source: branches/port5/GDE/SUPPORT/Flatio.c

Last change on this file was 7758, checked in by westram, 14 years ago
  • patches for clang-compiler (thx to Matt)
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 3.4 KB
Line 
1/* #include <malloc.h> */
2#include <stdio.h>
3#define TRUE 1
4#define FALSE 0
5#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
6#define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b))
7
8struct data_format
9{
10        int length;
11        char *nuc;
12        int offset;
13        char name[64];
14        char type;
15};
16
17
18ErrorOut(code,string)
19int code;
20char *string;
21{
22        if (code == 0)
23        {
24                fprintf(stderr,"Error:%s\n",string);
25                exit(1);
26        }
27        return 0;
28}
29
30char *Calloc2(count,size)
31     int count,size;
32{
33        char *temp;
34
35        temp = (char*)calloc(count,size);
36        if(temp == NULL)
37        {
38                fprintf(stdout,"Error in Calloc\n");
39                exit(-1);
40        }
41        else
42                return(temp);
43}
44
45char *Realloc(block,size)
46char *block;
47int size;
48{
49    char *temp;
50    temp =(char*)realloc(block,size);
51    if(temp == NULL)
52    {
53                fprintf(stdout,"Error in Calloc\n");
54                exit(-1);
55    }
56    else
57        return(temp);
58}
59
60
61
62int ReadFlat(file,align,maxseqs)
63FILE *file;
64struct data_format align[];
65int maxseqs;
66{
67        int j,len=0, count=-1,offset;
68        unsigned maxlen = 1024;
69        char Inline[1025];
70
71        if(file == NULL)
72            ErrorOut(0, "Cannot open data file");
73
74        for(;fgets(Inline,1024,file) != NULL;)
75        {
76                Inline[strlen(Inline)-1] = '\0';
77                switch(Inline[0])
78                {
79                        case '>':
80                        case '#':
81                        case '%':
82                        case '"':
83                        case '@':
84                                offset = 0;
85                                for(j=0;j<strlen(Inline);j++)
86                                {
87                                        if(Inline[j] == '(')
88                                        {
89                                                sscanf((char*)
90                                                        (Inline+j+1),"%d",
91                                                        &offset);
92                                                Inline[j] = '\0';
93                                        }
94                                }
95
96                                if(count != -1)
97                                {
98                                        align[count].length = len;
99                                        align[count].nuc[len] = '\0';
100                                        maxlen = len;
101                                }
102
103                                count++;
104                                if(count > maxseqs)
105                                    ErrorOut(0, "Sorry, alignment is too large");
106
107                                align[count].nuc = Calloc2(maxlen,sizeof(char));
108                                align[count].type = Inline[0];
109                                align[count].offset = offset;
110                                if( align[count].nuc == NULL)
111                                    ErrorOut(0, "Calloc problem");
112
113                                sscanf((char*)(Inline+1),"%s",
114                                        align[count].name);
115                                len = 0;
116                                break;
117                        default:
118                                if(len+strlen(Inline) > maxlen)
119                                {
120                                        maxlen = (maxlen+strlen(Inline))*2;
121                                        align[count].nuc =
122                                        Realloc(align[count].nuc, maxlen);
123                                }
124                                for(j=0;j<strlen(Inline);j++)
125                                        align[count].nuc[j+len] = Inline[j];
126                                len += strlen(Inline);
127                                break;
128                }
129        }
130        if(count == -1) exit(1);
131
132        align[count].length = len;
133        align[count].nuc[len] = '\0';
134        return(++count);
135}
136
137
138Errorout2(string)
139char *string;
140{
141        fprintf(stderr,"%s\n",string);
142        exit(1);
143}
144
145WriteData(file,data,count)
146FILE *file;
147struct data_format data[];
148int count;
149{
150        int i,j;
151        for(j = 0 ; j<count;j++)
152        {
153                if(data[j].offset)
154                        fprintf(file,"\n%c%s(%d)",data[j].type,data[j].name,
155                        data[j].offset);
156                else
157                        fprintf(file,"\n%c%s",data[j].type,data[j].name);
158
159                for(i=0;i<data[j].length;i++)
160                {
161                        if(i%60 == 0)
162                                fputc('\n',file);
163                        fputc(data[j].nuc[i],file);
164                }
165        }
166        return 0;
167}
168
169
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.