source: branches/profile/EDIT4/ED4_root.cxx

Last change on this file was 12803, checked in by westram, 5 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 79.0 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ED4_root.cxx                                      //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "ed4_class.hxx"
12#include "ed4_awars.hxx"
13#include "ed4_tools.hxx"
14#include "ed4_block.hxx"
15#include "ed4_dots.hxx"
16#include "ed4_nds.hxx"
17#include "ed4_list.hxx"
18#include "ed4_plugins.hxx"
19#include "ed4_visualizeSAI.hxx"
20#include "ed4_naligner.hxx"
21#include "ed4_ProteinViewer.hxx"
22#include "ed4_protein_2nd_structure.hxx"
23#include "graph_aligner_gui.hxx"
24#include "ed4_colStat.hxx"
25
26#include <ed4_extern.hxx>
27#include <fast_aligner.hxx>
28#include <AW_helix.hxx>
29#include <gde.hxx>
30#include <awt.hxx>
31#include <awt_seq_colors.hxx>
32#include <awt_map_key.hxx>
33#include <aw_awars.hxx>
34#include <aw_preset.hxx>
35#include <aw_msg.hxx>
36#include <arb_progress.h>
37#include <aw_root.hxx>
38#include <aw_question.hxx>
39#include <aw_advice.hxx>
40#include "../WINDOW/aw_status.hxx" // @@@ hack - obsolete when EDIT4 status works like elsewhere
41#include <arb_version.h>
42#include <arb_file.h>
43#include <arbdbt.h>
44#include <ad_cb.h>
45#include <macros.hxx>
46
47#include <cctype>
48#include <map>
49
50AW_window *AWTC_create_island_hopping_window(AW_root *root, AW_CL);
51
52ED4_WinContext ED4_WinContext::current_context;
53
54void ED4_folding_line::warn_illegal_dimension() {
55#if defined(DEBUG)
56    if (dimension<0.0) {
57        // e4_assert(0); // crashes gdb when called from scrollbar callback - so instead only dump backtrace
58        const char *msg = GBS_global_string("illegal dimension %f\n", dimension);
59        GBK_dump_backtrace(stderr, msg);
60    }
61#endif
62}
63
64void ED4_WinContext::warn_missing_context() const {
65    e4_assert(0);
66    GBK_dump_backtrace(stderr, "Missing context");
67    aw_message("Missing context - please send information from console to devel@arb-home.de");
68}
69
70static ARB_ERROR request_terminal_refresh(ED4_base *base, AW_CL cl_level) {
71    ED4_level lev = ED4_level(cl_level);
72    if (lev == ED4_L_NO_LEVEL || (base->spec.level&lev) != 0) {
73        if (base->is_terminal()) base->request_refresh();
74    }
75    return NULL;
76}
77
78void ED4_root::request_refresh_for_all_terminals() {
79    main_manager->route_down_hierarchy(request_terminal_refresh, ED4_L_NO_LEVEL).expect_no_error();
80}
81
82void ED4_root::request_refresh_for_specific_terminals(ED4_level lev) {
83    main_manager->route_down_hierarchy(request_terminal_refresh, lev).expect_no_error();
84}
85
86
87static ARB_ERROR request_sequence_refresh(ED4_base *base, AW_CL cl_consensi) {
88    ARB_ERROR error;
89    if (base->spec.level & ED4_L_SPECIES) {
90        bool consensi = bool(cl_consensi);
91        if (base->is_consensus_manager() == consensi) {
92            error = base->to_manager()->route_down_hierarchy(request_terminal_refresh, ED4_L_SEQUENCE_STRING);
93        }
94    }
95    return error;
96}
97
98// if you want to refresh consensi AND sequences you may use request_refresh_for_specific_terminals(ED4_L_SEQUENCE_STRING)
99void ED4_root::request_refresh_for_consensus_terminals() {
100    main_manager->route_down_hierarchy(request_sequence_refresh, true).expect_no_error();
101}
102void ED4_root::request_refresh_for_sequence_terminals() {
103    if (main_manager) {
104        main_manager->route_down_hierarchy(request_sequence_refresh, false).expect_no_error();
105    }
106}
107
108void ED4_root::refresh_window_simple(bool redraw) {
109    // if 'redraw' -> update everything (ignoring refresh flag)
110    int refresh_all = 0;
111    if (redraw) {
112#if defined(TRACE_REFRESH)
113        fprintf(stderr, "- clear display (refresh_window_simple(redraw=true) called)\n"); fflush(stderr);
114#endif
115        main_manager->update_info.set_clear_at_refresh(1);
116        refresh_all = 1;
117    }
118
119    main_manager->Show(refresh_all, 0);
120    if (redraw) main_manager->update_info.set_clear_at_refresh(0);
121}
122
123void ED4_root::handle_update_requests(bool& redraw) {
124    if (main_manager->update_info.delete_requested) {
125#if defined(TRACE_REFRESH)
126        fprintf(stderr, "- handling requested deletes\n"); fflush(stderr);
127#endif
128        main_manager->delete_requested_children();
129        redraw = true;
130    }
131
132    if (main_manager->update_info.update_requested) {
133#if defined(TRACE_REFRESH)
134        fprintf(stderr, "- handling requested updates\n"); fflush(stderr);
135#endif
136        main_manager->update_requested_children();
137        redraw = true; // @@@ needed ?
138    }
139
140    while (main_manager->update_info.resize) {
141#if defined(TRACE_REFRESH)
142        fprintf(stderr, "- handling requested resizes\n"); fflush(stderr);
143#endif
144        main_manager->resize_requested_children();
145        redraw = true;
146    }
147
148    // make sure all update request have been handled:
149    e4_assert(!main_manager->update_info.delete_requested);
150    e4_assert(!main_manager->update_info.update_requested);
151    e4_assert(!main_manager->update_info.resize);
152}
153
154void ED4_root::special_window_refresh(bool handle_updates) {
155    // this function should only be used for window specific updates (e.g. cursor placement/deletion)
156    e4_assert(ED4_WinContext::have_context());
157
158    bool redraw = true;
159    if (handle_updates) handle_update_requests(redraw);
160    refresh_window_simple(redraw);
161    // do NOT clear_refresh_requests here!! this is no full refresh!
162}
163
164ED4_returncode ED4_root::refresh_all_windows(bool redraw) {
165    // if 'redraw' -> update everything (ignoring refresh flag)
166    GB_transaction ta(GLOBAL_gb_main);
167
168    handle_update_requests(redraw);
169   
170    ED4_window *window = first_window;
171    while (window) {
172        ED4_LocalWinContext uses(window);
173        refresh_window_simple(redraw);
174        window = window->next;
175    }
176
177    if (main_manager->update_info.refresh) main_manager->clear_refresh();
178
179    return (ED4_R_OK);
180}
181
182// --------------------------------------------------------------------------------
183
184#ifdef UNIT_TESTS
185#ifndef TEST_UNIT_H
186#include <test_unit.h>
187#endif
188
189static arb_test::match_expectation correct_win2world_calculation(ED4_foldable& foldable, int xwin_org, int ywin_org, int xwrld_expd, int ywrld_expd) {
190    using namespace arb_test;
191    match_expectation precondition(all().of(that(xwrld_expd).is_more_or_equal(xwin_org),
192                                            that(ywrld_expd).is_more_or_equal(ywin_org)));
193
194    AW_pos xwrld_calc = xwin_org;
195    AW_pos ywrld_calc = ywin_org;
196    foldable.win_to_world_coords(&xwrld_calc, &ywrld_calc);
197
198    match_expectation win_2_world_conversion(all().of(that(xwrld_calc).is_equal_to(xwrld_expd),
199                                                      that(ywrld_calc).is_equal_to(ywrld_expd)));
200
201    AW_pos xwin_back = xwrld_calc;
202    AW_pos ywin_back = ywrld_calc;
203    foldable.world_to_win_coords(&xwin_back, &ywin_back);
204
205    match_expectation world_back2_win_conversion(all().of(that(xwin_back).is_equal_to(xwin_org),
206                                                          that(ywin_back).is_equal_to(ywin_org)));
207
208    return all().of(precondition, win_2_world_conversion, world_back2_win_conversion);
209}
210
211static arb_test::match_expectation correct_world2win_calculation(ED4_foldable& foldable, int xwrld_org, int ywrld_org, int xwin_expd, int ywin_expd) {
212    using namespace arb_test;
213    match_expectation precondition(all().of(that(xwrld_org).is_more_or_equal(xwin_expd),
214                                            that(ywrld_org).is_more_or_equal(ywin_expd)));
215
216
217    AW_pos xwin_calc = xwrld_org;
218    AW_pos ywin_calc = ywrld_org;
219    foldable.world_to_win_coords(&xwin_calc, &ywin_calc);
220
221    match_expectation world_2_win_conversion(all().of(that(xwin_calc).is_equal_to(xwin_expd),
222                                                      that(ywin_calc).is_equal_to(ywin_expd)));
223
224    return all().of(precondition, world_2_win_conversion);
225}
226
227#define TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(xwi,ywi)              TEST_EXPECTATION(correct_win2world_calculation(foldable, xwi, ywi, xwi, ywi))
228#define TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(xwi,ywi,fx,fy)   TEST_EXPECTATION(correct_win2world_calculation(foldable, xwi, ywi, (xwi)+(fx), (ywi)+(fy)))
229#define TEST_EXPECT_WORLD_WIN_FOLDING(xwo,ywo,xwi,ywi) TEST_EXPECTATION(correct_world2win_calculation(foldable, xwo, ywo, xwi, ywi))
230
231#define TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING__BROKEN(xwi,ywi,fx,fy)        TEST_EXPECTATION__BROKEN(correct_win2world_calculation(foldable, xwi, ywi, (xwi)+(fx), (ywi)+(fy)))
232#define TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING__BROKENIF(when,xwi,ywi,fx,fy) TEST_EXPECTATION__BROKENIF(when, correct_win2world_calculation(foldable, xwi, ywi, (xwi)+(fx), (ywi)+(fy)))
233
234void TEST_win_2_world() {
235    ED4_foldable foldable;
236
237    const int X1 = 200;
238    const int X2 = 300;
239    const int Y1 = 100;
240    const int Y2 = 200;
241
242    ED4_folding_line *hor100 = foldable.insert_folding_line(Y1, 0, ED4_P_HORIZONTAL);
243    ED4_folding_line *ver200 = foldable.insert_folding_line(X1, 0, ED4_P_VERTICAL);
244    ED4_folding_line *hor200 = foldable.insert_folding_line(Y2, 0, ED4_P_HORIZONTAL);
245    ED4_folding_line *ver300 = foldable.insert_folding_line(X2, 0, ED4_P_VERTICAL);
246
247    // nothing folded yet
248
249    const int x01 = X1/2;
250    const int x12 = (X1+X2)/2;
251    const int x23 = X2+x01;
252
253    const int y01 = Y1/2;
254    const int y12 = (Y1+Y2)/2;
255    const int y23 = Y2+y01;
256
257    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x01, y01);
258    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x12, y01);
259    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x23, y01);
260
261    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x01, y12);
262    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x12, y12);
263    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x23, y12);
264
265    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x01, y23);
266    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x12, y23);
267    TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED(x23, y23);
268
269    for (int FACTOR = 1; FACTOR <= 100; FACTOR += 7) {
270        TEST_ANNOTATE(GBS_global_string("FACTOR=%i", FACTOR));
271        int H1 = FACTOR* 10;
272        int H2 = FACTOR* 40;
273        int V1 = FACTOR* 20;
274        int V2 = FACTOR* 80;
275
276        hor100->set_dimension(H1);
277        hor200->set_dimension(H2);
278        ver200->set_dimension(V1);
279        ver300->set_dimension(V2);
280
281        TEST_EXPECT_WIN_UNFOLDED     (x01, y01); // always in unfolded range
282        TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(x12, y01, V1,    0);
283        TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(x23, y01, V1+V2, 0);
284
285        TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(x01, y12, 0,     H1);
286        TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(x12, y12, V1,    H1);
287        TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(x23, y12, V1+V2, H1);
288
289        TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(x01, y23, 0,     H1+H2);
290        TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(x12, y23, V1,    H1+H2);
291        TEST_EXPECT_WIN_WORLD_FOLDING(x23, y23, V1+V2, H1+H2);
292
293        // test "folded" world positions.
294        // they result in win positions lower than folding line!
295        TEST_EXPECT_WORLD_WIN_FOLDING(X1-1,    Y1-1,    X1-1,    Y1-1);    // left of/above folded range
296        TEST_EXPECT_WORLD_WIN_FOLDING(X1,      Y1,      X1-V1,   Y1-H1);   // left/upper end of folded range
297        TEST_EXPECT_WORLD_WIN_FOLDING(X1+5,    Y1+5,    X1+5-V1, Y1+5-H1); // in folded range
298        TEST_EXPECT_WORLD_WIN_FOLDING(X1+V1,   Y1+H1,   X1,      Y1);      // right/lower end of folded range
299        TEST_EXPECT_WORLD_WIN_FOLDING(X1+V1+1, Y1+H1+1, X1+1,    Y1+1);    // right of/below folded range
300    }
301}
302
303#endif // UNIT_TESTS
304
305// --------------------------------------------------------------------------------
306
307ED4_returncode ED4_root::deselect_all()
308{
309    ED4_multi_species_manager *main_multi_man = middle_area_man->get_multi_species_manager();
310    main_multi_man->deselect_all_species_and_SAI();
311
312    main_multi_man = top_area_man->get_multi_species_manager();
313    main_multi_man->deselect_all_species_and_SAI();
314
315    return ED4_R_OK;
316}
317
318void ED4_root::remove_from_selected(ED4_species_name_terminal *name_term) { // @@@ change param to ED4_species_manager ?
319    if (name_term) {
320        if ((selected_objects->has_elem(name_term->selection_info))) {
321            selected_objects->remove_elem(name_term->selection_info);
322
323            delete name_term->selection_info;
324            name_term->selection_info    = NULL;
325            name_term->containing_species_manager()->set_selected(false);
326            name_term->dragged = false; // @@@ caller shall do this
327
328#ifdef DEBUG
329            GBDATA *gbd = name_term->get_species_pointer();
330
331            if (gbd) {
332                printf("removed term '%s'\n", GB_read_char_pntr(gbd));
333            }
334            else {
335                ED4_species_manager *spec_man = name_term->get_parent(ED4_L_SPECIES)->to_species_manager();
336
337                if (spec_man->is_consensus_manager()) {
338                    printf("removed consensus '%s'\n", name_term->id);
339                }
340                else {
341                    printf("removed unknown term '%s'\n", name_term->id ? name_term->id : "NULL");
342                }
343            }
344#endif
345
346            name_term->request_refresh();
347            ED4_sequence_terminal *seq_term = name_term->corresponding_sequence_terminal();
348            if (seq_term) seq_term->request_refresh();
349
350            // ProtView: Refresh corresponding orf terminals
351            if (alignment_type == GB_AT_DNA) {
352                PV_CallBackFunction(this->aw_root);
353            }
354
355            ED4_multi_species_manager *multi_man = name_term->get_parent(ED4_L_MULTI_SPECIES)->to_multi_species_manager();
356            multi_man->invalidate_species_counters();
357        }
358    }
359}
360
361void ED4_root::announce_useraction_in(AW_window *aww) {
362    for (ED4_window *win = first_window; win; win = win->next) {
363        if (win->aww == aww) {
364            most_recently_used_window = win;
365        }
366    }
367}
368
369ED4_returncode ED4_root::add_to_selected(ED4_species_name_terminal *name_term) { // @@@ change param to ED4_species_manager ?
370    if (!name_term || !(name_term->dynamic_prop & ED4_P_SELECTABLE)) {   // check if object exists and may be selected
371        return (ED4_R_IMPOSSIBLE);
372    }
373
374    if (!(selected_objects->has_elem(name_term->selection_info))) {     // object is really new to our list => calculate current extension and append it
375        ED4_selection_entry *sel_info = new ED4_selection_entry;
376        name_term->selection_info     = sel_info;
377
378        if (name_term->dynamic_prop & ED4_P_IS_HANDLE) { // object is a handle for an object up in the hierarchy => search it
379            ED4_level  mlevel     = name_term->spec.handled_level;
380            ED4_base  *tmp_object = name_term;
381
382            while ((tmp_object != NULL) && !(tmp_object->spec.level & mlevel)) {
383                tmp_object = tmp_object->parent;
384            }
385
386            if (!tmp_object) return (ED4_R_WARNING); // no target level found
387
388            sel_info->actual_width  = tmp_object->extension.size[WIDTH];
389            sel_info->actual_height = tmp_object->extension.size[HEIGHT];
390        }
391        else // selected object is no handle => take it directly
392        {
393            sel_info->actual_width  = name_term->extension.size[WIDTH];
394            sel_info->actual_height = name_term->extension.size[HEIGHT];
395        }
396
397        sel_info->drag_old_x  = 0;
398        sel_info->drag_old_y  = 0;
399        sel_info->drag_off_x  = 0;
400        sel_info->drag_off_y  = 0;
401        sel_info->old_event_y = 0;
402
403        sel_info->object = name_term;
404
405        selected_objects->prepend_elem(sel_info);
406
407        name_term->containing_species_manager()->set_selected(true);
408
409#ifdef DEBUG
410        GBDATA *gbd = name_term->get_species_pointer();
411
412        if (gbd) {
413            printf("added term '%s'\n", GB_read_char_pntr(gbd));
414        }
415        else {
416            ED4_species_manager *spec_man = name_term->get_parent(ED4_L_SPECIES)->to_species_manager();
417            if (spec_man->is_consensus_manager()) {
418                printf("added consensus '%s'\n", name_term->id);
419            }
420            else {
421                printf("added unknown term '%s'\n", name_term->id ? name_term->id : "NULL");
422            }
423        }
424#endif
425
426        name_term->request_refresh();
427        ED4_sequence_terminal *seq_term = name_term->corresponding_sequence_terminal();
428        if (seq_term) seq_term->request_refresh();
429
430        // ProtView: Refresh corresponding orf terminals
431        if (alignment_type == GB_AT_DNA) {
432            PV_CallBackFunction(this->aw_root);
433        }
434
435        ED4_multi_species_manager *multi_man = name_term->get_parent(ED4_L_MULTI_SPECIES)->to_multi_species_manager();
436        multi_man->invalidate_species_counters();
437
438        return (ED4_R_OK);
439    }
440
441    return (ED4_R_IMPOSSIBLE);
442}
443
444void ED4_root::resize_all() {
445    while (main_manager->update_info.resize) {
446        main_manager->resize_requested_children();
447    }
448}
449
450static ARB_ERROR change_char_table_length(ED4_base *base, AW_CL new_length) {
451    if (base->is_abstract_group_manager()) {
452        ED4_abstract_group_manager *group_man = base->to_abstract_group_manager();
453        group_man->table().change_table_length(new_length);
454    }
455    return NULL;
456}
457
458void ED4_alignment_length_changed(GBDATA *gb_alignment_len, GB_CB_TYPE IF_ASSERTION_USED(gbtype)) // callback from database
459{
460    e4_assert(gbtype==GB_CB_CHANGED);
461    int new_length = GB_read_int(gb_alignment_len);
462
463#if defined(DEBUG) && 1
464    printf("alignment_length_changed from %i to %i\n", MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH, new_length);
465#endif
466
467    if (MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH!=new_length) { // otherwise we already did this (i.e. we were called by changed_by_database)
468        bool was_increased = new_length>MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH;
469
470        MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH = new_length;
471
472        {
473            const char *err = ED4_ROOT->helix->init(GLOBAL_gb_main); // reload helix
474            aw_message_if(err);
475        }
476        {
477            const char *err = ED4_ROOT->ecoli_ref->init(GLOBAL_gb_main); // reload ecoli
478            aw_message_if(err);
479        }
480
481        if (ED4_ROOT->alignment_type == GB_AT_AA) {
482            // TODO: is this needed here?
483            const char *err = ED4_pfold_set_SAI(&ED4_ROOT->protstruct, GLOBAL_gb_main, ED4_ROOT->alignment_name, &ED4_ROOT->protstruct_len); // reload protstruct
484            aw_message_if(err);
485        }
486
487        if (was_increased) {
488            ED4_ROOT->main_manager->route_down_hierarchy(change_char_table_length, new_length).expect_no_error();
489            ED4_ROOT->root_group_man->remap()->mark_compile_needed_force();
490        }
491    }
492}
493
494ARB_ERROR ED4_root::init_alignment() {
495    GB_transaction ta(GLOBAL_gb_main);
496
497    alignment_name = GBT_get_default_alignment(GLOBAL_gb_main);
498    alignment_type = GBT_get_alignment_type(GLOBAL_gb_main, alignment_name);
499    if (alignment_type==GB_AT_UNKNOWN) {
500        return GBS_global_string("You have to select a valid alignment before you can start ARB_EDIT4\n(%s)", GB_await_error());
501    }
502
503    GBDATA *gb_alignment = GBT_get_alignment(GLOBAL_gb_main, alignment_name);
504    if (!gb_alignment) {
505        return GBS_global_string("You can't edit without an existing alignment\n(%s)", GB_await_error());
506    }
507
508    GBDATA *gb_alignment_len = GB_search(gb_alignment, "alignment_len", GB_FIND);
509    int alignment_length = GB_read_int(gb_alignment_len);
510    MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH = alignment_length;
511
512    GB_add_callback(gb_alignment_len, GB_CB_CHANGED, makeDatabaseCallback(ED4_alignment_length_changed));
513
514    aw_root->awar_string(AWAR_EDITOR_ALIGNMENT, alignment_name);
515
516    return NULL;
517}
518
519void ED4_root::recalc_font_group() {
520    font_group.unregisterAll();
521    for (int f=ED4_G_FIRST_FONT; f<=ED4_G_LAST_FONT; f++) {
522        ED4_MostRecentWinContext context;
523        font_group.registerFont(current_device(), f);
524    }
525}
526
527static ARB_ERROR force_group_update(ED4_base *base) {
528    if (base->is_multi_species_manager()) {
529        base->to_multi_species_manager()->update_requested_by_child();
530    }
531    return NULL;
532}
533
534ED4_returncode ED4_root::create_hierarchy(char *area_string_middle, char *area_string_top) {
535    // creates internal hierarchy of editor
536
537    long total_no_of_groups  = 0;
538    long total_no_of_species = 0;
539    {
540        // count species and related info (e.g. helix) displayed in the top region (a == 0)
541        // count no of species and sais including groups in middle region (a == 1)
542
543        const char *area_string[2] = { area_string_top, area_string_middle };
544        for (int a = 0; a<2; ++a) {
545            long group_count;
546            long species_count;
547            database->calc_no_of_all(area_string[a], &group_count, &species_count);
548
549            total_no_of_groups  += group_count;
550            total_no_of_species += species_count;
551        }
552    }
553
554    SmartPtr<arb_progress> startup_progress = new arb_progress("EDIT4 startup");
555
556    GB_push_transaction(GLOBAL_gb_main);
557
558    ecoli_ref = new BI_ecoli_ref;
559    ecoli_ref->init(GLOBAL_gb_main);
560
561    // [former position of ali-init-code]
562
563    main_manager   = new ED4_main_manager("Main_Manager", 0, 0, 0, 0, NULL); // build a test hierarchy
564    root_group_man = new ED4_root_group_manager("Root_Group_Manager", 0, 0, 0, 0, main_manager);
565   
566    main_manager->children->append_member(root_group_man);
567
568    ED4_device_manager *device_manager = new ED4_device_manager("Device_Manager", 0, 0, 0, 0, root_group_man);
569    root_group_man->children->append_member(device_manager);
570
571    ED4_calc_terminal_extentions();
572
573    {
574        int col_stat_term_height = 50; // @@@ Hoehe des ColumnStatistics Terminals ausrechnen
575
576        ref_terminals.init(new ED4_sequence_info_terminal("Reference_Sequence_Info_Terminal", /* NULL, */ 250, 0, MAXINFOWIDTH, TERMINALHEIGHT, NULL),
577                           new ED4_sequence_terminal("Reference_Sequence_Terminal", 300, 0, 300, TERMINALHEIGHT, NULL, false),
578                           new ED4_sequence_info_terminal("Reference_ColumnStatistics_Info_Terminal", /* NULL, */ 250, 0, MAXINFOWIDTH, col_stat_term_height, NULL),
579                           new ED4_columnStat_terminal("Reference_ColumnStatistics_Terminal", 300, 0, 300, col_stat_term_height, NULL));
580    }
581
582
583    recalc_font_group();
584
585    ED4_index y = 0;
586
587    {
588        arb_progress species_progress("Loading species", total_no_of_species);
589       
590        const int XPOS_MULTIMAN = 100;
591
592        // ********** Top Area beginning **********
593
594        ED4_multi_species_manager *top_multi_species_manager;
595        ED4_spacer_terminal       *top_spacer_terminal;
596        ED4_spacer_terminal       *top_mid_spacer_terminal;
597        ED4_spacer_terminal       *top_multi_spacer_terminal_beg;
598        ED4_line_terminal         *top_mid_line_terminal;
599        {
600            ED4_area_manager *top_area_manager = new ED4_area_manager("Top_Area_Manager", 0, y, 0, 0, device_manager);
601            device_manager->children->append_member(top_area_manager);
602            top_area_man = top_area_manager;
603
604            top_spacer_terminal = new ED4_spacer_terminal("Top_Spacer", true, 0, 0, 100, 10, top_area_manager);
605            top_area_manager->children->append_member(top_spacer_terminal);
606
607            top_multi_species_manager = new ED4_multi_species_manager("Top_MultiSpecies_Manager", XPOS_MULTIMAN, 0, 0, 0, top_area_manager);
608            top_area_manager->children->append_member(top_multi_species_manager);
609
610            top_multi_spacer_terminal_beg = new ED4_spacer_terminal("Top_Multi_Spacer_Terminal_Beg", true, 0, 0, 0, 3, top_multi_species_manager);
611            top_multi_species_manager->children->append_member(top_multi_spacer_terminal_beg);
612
613            y += 3;
614
615            reference = new AWT_reference(GLOBAL_gb_main);
616
617            int index = 0;
618            database->scan_string(top_multi_species_manager, ref_terminals.get_ref_sequence_info(), ref_terminals.get_ref_sequence(),
619                                  area_string_top, &index, &y, species_progress);
620            GB_pop_transaction(GLOBAL_gb_main);
621
622            const int TOP_MID_LINE_HEIGHT   = 3;
623            int       TOP_MID_SPACER_HEIGHT = font_group.get_max_height()-TOP_MID_LINE_HEIGHT;
624
625            top_mid_line_terminal = new ED4_line_terminal("Top_Mid_Line_Terminal", 0, y, 0, TOP_MID_LINE_HEIGHT, device_manager);    // width will be set below
626            device_manager->children->append_member(top_mid_line_terminal);
627
628            y += TOP_MID_LINE_HEIGHT;
629
630
631            top_mid_spacer_terminal = new ED4_spacer_terminal("Top_Middle_Spacer", true, 0, y, 880, TOP_MID_SPACER_HEIGHT,   device_manager);
632            device_manager->children->append_member(top_mid_spacer_terminal);
633
634            // needed to avoid text-clipping problems:
635            main_manager->set_top_middle_spacer_terminal(top_mid_spacer_terminal);
636            main_manager->set_top_middle_line_terminal(top_mid_line_terminal);
637
638            y += TOP_MID_SPACER_HEIGHT; // add top-mid_spacer_terminal height
639        }
640
641        // ********** Middle Area beginning **********
642
643        ED4_area_manager          *middle_area_manager;
644        ED4_tree_terminal         *tree_terminal;
645        ED4_multi_species_manager *mid_multi_species_manager;
646        ED4_spacer_terminal       *mid_multi_spacer_terminal_beg;
647        ED4_line_terminal         *mid_bot_line_terminal;
648        ED4_spacer_terminal       *total_bottom_spacer;
649        {
650            middle_area_manager = new ED4_area_manager("Middle_Area_Manager", 0, y, 0, 0, device_manager);
651            device_manager->children->append_member(middle_area_manager);
652            middle_area_man = middle_area_manager;
653
654            tree_terminal = new ED4_tree_terminal("Tree", 0, 0, 2, 0, middle_area_manager);
655            middle_area_manager->children->append_member(tree_terminal);
656
657            mid_multi_species_manager = new ED4_multi_species_manager("Middle_MultiSpecies_Manager", XPOS_MULTIMAN, 0, 0, 0, middle_area_manager);
658            middle_area_manager->children->append_member(mid_multi_species_manager);
659
660            mid_multi_spacer_terminal_beg = new ED4_spacer_terminal("Mid_Multi_Spacer_Terminal_Beg", true, 0, 0, 0, 3, mid_multi_species_manager);
661            mid_multi_species_manager->children->append_member(mid_multi_spacer_terminal_beg);
662
663            y+=3;               // dummy height, to create a dummy layout ( to preserve order of objects )
664
665            scroll_links.link_for_ver_slider = middle_area_manager;
666
667            ED4_index help = y;
668            {
669                GB_transaction ta(GLOBAL_gb_main);
670                int index  = 0;
671                database->scan_string(mid_multi_species_manager, ref_terminals.get_ref_sequence_info(), ref_terminals.get_ref_sequence(),
672                                      area_string_middle, &index, &y, species_progress);
673            }
674
675            {
676                ED4_spacer_terminal *mid_bot_spacer_terminal = new ED4_spacer_terminal("Middle_Bot_Spacer_Terminal", true, 0, y, 880, 10, device_manager);
677                device_manager->children->append_member(mid_bot_spacer_terminal);
678            }
679
680            tree_terminal->extension.size[HEIGHT] = y - help;
681
682            y += 10; // add top-mid_spacer_terminal height
683
684            mid_bot_line_terminal = new ED4_line_terminal("Mid_Bot_Line_Terminal", 0, y, 0, 3, device_manager);    // width will be set below
685            device_manager->children->append_member(mid_bot_line_terminal);
686            y += 3;
687
688            total_bottom_spacer = new ED4_spacer_terminal("Total_Bottom_Spacer_terminal", true, 0, y, 0, 10000, device_manager);
689            device_manager->children->append_member(total_bottom_spacer);
690            y += 10000;
691        }
692
693        if (scroll_links.link_for_hor_slider) {
694            long ext_width = long(scroll_links.link_for_hor_slider->extension.size[WIDTH]);
695
696            top_multi_spacer_terminal_beg->extension.size[WIDTH] = ext_width + MAXSPECIESWIDTH + SEQUENCEINFOSIZE;
697            mid_multi_spacer_terminal_beg->extension.size[WIDTH] = ext_width + MAXSPECIESWIDTH + SEQUENCEINFOSIZE;
698            total_bottom_spacer->extension.size[WIDTH] = ext_width + MAXSPECIESWIDTH + SEQUENCEINFOSIZE;
699
700            top_mid_line_terminal->extension.size[WIDTH] = ext_width + TREETERMINALSIZE + MAXSPECIESWIDTH + SEQUENCEINFOSIZE;
701            mid_bot_line_terminal->extension.size[WIDTH] = ext_width + TREETERMINALSIZE + MAXSPECIESWIDTH + SEQUENCEINFOSIZE;
702
703        }
704
705        tree_terminal->set_links(NULL, mid_multi_species_manager);                          // set links
706        top_spacer_terminal->set_links(tree_terminal, top_multi_species_manager);
707        top_mid_spacer_terminal->set_links(middle_area_manager, NULL);
708        total_bottom_spacer->set_links(mid_bot_line_terminal, 0);
709
710        species_progress.done();
711    }
712
713    first_window->update_window_coords();
714    resize_all();
715
716    main_manager->route_down_hierarchy(force_group_update).expect_no_error();
717
718    if (!scroll_links.link_for_hor_slider) { // happens when no species AND no SAI has data
719        startup_progress->done();
720        startup_progress.SetNull(); // make progress disappear (otherwise prompter below is often behind progress window)
721        GB_pop_transaction(GLOBAL_gb_main);
722       
723        aw_popup_ok(GBS_global_string("No species/SAI contains data in '%s'\nARB_EDIT4 will terminate", alignment_name));
724        ED4_exit();
725    }
726
727    // build consensi
728    {
729        arb_progress consensi_progress("Initializing consensi", total_no_of_species+total_no_of_groups+1); // 1 is root_group_man
730
731        root_group_man->create_consensus(root_group_man, &consensi_progress);
732        e4_assert(root_group_man->table().ok());
733        consensi_progress.done(); // if there is a "top"-group, progress increment is one to low
734    }
735
736    root_group_man->remap()->mark_compile_needed_force();
737    root_group_man->update_remap();
738
739    // calc size and display:
740
741    resize_all();
742
743    e4_assert(main_manager);
744
745    {
746        ED4_base *x_link      = scroll_links.link_for_hor_slider;
747        ED4_base *y_link      = scroll_links.link_for_ver_slider;
748        ED4_base *width_link  = x_link;
749        ED4_base *height_link = y_link;
750
751        ED4_window *win = first_window;
752        while (win) {
753            win->set_scrolled_rectangle(x_link, y_link, width_link, height_link);
754            win->aww->show();
755            win->update_scrolled_rectangle();
756            win = win->next;
757        }
758    }
759
760    ED4_trigger_instant_refresh();
761    ED4_finish_and_show_notFoundMessage();
762
763    return ED4_R_OK;
764}
765
766ED4_returncode ED4_root::get_area_rectangle(AW_screen_area *rect, AW_pos x, AW_pos y) {
767    // returns win-coordinates of area (defined by folding lines) which contains position x/y
768    int                    x1, x2, y1, y2;
769    const AW_screen_area&  area_rect = current_device()->get_area_size();
770
771    x1 = area_rect.l;
772    for (const ED4_folding_line *flv=current_ed4w()->get_vertical_folding(); ; flv = flv->get_next()) {
773        if (flv) {
774            x2 = int(flv->get_pos()); // @@@ use AW_INT ?
775        }
776        else {
777            x2 = area_rect.r;
778            if (x1==x2) {
779                break;
780            }
781        }
782
783        y1 = area_rect.t;
784        for (const ED4_folding_line *flh=current_ed4w()->get_horizontal_folding(); ; flh = flh->get_next()) {
785            if (flh) {
786                y2 = int(flh->get_pos()); // @@@ use AW_INT ?
787            }
788            else {
789                y2 = area_rect.b;
790                if (y1==y2) {
791                    break;
792                }
793            }
794
795            if (x1<=x && x<=x2 && y1<=y && y<=y2) {
796                rect->t = y1;
797                rect->b = y2;
798                rect->l = x1;
799                rect->r = x2;
800                return ED4_R_OK;
801            }
802            y1 = y2;
803            if (!flh) break;
804        }
805        x1 = x2;
806        if (!flv) break;
807    }
808    return ED4_R_IMPOSSIBLE; // no area contains x/y :-(
809}
810
811void ED4_root::copy_window_struct(ED4_window *source,   ED4_window *destination)
812{
813    destination->slider_pos_horizontal  = source->slider_pos_horizontal;
814    destination->slider_pos_vertical    = source->slider_pos_vertical;
815    destination->coords         = source->coords;
816}
817
818
819static void reload_helix_cb() { 
820    const char *err = ED4_ROOT->helix->init(GLOBAL_gb_main);
821    if (err) aw_message(err);
822    ED4_request_full_refresh();
823}
824
825
826static void reload_ecoli_cb() {
827    const char *err = ED4_ROOT->ecoli_ref->init(GLOBAL_gb_main);
828    if (err) aw_message(err);
829    ED4_request_full_refresh();
830}
831
832// ---------------------------------------
833//      recursion through all species
834
835typedef ARB_ERROR (*ED4_Species_Callback)(GBDATA*, AW_CL);
836
837static ARB_ERROR do_sth_with_species(ED4_base *base, AW_CL cl_spec_cb, AW_CL cd) {
838    ARB_ERROR error = NULL;
839
840    if (base->is_species_manager()) {
841        ED4_Species_Callback       cb                    = (ED4_Species_Callback)cl_spec_cb;
842        ED4_species_manager       *species_manager       = base->to_species_manager();
843        ED4_species_name_terminal *species_name_terminal = species_manager->search_spec_child_rek(ED4_L_SPECIES_NAME)->to_species_name_terminal();
844
845        if (species_name_terminal->get_species_pointer()) {
846            char *species_name = GB_read_as_string(species_name_terminal->get_species_pointer());
847
848            e4_assert(species_name);
849            GBDATA *species = GBT_find_species(GLOBAL_gb_main, species_name);
850
851            error = species
852                ? cb(species, cd)
853                : GB_append_exportedError(GBS_global_string("can't find species '%s'", species_name));
854
855            free(species_name);
856        }
857    }
858
859    return error;
860}
861
862
863static ARB_ERROR ED4_with_all_loaded_species(ED4_Species_Callback cb, AW_CL cd) {
864    return ED4_ROOT->root_group_man->route_down_hierarchy(do_sth_with_species, (AW_CL)cb, cd);
865}
866
867static bool has_species_name(ED4_base *base, AW_CL cl_species_name) {
868    ED4_species_name_terminal *name_term = base->to_species_name_terminal();
869    GBDATA *gbd = name_term->get_species_pointer();
870
871    if (gbd) {
872        const char *name = GB_read_char_pntr(gbd);
873        e4_assert(name);
874        return strcmp(name, (const char*)cl_species_name)==0;
875    }
876
877    return false;
878}
879
880ED4_species_name_terminal *ED4_find_species_name_terminal(const char *species_name)
881{
882    ED4_base *base = ED4_ROOT->root_group_man->find_first_that(ED4_L_SPECIES_NAME, has_species_name, (AW_CL)species_name);
883
884    return base ? base->to_species_name_terminal() : 0;
885}
886
887static char *get_group_consensus(const char *species_name, PosRange range) {
888    ED4_species_name_terminal *name_term = ED4_find_species_name_terminal(species_name);
889    char *consensus = 0;
890
891    if (name_term) {
892        ED4_abstract_group_manager *group_man = name_term->get_parent(ED4_level(ED4_L_GROUP|ED4_L_ROOTGROUP))->to_abstract_group_manager();
893        if (group_man) {
894            consensus = group_man->table().build_consensus_string(range);
895        }
896    }
897
898    return consensus;
899}
900
901static bool get_selected_range(PosRange& range) {
902    ED4_selected_elem *listElem = ED4_ROOT->selected_objects->head();
903    if (listElem) {
904        ED4_sequence_terminal *seqTerm = listElem->elem()->object->corresponding_sequence_terminal();
905        return ED4_get_selected_range(seqTerm, range);
906    }
907    return false;
908}
909
910static ED4_selected_elem *curr_aligner_elem = 0;
911
912static GBDATA *get_next_selected_species() {
913    if (!curr_aligner_elem) return 0;
914
915    ED4_species_manager *specMan = curr_aligner_elem->elem()->object->containing_species_manager();
916    curr_aligner_elem = curr_aligner_elem->next();
917    return specMan->get_species_pointer();
918}
919
920static GBDATA *get_first_selected_species(int *total_no_of_selected_species)
921{
922    int selected = ED4_ROOT->selected_objects->size();
923
924    if (total_no_of_selected_species) {
925        *total_no_of_selected_species = selected;
926    }
927
928    if (selected) {
929        curr_aligner_elem = ED4_ROOT->selected_objects->head();
930    }
931    else {
932        curr_aligner_elem = 0;
933    }
934
935    return get_next_selected_species();
936}
937
938struct AlignDataAccess dataAccess_4_aligner = {
939    1,                                              // default is to do a refresh
940    ED4_trigger_instant_refresh,                    // with this function
941    get_group_consensus,                            // aligner fetches consensus of group of species via this function
942    get_selected_range,                             // aligner fetches column range of selection via this function
943    get_first_selected_species,                     // aligner fetches first and..
944    get_next_selected_species,                      // .. following selected species via this functions
945    0,                                              // AW_helix (needed for island_hopping)
946    NULL,                                           // gb_main
947};
948static ARB_ERROR ED4_delete_temp_entries(GBDATA *species, AW_CL cl_alignment_name) {
949    return FastAligner_delete_temp_entries(species, (GB_CSTR)cl_alignment_name);
950}
951
952static void ED4_remove_faligner_entries(AW_window *, AW_CL, AW_CL) {
953    ARB_ERROR error = GB_begin_transaction(GLOBAL_gb_main);
954    if (!error) error = ED4_with_all_loaded_species(ED4_delete_temp_entries, (AW_CL)ED4_ROOT->alignment_name);
955    GB_end_transaction_show_error(GLOBAL_gb_main, error, aw_message);
956}
957
958#if defined(DEBUG) && 0
959
960void ED4_testSplitNMerge(AW_window *aw, AW_CL, AW_CL)
961{
962    AW_root *root = aw->get_root();
963    char *name;
964    GBDATA *species;
965    GBDATA *gbd;
966    char *data;
967    long length;
968
969    GB_ERROR error = GB_begin_transaction(gb_main);
970    char *ali = ED4_ROOT->alignment_name;
971
972    if (!error)
973    {
974        name = root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->read_string();
975        species = GBT_find_species(gb_main, name);
976        gbd = species ? GBT_find_sequence(species, ali) : NULL;
977        data = gbd ? GB_read_string(gbd) : NULL;
978        length = gbd ? GB_read_string_count(gbd) : NULL;
979
980        if (data)
981        {
982            char *newData = AWTC_testConstructSequence(data);
983
984            if (newData)
985            {
986                error = GB_write_string(gbd, newData);
987                delete [] newData;
988            }
989        }
990        else
991        {
992            error = GB_get_error();
993            if (!error) error = GB_export_error("Can't read data of '%s'", name);
994        }
995
996        delete name;
997        delete data;
998    }
999
1000    GB_end_transaction_show_error(gb_main, error, aw_message);
1001}
1002
1003#endif
1004
1005static void toggle_helix_for_SAI(AW_window *aww, AW_CL, AW_CL) {
1006    ED4_LocalWinContext  uses(aww);
1007    ED4_cursor          *cursor = &current_cursor();
1008
1009    if (cursor->in_SAI_terminal()) {
1010        ED4_sequence_terminal      *sai_term      = cursor->owner_of_cursor->to_sequence_terminal();
1011        ED4_sequence_info_terminal *sai_info_term = sai_term->parent->search_spec_child_rek(ED4_L_SEQUENCE_INFO)->to_sequence_info_terminal();
1012
1013        GBDATA         *gb_sai_data = sai_info_term->data();
1014        GB_transaction  ta(gb_sai_data);
1015
1016        GBDATA *gb_sai      = GB_get_grandfather(gb_sai_data);
1017        GBDATA *gb_disp_sec = GB_searchOrCreate_int(gb_sai, "showsec", 0);
1018
1019        bool show_sec = 1-bool(GB_read_int(gb_disp_sec));
1020        GB_ERROR error = GB_write_int(gb_disp_sec, show_sec);
1021        if (!error) {
1022            sai_term->set_secstruct_display(show_sec);
1023            sai_term->request_refresh();
1024        }
1025        if (error) aw_message(error);
1026    }
1027    else {
1028        aw_message("Please select an SAI");
1029    }
1030}
1031
1032static void title_mode_changed(AW_root *aw_root, AW_window *aww)
1033{
1034    int title_mode = aw_root->awar(AWAR_EDIT_TITLE_MODE)->read_int();
1035
1036    if (title_mode==0) {
1037        aww->set_info_area_height(57);
1038    }
1039    else {
1040        aww->set_info_area_height(170);
1041    }
1042}
1043
1044static void ED4_undo_redo(AW_window *aww, AW_CL undo_type) {
1045    ED4_LocalWinContext uses(aww);
1046    GB_ERROR error = GB_undo(GLOBAL_gb_main, (GB_UNDO_TYPE)undo_type);
1047
1048    if (error) {
1049        aw_message(error);
1050    }
1051    else {
1052        GB_begin_transaction(GLOBAL_gb_main);
1053        GB_commit_transaction(GLOBAL_gb_main);
1054        ED4_cursor *cursor = &current_cursor();
1055        if (cursor->owner_of_cursor) cursor->owner_of_cursor->request_refresh();
1056    }
1057}
1058
1059static void ED4_clear_errors(AW_window *aww, AW_CL) {
1060    aw_clear_message_cb(aww);
1061}
1062
1063static AW_window *ED4_zoom_message_window(AW_root *root, AW_CL)
1064{
1065    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
1066
1067    aws->init(root, "ZOOM_ERR_MSG", "Errors and warnings");
1068    aws->load_xfig("edit4/message.fig");
1069
1070    aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
1071    aws->at("hide");
1072    aws->create_button("HIDE", "HIDE");
1073
1074    aws->callback(ED4_clear_errors, (AW_CL)0);
1075    aws->at("clear");
1076    aws->create_button("CLEAR", "CLEAR");
1077
1078    aws->at("errortext");
1079    aws->create_text_field(AWAR_ERROR_MESSAGES);
1080
1081    return (AW_window *)aws;
1082}
1083
1084
1085static char *cat(char *toBuf, const char *s1, const char *s2)
1086{
1087    char *buf = toBuf;
1088
1089    while ((*buf++=*s1++)!=0) ;
1090    buf--;
1091    while ((*buf++=*s2++)!=0) ;
1092
1093    return toBuf;
1094}
1095
1096static void insert_search_fields(AW_window_menu_modes *awmm,
1097                                 const char *label_prefix, const char *macro_prefix,
1098                                 const char *pattern_awar_name, const char *show_awar_name,
1099                                 int short_form, ED4_SearchPositionType type, ED4_window *ed4w)
1100{
1101    char buf[200];
1102
1103    if (!short_form) {
1104        awmm->at(cat(buf, label_prefix, "search"));
1105        awmm->create_input_field(pattern_awar_name, 30);
1106    }
1107
1108    awmm->at(cat(buf, label_prefix, "n"));
1109    awmm->callback(ED4_search_cb, ED4_encodeSearchDescriptor(+1, type), (AW_CL)ed4w);
1110    awmm->create_button(cat(buf, macro_prefix, "_SEARCH_NEXT"), "#edit/next.xpm");
1111
1112    awmm->at(cat(buf, label_prefix, "l"));
1113    awmm->callback(ED4_search_cb, ED4_encodeSearchDescriptor(-1, type), (AW_CL)ed4w);
1114    awmm->create_button(cat(buf, macro_prefix, "_SEARCH_LAST"), "#edit/last.xpm");
1115
1116    awmm->at(cat(buf, label_prefix, "d"));
1117    awmm->callback(ED4_popup_search_window, (AW_CL)type);
1118    awmm->create_button(cat(buf, macro_prefix, "_SEARCH_DETAIL"), "#edit/detail.xpm");
1119
1120    awmm->at(cat(buf, label_prefix, "s"));
1121    awmm->create_toggle(show_awar_name);
1122}
1123
1124static void ED4_set_protection(AW_window *aww, AW_CL cd1, AW_CL /* cd2 */) {
1125    ED4_LocalWinContext uses(aww);
1126    ED4_cursor *cursor = &current_cursor();
1127    GB_ERROR    error  = 0;
1128
1129    if (cursor->owner_of_cursor) {
1130        int                         wanted_protection = int(cd1);
1131        ED4_sequence_terminal      *seq_term          = cursor->owner_of_cursor->to_sequence_terminal();
1132        ED4_sequence_info_terminal *seq_info_term     = seq_term->parent->search_spec_child_rek(ED4_L_SEQUENCE_INFO)->to_sequence_info_terminal();
1133        GBDATA                     *gbd               = seq_info_term->data();
1134
1135        GB_push_transaction(gbd);
1136
1137        GB_push_my_security(gbd);
1138        error = GB_write_security_write(gbd, wanted_protection);
1139        GB_pop_my_security(gbd);
1140
1141        error = GB_end_transaction(gbd, error);
1142    }
1143    else {
1144        error = "No species selected";
1145    }
1146
1147    if (error) aw_message(error);
1148}
1149
1150enum MenuSelectType {
1151    ED4_MS_NONE,
1152    ED4_MS_ALL,
1153    ED4_MS_INVERT,
1154    ED4_MS_INVERT_GROUP,
1155    ED4_MS_UNMARK_ALL,
1156    ED4_MS_MARK_SELECTED,
1157    ED4_MS_UNMARK_SELECTED,
1158    ED4_MS_SELECT_MARKED,
1159    ED4_MS_DESELECT_MARKED,
1160    ED4_MS_TOGGLE_BLOCKTYPE
1161};
1162
1163static void ED4_menu_select(AW_window *aww, AW_CL type, AW_CL) {
1164    GB_transaction ta(GLOBAL_gb_main);
1165    MenuSelectType select = MenuSelectType(type);
1166    ED4_multi_species_manager *middle_multi_man = ED4_ROOT->middle_area_man->get_multi_species_manager();
1167
1168    e4_assert(middle_multi_man);
1169
1170    switch (select) {
1171        case ED4_MS_NONE: {
1172            if (ED4_getBlocktype()!=ED4_BT_NOBLOCK) {
1173                ED4_ROOT->deselect_all();
1174                ED4_setBlocktype(ED4_BT_NOBLOCK);
1175            }
1176            break;
1177        }
1178        case ED4_MS_ALL: {
1179            middle_multi_man->select_all(true); // only species
1180            ED4_correctBlocktypeAfterSelection();
1181            break;
1182        }
1183        case ED4_MS_INVERT: {
1184            middle_multi_man->invert_selection_of_all_species();
1185            ED4_correctBlocktypeAfterSelection();
1186            break;
1187        }
1188        case ED4_MS_SELECT_MARKED: {
1189            middle_multi_man->marked_species_select(true);
1190            ED4_correctBlocktypeAfterSelection();
1191            break;
1192        }
1193        case ED4_MS_DESELECT_MARKED: {
1194            middle_multi_man->marked_species_select(false);
1195            ED4_correctBlocktypeAfterSelection();
1196            break;
1197        }
1198        case ED4_MS_UNMARK_ALL: {
1199            GBT_mark_all(GLOBAL_gb_main, 0);
1200            break;
1201        }
1202        case ED4_MS_MARK_SELECTED: {
1203            middle_multi_man->selected_species_mark(true);
1204            ED4_correctBlocktypeAfterSelection();
1205            break;
1206        }
1207        case ED4_MS_UNMARK_SELECTED: {
1208            middle_multi_man->selected_species_mark(false);
1209            ED4_correctBlocktypeAfterSelection();
1210            break;
1211        }
1212        case ED4_MS_INVERT_GROUP: {
1213            ED4_cursor *cursor = &ED4_ROOT->first_window->get_matching_ed4w(aww)->cursor;
1214            int done = 0;
1215
1216            if (cursor->owner_of_cursor) {
1217                ED4_multi_species_manager *multi_man = cursor->owner_of_cursor->get_parent(ED4_L_MULTI_SPECIES)->to_multi_species_manager();
1218
1219                multi_man->invert_selection_of_all_species();
1220                ED4_correctBlocktypeAfterSelection();
1221                done = 1;
1222            }
1223
1224            if (!done) {
1225                aw_message("Place cursor into group");
1226            }
1227            break;
1228        }
1229        case ED4_MS_TOGGLE_BLOCKTYPE: {
1230            ED4_toggle_block_type();
1231            break;
1232        }
1233        default: {
1234            e4_assert(0);
1235            break;
1236        }
1237    }
1238
1239    ED4_request_full_refresh();
1240}
1241
1242static void ED4_menu_perform_block_operation(AW_window */*aww*/, AW_CL type, AW_CL) {
1243    ED4_perform_block_operation(ED4_blockoperation_type(type));
1244}
1245
1246static void modes_cb(AW_window*, ED4_species_mode smode) {
1247    ED4_ROOT->species_mode = smode;
1248    for (ED4_window *win = ED4_ROOT->first_window; win; win = win->next) {
1249        win->aww->select_mode(smode);
1250    }
1251}
1252
1253void ED4_no_dangerous_modes() {
1254    if (ED4_ROOT->species_mode == ED4_SM_KILL) {
1255        modes_cb(NULL, ED4_SM_MOVE);
1256    }
1257}
1258
1259void ED4_init_aligner_data_access(AlignDataAccess *data_access) {
1260    GB_ERROR  error          = GB_push_transaction(GLOBAL_gb_main);
1261    char     *alignment_name = GBT_get_default_alignment(GLOBAL_gb_main);
1262    long      alilen         = GBT_get_alignment_len(GLOBAL_gb_main, alignment_name);
1263
1264    data_access->gb_main = GLOBAL_gb_main;
1265
1266    if (alilen<=0) error = GB_await_error();
1267    else {
1268        char   *helix_string = 0;
1269        char   *helix_name   = GBT_get_default_helix(GLOBAL_gb_main);
1270        GBDATA *gb_helix_con = GBT_find_SAI(GLOBAL_gb_main, helix_name);
1271        if (gb_helix_con) {
1272            GBDATA *gb_helix = GBT_find_sequence(gb_helix_con, alignment_name);
1273            if (gb_helix) helix_string = GB_read_string(gb_helix);
1274        }
1275        free(helix_name);
1276        freeset(data_access->helix_string, helix_string);
1277    }
1278
1279    free(alignment_name);
1280    error = GB_end_transaction(GLOBAL_gb_main, error);
1281    if (error) aw_message(error);
1282}
1283
1284static AW_window *ED4_create_faligner_window(AW_root *awr, AW_CL cl_AlignDataAccess) {
1285    AlignDataAccess *data_access = (AlignDataAccess*)cl_AlignDataAccess;
1286
1287#if defined(DEBUG)
1288    static AlignDataAccess *last_data_access = NULL;
1289
1290    e4_assert(!last_data_access || (last_data_access == data_access)); // there shall be only one AlignDataAccess
1291    last_data_access = data_access;
1292#endif
1293
1294    static AW_window *aws = NULL;
1295    if (!aws) {
1296        ED4_init_aligner_data_access(data_access);
1297        aws = FastAligner_create_window(awr, data_access);
1298    }
1299    return aws;
1300}
1301
1302static void ED4_save_properties(AW_window *aw, AW_CL cl_mode, AW_CL) {
1303    int mode = (int)cl_mode;
1304
1305    AW_save_specific_properties(aw, ED4_propertyName(mode));
1306}
1307
1308void ED4_popup_gc_window(AW_window *awp, AW_gc_manager gcman) {
1309    typedef std::map<AW_gc_manager, AW_window*> gcwin;
1310    static gcwin win;
1311
1312    gcwin::iterator found = win.find(gcman);
1313
1314    AW_window *aww = NULL;
1315    if (found == win.end()) {
1316        aww        = AW_create_gc_window(awp->get_root(), gcman);
1317        win[gcman] = aww;
1318    }
1319    else {
1320        aww = win[gcman];
1321    }
1322    aww->activate();
1323}
1324
1325static void refresh_on_gc_change_cb() {
1326    ED4_expose_recalculations();
1327    ED4_request_full_instant_refresh();
1328}
1329
1330ED4_returncode ED4_root::generate_window(AW_device **device, ED4_window **new_window) {
1331    {
1332        ED4_window *ed4w = first_window;
1333
1334        while (ed4w) { // before creating a window look for a hidden window
1335            if (ed4w->is_hidden) {
1336                ed4w->aww->show();
1337                ed4w->is_hidden = false;
1338                return ED4_R_BREAK;
1339            }
1340            ed4w = ed4w->next;
1341        }
1342    }
1343
1344    if (ED4_window::no_of_windows == MAXWINDOWS)                            // no more than 5 windows allowed
1345    {
1346        aw_message(GBS_global_string("Restricted to %i windows", MAXWINDOWS));
1347        return ED4_R_BREAK;
1348    }
1349
1350    AW_window_menu_modes *awmm = new AW_window_menu_modes;
1351    {
1352        int   winNum   = ED4_window::no_of_windows+1;
1353        char *winName  = winNum>1 ? GBS_global_string_copy("ARB_EDIT4_%i", winNum) : strdup("ARB_EDIT4");
1354        char *winTitle = GBS_global_string_copy("ARB_EDIT4 *%d* [%s]", winNum, alignment_name);
1355
1356        awmm->init(aw_root, winName, winTitle, 800, 450);
1357
1358        free(winTitle);
1359        free(winName);
1360    }
1361
1362    *device     = awmm->get_device(AW_MIDDLE_AREA); // points to Middle Area device
1363    *new_window = ED4_window::insert_window(awmm);   // append to window list
1364
1365    e4_assert(ED4_window::no_of_windows >= 1);
1366    bool clone = ED4_window::no_of_windows>1;
1367    if (!clone) {                                   // this is the first window
1368        AW_init_color_group_defaults("arb_edit4");
1369    }
1370    else { // additional edit windows
1371        copy_window_struct(first_window, *new_window);
1372    }
1373
1374    ED4_LocalWinContext uses(*new_window);
1375
1376    // each window has its own gc-manager
1377    gc_manager = AW_manage_GC(awmm,
1378                              "ARB_EDIT4",                   // but all gc-managers use the same colors
1379                              *device,
1380                              ED4_G_STANDARD,                // GC_Standard configuration
1381                              ED4_G_DRAG,
1382                              AW_GCM_DATA_AREA,
1383                              makeWindowCallback(refresh_on_gc_change_cb), // callback triggering refresh on gc-change
1384                              true,                          // use color groups
1385
1386                              "#f8f8f8",
1387                              "STANDARD$black",              // Standard Color showing sequences
1388                              "#SEQUENCES (0)$#505050",      // default color for sequences (color 0)
1389                              "+-HELIX (1)$#8E0000",  "+-COLOR 2$#0000dd",    "-COLOR 3$#00AA55",
1390                              "+-COLOR 4$#80f",       "+-COLOR 5$#c0a020",    "-COLOR 6$grey",
1391                              "+-COLOR 7$#ff0000",    "+-COLOR 8$#44aaff",    "-COLOR 9$#ffaa00",
1392
1393                              "+-RANGE 0$#FFFFFF",    "+-RANGE 1$#F0F0F0",    "-RANGE 2$#E0E0E0",
1394                              "+-RANGE 3$#D8D8D8",    "+-RANGE 4$#D0D0D0",    "-RANGE 5$#C8C8C8",
1395                              "+-RANGE 6$#C0C0C0",    "+-RANGE 7$#B8B8B8",    "-RANGE 8$#B0B0B0",
1396                              "-RANGE 9$#A0A0A0",
1397
1398                              // colors used to Paint search patterns
1399                              // (do not change the names of these gcs)
1400                              "+-User1$#B8E2F8",      "+-User2$#B8E2F8",      "-Probe$#B8E2F8", // see also SEC_graphic::init_devices
1401                              "+-Primer(l)$#A9FE54",  "+-Primer(r)$#A9FE54",  "-Primer(g)$#A9FE54",
1402                              "+-Sig(l)$#DBB0FF",     "+-Sig(r)$#DBB0FF",     "-Sig(g)$#DBB0FF",
1403
1404                              "+-MISMATCHES$#FF9AFF", "-CURSOR$#FF0080",
1405                              "+-MARKED$#f4f8e0",     "-SELECTED$#FFFF80",
1406
1407                              NULL);
1408
1409    // since the gc-managers of all EDIT4-windows point to the same window properties,
1410    // changing fonts and colors is always done on first gc-manager
1411    static AW_gc_manager first_gc_manager = 0;
1412    if (!first_gc_manager) first_gc_manager = gc_manager;
1413
1414    // --------------
1415    //      File
1416
1417#if defined(DEBUG)
1418    AWT_create_debug_menu(awmm);
1419#endif // DEBUG
1420
1421    awmm->create_menu("File", "F", AWM_ALL);
1422
1423    awmm->insert_menu_topic("new_win",        "New Editor Window",     "W", 0, AWM_ALL, ED4_new_editor_window);
1424    awmm->insert_menu_topic("save_config",    "Save Configuration",    "S", 0, AWM_ALL, makeWindowCallback(ED4_save_configuration, false));
1425    awmm->insert_menu_topic("save_config_as", "Save Configuration As", "A", 0, AWM_ALL, AW_POPUP,                      (AW_CL) ED4_save_configuration_as_open_window, (int)0);
1426    awmm->sep______________();
1427    awmm->insert_menu_topic("load_config",   "Load Configuration",   "L", 0, AWM_ALL, AW_POPUP,           (AW_CL)ED4_start_editor_on_old_configuration, 0);
1428    awmm->insert_menu_topic("reload_config", "Reload Configuration", "R", 0, AWM_ALL, ED4_restart_editor, 0,                                            0);
1429    insert_macro_menu_entry(awmm, true);
1430    awmm->sep______________();
1431    GDE_load_menu(awmm, AWM_ALL, "Print");
1432    awmm->sep______________();
1433
1434    if (clone) awmm->insert_menu_topic("close", "CLOSE", "C", 0, AWM_ALL, ED4_quit_editor);
1435    else       awmm->insert_menu_topic("quit",   "QUIT",  "Q", 0, AWM_ALL, ED4_quit_editor);
1436
1437    // ----------------
1438    //      Create
1439
1440    awmm->create_menu("Create", "C", AWM_ALL);
1441    awmm->insert_menu_topic("create_species",                "Create new species",                "n", 0, AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(ED4_create_new_seq_window, CREATE_NEW_SPECIES));
1442    awmm->insert_menu_topic("create_species_from_consensus", "Create new species from consensus", "u", 0, AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(ED4_create_new_seq_window, CREATE_FROM_CONSENSUS));
1443    awmm->insert_menu_topic("copy_species",                  "Copy current species",              "C", 0, AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(ED4_create_new_seq_window, COPY_SPECIES));
1444    awmm->sep______________();
1445    awmm->insert_menu_topic("create_group",           "Create new Group",              "G", 0, AWM_ALL, group_species_cb, 0, 0);
1446    awmm->insert_menu_topic("create_groups_by_field", "Create new groups using Field", "F", 0, AWM_ALL, group_species_cb, 1, 0);
1447
1448    // --------------
1449    //      Edit
1450
1451    awmm->create_menu("Edit", "E", AWM_ALL);
1452    awmm->insert_menu_topic("refresh",      "Refresh [Ctrl-L]",           "f", 0, AWM_ALL, (AW_CB)ED4_request_full_refresh,       0, 0);
1453    awmm->insert_menu_topic("load_current", "Load current species [GET]", "G", 0, AWM_ALL, ED4_get_and_jump_to_current_from_menu, 0, 0);
1454    awmm->insert_menu_topic("load_marked",  "Load marked species",        "m", 0, AWM_ALL, ED4_get_marked_from_menu,              0, 0);
1455    awmm->sep______________();
1456    awmm->insert_menu_topic("refresh_ecoli",       "Reload Ecoli sequence",        "E", "ecoliref.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)reload_ecoli_cb, 0, 0);
1457    awmm->insert_menu_topic("refresh_helix",       "Reload Helix",                 "H", "helix.hlp",    AWM_ALL, (AW_CB)reload_helix_cb, 0, 0);
1458    awmm->insert_menu_topic("helix_jump_opposite", "Jump helix opposite [Ctrl-J]", "J", 0,              AWM_ALL, ED4_helix_jump_opposite);
1459    awmm->sep______________();
1460
1461    awmm->insert_sub_menu("Set protection of current ", "p");
1462    {
1463        char macro[] = "to_0",
1464            topic[] = ".. to 0",
1465            hotkey[] = "0";
1466
1467        for (char i='0'; i<='6'; i++) {
1468            macro[3] = topic[6] = hotkey[0] = i;
1469            awmm->insert_menu_topic(macro, topic, hotkey, "security.hlp", AWM_ALL, ED4_set_protection, AW_CL(i-'0'), 0);
1470        }
1471    }
1472    awmm->close_sub_menu();
1473
1474#if !defined(NDEBUG) && 0
1475    awmm->insert_menu_topic(0,               "Test (test split & merge)", "T", 0, AWM_ALL, ED4_testSplitNMerge, 1, 0);
1476#endif
1477   
1478    awmm->sep______________();
1479    awmm->insert_menu_topic("fast_aligner",       INTEGRATED_ALIGNERS_TITLE,             "I", "faligner.hlp",     AWM_ALL,            AW_POPUP,                               (AW_CL)ED4_create_faligner_window, (AW_CL)&dataAccess_4_aligner);
1480    awmm->insert_menu_topic("fast_align_set_ref", "Set aligner reference [Ctrl-R]",      "R", "faligner.hlp",     AWM_ALL,            (AW_CB)FastAligner_set_reference_species, (AW_CL)aw_root,                    0);
1481    awmm->insert_menu_topic("align_sequence",     "Old aligner from ARB_EDIT [broken]",  "O", "ne_align_seq.hlp", AWM_DISABLED,       AW_POPUP,                               (AW_CL)create_naligner_window,     0);
1482    awmm->insert_menu_topic("sina",               "SINA (SILVA Incremental Aligner)",    "S", "sina_main.hlp",    sina_mask(aw_root), show_sina_window,                       (AW_CL)&dataAccess_4_aligner,      0);
1483    awmm->insert_menu_topic("del_ali_tmp",        "Remove all aligner Entries",          "v", 0,                  AWM_ALL,            ED4_remove_faligner_entries,            1,                                 0);
1484    awmm->sep______________();
1485    awmm->insert_menu_topic("missing_bases", "Dot potentially missing bases", "D", "missbase.hlp", AWM_EXP, ED4_popup_dot_missing_bases_window, 0, 0);
1486
1487    if (alignment_type == GB_AT_RNA) { // if the database contains valid alignment of rRNA sequences
1488        awmm->sep______________();
1489        awmm->insert_menu_topic("sec_edit", "Edit secondary structure", "c", "arb_secedit.hlp", AWM_ALL, ED4_start_plugin, (AW_CL)GLOBAL_gb_main, (AW_CL)"SECEDIT");
1490#if defined(ARB_OPENGL)
1491        awmm->insert_menu_topic("rna3d", "View 3D molecule", "3", "rna3d_general.hlp", AWM_ALL, ED4_start_plugin, (AW_CL)GLOBAL_gb_main, (AW_CL)"RNA3D");
1492#endif // ARB_OPENGL
1493#if defined(DEBUG)
1494        awmm->insert_menu_topic("noplugin", "DEBUG: call unknown plugin", "u", 0, AWM_ALL, ED4_start_plugin, (AW_CL)GLOBAL_gb_main, (AW_CL)"testplugin");
1495#endif // DEBUG
1496    }
1497
1498    // --------------
1499    //      View
1500
1501    awmm->create_menu("View", "V", AWM_ALL);
1502    awmm->insert_sub_menu("Search", "S");
1503    {
1504        int         s;
1505        const char *hotkeys  = "12Poiclrg";
1506        char        hotkey[] = "_";
1507
1508        e4_assert(strlen(hotkeys) == SEARCH_PATTERNS);
1509
1510        for (s=0; s<SEARCH_PATTERNS; s++) {
1511            ED4_SearchPositionType type = ED4_SearchPositionType(s);
1512            const char *id = ED4_SearchPositionTypeId[type];
1513            int len = strlen(id);
1514            char *macro_name = GB_give_buffer(2*(len+8));
1515            char *menu_entry_name = macro_name+(len+8);
1516
1517#ifndef NDEBUG
1518            memset(macro_name, 0, 2*(len+8)); // to avoid memchk-warning
1519#endif
1520            sprintf(macro_name, "%s_SEARCH", id);
1521            char *p = macro_name;
1522            while (1) {
1523                char c = *p++;
1524                if (!c) break;
1525                p[-1] = toupper(c);
1526            }
1527            sprintf(menu_entry_name, "%s Search", id);
1528
1529            hotkey[0] = hotkeys[s];
1530            awmm->insert_menu_topic(awmm->local_id(macro_name), menu_entry_name, hotkey, "e4_search.hlp", AWM_ALL, ED4_popup_search_window, AW_CL(type));
1531        }
1532    }
1533    awmm->close_sub_menu();
1534    awmm->sep______________();
1535    awmm->insert_sub_menu("Cursor position ", "p");
1536    awmm->insert_menu_topic("store_curpos",   "Store cursor position",    "S", 0, AWM_ALL, ED4_store_curpos);
1537    awmm->insert_menu_topic("restore_curpos", "Restore cursor position ", "R", 0, AWM_ALL, ED4_restore_curpos);
1538    awmm->insert_menu_topic("clear_curpos",   "Clear stored positions",   "C", 0, AWM_ALL, makeWindowCallback(ED4_clear_stored_curpos));
1539    awmm->close_sub_menu();
1540
1541    awmm->sep______________();
1542    awmm->insert_menu_topic("change_cursor", "Change cursor type",                "t", 0,                   AWM_ALL, ED4_change_cursor);
1543    awmm->insert_menu_topic("show_all",      "Show all bases ",                   "a", "set_reference.hlp", AWM_ALL, ED4_set_reference_species, 1, 0);
1544    awmm->insert_menu_topic("show_diff",     "Show only differences to selected", "d", "set_reference.hlp", AWM_ALL, ED4_set_reference_species, 0, 0);
1545    awmm->sep______________();
1546    awmm->insert_menu_topic("enable_col_stat",  "Activate column statistics", "v", "st_ml.hlp", AWM_EXP, ED4_activate_col_stat,            0, 0);
1547    awmm->insert_menu_topic("disable_col_stat", "Disable column statistics",  "i", "st_ml.hlp", AWM_EXP, ED4_disable_col_stat,             0, 0);
1548    awmm->insert_menu_topic("detail_col_stat",  "Toggle detailed Col.-Stat.", "C", "st_ml.hlp", AWM_EXP, ED4_toggle_detailed_column_stats, 0, 0);
1549    awmm->insert_menu_topic("dcs_threshold",    "Set threshold for D.c.s.",   "f", "st_ml.hlp", AWM_EXP, ED4_set_col_stat_threshold,       0, 0);
1550    awmm->sep______________();
1551    awmm->insert_menu_topic("visualize_SAI", "Visualize SAIs",                "z", "visualizeSAI.hlp",   AWM_ALL, AW_POPUP,             (AW_CL)ED4_createVisualizeSAI_window, 0);
1552    awmm->insert_menu_topic("toggle_saisec", "Toggle secondary info for SAI", "o", "toggle_secinfo.hlp", AWM_ALL, toggle_helix_for_SAI, 0,                                    0);
1553
1554    // Enable ProteinViewer only for DNA sequence type
1555    if (alignment_type == GB_AT_DNA) {
1556        awmm->insert_menu_topic("Protein_Viewer", "Protein Viewer", "w", "proteinViewer.hlp", AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)ED4_CreateProteinViewer_window, 0);
1557    }
1558
1559    // ---------------
1560    //      Block
1561
1562    awmm->create_menu("Block", "B", AWM_ALL);
1563
1564    awmm->insert_menu_topic("select_marked",   "Select marked species",   "e", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_SELECT_MARKED),   0);
1565    awmm->insert_menu_topic("deselect_marked", "Deselect marked species", "k", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_DESELECT_MARKED), 0);
1566    awmm->insert_menu_topic("select_all",      "Select all species",      "S", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_ALL),             0);
1567    awmm->insert_menu_topic("deselect_all",    "Deselect all",            "D", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_NONE),            0);
1568    awmm->sep______________();
1569    awmm->insert_menu_topic("mark_selected",   "Mark selected species",   "M", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_MARK_SELECTED),   0);
1570    awmm->insert_menu_topic("unmark_selected", "Unmark selected species", "n", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_UNMARK_SELECTED), 0);
1571    awmm->insert_menu_topic("unmark_all",      "Unmark all species",      "U", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_UNMARK_ALL),      0);
1572    awmm->sep______________();
1573    awmm->insert_menu_topic("invert_all",   "Invert selected species", "I", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_INVERT),       0);
1574    awmm->insert_menu_topic("invert_group", "Invert group",            "g", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select, AW_CL(ED4_MS_INVERT_GROUP), 0);
1575    awmm->sep______________();
1576    awmm->insert_menu_topic("lowcase", "Change to lower case ", "w", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_LOWER_CASE), 0);
1577    awmm->insert_menu_topic("upcase",  "Change to upper case",  "p", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_UPPER_CASE), 0);
1578    awmm->sep______________();
1579    awmm->insert_menu_topic("reverse",            "Reverse selection ",    "v", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_REVERSE),            0);
1580    awmm->insert_menu_topic("complement",         "Complement selection ", "o", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_COMPLEMENT),         0);
1581    awmm->insert_menu_topic("reverse_complement", "Reverse complement",    "t", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_REVERSE_COMPLEMENT), 0);
1582    awmm->sep______________();
1583    awmm->insert_menu_topic("unalignBlockLeft",   "Unalign block left",   "a", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_UNALIGN_LEFT),   0);
1584    awmm->insert_menu_topic("unalignBlockCenter", "Unalign block center", "c", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_UNALIGN_CENTER), 0);
1585    awmm->insert_menu_topic("unalignBlockRight",  "Unalign block right",  "b", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_UNALIGN_RIGHT),  0);
1586    awmm->sep______________();
1587    awmm->insert_menu_topic("replace", "Search & Replace ", "h", "e4_replace.hlp", AWM_ALL, AW_POPUP, AW_CL(ED4_create_replace_window), 0);
1588    awmm->insert_menu_topic("setsai",  "Modify SAI ",       "y", "e4_modsai.hlp",  AWM_ALL, AW_POPUP, AW_CL(ED4_create_modsai_window),  0);
1589    awmm->sep______________();
1590    awmm->insert_menu_topic("toggle_block_type", "Exchange: Line<->Column", "x", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_select,                  AW_CL(ED4_MS_TOGGLE_BLOCKTYPE), 0);
1591    awmm->insert_menu_topic("shift_left",        "Shift block left ",       "l", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_SHIFT_LEFT),       0);
1592    awmm->insert_menu_topic("shift_right",       "Shift block right",       "r", "e4_block.hlp", AWM_ALL, ED4_menu_perform_block_operation, AW_CL(ED4_BO_SHIFT_RIGHT),      0);
1593
1594    // --------------------
1595    //      Properties
1596
1597    awmm->create_menu("Properties", "P", AWM_ALL);
1598
1599#ifdef ARB_MOTIF
1600    awmm->insert_menu_topic("props_frame", "Frame Settings ", "F", 0, AWM_ALL, AW_preset_window);
1601#endif
1602
1603    awmm->insert_menu_topic("props_options",   "Editor Options ",       "O", "e4_options.hlp",   AWM_ALL, ED4_create_level_1_options_window);
1604    awmm->insert_menu_topic("props_consensus", "Consensus Definition ", "u", "e4_consensus.hlp", AWM_ALL, ED4_create_consensus_definition_window);
1605    awmm->sep______________();
1606
1607    awmm->insert_menu_topic("props_data",       "Change Colors & Fonts ", "C", 0,                     AWM_ALL, makeWindowCallback(ED4_popup_gc_window, first_gc_manager));
1608    awmm->insert_menu_topic("props_seq_colors", "Sequence color mapping", "S", "sequence_colors.hlp", AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)create_seq_colors_window, (AW_CL)sequence_colors);
1609
1610    awmm->sep______________();
1611
1612    if (alignment_type == GB_AT_AA) awmm->insert_menu_topic("props_pfold",     "Protein Match Settings ", "P", "pfold_props.hlp", AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)ED4_pfold_create_props_window, (AW_CL)ED4_request_relayout);
1613    else                            awmm->insert_menu_topic("props_helix_sym", "Helix Settings ",         "H", "helixsym.hlp",    AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)create_helix_props_window,     (AW_CL)ED4_request_relayout);
1614
1615    awmm->insert_menu_topic("props_key_map", "Key Mappings ",              "K", "nekey_map.hlp", AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)create_key_map_window, 0);
1616    awmm->insert_menu_topic("props_nds",     "Select visible info (NDS) ", "D", "ed4_nds.hlp",   AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)ED4_create_nds_window, 0);
1617    awmm->sep______________();
1618    AW_insert_common_property_menu_entries(awmm);
1619    awmm->sep______________();
1620    awmm->insert_sub_menu("Save properties ...", "a");
1621    {
1622        static const char * const tag[] = { "save_alispecific_props", "save_alitype_props", "save_props" };
1623        static const char * const entry_type[] = { "alignment specific ", "ali-type specific ", "" };
1624
1625        // check what is the default mode
1626        int default_mode = -1;
1627        for (int mode = 0; mode <= 2; ++mode) {
1628            if (strcmp(GB_path_in_arbprop(ED4_propertyName(mode)), db_name) == 0) {
1629                default_mode = mode;
1630                break;
1631            }
1632        }
1633        if (default_mode == -1) default_mode = 2; // no properties yet -> use 'edit4.arb'
1634
1635        const char *entry = GBS_global_string("Save loaded Properties (%s)", ED4_propertyName(default_mode));
1636        awmm->insert_menu_topic("save_loaded_props", entry, "l", "e4_defaults.hlp", AWM_ALL, ED4_save_properties, (AW_CL)default_mode, 0);
1637        awmm->sep______________();
1638
1639        for (int mode = 2; mode >= 0; --mode) {
1640            char hotkey[] = "x";
1641            hotkey[0]     = "Pta"[mode];
1642            entry         = GBS_global_string("Save %sProperties (%s)", entry_type[mode], ED4_propertyName(mode));
1643            awmm->insert_menu_topic(tag[mode], entry, hotkey, "e4_defaults.hlp", AWM_ALL, ED4_save_properties, (AW_CL)mode, 0);
1644        }
1645    }
1646    awmm->close_sub_menu();
1647
1648    awmm->insert_help_topic("ARB_EDIT4 help",     "E", "e4.hlp", AWM_ALL, makeHelpCallback("e4.hlp"));
1649
1650    // ----------------------------------------------------------------------------------------------------
1651
1652    aw_root->awar_int(AWAR_EDIT_TITLE_MODE)->add_callback((AW_RCB1)title_mode_changed, (AW_CL)awmm);
1653    awmm->set_bottom_area_height(0);   // No bottom area
1654
1655    awmm->auto_space(5, -2);
1656    awmm->shadow_width(3);
1657
1658    int db_pathx, db_pathy;
1659    awmm->get_at_position(&db_pathx, &db_pathy);
1660
1661    awmm->shadow_width(1);
1662    awmm->load_xfig("edit4/editmenu.fig", false);
1663
1664    // --------------------------
1665    //      help /quit /fold
1666
1667    awmm->button_length(0);
1668
1669    awmm->at("quit");
1670    awmm->callback(ED4_quit_editor);
1671    awmm->help_text("quit.hlp");
1672
1673    if (clone) {
1674        awmm->create_button("CLOSE", "#close.xpm");
1675#if defined(ARB_GTK)
1676        awmm->set_close_action("CLOSE");
1677#endif
1678    }
1679    else {
1680        awmm->create_button("QUIT", "#quit.xpm");
1681#if defined(ARB_GTK)
1682        awmm->set_close_action("QUIT");
1683#endif
1684    }
1685
1686    awmm->at("help");
1687    awmm->callback(AW_help_entry_pressed);
1688    awmm->help_text("e4.hlp");
1689    awmm->create_button("HELP", "#help.xpm");
1690
1691    awmm->at("fold");
1692    awmm->help_text("e4.hlp");
1693    awmm->create_toggle(AWAR_EDIT_TITLE_MODE, "#more.xpm", "#less.xpm");
1694
1695    // -------------------
1696    //      positions
1697
1698    awmm->button_length(0);
1699
1700    awmm->at("posTxt");     awmm->create_button(0, "Position");
1701
1702    awmm->button_length(6+1);
1703
1704    awmm->at("ecoliTxt");   awmm->create_button(0, ED4_AWAR_NDS_ECOLI_NAME, 0, "+");
1705
1706    awmm->button_length(0);
1707
1708    awmm->at("baseTxt");    awmm->create_button(0, "Base");
1709    awmm->at("iupacTxt");   awmm->create_button(0, "IUPAC");
1710    awmm->at("helixnrTxt"); awmm->create_button(0, "Helix#");
1711
1712    awmm->at("pos");
1713    awmm->callback((AW_CB)ED4_jump_to_cursor_position, (AW_CL) current_ed4w()->awar_path_for_cursor, AW_CL(ED4_POS_SEQUENCE));
1714    awmm->create_input_field(current_ed4w()->awar_path_for_cursor, 7);
1715
1716    awmm->at("ecoli");
1717    awmm->callback((AW_CB)ED4_jump_to_cursor_position, (AW_CL) current_ed4w()->awar_path_for_Ecoli, AW_CL(ED4_POS_ECOLI));
1718    awmm->create_input_field(current_ed4w()->awar_path_for_Ecoli, 6);
1719
1720    awmm->at("base");
1721    awmm->callback((AW_CB)ED4_jump_to_cursor_position, (AW_CL) current_ed4w()->awar_path_for_basePos, AW_CL(ED4_POS_BASE));
1722    awmm->create_input_field(current_ed4w()->awar_path_for_basePos, 6);
1723
1724    awmm->at("iupac");
1725    awmm->callback((AW_CB)ED4_set_iupac, (AW_CL) current_ed4w()->awar_path_for_IUPAC, AW_CL(0));
1726    awmm->create_input_field(current_ed4w()->awar_path_for_IUPAC, 4);
1727
1728    awmm->at("helixnr");
1729    awmm->callback((AW_CB)ED4_set_helixnr, (AW_CL) current_ed4w()->awar_path_for_helixNr, AW_CL(0));
1730    awmm->create_input_field(current_ed4w()->awar_path_for_helixNr, 5);
1731
1732    // ----------------------------
1733    //      jump/get/undo/redo
1734
1735    awmm->button_length(4);
1736
1737    awmm->at("jump");
1738    awmm->callback(ED4_jump_to_current_species, 0);
1739    awmm->help_text("e4.hlp");
1740    awmm->create_button("JUMP", "Jump");
1741
1742    awmm->at("get");
1743    awmm->callback(ED4_get_and_jump_to_current, 0);
1744    awmm->help_text("e4.hlp");
1745    awmm->create_button("GET", "Get");
1746
1747    awmm->button_length(0);
1748
1749    awmm->at("undo");
1750    awmm->callback(ED4_undo_redo, GB_UNDO_UNDO);
1751    awmm->help_text("undo.hlp");
1752    awmm->create_button("UNDO", "#undo.xpm");
1753
1754    awmm->at("redo");
1755    awmm->callback(ED4_undo_redo, GB_UNDO_REDO);
1756    awmm->help_text("undo.hlp");
1757    awmm->create_button("REDO", "#redo.xpm");
1758
1759    // --------------------------
1760    //      aligner / SAIviz
1761
1762    awmm->button_length(7);
1763
1764    awmm->at("aligner");
1765    awmm->callback(AW_POPUP, (AW_CL)ED4_create_faligner_window, (AW_CL)&dataAccess_4_aligner);
1766    awmm->help_text("faligner.hlp");
1767    awmm->create_button("ALIGNER", "Aligner");
1768
1769    awmm->at("saiviz");
1770    awmm->callback(AW_POPUP, (AW_CL)ED4_createVisualizeSAI_window, 0);
1771    awmm->help_text("visualizeSAI.hlp");
1772    awmm->create_button("SAIVIZ", "SAIviz");
1773
1774    // -------------------------------------------
1775    //      align/insert/protection/direction
1776
1777    awmm->button_length(0);
1778
1779    awmm->at("protect");
1780    awmm->create_option_menu(AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL, true);
1781    awmm->insert_option("0", 0, 0);
1782    awmm->insert_option("1", 0, 1);
1783    awmm->insert_option("2", 0, 2);
1784    awmm->insert_option("3", 0, 3);
1785    awmm->insert_option("4", 0, 4);
1786    awmm->insert_option("5", 0, 5);
1787    awmm->insert_default_option("6", 0, 6);
1788    awmm->update_option_menu();
1789
1790    // draw protection icon AFTER protection!!
1791    awmm->at("pico");
1792    awmm->create_button(NULL, "#protect.xpm");
1793
1794    // draw align/edit-button AFTER protection!!
1795    awmm->at("edit");
1796    awmm->create_toggle(AWAR_EDIT_MODE, "#edit/align.xpm", "#edit/editseq.xpm", 7);
1797
1798    awmm->at("insert");
1799    awmm->create_text_toggle(AWAR_INSERT_MODE, "Replace", "Insert", 7);
1800
1801    awmm->at("direct");
1802    awmm->create_toggle(AWAR_EDIT_RIGHTWARD, "#edit/3to5.xpm", "#edit/5to3.xpm", 7);
1803
1804    // -------------------------
1805    //      secedit / rna3d
1806
1807    int xoffset = 0;
1808
1809    if (alignment_type == GB_AT_RNA) { // if the database contains valid alignment of rRNA sequences
1810        // add buttons for RNA3D and SECEDIT plugins
1811
1812        awmm->button_length(0);
1813
1814        awmm->at("secedit");
1815        awmm->callback(ED4_start_plugin, (AW_CL)GLOBAL_gb_main, (AW_CL)"SECEDIT");
1816        awmm->help_text("arb_secedit.hlp");
1817        awmm->create_button("SECEDIT", "#edit/secedit.xpm");
1818
1819#if defined(ARB_OPENGL)
1820        awmm->at("rna3d");
1821        awmm->callback(ED4_start_plugin, (AW_CL)GLOBAL_gb_main, (AW_CL)"RNA3D");
1822        awmm->help_text("rna3d_general.hlp");
1823        awmm->create_button("RNA3D", "#edit/rna3d.xpm");
1824#endif // ARB_OPENGL
1825    }
1826    else {
1827        awmm->at("secedit");
1828        int xsecedit = awmm->get_at_xposition();
1829        awmm->at("zoom");
1830        int xzoom    = awmm->get_at_xposition();
1831        xoffset      = xsecedit-xzoom; // shift message stuff to the left by xoffset
1832    }
1833
1834    {
1835        int x, y;
1836
1837        awmm->at("zoom");
1838        if (xoffset) { awmm->get_at_position(&x, &y); awmm->at(x+xoffset, y); }
1839        awmm->callback(AW_POPUP, (AW_CL)ED4_zoom_message_window, (AW_CL)0);
1840        awmm->create_button("ZOOM", "#edit/zoom.xpm");
1841
1842        awmm->at("clear");
1843        if (xoffset) { awmm->get_at_position(&x, &y); awmm->at(x+xoffset, y); }
1844        awmm->callback(ED4_clear_errors, (AW_CL)0);
1845        awmm->create_button("CLEAR", "#edit/clear.xpm");
1846
1847        awmm->at("errortext");
1848        if (xoffset) { awmm->get_at_position(&x, &y); awmm->at(x+xoffset, y); }
1849        aw_root->awar_string(AWAR_ERROR_MESSAGES, "This is ARB Edit4 [Build " ARB_VERSION "]");
1850        awmm->create_text_field(AWAR_ERROR_MESSAGES);
1851        aw_set_local_message();
1852    }
1853
1854    // ---------------------
1855    //      'more' area
1856
1857    awmm->at("cons");
1858    awmm->create_toggle(ED4_AWAR_CONSENSUS_SHOW, "#edit/nocons.xpm", "#edit/cons.xpm");
1859
1860    awmm->at("num");
1861    awmm->create_toggle(ED4_AWAR_DIGITS_AS_REPEAT, "#edit/norepeat.xpm", "#edit/repeat.xpm");
1862
1863    awmm->at("key");
1864    awmm->create_toggle("key_mapping/enable", "#edit/nokeymap.xpm", "#edit/keymap.xpm");
1865
1866    // search
1867
1868    awmm->button_length(0);
1869#define INSERT_SEARCH_FIELDS(Short, label_prefix, prefix)       \
1870    insert_search_fields(awmm,                                  \
1871                         #label_prefix,                         \
1872                         #prefix,                               \
1873                         ED4_AWAR_##prefix##_SEARCH_PATTERN,    \
1874                         ED4_AWAR_##prefix##_SEARCH_SHOW,       \
1875                         Short,                                 \
1876                         ED4_##prefix##_PATTERN,                \
1877                         current_ed4w()                         \
1878        )
1879
1880    INSERT_SEARCH_FIELDS(0, u1, USER1);
1881    INSERT_SEARCH_FIELDS(0, u2, USER2);
1882    INSERT_SEARCH_FIELDS(0, pro, PROBE);
1883    INSERT_SEARCH_FIELDS(1, pri1, PRIMER1);
1884    INSERT_SEARCH_FIELDS(1, pri2, PRIMER2);
1885    INSERT_SEARCH_FIELDS(1, pri3, PRIMER3);
1886    INSERT_SEARCH_FIELDS(1, sig1, SIG1);
1887    INSERT_SEARCH_FIELDS(1, sig2, SIG2);
1888    INSERT_SEARCH_FIELDS(1, sig3, SIG3);
1889
1890#undef INSERT_SEARCH_FIELDS
1891
1892    awmm->at("alast");
1893    awmm->callback(ED4_search_cb, ED4_encodeSearchDescriptor(-1, ED4_ANY_PATTERN), (AW_CL)current_ed4w());
1894    awmm->create_button("ALL_SEARCH_LAST", "#edit/last.xpm");
1895
1896    awmm->at("anext");
1897    awmm->callback(ED4_search_cb, ED4_encodeSearchDescriptor(+1, ED4_ANY_PATTERN), (AW_CL)current_ed4w());
1898    awmm->create_button("ALL_SEARCH_NEXT", "#edit/next.xpm");
1899
1900    title_mode_changed(aw_root, awmm);
1901
1902    // Buttons at left window border
1903
1904    awmm->create_mode("edit/arrow.xpm", "normal.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(modes_cb, ED4_SM_MOVE));
1905    awmm->create_mode("edit/kill.xpm",  "kill.hlp",   AWM_ALL, makeWindowCallback(modes_cb, ED4_SM_KILL));
1906    awmm->create_mode("edit/mark.xpm",  "mark.hlp",   AWM_ALL, makeWindowCallback(modes_cb, ED4_SM_MARK));
1907
1908    FastAligner_create_variables(awmm->get_root(), props_db);
1909
1910#if defined(DEBUG)
1911    AWT_check_action_ids(awmm->get_root(), "");
1912#endif
1913
1914    announce_useraction_in(awmm);
1915
1916    return (ED4_R_OK);
1917}
1918
1919AW_window *ED4_root::create_new_window() {
1920    // only the first window, other windows are generated by generate_window
1921    AW_device  *device     = NULL;
1922    ED4_window *new_window = NULL;
1923
1924    generate_window(&device, &new_window);
1925
1926    ED4_LocalWinContext uses(new_window);
1927   
1928    ED4_calc_terminal_extentions();
1929
1930    DRAW                    = 1;
1931    move_cursor             = 0;
1932    max_seq_terminal_length = 0;
1933
1934    ED4_init_notFoundMessage();
1935
1936    return new_window->aww;
1937}
1938
1939ED4_index ED4_root::pixel2pos(AW_pos click_x) {
1940    // 'click_x' is the x-offset into the terminal in pixels
1941    // returns the x-offset into the terminal in base positions (clipped to max. allowed position)
1942
1943    int       length_of_char = font_group.get_width(ED4_G_SEQUENCES);
1944    ED4_index scr_pos        = int((click_x-CHARACTEROFFSET) / length_of_char);
1945    int       max_scrpos     = root_group_man->remap()->get_max_screen_pos();
1946
1947    if (scr_pos>max_scrpos) scr_pos = max_scrpos;
1948
1949    return scr_pos;
1950}
1951
1952static char *detectProperties() {
1953    char *propname = NULL;
1954
1955    // check if edit4_?na.arb / edit4_ali_???.arb exist in $ARB_PROP
1956    for (int mode = 0; !propname && mode <= 1; ++mode) { 
1957        const char *fullprop = GB_path_in_arbprop(ED4_propertyName(mode));
1958        if (GB_is_regularfile(fullprop)) {
1959            freedup(propname, fullprop);
1960        }
1961    }
1962
1963    // if not, use 'mode 2', i.e. "edit4.arb"
1964    // (no full path, we want to load default from arb_defaults)
1965    if (!propname) propname = strdup(ED4_propertyName(2));
1966
1967    return propname;
1968}
1969
1970ED4_root::ED4_root(int* argc, char*** argv)
1971    : most_recently_used_window(0),
1972      db_name(detectProperties()),
1973      aw_root(AWT_create_root(db_name, "ARB_EDIT4", need_macro_ability(), argc, argv)),
1974      props_db(AW_ROOT_DEFAULT),
1975      first_window(0),
1976      main_manager(0),
1977      middle_area_man(0),
1978      top_area_man(0),
1979      root_group_man(0),
1980      database(0),
1981      selected_objects(new ED4_selected_list), 
1982      folding_action(0),
1983      species_mode(ED4_SM_MOVE),
1984      ecoli_ref(0),
1985      alignment_name(0),
1986      alignment_type(GB_AT_UNKNOWN),
1987      reference(0),
1988      sequence_colors(0),
1989      gc_manager(0),
1990      st_ml(0),
1991      helix(0),
1992      helix_spacing(0),
1993      helix_add_spacing(0),
1994      terminal_add_spacing(0),
1995      protstruct(0),
1996      protstruct_len(0),
1997      edk(0),
1998      edit_string(0),
1999      column_stat_activated(false),
2000      column_stat_initialized(false),
2001      visualizeSAI(false),
2002      visualizeSAI_allSpecies(false),
2003      temp_gc(0)
2004{}
2005
2006
2007ED4_root::~ED4_root() {
2008    delete aw_root;
2009    delete first_window;
2010    delete main_manager;
2011    delete middle_area_man;
2012    delete top_area_man;
2013    delete database;
2014    delete ecoli_ref;
2015    delete selected_objects;
2016
2017    free(protstruct);
2018    free(db_name);
2019}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.