source: branches/port5/CONVERTALN/printable.c

Last change on this file was 5390, checked in by westram, 18 years ago
  • TAB-Ex
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 8.8 KB
Line 
1#include <stdio.h>
2#include "convert.h"
3#include "global.h"
4
5#define PRTLENGTH   62
6
7/* ---------------------------------------------------------------
8 *   Function to_printable()
9 *       Convert from some format to PRINTABLE format.
10 */
11void
12to_printable(inf, outf, informat)
13     char   *inf, *outf;
14     int    informat;
15{
16    FILE        *IFP, *ofp;
17    FILE_BUFFER  ifp;
18    int          maxsize, current, total_seq, length;
19    int          out_of_memory, indi, index, *base_nums, base_count, start;
20    char         temp[TOKENNUM], eof;
21    char        *name;
22
23    if((IFP=fopen(inf, "r"))==NULL) {
24        sprintf(temp, "Cannot open input file %s, exit\n", inf);
25        error(64, temp);
26    }
27    ifp              = create_FILE_BUFFER(inf, IFP);
28    if(Lenstr(outf) <= 0)   ofp = stdout;
29    else if((ofp=fopen(outf, "w"))==NULL)   {
30        sprintf(temp, "Cannot open output file %s, exit\n", outf);
31        error(117, temp);
32    }
33    maxsize = 1;
34    out_of_memory = 0;
35    name = NULL;
36    init();
37    total_seq = 0;
38    base_nums=NULL;
39    do  {
40        if(informat==ALMA)  {
41            init_alma();
42            eof=alma_in(ifp);
43        } else if(informat==GENBANK)    {
44            init_genbank();
45            eof=genbank_in_locus(ifp);
46        } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
47            init_embl();
48            eof=embl_in_id(ifp);
49        } else if(informat==MACKE)  {
50            init_macke();
51            eof=macke_in_name(ifp);
52        } else error(48,
53                     "UNKNOW input format when converting to PRINABLE format.");
54        if(eof==EOF) break;
55        if(informat==ALMA)  {
56            alma_key_word(data.alma.id, 0, temp, TOKENNUM);
57        } else if(informat==GENBANK)    {
58            genbank_key_word(data.gbk.locus, 0, temp, TOKENNUM);
59        } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
60            embl_key_word(data.embl.id, 0, temp, TOKENNUM);
61        } else if(informat==MACKE)  {
62            Cpystr(temp, data.macke.seqabbr);
63        } else error(120,
64                     "UNKNOW input format when converting to PRINABLE format.");
65        total_seq++;
66
67        if((name = Dupstr(temp))==NULL&&temp!=NULL) { out_of_memory=1; break; }
68        if(data.seq_length>maxsize) maxsize = data.seq_length;
69
70        if (!realloc_sequence_data(total_seq)) { out_of_memory = 1; break; }
71
72        base_nums=(int*)Reallocspace((char *)base_nums, sizeof(int)*total_seq);
73        if(base_nums==NULL) { out_of_memory=1; break; }
74
75        data.ids[total_seq-1]     = name;
76        data.seqs[total_seq-1]    = (char*)Dupstr(data.sequence);
77        data.lengths[total_seq-1] = Lenstr(data.sequence);
78        base_nums[total_seq-1]    = 0;
79
80    } while(!out_of_memory);
81
82    if(out_of_memory)   {   /* cannot hold all seqs into mem. */
83        fprintf(stderr,
84                "Rerun the conversion throught one seq. by one seq. base.\n");
85        destroy_FILE_BUFFER(ifp); fclose(ofp);
86        to_printable_1x1(inf, outf, informat);
87        return;
88    }
89    current = 0;
90    while(maxsize>current)  {
91        for(indi=0; indi<total_seq; indi++) {
92            length = Lenstr(data.seqs[indi]);
93            for(index=base_count=0;
94                index<PRTLENGTH&&(current+index)<length; index++)
95                if(data.seqs[indi][index+current]!='~'&&
96                   data.seqs[indi][index+current]!='-'&&
97                   data.seqs[indi][index+current]!='.')
98                    base_count++;
99
100            /* check if the first char is base or not */
101            if(current<length&&data.seqs[indi][current]!='~'&&
102               data.seqs[indi][current]!='-'&&
103               data.seqs[indi][current]!='.')
104                start = base_nums[indi]+1;
105            else start = base_nums[indi];
106
107            printable_print_line(data.ids[indi],
108                                 data.seqs[indi], current, start, ofp);
109            base_nums[indi] += base_count;
110        }
111        current += PRTLENGTH;
112        if(maxsize>current) fprintf(ofp, "\n\n");
113    }
114
115    Freespace((char **)&(base_nums));
116
117#ifdef log
118    fprintf(stderr, "Total %d sequences have been processed\n", total_seq);
119#endif
120
121    destroy_FILE_BUFFER(ifp); fclose(ofp);
122}
123/* ---------------------------------------------------------------
124 *   Function to_printable_1x1()
125 *       Convert from one foramt to PRINTABLE format, one seq by one seq.
126 */
127void
128to_printable_1x1(inf, outf, informat)
129     char   *inf, *outf;
130     int    informat;
131{
132    FILE        *IFP, *ofp;
133    FILE_BUFFER  ifp;
134    int          maxsize, current, total_seq;
135    int          base_count, index;
136    char         temp[TOKENNUM], eof;
137    char        *name;
138
139    if((IFP=fopen(inf, "r"))==NULL) {
140        sprintf(temp, "Cannot open input file %s, exit\n", inf);
141        error(125, temp);
142    }
143    ifp              = create_FILE_BUFFER(inf, IFP);
144    if(Lenstr(outf) <= 0)   ofp = stdout;
145    else if((ofp=fopen(outf, "w"))==NULL)   {
146        sprintf(temp, "Cannot open output file %s, exit\n", outf);
147        error(126, temp);
148    }
149    maxsize = 1; current = 0;
150    name = NULL;
151    while(maxsize>current)  {
152        init();
153        FILE_BUFFER_rewind(ifp);
154        total_seq = 0;
155        do  {   /* read in one sequence */
156            if(informat==ALMA)  {
157                init_alma();
158                eof=alma_in(ifp);
159            } else if(informat==GENBANK)    {
160                init_genbank();
161                eof=genbank_in_locus(ifp);
162            } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
163                init_embl();
164                eof=embl_in_id(ifp);
165            } else if(informat==MACKE)  {
166                init_macke();
167                eof=macke_in_name(ifp);
168            } else error(129,
169                         "UNKNOW input format when converting to PRINTABLE format.");
170            if(eof==EOF) break;
171            if(informat==ALMA)  {
172                alma_key_word(data.alma.id, 0, temp, TOKENNUM);
173            } else if(informat==GENBANK)    {
174                genbank_key_word(data.gbk.locus, 0, temp, TOKENNUM);
175            } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
176                embl_key_word(data.embl.id, 0, temp, TOKENNUM);
177            } else if(informat==MACKE)  {
178                macke_key_word(data.macke.name, 0, temp, TOKENNUM);
179            } else error(131,
180                         "UNKNOW input format when converting to PRINTABLE format.");
181            Freespace(&name);
182            name = Dupstr(temp);
183            if(data.seq_length>maxsize)
184                maxsize = data.seq_length;
185            for(index=base_count=0;
186                index<current&&index<data.seq_length; index++) {
187                if(data.sequence[index]!='~'
188                   &&data.sequence[index]!='.'
189                   &&data.sequence[index]!='-') base_count++;
190            }
191            /* check if the first char is a base or not */
192            if(current<data.seq_length&&data.sequence[current]!='~'
193               &&data.sequence[current]!='.'
194               &&data.sequence[current]!='-') base_count++;
195
196            /* find if there any non-gap char in the next 62
197             * char of the seq. data
198             * #### count no need to be the first base num
199             for(index=current, count=0;
200             count==0&&index<data.seq_length
201             &&index<(current+PRTLENGTH); index++)
202             if(data.sequence[index]!='~'
203             &&data.sequence[index]!='.'
204             &&data.sequence[index]!='-')
205             { base_count++; count++; }
206            */
207
208            printable_print_line(name, data.sequence, current,
209                                 base_count, ofp);
210            total_seq++;
211        } while(1);
212        current += PRTLENGTH;
213        if(maxsize>current) fprintf(ofp, "\n\n");
214    }   /* print block by block */
215
216    destroy_FILE_BUFFER(ifp); fclose(ofp);
217
218#ifdef log
219    fprintf(stderr, "Total %d sequences have been processed\n", total_seq);
220#endif
221
222}
223/* ------------------------------------------------------------
224 *   Function printable_print_line().
225 *       print one printable line.
226 */
227void
228printable_print_line(id, sequence, start, base_count, fp)
229     char    *id, *sequence;
230     int start;
231     int base_count;
232     FILE    *fp;
233{
234    int indi, index, count, bnum, /*length,*/ seq_length;
235
236    fprintf(fp, " ");
237    if((bnum=Lenstr(id))>10)    {
238        /* truncate if length of id is greater than 10 */
239        for(indi=0; indi<10; indi++)
240            fprintf(fp, "%c", id[indi]);
241        bnum = 1;
242    } else  {
243        fprintf(fp, "%s", id);
244        bnum = 10 - bnum + 1;
245    }
246    /* fill in the blanks to make up 10 chars id spaces */
247    seq_length = Lenstr(sequence);
248    if(start<seq_length)
249        for(indi=0; indi<bnum; indi++)
250            fprintf(fp, " ");
251    else {  fprintf(fp, "\n"); return;  }
252    fprintf(fp, "%4d ", base_count);
253    for(index=start, count=0; count<PRTLENGTH&&index<seq_length; index++)   {
254        fprintf(fp, "%c", sequence[index]);
255        count++;
256    }   /* printout sequence data */
257    fprintf(fp, "\n");
258}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.