source: branches/port5/GENOM_IMPORT/Feature.h

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  • translate_gene_sequence() defaults to EMBL table 1 (if no codon table specified) and to codon_start 0
  • added fixEmptyQualifiers():
    • searches for empty data and replaces it by '<empty>' (currently only done for qualifier 'replace')
    • called before writing features to DB
  • silently skip empty lines before or after sections
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Line 
1// ================================================================ //
2//                                                                  //
3//   File      : Feature.h                                          //
4//   Purpose   :                                                    //
5//                                                                  //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in November 2006   //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)        //
8//   http://www.arb-home.de/                                        //
9//                                                                  //
10// ================================================================ //
11#ifndef FEATURE_H
12#define FEATURE_H
13
14#ifndef TYPES_H
15#include "types.h"
16#endif
17#ifndef LOCATION_H
18#include "Location.h"
19#endif
20
21class Feature {
22    string      type;
23    LocationPtr location;
24    stringMap   qualifiers;     // qualifiers with content (content of multiple identical qualifiers gets merged)
25
26public:
27    Feature(const string& Type, const string& locationString);
28
29    void addQualifiedEntry(const string& qualifier, const string& value);
30
31    string createGeneName() const; // creates a (non-unique) default name for gene
32
33    const string& getType() const { return type; }
34    const Location& getLocation() const { return *location; }
35    const stringMap& getQualifiers() const { return qualifiers; }
36
37    void expectLocationInSequence(long seqLength) const;
38
39    void fixEmptyQualifiers();
40};
41
42
43#else
44#error Feature.h included twice
45#endif // FEATURE_H
46
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.