source: branches/port5/NTREE/NT_trackAliChanges.cxx

Last change on this file was 5851, checked in by westram, 16 years ago
  • followup to [5842] (more to follow)
    • GB_get_error() → GB_await_error() where appropriate (NTREE)
    • fixed error handling in several functions
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 6.9 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : NT_trackAliChanges.cxx                            //
4//   Purpose   : Track alignment and sequences changes             //
5//                                                                 //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in June 2007      //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
8//   http://www.arb-home.de/                                       //
9//                                                                 //
10// =============================================================== //
11
12#include <cstdlib>
13#include <cstring>
14#include <ctime>
15
16
17#include <awt.hxx>
18#include <awt_sel_boxes.hxx>
19#include <arbdbt.h>
20
21#include "NT_trackAliChanges.h"
22
23extern GBDATA *GLOBAL_gb_main;
24
25#define AWAR_TRACK_BASE     "track/"
26#define AWAR_TRACK_ALI      AWAR_TRACK_BASE "ali"
27#define AWAR_TRACK_INITIALS AWAR_TRACK_BASE "initials"
28
29static GB_ERROR writeHistory(GBDATA *gb_species, const char *stamp, const char *entry) {
30    char     *newContent = GBS_global_string_copy("%s %s", stamp, entry);
31    GB_ERROR  error      = 0;
32    GBDATA   *gb_history = GB_entry(gb_species, "seq_history");
33
34    if (!gb_history) error = GBT_write_string(gb_species, "seq_history", newContent);
35    else {
36        char *oldContent = GB_read_string(gb_history);
37        long  oldSize    = GB_read_string_count(gb_history);
38        long  newSize    = strlen(newContent);
39        long  size       = oldSize+1+newSize+1;
40        char *content    = (char*)malloc(size);
41
42        memcpy(content, newContent, newSize);
43        content[newSize] = '\n';
44        memcpy(content+newSize+1, oldContent, oldSize+1);
45
46        error = GB_write_string(gb_history, content);
47
48        free(content);
49        free(oldContent);
50    }
51
52    free(newContent);
53
54    return error;
55}
56
57static void trackAlignmentChanges(AW_window *aww) {
58    GB_transaction  ta(GLOBAL_gb_main);
59    AW_root        *root           = aww->get_root();
60    char           *ali            = root->awar(AWAR_TRACK_ALI)->read_string();
61    char           *checksum_field = GBS_string_2_key(GBS_global_string("checksum_%s", ali));
62    long            newSpecies     = 0;
63    long            ali_changed    = 0;
64    long            seq_changed    = 0;
65    long            unchanged      = 0;
66    long            species        = GBT_get_species_count(GLOBAL_gb_main);
67    long            count          = 0;
68    GB_ERROR        error          = 0;
69    char           *stamp;
70
71    {
72        char      *initials = root->awar(AWAR_TRACK_INITIALS)->read_string();
73        char       atime[256];
74        time_t     t        = time(0);
75        struct tm *tms      = localtime(&t);
76
77        strftime(atime, 255,"%Y/%m/%d %k:%M", tms);
78        stamp = GBS_global_string_copy("%s %s", atime, initials);
79        free(initials);
80    }
81
82    aw_openstatus(GBS_global_string("Tracking changes in '%s'", ali));
83
84    for (GBDATA *gb_species = GBT_first_species(GLOBAL_gb_main);
85         gb_species && !error;
86         gb_species = GBT_next_species(gb_species))
87    {
88        GBDATA *gb_seq = GBT_read_sequence(gb_species, ali);
89        if (gb_seq) {
90            // has data in wanted alignment
91            const char *seq          = GB_read_char_pntr(gb_seq);
92            long        char_cs      = GBS_checksum(seq, 0, ".-");
93            long        ali_cs       = GBS_checksum(seq, 0, "");
94            char       *char_entry   = GBS_global_string_copy("%lx", char_cs);
95            char       *ali_entry    = GBS_global_string_copy("%lx", ali_cs);
96            const char *save_comment = 0;
97
98            GBDATA *gb_checksum = GB_entry(gb_species, checksum_field);
99            if (!gb_checksum) {
100                newSpecies++;
101                gb_checksum             = GB_create(gb_species, checksum_field, GB_STRING);
102                if (!gb_checksum) error = GB_await_error();
103                else save_comment       = "new";
104            }
105            else {
106                char *oldValue       = GB_read_string(gb_checksum);
107                if (!oldValue) error = GB_await_error();
108                else {
109                    char *comma = strchr(oldValue, ',');
110                    if (!comma) {
111                        error = GBS_global_string("Invalid value '%s' in field '%s'", oldValue, checksum_field);
112                    }
113                    else {
114                        comma[0] = 0;
115                        if (strcmp(char_entry, oldValue) == 0) { // seq checksum is equal
116                            if (strcmp(ali_entry, comma+1) == 0) { // ali checksum is equal
117                                unchanged++;
118                            }
119                            else { // only alignment checksum changed
120                                ali_changed++;
121                                save_comment = "alignment changed";
122                            }
123                        }
124                        else {
125                            seq_changed++;
126                            save_comment = "sequence changed";
127                        }
128                    }
129                    free(oldValue);
130                }
131            }
132
133            if (save_comment) {
134                error             = GB_write_string(gb_checksum, GBS_global_string("%s,%s", char_entry, ali_entry));
135                if (!error) error = writeHistory(gb_species, stamp, GBS_global_string("%s %s", ali, save_comment));
136            }
137
138            free(ali_entry);
139            free(char_entry);
140        }
141        count++;
142        aw_status(count/(double)species);
143    }
144
145    aw_closestatus();
146
147    if (seq_changed) aw_message(GBS_global_string("%li species with changed sequence", seq_changed));
148    if (ali_changed) aw_message(GBS_global_string("%li species with changed alignment", ali_changed));
149    if (newSpecies) aw_message(GBS_global_string("%li new species", newSpecies));
150
151    free(stamp);
152    free(checksum_field);
153    free(ali);
154}
155
156void NT_create_trackAliChanges_Awars(AW_root *root, AW_default properties) {
157    root->awar_string(AWAR_TRACK_ALI, "???", GLOBAL_gb_main);
158    root->awar_string(AWAR_TRACK_INITIALS, GB_getenvUSER(), properties);
159}
160
161AW_window *NT_create_trackAliChanges_window(AW_root *root) {
162    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
163    aws->init(root, "TRACK_ALI_CHANGES", "Track alignment changes");
164    aws->load_xfig("trackali.fig");
165
166    aws->at("close");
167    aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
168    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
169
170    aws->at("help");
171    aws->callback( AW_POPUP_HELP,(AW_CL)"track_ali_changes.hlp");
172    aws->create_button("HELP","HELP","H");
173
174    aws->at("initials");
175    aws->create_input_field(AWAR_TRACK_INITIALS);
176   
177    aws->at("ali_sel");
178    awt_create_selection_list_on_ad(GLOBAL_gb_main, aws, AWAR_TRACK_ALI, "*=");
179
180    aws->at("go");
181    aws->callback(trackAlignmentChanges);
182    aws->create_autosize_button("TRACK", "Track changes", "T");
183
184    return aws;
185}
186
187
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.