source: branches/port5/DIST/DI_seq_pars.cxx

Last change on this file was 5156, checked in by westram, 18 years ago
  • indented
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 4.2 KB
Line 
1#include <stdio.h>
2//#include <memory.h>
3#include <string.h>
4#include <arbdb.h>
5#include <arbdbt.h>
6#include <awt_tree.hxx>
7#include "dist.hxx"
8
9char    *AP_sequence_parsimony::table;
10AP_weights *AP_sequence::weights;
11AP_rates *AP_sequence::rates;
12
13AP_sequence_parsimony::AP_sequence_parsimony(void)
14{
15    update = 0;
16    sequence_len = 0;
17    sequence = 0;
18    is_set_flag = AP_FALSE;
19}
20
21AP_sequence_parsimony::~AP_sequence_parsimony(void)
22{
23    delete sequence;
24}
25
26AP_sequence *AP_sequence_parsimony::dup(void)
27{
28    return (AP_sequence *)new AP_sequence_parsimony;
29}
30
31void AP_sequence_parsimony::build_table(void)
32{
33    int     i;
34    AP_BASES        val;
35    table = new char[256];
36    for (i=0;i<256;i++) {
37        switch ((char)i) {
38            case 'a':
39            case 'A':
40                val = AP_A;
41                break;
42            case 'g':
43            case 'G':
44                val = AP_G;
45                break;
46            case 'c':
47            case 'C':
48                val = AP_C;
49                break;
50            case 't':
51            case 'T':
52            case 'u':
53            case 'U':
54                val = AP_T;
55                break;
56            case 'n':
57            case 'N':
58                val = (AP_BASES)(AP_A + AP_G + AP_C + AP_T);
59                break;
60            case '?':
61            case '.':
62                val = (AP_BASES)(AP_A + AP_G + AP_C + AP_T + AP_S);
63                break;
64            case '-':
65                val = AP_S;
66                break;
67            case 'm':
68            case 'M':
69                val = (AP_BASES)(AP_A+AP_C);
70                break;
71            case 'r':
72            case 'R':
73                val = (AP_BASES)(AP_A+AP_G);
74                break;
75            case 'w':
76            case 'W':
77                val = (AP_BASES)(AP_A+AP_T);
78                break;
79            case 's':
80            case 'S':
81                val = (AP_BASES)(AP_C+AP_G);
82                break;
83            case 'y':
84            case 'Y':
85                val = (AP_BASES)(AP_C+AP_T);
86                break;
87            case 'k':
88            case 'K':
89                val = (AP_BASES)(AP_G+AP_T);
90                break;
91            case 'v':
92            case 'V':
93                val = (AP_BASES)(AP_A+AP_C+AP_G);
94                break;
95            case 'h':
96            case 'H':
97                val = (AP_BASES)(AP_A+AP_C+AP_T);
98                break;
99            case 'd':
100            case 'D':
101                val = (AP_BASES)(AP_A+AP_G+AP_T);
102                break;
103            case 'b':
104            case 'B':
105                val = (AP_BASES)(AP_C+AP_G+AP_T);
106                break;
107            default:
108                val = AP_N;
109                break;
110        }
111        table[i] = (char)val;
112    } /*for*/
113}
114
115       
116       
117void AP_sequence_parsimony::set(char *isequence)
118{
119    char *s,*d,*f,c;
120    sequence_len = filter->real_len;
121    sequence = new char[sequence_len+1];
122    memset(sequence,AP_N,(size_t)sequence_len);
123    s = isequence;
124    d = sequence;
125    f = filter->filter;
126    if (!table) this->build_table();
127    while (c = (*s++) ) {
128        if (*(f++)) {
129            *(d++) = table[c];
130        }               
131    }
132    update = AP_timer();
133    is_set_flag = AP_TRUE;
134}
135
136
137
138AP_FLOAT AP_sequence_parsimony::combine(const AP_sequence *lefts, const AP_sequence *rights) {
139    float tree_length = 0.0;
140    AP_sequence_parsimony *left = (AP_sequence_parsimony *)lefts;
141    AP_sequence_parsimony *right = (AP_sequence_parsimony *)rights;
142       
143    if (!sequence)  {
144        sequence = new char[filter->real_len +1];
145    }
146    for (int i = 0; i <= sequence_len;i++ ) {
147        if ((left->sequence[i] & right->sequence[i]) == 0) {
148            sequence[i] = (left->sequence[i] | right->sequence[i]); }
149        else {
150            sequence[i] = (left->sequence[i] & right->sequence[i]);
151            tree_length = tree_length + weights->weights[i] + rates->rates[i];             
152        }
153    }
154    is_set_flag = AP_TRUE;                 
155    return tree_length;
156}
157
158
159
160void AP_sequence_parsimony::calc_base_rates(AP_rates *ratesi,
161                                            const AP_sequence* lefts, AP_FLOAT leftl,
162                                            const AP_sequence *rights, AP_FLOAT rightl)
163{
164    ;
165
166}
167
168
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.