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based on a patch from Andreas Tille (thank you)
- removed textedit relicts
- removed some ancient scripts
- arb_textedit
- separates between X- and non-X-editors (and prefer X-editors)
- added 'editor' with low priority (not neccessarily uses X, may point to nano which fails in xterm)
- start Xterm (ARB_XCMD) to run non-X-editors (did not edit anything at all when a non-X-editor was selected)
- removed default configs
- instead in 'SH/arb'
- set ARB_XTERM
- set ARB_XCMD to '$ARB_XTERM -e'
- no longer overwrite ARB_TEXTEDIT and ARB_GS
- replaced ARB_TEXTEDIT in GDEmenus (file is obsolete, but i wont clean it up in stable)
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Property svn:eol-style set to
native
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Property svn:keywords set to
Author Date Id Revision
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File size:
6.2 KB
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| Line | |
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| 1 | /*ARBDB ASCII*/ |
|---|
| 2 | window %% (% |
|---|
| 3 | font "8x13bold" |
|---|
| 4 | foreground "Black" |
|---|
| 5 | background "#dfd" |
|---|
| 6 | color_1 "navy" |
|---|
| 7 | color_2 "blue" |
|---|
| 8 | color_3 "grey" |
|---|
| 9 | ARB_EDIT %% (% |
|---|
| 10 | horizontal_page_increment %i 50 |
|---|
| 11 | vertical_page_increment %i 50 |
|---|
| 12 | scroll_delay_vertical %i 20 |
|---|
| 13 | scroll_delay_horizontal %i 20 |
|---|
| 14 | scroll_width_horizontal %i 9 |
|---|
| 15 | scroll_width_vertical %i 20 |
|---|
| 16 | %) /*ARB_EDIT*/ |
|---|
| 17 | |
|---|
| 18 | windows %% (% |
|---|
| 19 | ARB_EDIT %% (% |
|---|
| 20 | width %i 764 |
|---|
| 21 | height %i 671 |
|---|
| 22 | posx %i 106 |
|---|
| 23 | posy %i 127 |
|---|
| 24 | %) /*ARB_EDIT*/ |
|---|
| 25 | |
|---|
| 26 | EDIT_SEARCH %% (% |
|---|
| 27 | width %i 455 |
|---|
| 28 | height %i 305 |
|---|
| 29 | posx %i 677 |
|---|
| 30 | posy %i 0 |
|---|
| 31 | %) /*EDIT_SEARCH*/ |
|---|
| 32 | |
|---|
| 33 | EDIT_REPLACE %% (% |
|---|
| 34 | width %i 455 |
|---|
| 35 | height %i 410 |
|---|
| 36 | posx %i 682 |
|---|
| 37 | posy %i 0 |
|---|
| 38 | %) /*EDIT_REPLACE*/ |
|---|
| 39 | |
|---|
| 40 | COMPLEMENT__and__REVERS %% (% |
|---|
| 41 | width %i 450 |
|---|
| 42 | height %i 245 |
|---|
| 43 | posx %i 686 |
|---|
| 44 | posy %i 0 |
|---|
| 45 | %) /*COMPLEMENT__and__REVERS*/ |
|---|
| 46 | |
|---|
| 47 | CREATE_SEQUENCE %% (% |
|---|
| 48 | width %i 280 |
|---|
| 49 | height %i 130 |
|---|
| 50 | posx %i 111 |
|---|
| 51 | posy %i 234 |
|---|
| 52 | %) /*CREATE_SEQUENCE*/ |
|---|
| 53 | |
|---|
| 54 | COPY_SELECTED_SEQUENCE %% (% |
|---|
| 55 | width %i 280 |
|---|
| 56 | height %i 130 |
|---|
| 57 | posx %i 121 |
|---|
| 58 | posy %i 232 |
|---|
| 59 | %) /*COPY_SELECTED_SEQUENCE*/ |
|---|
| 60 | |
|---|
| 61 | HELIX_PROPERTIES %% (% |
|---|
| 62 | width %i 454 |
|---|
| 63 | height %i 718 |
|---|
| 64 | posx %i 472 |
|---|
| 65 | posy %i 38 |
|---|
| 66 | %) /*HELIX_PROPERTIES*/ |
|---|
| 67 | |
|---|
| 68 | KEY_MAPPINGS %% (% |
|---|
| 69 | width %i 185 |
|---|
| 70 | height %i 706 |
|---|
| 71 | posx %i 493 |
|---|
| 72 | posy %i 54 |
|---|
| 73 | %) /*KEY_MAPPINGS*/ |
|---|
| 74 | |
|---|
| 75 | EDIT_PROPERTIES %% (% |
|---|
| 76 | width %i 298 |
|---|
| 77 | height %i 165 |
|---|
| 78 | posx %i 203 |
|---|
| 79 | posy %i 193 |
|---|
| 80 | %) /*EDIT_PROPERTIES*/ |
|---|
| 81 | |
|---|
| 82 | GDE %% (% |
|---|
| 83 | width %i 700 |
|---|
| 84 | height %i 30 |
|---|
| 85 | posx %i 442 |
|---|
| 86 | posy %i 1114 |
|---|
| 87 | %) /*GDE*/ |
|---|
| 88 | |
|---|
| 89 | COLORS_AND_FONTS %% (% |
|---|
| 90 | width %i 794 |
|---|
| 91 | height %i 636 |
|---|
| 92 | posx %i 397 |
|---|
| 93 | posy %i 279 |
|---|
| 94 | %) /*COLORS_AND_FONTS*/ |
|---|
| 95 | |
|---|
| 96 | %) /*windows*/ |
|---|
| 97 | |
|---|
| 98 | GDE %% (% |
|---|
| 99 | horizontal_page_increment %i 50 |
|---|
| 100 | vertical_page_increment %i 50 |
|---|
| 101 | scroll_delay_vertical %i 20 |
|---|
| 102 | scroll_delay_horizontal %i 20 |
|---|
| 103 | scroll_width_horizontal %i 9 |
|---|
| 104 | scroll_width_vertical %i 20 |
|---|
| 105 | %) /*GDE*/ |
|---|
| 106 | |
|---|
| 107 | %) /*window*/ |
|---|
| 108 | |
|---|
| 109 | species_name "3esccoli" |
|---|
| 110 | aligner %% (% |
|---|
| 111 | pt_server %i 5 |
|---|
| 112 | use_self %i 0 |
|---|
| 113 | mark_profile %i 1 |
|---|
| 114 | clip_profile %f 0.7 |
|---|
| 115 | aa %f 0 |
|---|
| 116 | ac %f 3 |
|---|
| 117 | ag %f 1 |
|---|
| 118 | at %f 3 |
|---|
| 119 | cc %f 0 |
|---|
| 120 | cg %f 3 |
|---|
| 121 | ct %f 1 |
|---|
| 122 | gg %f 0 |
|---|
| 123 | gt %f 3 |
|---|
| 124 | tt %f 0 |
|---|
| 125 | gap_panelty %f 5 |
|---|
| 126 | igap_panelty %f 0.2 |
|---|
| 127 | minf %i 3 |
|---|
| 128 | maxf %i 30 |
|---|
| 129 | minw %f 0.7 |
|---|
| 130 | maxew %f 0.2 |
|---|
| 131 | det %% (% |
|---|
| 132 | cl %f 0.25 |
|---|
| 133 | cm %f 0.5 |
|---|
| 134 | ch %f 0.8 |
|---|
| 135 | ib %i 5 |
|---|
| 136 | ic %i 5 |
|---|
| 137 | %) /*det*/ |
|---|
| 138 | |
|---|
| 139 | what %i 0 |
|---|
| 140 | against %i 0 |
|---|
| 141 | sagainst "" |
|---|
| 142 | version %i 1 |
|---|
| 143 | %) /*aligner*/ |
|---|
| 144 | |
|---|
| 145 | tools %% (% |
|---|
| 146 | search %% (% |
|---|
| 147 | string "" |
|---|
| 148 | mismatches %i 0 |
|---|
| 149 | gaps %i 0 |
|---|
| 150 | u_t %i 0 |
|---|
| 151 | upper %i 0 |
|---|
| 152 | what %i 0 |
|---|
| 153 | %) /*search*/ |
|---|
| 154 | |
|---|
| 155 | %) /*tools*/ |
|---|
| 156 | |
|---|
| 157 | textedit %% (% |
|---|
| 158 | command "arb_textedit * &" |
|---|
| 159 | %) /*textedit*/ |
|---|
| 160 | |
|---|
| 161 | submission %% (% |
|---|
| 162 | source "/usr2/arb/lib/submit/submiss.embl" |
|---|
| 163 | file "NisSpeci.submit" |
|---|
| 164 | privat "$(ADDRESS)=Technische Universitaet Muenchen:\J$(YOUR NAME)=Wolfgang LUDWIG, Dr.:\J$(INSTITUTION)=Lehrstuhl fuer Mikrobiologie:\J$(MAIL)=ludwig@mbitum2.biol.chemie.tu-muenchen.de:\J$(PHONE)=+89 2105 2370:\J$(TELEFAX)=+89 2105 2360:\J" |
|---|
| 165 | %) /*submission*/ |
|---|
| 166 | |
|---|
| 167 | key_mapping %% (% |
|---|
| 168 | key_0 %% (% |
|---|
| 169 | source "b" |
|---|
| 170 | dest "A" |
|---|
| 171 | %) /*key_0*/ |
|---|
| 172 | |
|---|
| 173 | key_1 %% (% |
|---|
| 174 | source "h" |
|---|
| 175 | dest "C" |
|---|
| 176 | %) /*key_1*/ |
|---|
| 177 | |
|---|
| 178 | key_2 %% (% |
|---|
| 179 | source "j" |
|---|
| 180 | dest "G" |
|---|
| 181 | %) /*key_2*/ |
|---|
| 182 | |
|---|
| 183 | key_3 %% (% |
|---|
| 184 | source "l" |
|---|
| 185 | dest "U" |
|---|
| 186 | %) /*key_3*/ |
|---|
| 187 | |
|---|
| 188 | key_4 %% (% |
|---|
| 189 | source " " |
|---|
| 190 | dest "-" |
|---|
| 191 | %) /*key_4*/ |
|---|
| 192 | |
|---|
| 193 | key_5 %% (% |
|---|
| 194 | source "z" |
|---|
| 195 | dest "." |
|---|
| 196 | %) /*key_5*/ |
|---|
| 197 | |
|---|
| 198 | key_6 %% (% |
|---|
| 199 | source "s" |
|---|
| 200 | dest "A" |
|---|
| 201 | %) /*key_6*/ |
|---|
| 202 | |
|---|
| 203 | key_7 %% (% |
|---|
| 204 | source "r" |
|---|
| 205 | dest "C" |
|---|
| 206 | %) /*key_7*/ |
|---|
| 207 | |
|---|
| 208 | key_8 %% (% |
|---|
| 209 | source "t" |
|---|
| 210 | dest "G" |
|---|
| 211 | %) /*key_8*/ |
|---|
| 212 | |
|---|
| 213 | key_9 %% (% |
|---|
| 214 | source "y" |
|---|
| 215 | dest "U" |
|---|
| 216 | %) /*key_9*/ |
|---|
| 217 | |
|---|
| 218 | key_10 %% (% |
|---|
| 219 | source "B" |
|---|
| 220 | dest "a" |
|---|
| 221 | %) /*key_10*/ |
|---|
| 222 | |
|---|
| 223 | key_11 %% (% |
|---|
| 224 | source "H" |
|---|
| 225 | dest "c" |
|---|
| 226 | %) /*key_11*/ |
|---|
| 227 | |
|---|
| 228 | key_12 %% (% |
|---|
| 229 | source "J" |
|---|
| 230 | dest "g" |
|---|
| 231 | %) /*key_12*/ |
|---|
| 232 | |
|---|
| 233 | key_13 %% (% |
|---|
| 234 | source "L" |
|---|
| 235 | dest "u" |
|---|
| 236 | %) /*key_13*/ |
|---|
| 237 | |
|---|
| 238 | key_14 %% (% |
|---|
| 239 | source "" |
|---|
| 240 | dest "" |
|---|
| 241 | %) /*key_14*/ |
|---|
| 242 | |
|---|
| 243 | key_15 %% (% |
|---|
| 244 | source "" |
|---|
| 245 | dest "" |
|---|
| 246 | %) /*key_15*/ |
|---|
| 247 | |
|---|
| 248 | key_16 %% (% |
|---|
| 249 | source "" |
|---|
| 250 | dest "" |
|---|
| 251 | %) /*key_16*/ |
|---|
| 252 | |
|---|
| 253 | key_17 %% (% |
|---|
| 254 | source "" |
|---|
| 255 | dest "" |
|---|
| 256 | %) /*key_17*/ |
|---|
| 257 | |
|---|
| 258 | key_18 %% (% |
|---|
| 259 | source "" |
|---|
| 260 | dest "" |
|---|
| 261 | %) /*key_18*/ |
|---|
| 262 | |
|---|
| 263 | key_19 %% (% |
|---|
| 264 | source "" |
|---|
| 265 | dest "" |
|---|
| 266 | %) /*key_19*/ |
|---|
| 267 | |
|---|
| 268 | enable %i 1 |
|---|
| 269 | %) /*key_mapping*/ |
|---|
| 270 | |
|---|
| 271 | |
|---|
| 272 | edit %% (% |
|---|
| 273 | line_spacing %i 3 |
|---|
| 274 | helix_at_extendeds %i 0 |
|---|
| 275 | center_spacing %i -5 |
|---|
| 276 | %) /*edit*/ |
|---|
| 277 | |
|---|
| 278 | Helix %% (% |
|---|
| 279 | pairs %% (% |
|---|
| 280 | Strong_Pair "GC AU AT" |
|---|
| 281 | Normal_Pair "GU GT" |
|---|
| 282 | Weak_Pair "GA" |
|---|
| 283 | No_Pair "AA AC CC CT CU GG" |
|---|
| 284 | User_Pair ".A .C .G .T .U .N" |
|---|
| 285 | User_Pair2 "-A -C -G -T -U " |
|---|
| 286 | User_Pair3 "NA NC NG NT NU -N NN" |
|---|
| 287 | User_Pair4 "UU TT uu tt" |
|---|
| 288 | Non_Standart0 "" |
|---|
| 289 | Non_Standart1 "" |
|---|
| 290 | Non_Standart2 "" |
|---|
| 291 | Non_Standart3 "" |
|---|
| 292 | Non_Standart4 "" |
|---|
| 293 | Non_Standart5 "" |
|---|
| 294 | Non_Standart6 "" |
|---|
| 295 | Non_Standart7 "" |
|---|
| 296 | Non_Standart8 "" |
|---|
| 297 | Non_Standart9 "" |
|---|
| 298 | Not_Non_Standart "" |
|---|
| 299 | Default "" |
|---|
| 300 | Non_Standart_aA "" |
|---|
| 301 | %) /*pairs*/ |
|---|
| 302 | |
|---|
| 303 | symbols %% (% |
|---|
| 304 | Strong_Pair "~" |
|---|
| 305 | Normal_Pair "-" |
|---|
| 306 | Weak_Pair "=" |
|---|
| 307 | No_Pair "#" |
|---|
| 308 | User_Pair "*" |
|---|
| 309 | User_Pair2 "#" |
|---|
| 310 | User_Pair3 "* " |
|---|
| 311 | User_Pair4 "+ " |
|---|
| 312 | Non_Standart0 "" |
|---|
| 313 | Non_Standart1 "" |
|---|
| 314 | Non_Standart2 "" |
|---|
| 315 | Non_Standart3 "" |
|---|
| 316 | Non_Standart4 "" |
|---|
| 317 | Non_Standart5 "" |
|---|
| 318 | Non_Standart6 "" |
|---|
| 319 | Non_Standart7 "" |
|---|
| 320 | Non_Standart8 "" |
|---|
| 321 | Non_Standart9 "" |
|---|
| 322 | Not_Non_Standart "" |
|---|
| 323 | Default " " |
|---|
| 324 | Non_Standart_aA "" |
|---|
| 325 | %) /*symbols*/ |
|---|
| 326 | |
|---|
| 327 | %) /*Helix*/ |
|---|
| 328 | |
|---|
| 329 | vectorfont %% (% |
|---|
| 330 | userscale %f 1 |
|---|
| 331 | name "lib/pictures/fontgfx.vfont" |
|---|
| 332 | active %i 1 |
|---|
| 333 | directory "lib/pictures" |
|---|
| 334 | filter ".vfont" |
|---|
| 335 | file_name "lib/pictures/fontgfx.vfont" |
|---|
| 336 | %) /*vectorfont*/ |
|---|
| 337 | |
|---|
| 338 | gde %% (% |
|---|
| 339 | use_ex %i 0 |
|---|
| 340 | top_area %i 1 |
|---|
| 341 | middle_area %i 1 |
|---|
| 342 | bottom_area %i 1 |
|---|
| 343 | showhelix %i 1 |
|---|
| 344 | filter %% (% |
|---|
| 345 | name "" |
|---|
| 346 | filter "" |
|---|
| 347 | alignment "" |
|---|
| 348 | %) /*filter*/ |
|---|
| 349 | |
|---|
| 350 | species %i 1 |
|---|
| 351 | compression %i 1 |
|---|
| 352 | top_area_sai %i 1 |
|---|
| 353 | top_area_helix %i 1 |
|---|
| 354 | middle_area_sai %i 1 |
|---|
| 355 | middle_area_helix %i 1 |
|---|
| 356 | bottom_area_sai %i 1 |
|---|
| 357 | bottom_area_helix %i 1 |
|---|
| 358 | %) /*gde*/ |
|---|
| 359 | |
|---|
| 360 | naligner %% (% |
|---|
| 361 | what %i 0 |
|---|
| 362 | against %i 0 |
|---|
| 363 | sagainst "" |
|---|
| 364 | pt_server %i -1 |
|---|
| 365 | mark_profile %i 1 |
|---|
| 366 | version %i 1 |
|---|
| 367 | aa %f 0 |
|---|
| 368 | ac %f 3 |
|---|
| 369 | ag %f 1 |
|---|
| 370 | at %f 3 |
|---|
| 371 | cc %f 0 |
|---|
| 372 | cg %f 3 |
|---|
| 373 | ct %f 1 |
|---|
| 374 | gg %f 0 |
|---|
| 375 | gt %f 3 |
|---|
| 376 | tt %f 0 |
|---|
| 377 | gap_panelty %f 5 |
|---|
| 378 | igap_panelty %f 0.2 |
|---|
| 379 | minf %i 3 |
|---|
| 380 | maxf %i 30 |
|---|
| 381 | minw %f 0.7 |
|---|
| 382 | maxew %f 0.2 |
|---|
| 383 | det %% (% |
|---|
| 384 | cl %f 0.25 |
|---|
| 385 | cm %f 0.5 |
|---|
| 386 | ch %f 0.8 |
|---|
| 387 | ib %i 5 |
|---|
| 388 | ic %i 5 |
|---|
| 389 | %) /*det*/ |
|---|
| 390 | |
|---|
| 391 | %) /*naligner*/ |
|---|
| 392 | |
|---|
Note: See
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