609
610        aws->at("show_all");
611        aws->label("Show NDS for all genes");
612        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS);
613
614        aws->at("autojump");
615        aws->label("Auto jump to selected gene");
616        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP);
617
618        // book-style:
619        aws->at("base_pos");        aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH);
620        aws->at("width_factor");    aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR,   FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
621        aws->at("line_height");     aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT,    FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
622        aws->at("line_space");      aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE,     FIELDWIDTH, SCALERWIDTH);
623
624        // vertical-style:
625        aws->at("factor_x");        aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
626        aws->at("factor_y");        aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
627
628        // radial style:
629        aws->at("inside");          aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE,  FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
630        aws->at("outside");         aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
631    }
632    return aws;
633}
634
635static AW_window *GEN_create_gc_window(AW_root *awr, AW_gc_manager *gcman) {
636    // only create one gc window for all genemap views
637    static AW_window *awgc = NULp;
638    if (!awgc) awgc        = AW_create_gc_window_named(awr, gcman, "GENMAP_COLOR_DEF", "Genemap colors and fonts"); // use named gc window (otherwise clashes with ARB_NTREE gc window)
639    return awgc;
640}
641
642enum GEN_PERFORM_MODE {
643    GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS,
644    GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM,
645    GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM,
646    GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS,
647
648    GEN_PERFORM_MODES, // counter
649};
650
651static const char *GEN_PERFORM_MODE_id[GEN_PERFORM_MODES] = {
652    "org_all",
653    "org_current",
654    "org_butcur",
655    "org_marked",
656};
657
658inline string performmode_relative_id(const char *id, GEN_PERFORM_MODE pmode) {
659    return GBS_global_string("%s_%s", GEN_PERFORM_MODE_id[pmode], id);
660}
661
662enum GEN_MARK_MODE {
663    GEN_MARK,
664    GEN_UNMARK,
665    GEN_INVERT_MARKED,
666    GEN_COUNT_MARKED,
667
668    //     GEN_MARK_COLORED,              done by awt_colorize_marked now
669    //     GEN_UNMARK_COLORED,
670    //     GEN_INVERT_COLORED,
671    //     GEN_COLORIZE_MARKED,
672
673    GEN_EXTRACT_MARKED,
674
675    GEN_MARK_HIDDEN,
676    GEN_MARK_VISIBLE,
677    GEN_UNMARK_HIDDEN,
678    GEN_UNMARK_VISIBLE
679};
680
681enum GEN_HIDE_MODE {
682    GEN_HIDE_ALL,
683    GEN_UNHIDE_ALL,
684    GEN_INVERT_HIDE_ALL,
685
686    GEN_HIDE_MARKED,
687    GEN_UNHIDE_MARKED,
688    GEN_INVERT_HIDE_MARKED
689};
690
691// --------------------------------------------------------------------------------
692
693inline bool nameIsUnique(const char *short_name, GBDATA *gb_species_data) {
694    return !GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, short_name);
695}
696
697static GB_ERROR GEN_species_add_entry(GBDATA *gb_pseudo, const char *key, const char *value) {
698    GB_ERROR  error = NULp;
699    GB_clear_error();
700    GBDATA   *gbd   = GB_entry(gb_pseudo, key);
701
702    if (!gbd) { // key does not exist yet -> create
703        gbd             = GB_create(gb_pseudo, key, GB_STRING);
704        if (!gbd) error = GB_await_error();
705    }
706    else { // key exists
707        if (GB_read_type(gbd) != GB_STRING) { // test correct key type
708            error = GB_export_errorf("field '%s' exists and has wrong type", key);
709        }
710    }
711
712    if (!error) error = GB_write_string(gbd, value);
713
714    return error;
715}
716
717static AW_repeated_question *ask_about_existing_gene_species = NULp;
718static AW_repeated_question *ask_to_overwrite_alignment      = NULp;
719
720struct EG2PS_data : virtual Noncopyable {
721    arb_progress        progress;
722    GBDATA             *gb_species_data;
723    char               *ali;
724    UniqueNameDetector  existing;
725    GB_HASH            *pseudo_hash;
726    int                 duplicateSpecies; // counts created gene-species with identical ACC
727    bool                nameProblem; // nameserver and DB disagree about names
728
729    EG2PS_data(const char *ali_, GBDATA *gb_species_data_, long marked_genes_)
730        : progress(marked_genes_),
731          gb_species_data(gb_species_data_), 
732          ali(ARB_strdup(ali_)),
733          existing(gb_species_data, marked_genes_), 
734          duplicateSpecies(0), 
735          nameProblem(false)
736    {
737        pseudo_hash = GEN_create_pseudo_species_hash(GB_get_root(gb_species_data), marked_genes_);
738    }
739
740    ~EG2PS_data() {
741        if (duplicateSpecies>0) {
742            aw_message(GBS_global_string("There are %i duplicated gene-species (with identical sequence and accession number)\n"
743                                         "Duplicated gene-species got names with numerical postfixes ('.1', '.2', ...)"
744                                         , duplicateSpecies));
745        }
746        if (nameProblem) {
747            aw_message("Naming problems occurred.\nYou have to call 'Species/Synchronize IDs'!");
748        }
749        GBS_free_hash(pseudo_hash);
750        free(ali);
751    }
752};
753
754static const char* readACC(GBDATA *gb_species_data, const char *name) {
755    const char *other_acc    = NULp;
756    GBDATA *gb_other_species = GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, name);
757    if (gb_other_species) {
758        GBDATA *gb_other_acc = GB_entry(gb_other_species, "acc");
759        if (gb_other_acc) other_acc = GB_read_char_pntr(gb_other_acc);
760    }
761    return other_acc;
762}
763
764static void gen_extract_gene_2_pseudoSpecies(GBDATA *gb_species, GBDATA *gb_gene, EG2PS_data *eg2ps) {
765    const char *gene_name         = GBT_read_name(gb_gene);
766    const char *species_name      = GBT_read_name(gb_species);
767    const char *full_species_name = GBT_read_char_pntr(gb_species, "full_name");
768
769    if (!full_species_name) full_species_name = species_name;
770
771    char     *full_name = GBS_global_string_copy("%s [%s]", full_species_name, gene_name);
772    char     *sequence  = GBT_read_gene_sequence(gb_gene, true, 0);
773    GB_ERROR  error     = NULp;
774
775    if (!sequence) error = GB_await_error();
776    else {
777        const char *ali = eg2ps->ali;
778        long        id  = GBS_checksum(sequence, 1, ".-");
779        char        acc[100];
780
781        sprintf(acc, "ARB_GENE_%lX", id);
782
783        // test if this gene has been already extracted to a gene-species
784
785        GBDATA *gb_main                 = GB_get_root(gb_species);
786        GBDATA *gb_exist_geneSpec       = GEN_find_pseudo_species(gb_main, species_name, gene_name, eg2ps->pseudo_hash);
787        bool    create_new_gene_species = true;
788        char   *short_name              = NULp;
789
790        if (gb_exist_geneSpec) {
791            const char *existing_name = GBT_read_name(gb_exist_geneSpec);
792
793            gen_assert(ask_about_existing_gene_species);
794            gen_assert(ask_to_overwrite_alignment);
795
796            char *question = GBS_global_string_copy("Already have a gene-species for %s/%s ('%s')", species_name, gene_name, existing_name);
797            int   answer   = ask_about_existing_gene_species->get_answer("existing_pseudo_species", question, "Overwrite species,Insert new alignment,Skip,Create new", "all", true);
798
799            create_new_gene_species = false;
800
801            switch (answer) {
802                case 0: {   // Overwrite species
803                    // @@@ FIXME:  delete species needed here
804                    create_new_gene_species = true;
805                    short_name              = ARB_strdup(existing_name);
806                    break;
807                }
808                case 1: {     // Insert new alignment or overwrite alignment
809                    GBDATA     *gb_ali = GB_entry(gb_exist_geneSpec, ali);
810                    if (gb_ali) { // the alignment already exists
811                        char *question2        = GBS_global_string_copy("Gene-species '%s' already has data in '%s'", existing_name, ali);
812                        int   overwrite_answer = ask_to_overwrite_alignment->get_answer("overwrite_gene_data", question2, "Overwrite data,Skip", "all", true);
813
814                        if (overwrite_answer == 1) error      = GBS_global_string("Skipped gene-species '%s' (already had data in alignment)", existing_name); // Skip
815                        else if (overwrite_answer == 2) error = "Aborted."; // Abort
816                        // @@@ FIXME: overwrite data is missing
817
818                        free(question2);
819                    }
820                    break;
821                }
822                case 2: {       // Skip existing ones
823                    error = GBS_global_string("Skipped gene-species '%s'", existing_name);
824                    break;
825                }
826                case 3: {   // Create with new name
827                    create_new_gene_species = true;
828                    break;
829                }
830                case 4: {   // Abort
831                    error = "Aborted.";
832                    break;
833                }
834                default: gen_assert(0);
835            }
836            free(question);
837        }
838
839        if (!error) {
840            if (create_new_gene_species) {
841                if (!short_name) { // create a new name
842                    error = AWTC_generate_one_name(gb_main, full_name, acc, NULp, short_name);
843                    if (!error) { // name has been created
844                        if (eg2ps->existing.name_known(short_name)) { // nameserver-generated name is already in use
845                            const char *other_acc    = readACC(eg2ps->gb_species_data, short_name);
846                            if (other_acc) {
847                                if (strcmp(acc, other_acc) == 0) { // duplicate (gene-)species -> generate postfixed name
848                                    char *newName = NULp;
849                                    for (int postfix = 1; ; ++postfix) {
850                                        newName = GBS_global_string_copy("%s.%i", short_name, postfix);
851                                        if (!eg2ps->existing.name_known(newName)) {
852                                            eg2ps->duplicateSpecies++;
853                                            break;
854                                        }
855
856                                        other_acc = readACC(eg2ps->gb_species_data, newName);
857                                        if (!other_acc || strcmp(acc, other_acc) != 0) {
858                                            eg2ps->nameProblem = true;
859                                            error              = GBS_global_string("Unexpected acc-mismatch for '%s'", newName);
860                                            break;
861                                        }
862                                    }
863
864                                    if (!error) freeset(short_name, newName);
865                                    else free(newName);
866                                }
867                                else { // different acc, but uses name generated by nameserver
868                                    eg2ps->nameProblem = true;
869                                    error              = GBS_global_string("acc of '%s' differs from acc stored in nameserver", short_name);
870                                }
871                            }
872                            else { // can't detect acc of existing species
873                                eg2ps->nameProblem = true;
874                                error       = GBS_global_string("can't detect acc of species '%s'", short_name);
875                            }
876                        }
877                    }
878                    if (error) {            // try to make a random name
879                        const char *msg = GBS_global_string("%s\nGenerating a random name instead.", error);
880                        aw_message(msg);
881                        error = NULp;
882
883                        short_name = AWTC_generate_random_name(eg2ps->existing);
884                        if (!short_name) error = GBS_global_string("Failed to create a new name for pseudo gene-species '%s'", full_name);
885                    }
886                }
887
888                if (!error) { // create the species
889                    gen_assert(short_name);
890                    gb_exist_geneSpec = GBT_find_or_create_species(gb_main, short_name, true);
891                    if (!gb_exist_geneSpec) error = GB_export_errorf("Failed to create pseudo-species '%s'", short_name);
892                    else eg2ps->existing.add_name(short_name);
893                }
894            }
895            else {
896                gen_assert(gb_exist_geneSpec); // do not generate new or skip -> should only occur when gene-species already existed
897            }
898
899            if (!error) { // write sequence data
900                GBDATA *gb_data     = GBT_add_data(gb_exist_geneSpec, ali, "data", GB_STRING);
901                if (!gb_data) error = GB_await_error();
902                else    error       = GB_write_string(gb_data, sequence);
903            }
904
905            // write other entries:
906            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "full_name", full_name);
907            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "ARB_origin_species", species_name);
908            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "ARB_origin_gene", gene_name);
909            if (!error) GEN_add_pseudo_species_to_hash(gb_exist_geneSpec, eg2ps->pseudo_hash);
910            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "acc", acc);
911
912            // copy codon_start and transl_table :
913            const char *codon_start  = NULp;
914            const char *transl_table = NULp;
915            {
916                GBDATA *gb_codon_start  = GB_entry(gb_gene, "codon_start");
917                GBDATA *gb_transl_table = GB_entry(gb_gene, "transl_table");
918
919                if (gb_codon_start)  codon_start  = GB_read_char_pntr(gb_codon_start);
920                if (gb_transl_table) transl_table = GB_read_char_pntr(gb_transl_table);
921            }
922
923            if (!error && codon_start)  error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "codon_start", codon_start);
924            if (!error && transl_table) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "transl_table", transl_table);
925        }
926
927        free(short_name);
928        free(sequence);
929    }
930    if (error) aw_message(error);
931
932    free(full_name);
933}
934
935static long gen_count_marked_genes = 0; // used to count marked genes
936
937static void do_mark_command_for_one_species(int imode, GBDATA *gb_species, AW_CL cl_user) {
938    GEN_MARK_MODE mode = (GEN_MARK_MODE)imode;
939
940    for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
941         gb_gene;
942         gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
943    {
944        bool mark_flag     = GB_read_flag(gb_gene) != 0;
945        bool org_mark_flag = mark_flag;
946
947        switch (mode) {
948            case GEN_MARK:              mark_flag = 1; break;
949            case GEN_UNMARK:            mark_flag = 0; break;
950            case GEN_INVERT_MARKED:     mark_flag = !mark_flag; break;
951
952            case GEN_COUNT_MARKED: {
953                if (mark_flag) ++gen_count_marked_genes;
954                break;
955            }
956            case GEN_EXTRACT_MARKED: {
957                if (mark_flag) {
958                    EG2PS_data *eg2ps = (EG2PS_data*)cl_user;
959                    gen_extract_gene_2_pseudoSpecies(gb_species, gb_gene, eg2ps);
960                    eg2ps->progress.inc();
961                }
962                break;
963            }
964            default: {
965                GBDATA *gb_hidden = GB_entry(gb_gene, ARB_HIDDEN);
966                bool    hidden    = gb_hidden ? GB_read_byte(gb_hidden) != 0 : false;
967
968                switch (mode) {
969                    case GEN_MARK_HIDDEN:       if (hidden) mark_flag = 1; break;
970                    case GEN_UNMARK_HIDDEN:     if (hidden) mark_flag = 0; break;
971                    case GEN_MARK_VISIBLE:      if (!hidden) mark_flag = 1; break;
972                    case GEN_UNMARK_VISIBLE:    if (!hidden) mark_flag = 0; break;
973                    default: gen_assert(0); break;
974                }
975            }
976        }
977
978        if (mark_flag != org_mark_flag) GB_write_flag(gb_gene, mark_flag ? 1 : 0);
979    }
980}
981
982static void do_hide_command_for_one_species(int imode, GBDATA *gb_species, AW_CL /* cl_user */) {
983    GEN_HIDE_MODE mode = (GEN_HIDE_MODE)imode;
984
985    for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
986         gb_gene;
987         gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
988    {
989        bool marked = GB_read_flag(gb_gene) != 0;
990
991        GBDATA *gb_hidden  = GB_entry(gb_gene, ARB_HIDDEN);
992        bool    hidden     = gb_hidden ? (GB_read_byte(gb_hidden) != 0) : false;
993        bool    org_hidden = hidden;
994
995        switch (mode) {
996            case GEN_HIDE_ALL:              hidden = true; break;
997            case GEN_UNHIDE_ALL:            hidden = false; break;
998            case GEN_INVERT_HIDE_ALL:       hidden = !hidden; break;
999            case GEN_HIDE_MARKED:           if (marked) hidden = true; break;
1000            case GEN_UNHIDE_MARKED:         if (marked) hidden = false; break;
1001            case GEN_INVERT_HIDE_MARKED:    if (marked) hidden = !hidden; break;
1002            default: gen_assert(0); break;
1003        }
1004
1005        if (hidden != org_hidden) {
1006            if (!gb_hidden) gb_hidden = GB_create(gb_gene, ARB_HIDDEN, GB_BYTE);
1007            GB_write_byte(gb_hidden, hidden ? 1 : 0); // change gene visibility
1008        }
1009    }
1010}
1011
1012static void GEN_perform_command(GBDATA *gb_main, GEN_PERFORM_MODE pmode,
1013                                void (*do_command)(int cmode, GBDATA *gb_species, AW_CL cl_user), int mode, AW_CL cl_user) {
1014    GB_ERROR error = NULp;
1015
1016    GB_begin_transaction(gb_main);
1017
1018    switch (pmode) {
1019        case GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS: {
1020            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_organism(gb_main);
1021                 gb_organism;
1022                 gb_organism = GEN_next_organism(gb_organism))
1023            {
1024                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1025            }
1026            break;
1027        }
1028        case GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS: {
1029            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_marked_organism(gb_main);
1030                 gb_organism;
1031                 gb_organism = GEN_next_marked_organism(gb_organism))
1032            {
1033                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1034            }
1035            break;
1036        }
1037        case GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM: {
1038            GBDATA *gb_curr_organism = GEN_get_current_organism(gb_main);
1039            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_organism(gb_main);
1040                 gb_organism;
1041                 gb_organism = GEN_next_organism(gb_organism))
1042            {
1043                if (gb_organism != gb_curr_organism) do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1044            }
1045            break;
1046        }
1047        case GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM: {
1048            GBDATA *gb_organism = GEN_get_current_organism(gb_main);
1049            if (!gb_organism) {
1050                error = "First you have to select a species.";
1051            }
1052            else {
1053                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1054            }
1055            break;
1056        }
1057        default: {
1058            gen_assert(0);
1059            break;
1060        }
1061    }
1062
1063    GB_end_transaction_show_error(gb_main, error, aw_message);
1064}
1065
1066class GEN_unique_param {
1067    GEN_unique_param(GBDATA *gb_main_, AW_CL unique_) :
1068        unique(unique_),
1069        gb_main(gb_main_)
1070    {}
1071
1072    typedef map<AW_CL, GEN_unique_param> ExistingParams;
1073    static ExistingParams existing_params; // to ensure exactly one instance per 'command_mode'
1074
1075    AW_CL   unique;
1076public:
1077    GBDATA *gb_main;
1078
1079    AW_CL get_unique() { return unique; }
1080
1081    static GEN_unique_param *get(GBDATA *gb_main_, AW_CL unique_) { // get unique instance for each 'unique_'
1082        pair<ExistingParams::iterator, bool> created = existing_params.insert(ExistingParams::value_type(unique_, GEN_unique_param(gb_main_, unique_)));
1083        ExistingParams::iterator             wanted  = created.first;
1084        GEN_unique_param&                    param   = wanted->second;
1085        return &param;
1086    }
1087};
1088GEN_unique_param::ExistingParams GEN_unique_param::existing_params;
1089
1090
1091struct GEN_command_mode_param : public GEN_unique_param {
1092    static GEN_command_mode_param *get(GBDATA *gb_main_, AW_CL command_mode_) { return (GEN_command_mode_param*)GEN_unique_param::get(gb_main_, command_mode_); }
1093    AW_CL get_command_mode() { return get_unique(); }
1094};
1095
1096
1097static void GEN_hide_command(AW_window*, GEN_PERFORM_MODE perform_mode, GEN_command_mode_param *param) {
1098    GEN_perform_command(param->gb_main, perform_mode, do_hide_command_for_one_species, param->get_command_mode(), 0);
1099}
1100
1101static void GEN_mark_command(AW_window*, GEN_PERFORM_MODE perform_mode, GEN_command_mode_param *param) {
1102    gen_count_marked_genes = 0;
1103    GEN_perform_command(param->gb_main, perform_mode, do_mark_command_for_one_species, param->get_command_mode(), 0);
1104
1105    if ((GEN_MARK_MODE)param->get_command_mode() == GEN_COUNT_MARKED) {
1106        const char *where = NULp;
1107
1108        switch (perform_mode) {
1109            case GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM:         where = "the current species"; break;
1110            case GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS:         where = "all marked species"; break;
1111            case GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS:            where = "all species"; break;
1112            case GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM: where = "all but the current species"; break;
1113            default: gen_assert(0); break;
1114        }
1115        aw_message(GBS_global_string("There are %li marked genes in %s", gen_count_marked_genes, where));
1116    }
1117}
1118
1119struct GEN_extract_mode_param : public GEN_unique_param {
1120    static GEN_extract_mode_param *get(GBDATA *gb_main_, GEN_PERFORM_MODE perform_mode) { return (GEN_extract_mode_param*)GEN_unique_param::get(gb_main_, perform_mode); }
1121    GEN_PERFORM_MODE get_perform_mode() { return (GEN_PERFORM_MODE)get_unique(); }
1122};
1123
1124static GB_ERROR gene_extract_handler(const char *ali, GEN_extract_mode_param *param) {
1125    GBDATA   *gb_main = param->gb_main;
1126    GB_ERROR  error   = GBT_check_alignment_name(ali);
1127
1128    if (!error) {
1129        GB_transaction  ta(gb_main);
1130        GBDATA         *gb_ali = GBT_get_alignment(gb_main, ali);
1131
1132        if (!gb_ali) {
1133            GB_clear_error(); // ali not found
1134            if (!GBT_create_alignment(gb_main, ali, 0, 0, 0, "dna")) {
1135                error = GB_await_error();
1136            }
1137        }
1138    }
1139
1140    if (!error) {
1141        ask_about_existing_gene_species = new AW_repeated_question;
1142        ask_to_overwrite_alignment      = new AW_repeated_question;
1143
1144        arb_progress progress("Extracting pseudo-species");
1145        {
1146            EG2PS_data *eg2ps = NULp;
1147            {
1148                gen_count_marked_genes = 0;
1149                GEN_perform_command(gb_main, param->get_perform_mode(), do_mark_command_for_one_species, GEN_COUNT_MARKED, 0);
1150
1151                GB_transaction  ta(gb_main);
1152                GBDATA         *gb_species_data = GBT_get_species_data(gb_main);
1153                eg2ps                           = new EG2PS_data(ali, gb_species_data, gen_count_marked_genes);
1154            }
1155
1156            PersistentNameServerConnection stayAlive;
1157
1158            GEN_perform_command(gb_main, param->get_perform_mode(), do_mark_command_for_one_species, GEN_EXTRACT_MARKED, (AW_CL)eg2ps);
1159            delete eg2ps;
1160        }
1161
1162        delete ask_to_overwrite_alignment;
1163        delete ask_about_existing_gene_species;
1164        ask_to_overwrite_alignment      = NULp;
1165        ask_about_existing_gene_species = NULp;
1166    }
1167    return error;
1168}
1169static void gene_extract_cb(AW_window*, GEN_extract_mode_param *param) {
1170    AWT_activate_prompt("Extract genes to alignment", "Enter the name of the alignment to extract to:", "ali_gene_", "Extract", makeResultHandler(gene_extract_handler, param), "", SRT_AUTOCORRECT_ALINAME);
1171}
1172
1173enum MarkCommand {
1174    UNMARK, // UNMARK and MARK have to be 0 and 1!
1175    MARK,
1176    INVERT,
1177    MARK_UNMARK_REST,
1178};
1179
1180static void mark_organisms(AW_window*, MarkCommand mark, GBDATA *gb_main) {
1181    GB_transaction ta(gb_main);
1182
1183    if (mark == MARK_UNMARK_REST) {
1184        GBT_mark_all(gb_main, 0); // unmark all species
1185        mark = MARK;
1186    }
1187
1188    for (GBDATA *gb_org = GEN_first_organism(gb_main);
1189         gb_org;
1190         gb_org = GEN_next_organism(gb_org))
1191    {
1192        if (mark == INVERT) {
1193            GB_write_flag(gb_org, !GB_read_flag(gb_org)); // invert mark of organism
1194        }
1195        else {
1196            GB_write_flag(gb_org, mark); // mark/unmark organism
1197        }
1198    }
1199}
1200
1201
1202static void mark_gene_species(AW_window*, MarkCommand mark, GBDATA *gb_main) {
1203    GB_transaction ta(gb_main);
1204
1205    if (mark == MARK_UNMARK_REST) {
1206        GBT_mark_all(gb_main, 0); // unmark all species
1207        mark = MARK;
1208    }
1209
1210    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1211         gb_pseudo;
1212         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1213    {
1214        if (mark == INVERT) {
1215            GB_write_flag(gb_pseudo, !GB_read_flag(gb_pseudo)); // invert mark of pseudo-species
1216        }
1217        else {
1218            GB_write_flag(gb_pseudo, mark); // mark/unmark gene-species
1219        }
1220    }
1221}
1222
1223static void mark_gene_species_of_marked_genes(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1224    GB_transaction  ta(gb_main);
1225    GB_HASH        *organism_hash = GBT_create_organism_hash(gb_main);
1226
1227    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1228         gb_pseudo;
1229         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1230    {
1231        GBDATA *gb_gene = GEN_find_origin_gene(gb_pseudo, organism_hash);
1232        if (GB_read_flag(gb_gene)) {
1233            GB_write_flag(gb_pseudo, 1); // mark pseudo
1234        }
1235    }
1236
1237    GBS_free_hash(organism_hash);
1238}
1239
1240
1241
1242static void mark_organisms_with_marked_genes(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1243    GB_transaction ta(gb_main);
1244
1245    for (GBDATA *gb_species = GEN_first_organism(gb_main);
1246         gb_species;
1247         gb_species = GEN_next_organism(gb_species))
1248    {
1249        for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
1250             gb_gene;
1251             gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
1252        {
1253            if (GB_read_flag(gb_gene)) {
1254                GB_write_flag(gb_species, 1);
1255                break; // continue with next organism
1256            }
1257        }
1258    }
1259}
1260static void mark_gene_species_using_current_alignment(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1261    GB_transaction  ta(gb_main);
1262    char           *ali = GBT_get_default_alignment(gb_main);
1263
1264    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1265         gb_pseudo;
1266         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1267    {
1268        GBDATA *gb_ali = GB_entry(gb_pseudo, ali);
1269        if (gb_ali) {
1270            GBDATA *gb_data = GB_entry(gb_ali, "data");
1271            if (gb_data) {
1272                GB_write_flag(gb_pseudo, 1);
1273            }
1274        }
1275    }
1276}
1277static void mark_genes_of_marked_gene_species(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1278    GB_transaction  ta(gb_main);
1279    GB_HASH        *organism_hash = GBT_create_organism_hash(gb_main);
1280
1281    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1282         gb_pseudo;
1283         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1284    {
1285        if (GB_read_flag(gb_pseudo)) {
1286            GBDATA *gb_gene = GEN_find_origin_gene(gb_pseudo, organism_hash);
1287            GB_write_flag(gb_gene, 1); // mark gene
1288        }
1289    }
1290
1291    GBS_free_hash(organism_hash);
1292}
1293
1294static void GEN_insert_extract_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file) {
1295    awm->insert_sub_menu(submenu_name, hot_key);
1296
1297    char macro_name_buffer[50];
1298
1299    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_current", macro_prefix);
1300    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of current species...", "c", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(gene_extract_cb, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM)));
1301
1302    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_marked", macro_prefix);
1303    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of marked species...", "m", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(gene_extract_cb, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS)));
1304
1305    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all", macro_prefix);
1306    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of all species...", "a", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(gene_extract_cb, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS)));
1307
1308    awm->close_sub_menu();
1309}
1310
1311static void GEN_insert_multi_submenu(AW_window_menu_modes *awm, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key,
1312                              const char *help_file, void (*command)(AW_window*, GEN_PERFORM_MODE, GEN_command_mode_param*), GEN_command_mode_param *command_mode)
1313{
1314    awm->insert_sub_menu(submenu_name, hot_key);
1315
1316    char macro_name_buffer[50];
1317
1318    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_current", macro_prefix);
1319    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of current species", "c", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM, command_mode));
1320
1321    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all_but_current", macro_prefix);
1322    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of all but current species", "b", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM, command_mode));
1323
1324    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_marked", macro_prefix);
1325    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of marked species", "m", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS, command_mode));
1326
1327    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all", macro_prefix);
1328    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of all species", "a", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS, command_mode));
1329
1330    awm->close_sub_menu();
1331}
1332
1333static void GEN_insert_mark_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file, GEN_MARK_MODE mark_mode) {
1334    GEN_insert_multi_submenu(awm, macro_prefix, submenu_name, hot_key, help_file, GEN_mark_command, GEN_command_mode_param::get(gb_main, mark_mode));
1335}
1336static void GEN_insert_hide_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file, GEN_HIDE_MODE hide_mode) {
1337    GEN_insert_multi_submenu(awm, macro_prefix, submenu_name, hot_key, help_file, GEN_hide_command, GEN_command_mode_param::get(gb_main, hide_mode));
1338}
1339
1340#if defined(DEBUG)
1341static AW_window *GEN_create_awar_debug_window(AW_root *aw_root) {
1342    static AW_window_simple *aws = NULp;
1343    if (!aws) {
1344        aws = new AW_window_simple;
1345
1346        aws->init(aw_root, "DEBUG_AWARS", "DEBUG AWARS");
1347        aws->at(10, 10);
1348        aws->auto_space(10, 10);
1349
1350        const int width = 50;
1351
1352        ;                  aws->label("AWAR_SPECIES_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_SPECIES_NAME, width);
1353        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_ORGANISM_NAME           "); aws->create_input_field(AWAR_ORGANISM_NAME, width);
1354        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_GENE_NAME               "); aws->create_input_field(AWAR_GENE_NAME, width);
1355        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_COMBINED_GENE_NAME      "); aws->create_input_field(AWAR_COMBINED_GENE_NAME, width);
1356        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_EXPERIMENT_NAME         "); aws->create_input_field(AWAR_EXPERIMENT_NAME, width);
1357        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_COMBINED_EXPERIMENT_NAME"); aws->create_input_field(AWAR_COMBINED_EXPERIMENT_NAME, width);
1358        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_PROTEOM_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_PROTEOM_NAME, width);
1359        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_PROTEIN_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_PROTEIN_NAME, width);
1360
1361        aws->window_fit();
1362    }
1363    return aws;
1364}
1365#endif // DEBUG
1366
1367// ---------------------------
1368//      user mask section
1369
1370struct GEN_item_type_species_selector : public awt_item_type_selector {
1371    GEN_item_type_species_selector() : awt_item_type_selector(AWT_IT_GENE) {}
1372    ~GEN_item_type_species_selector() OVERRIDE {}
1373
1374    const char *get_self_awar() const OVERRIDE {
1375        return AWAR_COMBINED_GENE_NAME;
1376    }
1377    size_t get_self_awar_content_length() const OVERRIDE {
1378        return 12 + 1 + 40; // species-name+'/'+gene_name
1379    }
1380    GBDATA *current(AW_root *root, GBDATA *gb_main) const OVERRIDE { // give the current item
1381        char   *species_name = root->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
1382        char   *gene_name    = root->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
1383        GBDATA *gb_gene      = NULp;
1384
1385        if (species_name[0] && gene_name[0]) {
1386            GB_transaction ta(gb_main);
1387            GBDATA *gb_species = GBT_find_species(gb_main, species_name);
1388            if (gb_species) {
1389                gb_gene = GEN_find_gene(gb_species, gene_name);
1390            }
1391        }
1392
1393        free(gene_name);
1394        free(species_name);
1395
1396        return gb_gene;
1397    }
1398    const char *getKeyPath() const OVERRIDE { // give the keypath for items
1399        return CHANGE_KEY_PATH_GENES;
1400    }
1401};
1402
1403static GEN_item_type_species_selector item_type_gene;
1404
1405static void GEN_open_mask_window(AW_window *aww, int id, GBDATA *gb_main) {
1406    const awt_input_mask_descriptor *descriptor = AWT_look_input_mask(id);
1407    gen_assert(descriptor);
1408    if (descriptor) {
1409        AWT_initialize_input_mask(aww->get_root(), gb_main, &item_type_gene, descriptor->get_internal_maskname(), descriptor->is_local_mask());
1410    }
1411}
1412
1413static void GEN_create_mask_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main) {
1414    AWT_create_mask_submenu(awm, AWT_IT_GENE, GEN_open_mask_window, gb_main);
1415}
1416
1417static AW_window *create_colorize_genes_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1418    return QUERY::create_colorize_items_window(aw_root, gb_main, GEN_get_selector());
1419}
1420
1421static AW_window *create_colorize_organisms_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1422    return QUERY::create_colorize_items_window(aw_root, gb_main, ORGANISM_get_selector());
1423}
1424
1425static void GEN_create_organism_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool submenu) {
1426    const char *title  = "Organisms";
1427    const char *hotkey = "O";
1428
1429    if (submenu) awm->insert_sub_menu(title, hotkey);
1430    else awm->create_menu(title, hotkey, AWM_ALL);
1431
1432    {
1433        awm->insert_menu_topic("organism_info", "Organism information", "i", "sp_info.hlp", AWM_ALL, RootAsWindowCallback::simple(DBUI::popup_organism_info_window, gb_main));
1434
1435        awm->sep______________();
1436
1437        awm->insert_menu_topic("mark_organisms",             "Mark All organisms",              "A", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, MARK,             gb_main));
1438        awm->insert_menu_topic("mark_organisms_unmark_rest", "Mark all organisms, unmark Rest", "R", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, MARK_UNMARK_REST, gb_main));
1439        awm->insert_menu_topic("unmark_organisms",           "Unmark all organisms",            "U", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, UNMARK,           gb_main));
1440        awm->insert_menu_topic("invmark_organisms",          "Invert marks of all organisms",   "v", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, INVERT,           gb_main));
1441        awm->sep______________();
1442        awm->insert_menu_topic("mark_organisms_with_marked_genes", "Mark organisms with marked Genes", "G", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms_with_marked_genes, gb_main));
1443        awm->sep______________();
1444        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("organism_colors"),   "Colors ...",           "C",    "colorize.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_colorize_organisms_window, gb_main));
1445    }
1446    if (submenu) awm->close_sub_menu();
1447}
1448
1449static void GEN_create_gene_species_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool submenu) {
1450    const char *title  = "Gene-Species";
1451    const char *hotkey = "S";
1452
1453    if (submenu) awm->insert_sub_menu(title, hotkey);
1454    else awm->create_menu(title, hotkey, AWM_ALL);
1455
1456    {
1457        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species",             "Mark All gene-species",              "A", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, MARK,             gb_main));
1458        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_unmark_rest", "Mark all gene-species, unmark Rest", "R", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, MARK_UNMARK_REST, gb_main));
1459        awm->insert_menu_topic("unmark_gene_species",           "Unmark all gene-species",            "U", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, UNMARK,           gb_main));
1460        awm->insert_menu_topic("invmark_gene_species",          "Invert marks of all gene-species",   "I", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, INVERT,           gb_main));
1461        awm->sep______________();
1462        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_of_marked_genes", "Mark gene-species of marked genes",             "M", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species_of_marked_genes, gb_main));
1463        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_curr_ali",        "Mark all gene-species using Current alignment", "C", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species_using_current_alignment, gb_main));
1464    }
1465
1466    if (submenu) awm->close_sub_menu();
1467}
1468
1469struct GEN_update_info {
1470    AWT_canvas *canvas1;        // just canvasses of different windows (needed for updates)
1471    AWT_canvas *canvas2;
1472};
1473
1474void GEN_create_genes_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool for_ARB_NTREE) {
1475    awm->create_menu("Genome", "G", AWM_ALL);
1476    {
1477#if defined(DEBUG)
1478        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("debug_awars"), "[DEBUG] Show main AWARs", "A", NULp, AWM_ALL, GEN_create_awar_debug_window);
1479        awm->sep______________();
1480#endif // DEBUG
1481
1482        if (for_ARB_NTREE) {
1483            awm->insert_menu_topic("gene_map", "Gene Map", "p", "gene_map.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_first_map, gb_main)); // initial gene map
1484            awm->sep______________();
1485
1486            GEN_create_gene_species_submenu(awm, gb_main, true); // Gene-species
1487            GEN_create_organism_submenu    (awm, gb_main, true); // Organisms
1488            EXP_create_experiments_submenu (awm, gb_main, true); // Experiments
1489            awm->sep______________();
1490        }
1491
1492        awm->insert_menu_topic("gene_info",                  "Gene information", "i", "gene_info.hlp",   AWM_ALL, RootAsWindowCallback::simple(GEN_popup_gene_infowindow,    gb_main));
1493        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("gene_search"), "Search and Query", "Q", "gene_search.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback    (GEN_create_gene_query_window, gb_main));
1494
1495        GEN_create_mask_submenu(awm, gb_main);
1496
1497        awm->sep______________();
1498
1499        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_all",      "Mark all genes",      "M", "gene_mark.hlp", GEN_MARK);
1500        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_all",    "Unmark all genes",    "U", "gene_mark.hlp", GEN_UNMARK);
1501        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_invert_marked", "Invert marked genes", "v", "gene_mark.hlp", GEN_INVERT_MARKED);
1502        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_count_marked",  "Count marked genes",  "C", "gene_mark.hlp", GEN_COUNT_MARKED);
1503
1504        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("gene_colors"), "Colors ...", "l", "colorize.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_colorize_genes_window, gb_main));
1505
1506        awm->sep______________();
1507
1508        awm->insert_menu_topic("mark_genes_of_marked_gene_species", "Mark genes of marked gene-species", "g", "gene_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_genes_of_marked_gene_species, gb_main));
1509
1510        awm->sep______________();
1511
1512        GEN_insert_extract_submenu(awm, gb_main, "gene_extract_marked", "Extract marked genes", "E", "gene_extract.hlp");
1513
1514        if (!for_ARB_NTREE) {   // only in ARB_GENE_MAP:
1515            awm->sep______________();
1516            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_hidden",  "Mark hidden genes",  "h", "gene_hide.hlp", GEN_MARK_HIDDEN);
1517            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_visible", "Mark visible genes", "s", "gene_hide.hlp", GEN_MARK_VISIBLE);
1518
1519            awm->sep______________();
1520            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_hidden",  "Unmark hidden genes",  "d", "gene_hide.hlp", GEN_UNMARK_HIDDEN);
1521            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_visible", "Unmark visible genes", "r", "gene_hide.hlp", GEN_UNMARK_VISIBLE);
1522        }
1523    }
1524}
1525
1526static void GEN_create_hide_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main) {
1527    awm->create_menu("Hide", "H", AWM_ALL);
1528    {
1529        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_hide_marked",    "Hide marked genes",        "H", "gene_hide.hlp", GEN_HIDE_MARKED);
1530        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_unhide_marked",  "Unhide marked genes",      "U", "gene_hide.hlp", GEN_UNHIDE_MARKED);
1531        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_invhide_marked", "Invert-hide marked genes", "v", "gene_hide.hlp", GEN_INVERT_HIDE_MARKED);
1532
1533        awm->sep______________();
1534        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_hide_all",    "Hide all genes",        "a", "gene_hide.hlp", GEN_HIDE_ALL);
1535        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_unhide_all",  "Unhide all genes",      "l", "gene_hide.hlp", GEN_UNHIDE_ALL);
1536        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_invhide_all", "Invert-hide all genes", "I", "gene_hide.hlp", GEN_INVERT_HIDE_ALL);
1537    }
1538}
1539
1540static void GEN_set_display_style(AW_window *aww, GEN_DisplayStyle style) {
1541    GEN_map_window   *win = DOWNCAST(GEN_map_window*, aww);
1542    AWT_auto_refresh  allowed_on(win->get_canvas());
1543
1544    win->get_root()->awar(AWAR_GENMAP_DISPLAY_TYPE(win->get_nr()))->write_int(style);
1545    win->get_graphic()->set_display_style(style);
1546}
1547
1548static AW_window *GEN_create_map(AW_root *aw_root, GEN_create_map_param *param) {
1549    // param->window_nr shall be 0 for first window (called from ARB_NTREE)
1550    // additional views are always created by the previous window created with GEN_map
1551    GEN_map_manager *manager = NULp;
1552
1553    if (!GEN_map_manager::initialized()) {          // first call
1554        gen_assert(param->window_nr == 0); // has to be 0 for first call
1555
1556        GEN_map_manager::initialize(aw_root, param->gb_main);
1557        manager = GEN_map_manager::get_map_manager(); // creates the manager
1558
1559        // global initialization (AWARS etc.) done here :
1560
1561        GEN_create_genemap_global_awars(aw_root, AW_ROOT_DEFAULT, param->gb_main);
1562        GEN_add_global_awar_callbacks(aw_root);
1563        {
1564            GB_transaction ta(param->gb_main);
1565            GEN_make_node_text_init(param->gb_main);
1566        }
1567    }
1568    else {
1569        manager = GEN_map_manager::get_map_manager();
1570    }
1571
1572    GEN_map_window *gmw = manager->get_map_window(param->window_nr);
1573    return gmw;
1574}
1575
1576AW_window *GEN_create_first_map(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1577    return GEN_create_map(aw_root, new GEN_create_map_param(gb_main, 0));
1578}
1579
1580// ------------------------
1581//      GEN_map_window
1582
1583void GEN_map_window::init(AW_root *awr, GBDATA *gb_main) {
1584    {
1585        char *windowName = (window_nr == 0) ? ARB_strdup("ARB Gene Map") : GBS_global_string_copy("ARB Gene Map %i", window_nr);
1586        char *windowID   = (window_nr == 0) ? ARB_strdup("ARB_GENE_MAP") : GBS_global_string_copy("ARB_GENE_MAP_%i", window_nr);
1587
1588        AW_window_menu_modes::init(awr, windowID, windowName, 200, 200);
1589
1590        free(windowID);
1591        free(windowName);
1592    }
1593
1594    GEN_create_genemap_local_awars(awr, AW_ROOT_DEFAULT, window_nr);
1595
1596    gen_graphic = new GEN_graphic(awr, gb_main, GEN_gene_container_cb_installer, window_nr);
1597    gen_canvas  = new AWT_canvas(gb_main, this, get_window_id(), gen_graphic);
1598
1599    GEN_add_local_awar_callbacks(awr, AW_ROOT_DEFAULT, this);
1600
1601    AWT_auto_refresh allowed_on(gen_canvas);
1602    {
1603        GB_transaction ta(gb_main);
1604        gen_graphic->reinit_gen_root(gen_canvas, false);
1605    }
1606    gen_canvas->request_resize();
1607    gen_canvas->set_mode(AWT_MODE_SELECT); // Default-Mode
1608
1609    // ---------------
1610    //      menus
1611
1612    // File Menu
1613    create_menu("File", "F", AWM_ALL);
1614    insert_menu_topic("close",              "Close",    "C", NULp,               AWM_ALL, AW_POPDOWN);
1615    insert_menu_topic(local_id("new_view"), "New view", "v", "gen_new_view.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_map, new GEN_create_map_param(gb_main, window_nr+1)));
1616
1617    GEN_create_genes_submenu       (this, gb_main, false); // Genes
1618    GEN_create_gene_species_submenu(this, gb_main, false); // Gene-species
1619    GEN_create_organism_submenu    (this, gb_main, false); // Organisms
1620    EXP_create_experiments_submenu (this, gb_main, false); // Experiments
1621    GEN_create_hide_submenu(this, gb_main);         // Hide Menu
1622
1623    // Properties Menu
1624    create_menu("Properties", "r", AWM_ALL);
1625    insert_menu_topic(local_id("gene_props_menu"), "Frame settings ...",                  "M", "props_frame.hlp", AWM_ALL, AW_preset_window);
1626    insert_menu_topic(local_id("gene_props"),      "GENEMAP: Colors and Fonts ...",       "C", "color_props.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_gc_window, gen_canvas->gc_manager));
1627    insert_menu_topic(local_id("gene_options"),    "Options",                             "O", "gen_options.hlp", AWM_ALL, GEN_create_options_window);
1628    insert_menu_topic(local_id("gene_nds"),        "NDS ( Select Gene Information ) ...", "N", "props_nds.hlp",   AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_open_nds_window, gb_main));
1629    sep______________();
1630    AW_insert_common_property_menu_entries(this);
1631    sep______________();
1632    insert_menu_topic("gene_save_props",   "Save Defaults (ntree.arb)", "D", "savedef.hlp", AWM_ALL, AW_save_properties);
1633
1634    // ----------------------
1635    //      mode buttons
1636
1637    create_mode("mode_select.xpm", "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_SELECT));
1638    create_mode("mode_zoom.xpm",   "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_ZOOM));
1639    create_mode("mode_info.xpm",   "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_INFO));
1640
1641    // -------------------
1642    //      info area
1643
1644    set_info_area_height(250);
1645    at(11, 2);
1646    auto_space(2, -2);
1647    shadow_width(1);
1648
1649    // close + undo button, info area, define line y-positions:
1650
1651    int cur_x, cur_y, start_x, first_line_y, second_line_y, third_line_y;
1652    get_at_position(&start_x, &first_line_y);
1653    button_length(6);
1654
1655    at(start_x, first_line_y);
1656    help_text("quit.hlp");
1657    callback(AW_POPDOWN);
1658    create_button("Close", "Close");
1659
1660    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1661
1662    int gene_x = cur_x;
1663    at_newline();
1664    get_at_position(&cur_x, &second_line_y);
1665
1666    at(start_x, second_line_y);
1667    help_text("undo.hlp");
1668    callback(makeWindowCallback(GEN_undo_cb, GB_UNDO_UNDO, gb_main));
1669    create_button("Undo", "Undo");
1670
1671    at_newline();
1672    get_at_position(&cur_x, &third_line_y);
1673
1674    button_length(AWAR_FOOTER_MAX_LEN);
1675    create_button(NULp, AWAR_FOOTER);
1676
1677    at_newline();
1678    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1679    set_info_area_height(cur_y+6);
1680
1681    // gene+species buttons:
1682    button_length(20);
1683
1684    at(gene_x, first_line_y);
1685    help_text("sp_search.hlp");
1686    callback(makeCreateWindowCallback(DBUI::create_species_query_window, gb_main)); // @@@ should use an organism search (using ITEM_organism)
1687    create_button("SEARCH_ORGANISM", AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr));
1688
1689    at(gene_x, second_line_y);
1690    help_text("gene_search.hlp");
1691    callback(makeCreateWindowCallback(GEN_create_gene_query_window, gb_main));
1692    create_button("SEARCH_GENE", AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr));
1693
1694    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1695    int lock_x = cur_x;
1696
1697    at(lock_x, first_line_y);
1698    create_toggle(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr));
1699
1700    at(lock_x, second_line_y);
1701    create_toggle(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr));
1702
1703    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1704    int dtype_x1 = cur_x;
1705
1706    // display type buttons:
1707
1708    button_length(4);
1709
1710    at(dtype_x1, first_line_y);
1711    help_text("gen_disp_style.hlp");
1712    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
1713    create_button("RADIAL_DISPLAY_TYPE", "#gen_radial.xpm");
1714
1715    help_text("gen_disp_style.hlp");
1716    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
1717    create_button("BOOK_DISPLAY_TYPE", "#gen_book.xpm");
1718
1719    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1720    int jump_x = cur_x;
1721
1722    at(dtype_x1, second_line_y);
1723    help_text("gen_disp_style.hlp");
1724    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
1725    create_button("VERTICAL_DISPLAY_TYPE", "#gen_vertical.xpm");
1726
1727    // jump button:
1728
1729    button_length(0);
1730
1731    at(jump_x, first_line_y);
1732    help_text("gen_jump.hlp");
1733    callback(makeWindowCallback(GEN_jump_cb, true));
1734    create_button("Jump", "Jump");
1735
1736    // help buttons:
1737
1738    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1739    int help_x = cur_x;
1740
1741    at(help_x, first_line_y);
1742    help_text("help.hlp");
1743    callback(makeHelpCallback("gene_map.hlp"));
1744    create_button("HELP", "HELP", "H");
1745
1746    at(help_x, second_line_y);
1747    callback(AW_help_entry_pressed);
1748    create_button(NULp, "?");
1749}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.