source: branches/profile/GDE/CLUSTALW/amenu.c

Last change on this file was 1754, checked in by westram, 21 years ago

updated to version 1.83
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 38.5 KB
Line 
1/* Menus and command line interface for Clustal W  */
2/* DES was here MARCH. 1994 */
3/* DES was here SEPT.  1994 */
4#include <stdio.h>
5#include <string.h>
6#include <ctype.h>
7#include <stdlib.h>
8#include <stdarg.h>
9#include <signal.h>
10#include <setjmp.h>
11#include "clustalw.h"
12
13static jmp_buf jmpbuf;
14#ifndef VMS
15#ifndef AIX
16#define BADSIG (void (*)())-1
17#endif
18#endif
19
20static void jumper(int);
21
22static void jumper(int i)
23{
24        longjmp(jmpbuf,1);
25}
26
27
28/*
29*       Prototypes
30*/
31
32
33static void pair_menu(void);
34static void multi_menu(void);
35static void gap_penalties_menu(void);
36static void multiple_align_menu(void);          /* multiple alignments menu */
37static void profile_align_menu(void);           /* profile       "      "   */
38static void phylogenetic_tree_menu(void);       /* NJ trees/distances menu  */
39static void format_options_menu(void);          /* format of alignment output */
40static void tree_format_options_menu(void);     /* format of tree output */
41static void ss_options_menu(void);
42static sint secstroutput_options(void);
43static sint read_matrix(char *title,MatMenu menu, char *matnam, sint matn, short *mat, short *xref);
44
45/*
46*        Global variables
47*/
48
49extern float    gap_open,      gap_extend;
50extern float    dna_gap_open,  dna_gap_extend;
51extern float    prot_gap_open, prot_gap_extend;
52extern float    pw_go_penalty,      pw_ge_penalty;
53extern float    dna_pw_go_penalty,  dna_pw_ge_penalty;
54extern float    prot_pw_go_penalty, prot_pw_ge_penalty;
55extern float    transition_weight;
56extern char     revision_level[];
57extern sint    wind_gap,ktup,window,signif;
58extern sint    dna_wind_gap, dna_ktup, dna_window, dna_signif;
59extern sint    prot_wind_gap,prot_ktup,prot_window,prot_signif;
60extern sint     nseqs;
61extern sint     divergence_cutoff;
62extern sint     debug;
63extern Boolean  neg_matrix;
64extern Boolean  quick_pairalign;
65extern Boolean  reset_alignments_new;           /* DES */
66extern Boolean  reset_alignments_all;           /* DES */
67extern sint     gap_dist;
68extern Boolean  no_var_penalties, no_hyd_penalties, no_pref_penalties;
69extern sint     output_order;
70extern sint profile_no;
71extern short    usermat[], pw_usermat[];
72extern short    aa_xref[], pw_aa_xref[];
73extern short    userdnamat[], pw_userdnamat[];
74extern short    dna_xref[], pw_dna_xref[];
75
76extern Boolean  lowercase; /* Flag for GDE output - set on comm. line*/
77extern Boolean  cl_seq_numbers;
78extern Boolean seqRange;  /* to append sequence range with seq names, Ranu */
79
80extern Boolean  output_clustal, output_nbrf, output_phylip, output_gcg, output_gde, output_nexus;
81extern Boolean output_fasta; /* Ramu */
82
83extern Boolean  output_tree_clustal, output_tree_phylip, output_tree_distances,output_tree_nexus;
84extern sint     bootstrap_format;
85extern Boolean  tossgaps, kimura;
86extern Boolean  percent;
87extern Boolean  usemenu;
88extern Boolean  showaln, save_parameters;
89extern Boolean  dnaflag;
90extern Boolean  use_ambiguities;
91
92
93extern char     hyd_residues[];
94extern char     mtrxname[], pw_mtrxname[];
95extern char     dnamtrxname[], pw_dnamtrxname[];
96extern char     seqname[];
97
98extern sint output_struct_penalties;
99extern Boolean use_ss1, use_ss2;
100
101extern Boolean empty;
102extern Boolean profile1_empty, profile2_empty;   /* whether or not profiles   */
103
104extern char     profile1_name[FILENAMELEN+1];
105extern char     profile2_name[FILENAMELEN+1];
106
107extern Boolean         use_endgaps;
108extern sint        matnum,pw_matnum;
109extern sint        dnamatnum,pw_dnamatnum;
110
111extern sint        helix_penalty;
112extern sint        strand_penalty;
113extern sint        loop_penalty;
114extern sint        helix_end_minus;
115extern sint        helix_end_plus;
116extern sint        strand_end_minus;
117extern sint        strand_end_plus;
118extern sint        helix_end_penalty;
119extern sint        strand_end_penalty;
120
121extern MatMenu matrix_menu;
122extern MatMenu pw_matrix_menu;
123extern MatMenu dnamatrix_menu;
124
125static char phylip_name[FILENAMELEN]="";
126static char clustal_name[FILENAMELEN]="";
127static char dist_name[FILENAMELEN]="";
128static char nexus_name[FILENAMELEN]="";
129static char fasta_name[FILENAMELEN]="";
130
131static char p1_tree_name[FILENAMELEN]="";
132static char p2_tree_name[FILENAMELEN]="";
133
134static char *secstroutput_txt[] = {
135                                "Secondary Structure",
136                                "Gap Penalty Mask",
137                                "Structure and Penalty Mask",
138                                "None"  };
139                                               
140
141static char *lin1, *lin2, *lin3;
142
143static int firstres =0; /* range of alignment for saving as ... */
144static int lastres = 0;
145
146void init_amenu(void)
147{
148
149        lin1 = (char *)ckalloc( (MAXLINE+1) * sizeof (char) );
150        lin2 = (char *)ckalloc( (MAXLINE+1) * sizeof (char) );
151        lin3 = (char *)ckalloc( (MAXLINE+1) * sizeof (char) );
152}
153
154void main_menu(void)
155{
156        int catchint;
157
158        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
159        if (catchint) {
160                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
161                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
162#ifdef UNIX
163                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
164                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
165#else
166                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
167                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
168#endif
169        }
170
171        while(TRUE) {
172                fprintf(stdout,"\n\n\n");
173                fprintf(stdout," **************************************************************\n");
174                fprintf(stdout," ******** CLUSTAL %s Multiple Sequence Alignments  ********\n",revision_level);
175                fprintf(stdout," **************************************************************\n");
176                fprintf(stdout,"\n\n");
177               
178                fprintf(stdout,"     1. Sequence Input From Disc\n");
179                fprintf(stdout,"     2. Multiple Alignments\n");
180                fprintf(stdout,"     3. Profile / Structure Alignments\n");
181                fprintf(stdout,"     4. Phylogenetic trees\n");
182                fprintf(stdout,"\n");
183                fprintf(stdout,"     S. Execute a system command\n");
184                fprintf(stdout,"     H. HELP\n");
185                fprintf(stdout,"     X. EXIT (leave program)\n\n\n");
186               
187                getstr("Your choice",lin1);
188
189                switch(toupper(*lin1)) {
190                        case '1': seq_input(FALSE);
191                                phylip_name[0]=EOS;
192                                clustal_name[0]=EOS;
193                                dist_name[0]=EOS;
194                                nexus_name[0]=EOS;
195                                break;
196                        case '2': multiple_align_menu();
197                                break;
198                        case '3': profile_align_menu();
199                                break;
200                        case '4': phylogenetic_tree_menu();
201                                break;
202                        case 'S': do_system();
203                                break;
204                        case '?':
205                        case 'H': get_help('1');
206                                break;
207                        case 'Q':
208                        case 'X': exit(0);
209                                break;
210                        default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
211                                break;
212                }
213        }
214}
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224static void multiple_align_menu(void)
225{
226        int catchint;
227
228        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
229        if (catchint) {
230                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
231                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
232#ifdef UNIX
233                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
234                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
235#else
236                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
237                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
238#endif
239        }
240
241
242    while(TRUE)
243    {
244        fprintf(stdout,"\n\n\n");
245        fprintf(stdout,"****** MULTIPLE ALIGNMENT MENU ******\n");
246        fprintf(stdout,"\n\n");
247
248
249        fprintf(stdout,"    1.  Do complete multiple alignment now (%s)\n",
250                        (!quick_pairalign) ? "Slow/Accurate" : "Fast/Approximate");
251        fprintf(stdout,"    2.  Produce guide tree file only\n");
252        fprintf(stdout,"    3.  Do alignment using old guide tree file\n\n");
253        fprintf(stdout,"    4.  Toggle Slow/Fast pairwise alignments = %s\n\n",
254                                        (!quick_pairalign) ? "SLOW" : "FAST");
255        fprintf(stdout,"    5.  Pairwise alignment parameters\n");
256        fprintf(stdout,"    6.  Multiple alignment parameters\n\n");
257        fprintf(stdout,"    7.  Reset gaps before alignment?");
258        if(reset_alignments_new)
259                fprintf(stdout," = ON\n");
260        else
261                fprintf(stdout," = OFF\n");
262        fprintf(stdout,"    8.  Toggle screen display          = %s\n",
263                                        (!showaln) ? "OFF" : "ON");
264        fprintf(stdout,"    9.  Output format options\n");
265        fprintf(stdout,"\n");
266
267        fprintf(stdout,"    S.  Execute a system command\n");
268        fprintf(stdout,"    H.  HELP\n");
269        fprintf(stdout,"    or press [RETURN] to go back to main menu\n\n\n");
270
271        getstr("Your choice",lin1);
272        if(*lin1 == EOS) return;
273
274        switch(toupper(*lin1))
275        {
276        case '1': align(phylip_name);
277            break;
278        case '2': make_tree(phylip_name);
279            break;
280        case '3': get_tree(phylip_name);
281            break;
282        case '4': quick_pairalign ^= TRUE;
283            break;
284        case '5': pair_menu();
285            break;
286        case '6': multi_menu();
287            break;
288        case '7': reset_alignments_new ^= TRUE;
289            if(reset_alignments_new==TRUE)
290                reset_alignments_all=FALSE;
291            break;
292        case '8': showaln ^= TRUE;
293            break;
294        case '9': format_options_menu();
295            break;
296        case 'S': do_system();
297            break;
298        case '?':
299        case 'H': get_help('2');
300            break;
301        case 'Q':
302        case 'X': return;
303
304        default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
305            break;
306        }
307    }
308}
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318static void profile_align_menu(void)
319{
320        int catchint;
321
322        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
323        if (catchint) {
324                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
325                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
326#ifdef UNIX
327                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
328                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
329#else
330                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
331                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
332#endif
333        }
334
335
336    while(TRUE)
337    {
338        fprintf(stdout,"\n\n\n");
339        fprintf(stdout,"****** PROFILE AND STRUCTURE ALIGNMENT MENU ******\n");
340        fprintf(stdout,"\n\n");
341
342        fprintf(stdout,"    1.  Input 1st. profile             ");
343        if (!profile1_empty) fprintf(stdout,"(loaded)");
344        fprintf(stdout,"\n");
345        fprintf(stdout,"    2.  Input 2nd. profile/sequences   ");
346        if (!profile2_empty) fprintf(stdout,"(loaded)");
347        fprintf(stdout,"\n\n");
348        fprintf(stdout,"    3.  Align 2nd. profile to 1st. profile\n");
349        fprintf(stdout,"    4.  Align sequences to 1st. profile (%s)\n\n",
350                        (!quick_pairalign) ? "Slow/Accurate" : "Fast/Approximate");
351        fprintf(stdout,"    5.  Toggle Slow/Fast pairwise alignments = %s\n\n",
352                                        (!quick_pairalign) ? "SLOW" : "FAST");
353        fprintf(stdout,"    6.  Pairwise alignment parameters\n");
354        fprintf(stdout,"    7.  Multiple alignment parameters\n\n");
355        fprintf(stdout,"    8.  Toggle screen display                = %s\n",
356                                        (!showaln) ? "OFF" : "ON");
357        fprintf(stdout,"    9.  Output format options\n");
358        fprintf(stdout,"    0.  Secondary structure options\n");
359        fprintf(stdout,"\n");
360        fprintf(stdout,"    S.  Execute a system command\n");
361        fprintf(stdout,"    H.  HELP\n");
362        fprintf(stdout,"    or press [RETURN] to go back to main menu\n\n\n");
363
364        getstr("Your choice",lin1);
365        if(*lin1 == EOS) return;
366
367        switch(toupper(*lin1))
368        {
369        case '1': profile_no = 1;      /* 1 => 1st profile */ 
370          profile_input();
371                  strcpy(profile1_name, seqname);
372            break;
373        case '2': profile_no = 2;      /* 2 => 2nd profile */
374          profile_input();
375                  strcpy(profile2_name, seqname);
376            break;
377        case '3': profile_align(p1_tree_name,p2_tree_name);       /* align the 2 alignments now */
378            break;
379        case '4': new_sequence_align(phylip_name);  /* align new sequences to profile 1 */
380            break;
381        case '5': quick_pairalign ^= TRUE;
382            break;
383        case '6': pair_menu();
384            break;
385        case '7': multi_menu();
386            break;
387        case '8': showaln ^= TRUE;
388            break;
389        case '9': format_options_menu();
390            break;
391        case '0': ss_options_menu();
392            break;
393        case 'S': do_system();
394            break;
395        case '?':
396        case 'H': get_help('6');
397            break;
398        case 'Q':
399        case 'X': return;
400
401        default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
402            break;
403        }
404    }
405}
406
407
408static void ss_options_menu(void)
409{
410        int catchint;
411
412        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
413        if (catchint) {
414                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
415                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
416#ifdef UNIX
417                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
418                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
419#else
420                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
421                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
422#endif
423        }
424
425
426        while(TRUE) {
427       
428                fprintf(stdout,"\n\n\n");
429                fprintf(stdout," ********* SECONDARY STRUCTURE OPTIONS *********\n");
430                fprintf(stdout,"\n\n");
431
432                fprintf(stdout,"     1. Use profile 1 secondary structure / penalty mask  ");
433                if(use_ss1)
434                        fprintf(stdout,"= YES\n");
435                else
436                        fprintf(stdout,"= NO\n");
437                fprintf(stdout,"     2. Use profile 2 secondary structure / penalty mask  ");
438                if(use_ss2)
439                        fprintf(stdout,"= YES\n");
440                else
441                        fprintf(stdout,"= NO\n");
442                fprintf(stdout,"\n");
443                fprintf(stdout,"     3. Output in alignment  ");
444                fprintf(stdout,"= %s\n",secstroutput_txt[output_struct_penalties]);
445                fprintf(stdout,"\n");
446
447                fprintf(stdout,"     4. Helix gap penalty                     :%d\n",(pint)helix_penalty);
448                fprintf(stdout,"     5. Strand gap penalty                    :%d\n",(pint)strand_penalty);
449                fprintf(stdout,"     6. Loop gap penalty                      :%d\n",(pint)loop_penalty);
450
451                fprintf(stdout,"     7. Secondary structure terminal penalty  :%d\n",(pint)helix_end_penalty);
452                fprintf(stdout,"     8. Helix terminal positions       within :%d      outside :%d\n",
453                                                 (pint)helix_end_minus,(pint)helix_end_plus);
454                fprintf(stdout,"     9. Strand terminal positions      within :%d      outside :%d\n",
455                                                 (pint)strand_end_minus,(pint)strand_end_plus);
456
457                fprintf(stdout,"\n\n");
458                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");
459               
460                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
461                if( *lin2 == EOS) { 
462                        return;
463                }
464               
465                switch(toupper(*lin2)) {
466                        case '1': use_ss1 ^= TRUE;
467                                break;
468                        case '2': use_ss2 ^= TRUE;
469                                break;
470                        case '3': output_struct_penalties = secstroutput_options();
471                                break;
472                        case '4':
473                                fprintf(stdout,"Helix Penalty Currently: %d\n",(pint)helix_penalty);
474                                helix_penalty=getint("Enter number",1,9,helix_penalty);
475                                break;
476                        case '5':
477                                fprintf(stdout,"Strand Gap Penalty Currently: %d\n",(pint)strand_penalty);
478                                strand_penalty=getint("Enter number",1,9,strand_penalty);
479                                break;
480                        case '6':
481                                fprintf(stdout,"Loop Gap Penalty Currently: %d\n",(pint)loop_penalty);
482                                loop_penalty=getint("Enter number",1,9,loop_penalty);
483                                break;
484                        case '7':
485                                fprintf(stdout,"Secondary Structure Terminal Penalty Currently: %d\n",
486                                          (pint)helix_end_penalty);
487                                helix_end_penalty=getint("Enter number",1,9,helix_end_penalty);
488                                strand_end_penalty = helix_end_penalty;
489                                break;
490                        case '8':
491                                fprintf(stdout,"Helix Terminal Positions Currently: \n");
492                                fprintf(stdout,"        within helix: %d     outside helix: %d\n",
493                                                            (pint)helix_end_minus,(pint)helix_end_plus);
494                                helix_end_minus=getint("Enter number of residues within helix",0,3,helix_end_minus);
495                                helix_end_plus=getint("Enter number of residues outside helix",0,3,helix_end_plus);
496                                break;
497                        case '9':
498                                fprintf(stdout,"Strand Terminal Positions Currently: \n");
499                                fprintf(stdout,"        within strand: %d     outside strand: %d\n",
500                                                            (pint)strand_end_minus,(pint)strand_end_plus);
501                                strand_end_minus=getint("Enter number of residues within strand",0,3,strand_end_minus);
502                                strand_end_plus=getint("Enter number of residues outside strand",0,3,strand_end_plus);
503                                break;
504                        case '?':
505                        case 'H':
506                                get_help('B');
507                                break;
508                        default:
509                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
510                                break;
511                }
512        }
513}
514
515
516static sint secstroutput_options(void)
517{
518
519        while(TRUE)
520        {
521                fprintf(stdout,"\n\n\n");
522                fprintf(stdout," ********* Secondary Structure Output Menu *********\n");
523                fprintf(stdout,"\n\n");
524
525
526                fprintf(stdout,"     1. %s\n",secstroutput_txt[0]);
527                fprintf(stdout,"     2. %s\n",secstroutput_txt[1]);
528                fprintf(stdout,"     3. %s\n",secstroutput_txt[2]);
529                fprintf(stdout,"     4. %s\n",secstroutput_txt[3]);
530                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n");
531                fprintf(stdout,
532"     -- Current output is %s ",secstroutput_txt[output_struct_penalties]);
533                fprintf(stdout,"--\n");
534
535
536                getstr("\n\nEnter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
537                if(*lin2 == EOS) return(output_struct_penalties);
538
539                switch(toupper(*lin2))
540                {
541                        case '1': return(0);
542                        case '2': return(1);
543                        case '3': return(2);
544                        case '4': return(3);
545                        case '?': 
546                        case 'H': get_help('C');
547                        case 'Q':
548                        case 'X': return(0);
549
550                        default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
551                        break;
552                }
553        }
554}
555
556
557
558
559
560
561
562static void phylogenetic_tree_menu(void)
563{
564        int catchint;
565
566        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
567        if (catchint) {
568                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
569                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
570#ifdef UNIX
571                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
572                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
573#else
574                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
575                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
576#endif
577        }
578
579
580    while(TRUE)
581    {
582        fprintf(stdout,"\n\n\n");
583        fprintf(stdout,"****** PHYLOGENETIC TREE MENU ******\n");
584        fprintf(stdout,"\n\n");
585
586        fprintf(stdout,"    1.  Input an alignment\n");
587        fprintf(stdout,"    2.  Exclude positions with gaps?        ");
588        if(tossgaps)
589                fprintf(stdout,"= ON\n");
590        else
591                fprintf(stdout,"= OFF\n");
592        fprintf(stdout,"    3.  Correct for multiple substitutions? ");
593        if(kimura)
594                fprintf(stdout,"= ON\n");
595        else
596                fprintf(stdout,"= OFF\n");
597        fprintf(stdout,"    4.  Draw tree now\n");
598        fprintf(stdout,"    5.  Bootstrap tree\n");
599        fprintf(stdout,"    6.  Output format options\n");
600        fprintf(stdout,"\n");
601        fprintf(stdout,"    S.  Execute a system command\n");
602        fprintf(stdout,"    H.  HELP\n");
603        fprintf(stdout,"    or press [RETURN] to go back to main menu\n\n\n");
604
605        getstr("Your choice",lin1);
606        if(*lin1 == EOS) return;
607
608        switch(toupper(*lin1))
609        {
610                case '1': seq_input(FALSE);
611                                phylip_name[0]=EOS;
612                                clustal_name[0]=EOS;
613                                dist_name[0]=EOS;
614                                nexus_name[0]=EOS;
615                        break;
616                case '2': tossgaps ^= TRUE;
617                        break;
618                case '3': kimura ^= TRUE;;
619                        break;
620                case '4': phylogenetic_tree(phylip_name,clustal_name,dist_name,nexus_name,"amenu.pim");
621                        break;
622                case '5': bootstrap_tree(phylip_name,clustal_name,nexus_name);
623                        break;
624                case '6': tree_format_options_menu();
625                        break;
626                case 'S': do_system();
627                        break;
628                case '?':
629                case 'H': get_help('7');
630                        break;
631                case 'Q':
632                case 'X': return;
633
634                default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
635                break;
636        }
637    }
638}
639
640
641
642
643
644
645static void tree_format_options_menu(void)      /* format of tree output */
646{       
647        int catchint;
648
649        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
650        if (catchint) {
651                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
652                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
653#ifdef UNIX
654                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
655                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
656#else
657                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
658                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
659#endif
660        }
661
662
663        while(TRUE) {
664        fprintf(stdout,"\n\n\n");
665        fprintf(stdout," ****** Format of Phylogenetic Tree Output ******\n");
666        fprintf(stdout,"\n\n");
667        fprintf(stdout,"     1. Toggle CLUSTAL format tree output    =  %s\n",
668                                        (!output_tree_clustal)  ? "OFF" : "ON");
669        fprintf(stdout,"     2. Toggle Phylip format tree output     =  %s\n",
670                                        (!output_tree_phylip)   ? "OFF" : "ON");
671        fprintf(stdout,"     3. Toggle Phylip distance matrix output =  %s\n",
672                                        (!output_tree_distances)? "OFF" : "ON");
673        fprintf(stdout,"     4. Toggle Nexus format tree output      =  %s\n\n",
674                                        (!output_tree_nexus)? "OFF" : "ON");
675        fprintf(stdout,"     5. Toggle Phylip bootstrap positions    =  %s\n\n",
676(bootstrap_format==BS_NODE_LABELS) ? "NODE LABELS" : "BRANCH LABELS");
677        fprintf(stdout,"\n");
678        fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");   
679       
680                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
681                if(*lin2 == EOS) return;
682               
683                switch(toupper(*lin2)) {
684                        case '1':
685                                output_tree_clustal   ^= TRUE;
686                                break;
687                        case '2':
688                                output_tree_phylip    ^= TRUE;
689                                break;
690                        case '3':
691                                output_tree_distances ^= TRUE;
692                                break;
693                        case '4':
694                                output_tree_nexus ^= TRUE;
695                                break;
696                        case '5':
697                                if (bootstrap_format == BS_NODE_LABELS)
698                                        bootstrap_format = BS_BRANCH_LABELS;
699                                else
700                                        bootstrap_format = BS_NODE_LABELS;
701                                break;
702                        case '?':
703                        case 'H':
704                                get_help('0');
705                                break;
706                        default:
707                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
708                                break;
709                }
710        }
711}
712
713
714static void format_options_menu(void)      /* format of alignment output */
715{       
716        sint i;
717        sint length = 0;
718        char path[FILENAMELEN+1];
719    int catchint;
720
721        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
722        if (catchint) {
723                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
724                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
725#ifdef UNIX
726                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
727                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
728#else
729                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
730                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
731#endif
732        }
733
734
735        while(TRUE) {
736        fprintf(stdout,"\n\n\n");
737        fprintf(stdout," ********* Format of Alignment Output *********\n");
738        fprintf(stdout,"\n\n");
739        fprintf(stdout,"     F. Toggle FASTA format output       =  %s\n\n",
740                                        (!output_fasta) ? "OFF" : "ON");
741        fprintf(stdout,"     1. Toggle CLUSTAL format output     =  %s\n",
742                                        (!output_clustal) ? "OFF" : "ON");
743        fprintf(stdout,"     2. Toggle NBRF/PIR format output    =  %s\n",
744                                        (!output_nbrf) ? "OFF" : "ON");
745        fprintf(stdout,"     3. Toggle GCG/MSF format output     =  %s\n",
746                                        (!output_gcg) ? "OFF" : "ON");
747        fprintf(stdout,"     4. Toggle PHYLIP format output      =  %s\n",
748                                        (!output_phylip) ? "OFF" : "ON");
749        fprintf(stdout,"     5. Toggle NEXUS format output       =  %s\n",
750                                        (!output_nexus) ? "OFF" : "ON");
751        fprintf(stdout,"     6. Toggle GDE format output         =  %s\n\n",
752                                        (!output_gde) ? "OFF" : "ON");
753        fprintf(stdout,"     7. Toggle GDE output case           =  %s\n",
754                                        (!lowercase) ? "UPPER" : "LOWER");
755
756        fprintf(stdout,"     8. Toggle CLUSTALW sequence numbers =  %s\n",
757                                        (!cl_seq_numbers) ? "OFF" : "ON");
758        fprintf(stdout,"     9. Toggle output order              =  %s\n\n",
759                                        (output_order==0) ? "INPUT FILE" : "ALIGNED");
760
761        fprintf(stdout,"     0. Create alignment output file(s) now?\n\n");
762        fprintf(stdout,"     T. Toggle parameter output          = %s\n",
763                                        (!save_parameters) ? "OFF" : "ON");
764        fprintf(stdout,"     R. Toggle sequence range numbers =  %s\n",
765                                        (!seqRange) ? "OFF" : "ON");
766        fprintf(stdout,"\n");
767        fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");   
768       
769                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
770                if(*lin2 == EOS) return;
771               
772                switch(toupper(*lin2)) {
773                        case '1':
774                                output_clustal ^= TRUE;
775                                break;
776                        case '2':
777                                output_nbrf ^= TRUE;
778                                break;
779                        case '3':
780                                output_gcg ^= TRUE;
781                                break;
782                        case '4':
783                                output_phylip ^= TRUE;
784                                break;
785                        case '5':
786                                output_nexus ^= TRUE;
787                                break;
788                        case '6':
789                                output_gde ^= TRUE;
790                                break;
791                        case '7':
792                                lowercase ^= TRUE;
793                                break;
794                        case '8':
795                                cl_seq_numbers ^= TRUE;
796                                break;
797                        case '9':
798                                if (output_order == INPUT) output_order = ALIGNED;
799                                else output_order = INPUT;
800                                break;
801                        case 'F':
802                                output_fasta ^= TRUE;
803                                break;
804                        case 'R':
805                                seqRange ^= TRUE;
806                                break;
807
808                        case '0':               /* DES */
809                                if(empty) {
810                                        error("No sequences loaded");
811                                        break;
812                                }
813                                get_path(seqname,path);
814                                if(!open_alignment_output(path)) break;
815                                create_alignment_output(1,nseqs);
816                                break;
817                        case 'T': save_parameters ^= TRUE;
818                                 break;
819                        case '?':
820                        case 'H':
821                                get_help('5');
822                                break;
823                        default:
824                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
825                                break;
826                }
827        }
828}
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841static void pair_menu(void)
842{
843        int catchint;
844
845        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
846        if (catchint) {
847                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
848                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
849#ifdef UNIX
850                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
851                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
852#else
853                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
854                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
855#endif
856        }
857
858
859        if(dnaflag) {
860                pw_go_penalty     = dna_pw_go_penalty;
861                pw_ge_penalty     = dna_pw_ge_penalty;
862                ktup       = dna_ktup;
863                window     = dna_window;
864                signif     = dna_signif;
865                wind_gap   = dna_wind_gap;
866
867        }
868        else {
869                pw_go_penalty     = prot_pw_go_penalty;
870                pw_ge_penalty     = prot_pw_ge_penalty;
871                ktup       = prot_ktup;
872                window     = prot_window;
873                signif     = prot_signif;
874                wind_gap   = prot_wind_gap;
875
876        }
877
878        while(TRUE) {
879       
880                fprintf(stdout,"\n\n\n");
881                fprintf(stdout," ********* PAIRWISE ALIGNMENT PARAMETERS *********\n");
882                fprintf(stdout,"\n\n");
883
884                fprintf(stdout,"     Slow/Accurate alignments:\n\n");
885
886                fprintf(stdout,"     1. Gap Open Penalty       :%4.2f\n",pw_go_penalty);
887                fprintf(stdout,"     2. Gap Extension Penalty  :%4.2f\n",pw_ge_penalty);
888                fprintf(stdout,"     3. Protein weight matrix  :%s\n" ,
889                                        matrix_menu.opt[pw_matnum-1].title);
890                fprintf(stdout,"     4. DNA weight matrix      :%s\n" ,
891                                        dnamatrix_menu.opt[pw_dnamatnum-1].title);
892                fprintf(stdout,"\n");
893
894                fprintf(stdout,"     Fast/Approximate alignments:\n\n");
895
896                fprintf(stdout,"     5. Gap penalty            :%d\n",(pint)wind_gap);
897                fprintf(stdout,"     6. K-tuple (word) size    :%d\n",(pint)ktup);
898                fprintf(stdout,"     7. No. of top diagonals   :%d\n",(pint)signif);
899                fprintf(stdout,"     8. Window size            :%d\n\n",(pint)window);
900
901                fprintf(stdout,"     9. Toggle Slow/Fast pairwise alignments ");
902                if(quick_pairalign)
903                      fprintf(stdout,"= FAST\n\n");
904                else
905                      fprintf(stdout,"= SLOW\n\n");
906
907
908                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");
909               
910                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
911                if( *lin2 == EOS) {
912                        if(dnaflag) {
913                                dna_pw_go_penalty     = pw_go_penalty;
914                                dna_pw_ge_penalty     = pw_ge_penalty;
915                                dna_ktup       = ktup;
916                                dna_window     = window;
917                                dna_signif     = signif;
918                                dna_wind_gap   = wind_gap;
919
920                        }
921                        else {
922                                prot_pw_go_penalty     = pw_go_penalty;
923                                prot_pw_ge_penalty     = pw_ge_penalty;
924                                prot_ktup       = ktup;
925                                prot_window     = window;
926                                prot_signif     = signif;
927                                prot_wind_gap   = wind_gap;
928
929                        }
930 
931                        return;
932                }
933               
934                switch(toupper(*lin2)) {
935                        case '1':
936                                fprintf(stdout,"Gap Open Penalty Currently: %4.2f\n",pw_go_penalty);
937                                pw_go_penalty=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)100.0,(double)pw_go_penalty);
938                                break;
939                        case '2':
940                                fprintf(stdout,"Gap Extension Penalty Currently: %4.2f\n",pw_ge_penalty);
941                                pw_ge_penalty=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)10.0,(double)pw_ge_penalty);
942                                break;
943                        case '3':
944                                pw_matnum = read_matrix("PROTEIN",pw_matrix_menu,pw_mtrxname,pw_matnum,pw_usermat,pw_aa_xref);
945                                break;
946                        case '4':
947                                pw_dnamatnum = read_matrix("DNA",dnamatrix_menu,pw_dnamtrxname,pw_dnamatnum,pw_userdnamat,pw_dna_xref);
948                                break;
949                        case '5':
950                                fprintf(stdout,"Gap Penalty Currently: %d\n",(pint)wind_gap);
951                                wind_gap=getint("Enter number",1,500,wind_gap);
952                                break;
953                        case '6':
954                                fprintf(stdout,"K-tuple Currently: %d\n",(pint)ktup);
955                                if(dnaflag)
956                                     ktup=getint("Enter number",1,4,ktup);
957                                else
958                                     ktup=getint("Enter number",1,2,ktup);                                     
959                                break;
960                        case '7':
961                                fprintf(stdout,"Top diagonals Currently: %d\n",(pint)signif);
962                                signif=getint("Enter number",1,50,signif);
963                                break;
964                        case '8':
965                                fprintf(stdout,"Window size Currently: %d\n",(pint)window);
966                                window=getint("Enter number",1,50,window);
967                                break;
968                        case '9': quick_pairalign ^= TRUE;
969                                break;
970                        case '?':
971                        case 'H':
972                                get_help('3');
973                                break;
974                        default:
975                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
976                                break;
977                }
978        }
979}
980
981
982
983
984
985static void multi_menu(void)
986{
987        int catchint;
988
989        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
990        if (catchint) {
991                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
992                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
993#ifdef UNIX
994                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
995                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
996#else
997                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
998                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
999#endif
1000        }
1001
1002
1003        if(dnaflag) {
1004                gap_open   = dna_gap_open;
1005                gap_extend = dna_gap_extend;
1006        }
1007        else {
1008                gap_open   = prot_gap_open;
1009                gap_extend = prot_gap_extend;
1010        }
1011
1012        while(TRUE) {
1013
1014                fprintf(stdout,"\n\n\n");
1015                fprintf(stdout," ********* MULTIPLE ALIGNMENT PARAMETERS *********\n");
1016                fprintf(stdout,"\n\n");
1017               
1018                fprintf(stdout,"     1. Gap Opening Penalty              :%4.2f\n",gap_open);
1019                fprintf(stdout,"     2. Gap Extension Penalty            :%4.2f\n",gap_extend);
1020
1021                fprintf(stdout,"     3. Delay divergent sequences        :%d %%\n\n",(pint)divergence_cutoff);
1022
1023                fprintf(stdout,"     4. DNA Transitions Weight           :%1.2f\n\n",transition_weight);
1024                fprintf(stdout,"     5. Protein weight matrix            :%s\n"
1025                                                ,matrix_menu.opt[matnum-1].title);
1026                fprintf(stdout,"     6. DNA weight matrix                :%s\n"
1027                                                ,dnamatrix_menu.opt[dnamatnum-1].title);
1028                fprintf(stdout,"     7. Use negative matrix              :%s\n\n",(!neg_matrix) ? "OFF" : "ON");
1029                fprintf(stdout,"     8. Protein Gap Parameters\n\n");
1030                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");           
1031
1032                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
1033
1034                if(*lin2 == EOS) {
1035                        if(dnaflag) {
1036                                dna_gap_open    = gap_open;
1037                                dna_gap_extend  = gap_extend;
1038                        }
1039                        else {
1040                                prot_gap_open   = gap_open;
1041                                prot_gap_extend = gap_extend;
1042                        }
1043                        return;
1044                }
1045               
1046                switch(toupper(*lin2)) {
1047                        case '1':
1048                        fprintf(stdout,"Gap Opening Penalty Currently: %4.2f\n",gap_open);
1049                                gap_open=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)100.0,(double)gap_open);
1050                                break;
1051                        case '2':
1052                                fprintf(stdout,"Gap Extension Penalty Currently: %4.2f\n",gap_extend);
1053                                gap_extend=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)10.0,(double)gap_extend);
1054                                break;
1055                        case '3':
1056                                fprintf(stdout,"Min Identity Currently: %d\n",(pint)divergence_cutoff);
1057                                divergence_cutoff=getint("Enter number",0,100,divergence_cutoff);
1058                                break;
1059                        case '4':
1060                                fprintf(stdout,"Transition Weight Currently: %1.2f\n",(pint)transition_weight);
1061                                transition_weight=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)1.0,(double)transition_weight);
1062                                break;
1063                        case '5':
1064                                matnum = read_matrix("PROTEIN",matrix_menu,mtrxname,matnum,usermat,aa_xref);
1065                                break;
1066                        case '6':
1067                                dnamatnum = read_matrix("DNA",dnamatrix_menu,dnamtrxname,dnamatnum,userdnamat,dna_xref);
1068                                break;
1069                        case '7':
1070                                neg_matrix ^= TRUE;
1071                                break;
1072                        case '8':
1073                                gap_penalties_menu();
1074                                break;
1075                        case '?':
1076                        case 'H':
1077                                get_help('4');
1078                                break;
1079                        default:
1080                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
1081                                break;
1082                }
1083        }
1084}
1085
1086
1087
1088
1089
1090
1091static void gap_penalties_menu(void)
1092{
1093        char c;
1094        sint i;
1095        int catchint;
1096
1097        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
1098        if (catchint) {
1099                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
1100                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
1101#ifdef UNIX
1102                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
1103                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
1104#else
1105                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
1106                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
1107#endif
1108        }
1109
1110
1111        while(TRUE) {
1112
1113                fprintf(stdout,"\n\n\n");
1114                fprintf(stdout," ********* PROTEIN GAP PARAMETERS *********\n");
1115                fprintf(stdout,"\n\n\n");
1116
1117                fprintf(stdout,"     1. Toggle Residue-Specific Penalties :%s\n\n",(no_pref_penalties) ? "OFF" : "ON");
1118                fprintf(stdout,"     2. Toggle Hydrophilic Penalties      :%s\n",(no_hyd_penalties) ? "OFF" : "ON");
1119                fprintf(stdout,"     3. Hydrophilic Residues              :%s\n\n"
1120                                        ,hyd_residues);
1121                fprintf(stdout,"     4. Gap Separation Distance           :%d\n",(pint)gap_dist);
1122                fprintf(stdout,"     5. Toggle End Gap Separation         :%s\n\n",(!use_endgaps) ? "OFF" : "ON");
1123                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");           
1124
1125                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
1126
1127                if(*lin2 == EOS) return;
1128               
1129                switch(toupper(*lin2)) {
1130                        case '1':
1131                                no_pref_penalties ^= TRUE;
1132                                break;
1133                        case '2':
1134                                no_hyd_penalties ^= TRUE;
1135                                break;
1136                        case '3':
1137                                fprintf(stdout,"Hydrophilic Residues Currently: %s\n",hyd_residues);
1138
1139                                getstr("Enter residues (or [RETURN] to quit)",lin1);
1140                                if (*lin1 != EOS) {
1141                                        for (i=0;i<strlen(hyd_residues) && i<26;i++) {
1142                                        c = lin1[i];
1143                                        if (isalpha(c))
1144                                                hyd_residues[i] = (char)toupper(c);
1145                                        else
1146                                                break;
1147                                        }
1148                                        hyd_residues[i] = EOS;
1149                                }
1150                                break;
1151                        case '4':
1152                                fprintf(stdout,"Gap Separation Distance Currently: %d\n",(pint)gap_dist);
1153                                gap_dist=getint("Enter number",0,100,gap_dist);
1154                                break;
1155                        case '5':
1156                                use_endgaps ^= TRUE;
1157                                break;
1158                        case '?':
1159                        case 'H':
1160                                get_help('A');
1161                                break;
1162                        default:
1163                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
1164                                break;
1165                }
1166        }
1167}
1168
1169
1170
1171
1172static sint read_matrix(char *title,MatMenu menu, char *matnam, sint matn, short *mat, short *xref)
1173{       static char userfile[FILENAMELEN+1];
1174        int i;
1175
1176        while(TRUE)
1177        {
1178                fprintf(stdout,"\n\n\n");
1179                fprintf(stdout," ********* %s WEIGHT MATRIX MENU *********\n",title);
1180                fprintf(stdout,"\n\n");
1181
1182                for(i=0;i<menu.noptions;i++)
1183                        fprintf(stdout,"     %d. %s\n",i+1,menu.opt[i].title);
1184                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n");
1185                fprintf(stdout,
1186"     -- Current matrix is the %s ",menu.opt[matn-1].title);
1187                if(matn == menu.noptions) fprintf(stdout,"(file = %s)",userfile);
1188                fprintf(stdout,"--\n");
1189
1190
1191                getstr("\n\nEnter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
1192                if(*lin2 == EOS) return(matn);
1193
1194                i=toupper(*lin2)-'0';
1195                if(i>0 && i<menu.noptions) {
1196                        strcpy(matnam,menu.opt[i-1].string);
1197                        matn=i;
1198                } else if (i==menu.noptions) {
1199                        if(user_mat(userfile, mat, xref)) {
1200                              strcpy(matnam,userfile);
1201                              matn=i;
1202                        }
1203                }
1204                else
1205                switch(toupper(*lin2))  {
1206                        case '?':
1207                        case 'H':
1208                                get_help('8');
1209                                break;
1210                        default:
1211                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
1212                                break;
1213                }
1214        }
1215}
1216
1217
1218char prompt_for_yes_no(char *title,char *prompt)
1219{
1220        char line[80];
1221        char lin2[80];
1222
1223        fprintf(stdout,"\n%s\n",title);
1224        strcpy(line,prompt);
1225        strcat(line, "(y/n) ? [y]");
1226        getstr(line,lin2);
1227        if ((*lin2 != 'n') && (*lin2 != 'N'))
1228                return('y');
1229        else
1230                return('n');
1231
1232}
1233
1234
1235/*
1236*       fatal()
1237*
1238*       Prints error msg to stdout and exits.
1239*       Variadic parameter list can be passed.
1240*
1241*       Return values:
1242*               none
1243*/
1244
1245void fatal( char *msg,...)
1246{
1247        va_list ap;
1248       
1249        va_start(ap,msg);
1250        fprintf(stdout,"\n\nFATAL ERROR: ");
1251        vfprintf(stdout,msg,ap);
1252        fprintf(stdout,"\n\n");
1253        va_end(ap);
1254        exit(1);
1255}
1256
1257/*
1258*       error()
1259*
1260*       Prints error msg to stdout.
1261*       Variadic parameter list can be passed.
1262*
1263*       Return values:
1264*               none
1265*/
1266
1267void error( char *msg,...)
1268{
1269        va_list ap;
1270       
1271        va_start(ap,msg);
1272        fprintf(stdout,"\n\nERROR: ");
1273        vfprintf(stdout,msg,ap);
1274        fprintf(stdout,"\n\n");
1275        va_end(ap);
1276}
1277
1278/*
1279*       warning()
1280*
1281*       Prints warning msg to stdout.
1282*       Variadic parameter list can be passed.
1283*
1284*       Return values:
1285*               none
1286*/
1287
1288void warning( char *msg,...)
1289{
1290        va_list ap;
1291       
1292        va_start(ap,msg);
1293        fprintf(stdout,"\n\nWARNING: ");
1294        vfprintf(stdout,msg,ap);
1295        fprintf(stdout,"\n\n");
1296        va_end(ap);
1297}
1298
1299/*
1300*       info()
1301*
1302*       Prints info msg to stdout.
1303*       Variadic parameter list can be passed.
1304*
1305*       Return values:
1306*               none
1307*/
1308
1309void info( char *msg,...)
1310{
1311        va_list ap;
1312       
1313        va_start(ap,msg);
1314        fprintf(stdout,"\n");
1315        vfprintf(stdout,msg,ap);
1316        va_end(ap);
1317}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.