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| Line | |
|---|
| 1 | /*ARBDB ASCII*/ |
|---|
| 2 | window %% (% |
|---|
| 3 | font "7x13bold" |
|---|
| 4 | background "#F0F0F0" |
|---|
| 5 | foreground "Black" |
|---|
| 6 | color_1 "red" |
|---|
| 7 | color_2 "green" |
|---|
| 8 | color_3 "blue" |
|---|
| 9 | windows %% (% |
|---|
| 10 | ARB_EDIT4_1 %% (% |
|---|
| 11 | width %i 1020 |
|---|
| 12 | height %i 710 |
|---|
| 13 | posx %i 17 |
|---|
| 14 | posy %i 59 |
|---|
| 15 | %) /*ARB_EDIT4_1*/ |
|---|
| 16 | |
|---|
| 17 | SEQUENCE_COLORS %% (% |
|---|
| 18 | width %i 354 |
|---|
| 19 | height %i 953 |
|---|
| 20 | posx %i 703 |
|---|
| 21 | posy %i 0 |
|---|
| 22 | %) /*SEQUENCE_COLORS*/ |
|---|
| 23 | |
|---|
| 24 | COLORS_AND_FONTS %% (% |
|---|
| 25 | width %i 773 |
|---|
| 26 | height %i 786 |
|---|
| 27 | posx %i 350 |
|---|
| 28 | posy %i 447 |
|---|
| 29 | %) /*COLORS_AND_FONTS*/ |
|---|
| 30 | |
|---|
| 31 | QUESTION_BOX %% (% |
|---|
| 32 | width %i 447 |
|---|
| 33 | height %i 65 |
|---|
| 34 | posx %i 271 |
|---|
| 35 | posy %i 129 |
|---|
| 36 | %) /*QUESTION_BOX*/ |
|---|
| 37 | |
|---|
| 38 | HELIX_PROPERTIES %% (% |
|---|
| 39 | width %i 454 |
|---|
| 40 | height %i 718 |
|---|
| 41 | posx %i 390 |
|---|
| 42 | posy %i 248 |
|---|
| 43 | %) /*HELIX_PROPERTIES*/ |
|---|
| 44 | |
|---|
| 45 | KEY_MAPPINGS %% (% |
|---|
| 46 | width %i 191 |
|---|
| 47 | height %i 746 |
|---|
| 48 | posx %i 95 |
|---|
| 49 | posy %i 74 |
|---|
| 50 | %) /*KEY_MAPPINGS*/ |
|---|
| 51 | |
|---|
| 52 | ACTIVATE_ONLINE_STATISTIC %% (% |
|---|
| 53 | width %i 320 |
|---|
| 54 | height %i 300 |
|---|
| 55 | posx %i 95 |
|---|
| 56 | posy %i 74 |
|---|
| 57 | %) /*ACTIVATE_ONLINE_STATISTIC*/ |
|---|
| 58 | |
|---|
| 59 | PROBE_SEARCH %% (% |
|---|
| 60 | width %i 655 |
|---|
| 61 | height %i 430 |
|---|
| 62 | posx %i 95 |
|---|
| 63 | posy %i 75 |
|---|
| 64 | %) /*PROBE_SEARCH*/ |
|---|
| 65 | |
|---|
| 66 | EDIT4_PROPS %% (% |
|---|
| 67 | width %i 480 |
|---|
| 68 | height %i 660 |
|---|
| 69 | posx %i 95 |
|---|
| 70 | posy %i 75 |
|---|
| 71 | %) /*EDIT4_PROPS*/ |
|---|
| 72 | |
|---|
| 73 | PROPS_GC %% (% |
|---|
| 74 | width %i 795 |
|---|
| 75 | height %i 588 |
|---|
| 76 | posx %i 385 |
|---|
| 77 | posy %i 225 |
|---|
| 78 | %) /*PROPS_GC*/ |
|---|
| 79 | |
|---|
| 80 | COLORS %% (% |
|---|
| 81 | width %i 426 |
|---|
| 82 | height %i 170 |
|---|
| 83 | posx %i 390 |
|---|
| 84 | posy %i 250 |
|---|
| 85 | %) /*COLORS*/ |
|---|
| 86 | |
|---|
| 87 | %) /*windows*/ |
|---|
| 88 | |
|---|
| 89 | ARB_EDIT4_1 %% (% |
|---|
| 90 | horizontal_page_increment %i 50 |
|---|
| 91 | vertical_page_increment %i 50 |
|---|
| 92 | scroll_delay_vertical %i 20 |
|---|
| 93 | scroll_delay_horizontal %i 20 |
|---|
| 94 | scroll_width_horizontal %i 9 |
|---|
| 95 | scroll_width_vertical %i 20 |
|---|
| 96 | %) /*ARB_EDIT4_1*/ |
|---|
| 97 | |
|---|
| 98 | %) /*window*/ |
|---|
| 99 | |
|---|
| 100 | vectorfont %% (% |
|---|
| 101 | userscale %f 1 |
|---|
| 102 | name "lib/pictures/fontgfx.vfont" |
|---|
| 103 | active %i 1 |
|---|
| 104 | directory "lib/pictures" |
|---|
| 105 | filter ".vfont" |
|---|
| 106 | file_name "" |
|---|
| 107 | %) /*vectorfont*/ |
|---|
| 108 | |
|---|
| 109 | edit4 %% (% |
|---|
| 110 | helix_spacing %i 6 |
|---|
| 111 | title_mode %i 1 |
|---|
| 112 | %) /*edit4*/ |
|---|
| 113 | |
|---|
| 114 | key_mapping %% (% |
|---|
| 115 | key_0 %% (% |
|---|
| 116 | source "h" |
|---|
| 117 | dest "C" |
|---|
| 118 | %) /*key_0*/ |
|---|
| 119 | |
|---|
| 120 | key_1 %% (% |
|---|
| 121 | source "b" |
|---|
| 122 | dest "A" |
|---|
| 123 | %) /*key_1*/ |
|---|
| 124 | |
|---|
| 125 | key_2 %% (% |
|---|
| 126 | source "j" |
|---|
| 127 | dest "G" |
|---|
| 128 | %) /*key_2*/ |
|---|
| 129 | |
|---|
| 130 | key_3 %% (% |
|---|
| 131 | source "l" |
|---|
| 132 | dest "U" |
|---|
| 133 | %) /*key_3*/ |
|---|
| 134 | |
|---|
| 135 | key_4 %% (% |
|---|
| 136 | source " " |
|---|
| 137 | dest "-" |
|---|
| 138 | %) /*key_4*/ |
|---|
| 139 | |
|---|
| 140 | key_5 %% (% |
|---|
| 141 | source "H" |
|---|
| 142 | dest "c" |
|---|
| 143 | %) /*key_5*/ |
|---|
| 144 | |
|---|
| 145 | key_6 %% (% |
|---|
| 146 | source "B" |
|---|
| 147 | dest "a" |
|---|
| 148 | %) /*key_6*/ |
|---|
| 149 | |
|---|
| 150 | key_7 %% (% |
|---|
| 151 | source "J" |
|---|
| 152 | dest "g" |
|---|
| 153 | %) /*key_7*/ |
|---|
| 154 | |
|---|
| 155 | key_8 %% (% |
|---|
| 156 | source "L" |
|---|
| 157 | dest "u" |
|---|
| 158 | %) /*key_8*/ |
|---|
| 159 | |
|---|
| 160 | key_9 %% (% |
|---|
| 161 | source "N" |
|---|
| 162 | dest "n" |
|---|
| 163 | %) /*key_9*/ |
|---|
| 164 | |
|---|
| 165 | key_10 %% (% |
|---|
| 166 | source "n" |
|---|
| 167 | dest "N" |
|---|
| 168 | %) /*key_10*/ |
|---|
| 169 | |
|---|
| 170 | key_11 %% (% |
|---|
| 171 | source "" |
|---|
| 172 | dest "" |
|---|
| 173 | %) /*key_11*/ |
|---|
| 174 | |
|---|
| 175 | key_12 %% (% |
|---|
| 176 | source "" |
|---|
| 177 | dest "" |
|---|
| 178 | %) /*key_12*/ |
|---|
| 179 | |
|---|
| 180 | key_13 %% (% |
|---|
| 181 | source "" |
|---|
| 182 | dest "" |
|---|
| 183 | %) /*key_13*/ |
|---|
| 184 | |
|---|
| 185 | key_14 %% (% |
|---|
| 186 | source "" |
|---|
| 187 | dest "" |
|---|
| 188 | %) /*key_14*/ |
|---|
| 189 | |
|---|
| 190 | key_15 %% (% |
|---|
| 191 | source "" |
|---|
| 192 | dest "" |
|---|
| 193 | %) /*key_15*/ |
|---|
| 194 | |
|---|
| 195 | key_16 %% (% |
|---|
| 196 | source "" |
|---|
| 197 | dest "" |
|---|
| 198 | %) /*key_16*/ |
|---|
| 199 | |
|---|
| 200 | key_17 %% (% |
|---|
| 201 | source "" |
|---|
| 202 | dest "" |
|---|
| 203 | %) /*key_17*/ |
|---|
| 204 | |
|---|
| 205 | key_18 %% (% |
|---|
| 206 | source "" |
|---|
| 207 | dest "" |
|---|
| 208 | %) /*key_18*/ |
|---|
| 209 | |
|---|
| 210 | key_19 %% (% |
|---|
| 211 | source "" |
|---|
| 212 | dest "" |
|---|
| 213 | %) /*key_19*/ |
|---|
| 214 | |
|---|
| 215 | enable %i 1 |
|---|
| 216 | %) /*key_mapping*/ |
|---|
| 217 | |
|---|
| 218 | Helix %% (% |
|---|
| 219 | pairs %% (% |
|---|
| 220 | Strong_Pair "CG AT AU" |
|---|
| 221 | Normal_Pair "GU GT" |
|---|
| 222 | Weak_Pair "GA " |
|---|
| 223 | No_Pair "AA AC CC CT CU GG" |
|---|
| 224 | User_Pair ".A .C .G .T .U" |
|---|
| 225 | User_Pair2 "-A -C -G -T -U" |
|---|
| 226 | User_Pair3 "UU TT" |
|---|
| 227 | User_Pair4 ".-" |
|---|
| 228 | Default "" |
|---|
| 229 | Non_Standart_aA "" |
|---|
| 230 | Non_Standart1 "" |
|---|
| 231 | Non_Standart2 "" |
|---|
| 232 | Non_Standart3 "" |
|---|
| 233 | Non_Standart4 "" |
|---|
| 234 | Non_Standart5 "" |
|---|
| 235 | Non_Standart6 "" |
|---|
| 236 | Non_Standart7 "" |
|---|
| 237 | Non_Standart8 "" |
|---|
| 238 | Non_Standart9 "" |
|---|
| 239 | Not_Non_Standart "" |
|---|
| 240 | %) /*pairs*/ |
|---|
| 241 | |
|---|
| 242 | symbols %% (% |
|---|
| 243 | Strong_Pair "~" |
|---|
| 244 | Normal_Pair "-" |
|---|
| 245 | Weak_Pair "=" |
|---|
| 246 | No_Pair "#" |
|---|
| 247 | User_Pair "*" |
|---|
| 248 | User_Pair2 "#" |
|---|
| 249 | User_Pair3 "+ " |
|---|
| 250 | User_Pair4 " " |
|---|
| 251 | Default "" |
|---|
| 252 | Non_Standart_aA "" |
|---|
| 253 | Non_Standart1 "" |
|---|
| 254 | Non_Standart2 "" |
|---|
| 255 | Non_Standart3 "" |
|---|
| 256 | Non_Standart4 "" |
|---|
| 257 | Non_Standart5 "" |
|---|
| 258 | Non_Standart6 "" |
|---|
| 259 | Non_Standart7 "" |
|---|
| 260 | Non_Standart8 "" |
|---|
| 261 | Non_Standart9 "" |
|---|
| 262 | Not_Non_Standart "|" |
|---|
| 263 | %) /*symbols*/ |
|---|
| 264 | |
|---|
| 265 | %) /*Helix*/ |
|---|
| 266 | |
|---|
| 267 | faligner %% (% |
|---|
| 268 | what %i 0 |
|---|
| 269 | against %i 1 |
|---|
| 270 | sagainst "My name is nobody!" |
|---|
| 271 | range %i 1 |
|---|
| 272 | around %i 25 |
|---|
| 273 | pt_server %i -1 |
|---|
| 274 | mirror %i 1 |
|---|
| 275 | insert %i 1 |
|---|
| 276 | show_gaps %i 1 |
|---|
| 277 | next_relatives %i 1 |
|---|
| 278 | %) /*faligner*/ |
|---|
| 279 | |
|---|
| 280 | sequence %% (% |
|---|
| 281 | compression_type %i 5 |
|---|
| 282 | compression_type_gaps %i 0 |
|---|
| 283 | compression_type_hide %i 0 |
|---|
| 284 | compression_type_hide_percent %i 1 |
|---|
| 285 | gap_chars ".-~?" |
|---|
| 286 | %) /*sequence*/ |
|---|
| 287 | |
|---|
| 288 | nt %% (% |
|---|
| 289 | pt_server %i -1 |
|---|
| 290 | %) /*nt*/ |
|---|
| 291 | |
|---|
| 292 | species_name %% (% |
|---|
| 293 | width %i 20 |
|---|
| 294 | %) /*species_name*/ |
|---|
| 295 | |
|---|
| 296 | scrolling %% (% |
|---|
| 297 | speed_x %i 40 |
|---|
| 298 | speed_y %i 20 |
|---|
| 299 | %) /*scrolling*/ |
|---|
| 300 | |
|---|
| 301 | gde %% (% |
|---|
| 302 | top_area_kons %i 1 |
|---|
| 303 | top_area_remark %i 1 |
|---|
| 304 | middle_area_kons %i 1 |
|---|
| 305 | middle_area_remark %i 1 |
|---|
| 306 | top_area %i 1 |
|---|
| 307 | top_area_sai %i 1 |
|---|
| 308 | top_area_helix %i 1 |
|---|
| 309 | middle_area %i 1 |
|---|
| 310 | middle_area_sai %i 1 |
|---|
| 311 | middle_area_helix %i 1 |
|---|
| 312 | bottom_area %i 1 |
|---|
| 313 | bottom_area_sai %i 1 |
|---|
| 314 | bottom_area_helix %i 1 |
|---|
| 315 | filter %% (% |
|---|
| 316 | name "" |
|---|
| 317 | filter "" |
|---|
| 318 | alignment "" |
|---|
| 319 | %) /*filter*/ |
|---|
| 320 | |
|---|
| 321 | species %i 1 |
|---|
| 322 | compression %i 1 |
|---|
| 323 | %) /*gde*/ |
|---|
| 324 | |
|---|
| 325 | edit %% (% |
|---|
| 326 | digits_as_repeat %i 0 |
|---|
| 327 | fast_cursor_jump %i 0 |
|---|
| 328 | %) /*edit*/ |
|---|
| 329 | |
|---|
| 330 | con %% (% |
|---|
| 331 | countgaps %i 1 |
|---|
| 332 | gapbound %i 60 |
|---|
| 333 | group %i 1 |
|---|
| 334 | considbound %i 30 |
|---|
| 335 | upper %i 95 |
|---|
| 336 | lower %i 70 |
|---|
| 337 | show %i 1 |
|---|
| 338 | %) /*con*/ |
|---|
| 339 | |
|---|
| 340 | replace %% (% |
|---|
| 341 | spat "." |
|---|
| 342 | rpat "-" |
|---|
| 343 | %) /*replace*/ |
|---|
| 344 | |
|---|
Note: See
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