| 1 | // ==================================================================== // |
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| 3 | // File : probe_match_parser.hxx // |
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| 4 | // Purpose : parse the results of a probe match // |
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| 7 | // Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in June 2004 // |
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| 8 | // Copyright Department of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 9 | // // |
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| 10 | // Visit our web site at: http://www.arb-home.de/ // |
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| 12 | // ==================================================================== // |
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| 14 | #ifndef PROBE_MATCH_PARSER_HXX |
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| 15 | #define PROBE_MATCH_PARSER_HXX |
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| 17 | #ifndef ARBTOOLS_H |
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| 18 | #include <arbtools.h> |
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| 19 | #endif |
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| 21 | // -------------------------------------------------------------------------------- |
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| 22 | // helper class to parse probe match results |
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| 24 | class ProbeMatch_impl; |
|---|
| 25 | |
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| 26 | class ProbeMatchParser : Noncopyable { |
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| 27 | ProbeMatch_impl *pimpl; |
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| 28 | char *init_error; |
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| 29 | |
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| 30 | public: |
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| 31 | ProbeMatchParser(const char *probe_target, const char *headline); |
|---|
| 32 | ~ProbeMatchParser(); |
|---|
| 33 | |
|---|
| 34 | const char * get_error() const { return init_error; } |
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| 35 | bool is_gene_result() const; |
|---|
| 36 | int get_probe_region_offset() const; |
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| 37 | |
|---|
| 38 | bool getColumnRange(const char *columnName, int *startCol, int *endCol) const; |
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| 39 | |
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| 40 | // bool parse_match(const char *match, const char *& result_probeRegion, int& result_startPos, GB_ERROR& error); |
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| 41 | friend class ParsedProbeMatch; |
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| 42 | }; |
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| 43 | |
|---|
| 44 | class ParsedProbeMatch : Noncopyable { |
|---|
| 45 | const ProbeMatchParser& parser; |
|---|
| 46 | char *match; |
|---|
| 47 | mutable const char *error; |
|---|
| 48 | public: |
|---|
| 49 | |
|---|
| 50 | ParsedProbeMatch(const char *match_, const ProbeMatchParser& parser_); |
|---|
| 51 | ~ParsedProbeMatch(); |
|---|
| 52 | |
|---|
| 53 | const char *get_error() const { return error; } |
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| 54 | int get_position() const; |
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| 55 | const char *get_probe_region() const; |
|---|
| 56 | |
|---|
| 57 | char *get_column_content(const char *columnName, bool chop_spaces) const; |
|---|
| 58 | }; |
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| 59 | |
|---|
| 60 | |
|---|
| 61 | #else |
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| 62 | #error probe_match_parser.hxx included twice |
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| 63 | #endif // PROBE_MATCH_PARSER_HXX |
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| 64 | |
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