| 1 | // ================================================================= // |
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| 3 | // File : sec_bonddef.hxx // |
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| 4 | // Purpose : // |
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| 6 | // Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in September 2007 // |
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| 7 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 8 | // http://www.arb-home.de/ // |
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| 10 | // ================================================================= // |
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| 12 | #ifndef SEC_BONDDEF_HXX |
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| 13 | #define SEC_BONDDEF_HXX |
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| 15 | #ifndef ARBDB_H |
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| 16 | #include <arbdb.h> |
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| 17 | #endif |
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| 18 | |
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| 19 | #ifndef AW_POSITION_HXX |
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| 20 | #include <aw_position.hxx> |
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| 21 | #endif |
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| 22 | |
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| 23 | using namespace AW; |
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| 24 | |
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| 25 | #define SEC_BOND_BASE_CHARS 5 |
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| 26 | #define SEC_BOND_BASE_CHAR "ACGTU" |
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| 27 | #define SEC_BOND_PAIR_CHARS 8 |
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| 28 | #define SEC_BOND_PAIR_CHAR ".o~#=+- @" // order is important for IUPAC bonds |
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| 30 | class AW_device; |
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| 31 | class AW_root; |
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| 33 | class SEC_bond_def { |
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| 34 | char bond[SEC_BOND_BASE_CHARS][SEC_BOND_BASE_CHARS]; |
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| 35 | GB_alignment_type ali_type; |
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| 36 | |
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| 37 | int get_index(char c) const; |
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| 38 | void clear(); |
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| 39 | GB_ERROR insert(const char *pairs, char character); |
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| 40 | char get_bond(char base1, char base2) const; |
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| 41 | char *get_pair_string(char pair_char); |
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| 42 | |
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| 43 | void paint(AW_device *device, int gc, char bond, const Position& p1, const Position& p2, const Vector& toNextBase, const double& char_radius, AW_CL cd1, AW_CL cd2) const; |
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| 44 | |
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| 45 | public: |
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| 46 | |
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| 47 | SEC_bond_def(GB_alignment_type aliType) : ali_type(aliType) { clear(); } |
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| 48 | |
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| 49 | GB_ERROR update(AW_root *awr, const char *changed_awar_name); |
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| 50 | |
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| 51 | void paint(AW_device *device, char base1, char base2, const Position& p1, const Position& p2, const Vector& toNextBase, const double& char_radius, AW_CL cd1, AW_CL cd2) const; |
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| 52 | }; |
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| 53 | |
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| 54 | |
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| 55 | #else |
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| 56 | #error sec_bonddef.hxx included twice |
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| 57 | #endif // SEC_BONDDEF_HXX |
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