source: branches/profile/GDE/PHYLIP/Makefile

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Line 
1.SUFFIXES: .o .c .depend
2
3LIBS    = -lm -lc
4PROGS_old   =      clique consense contml contrast dnacomp dnadist \
5                   dnainvar dnaml dnamlk dnamove dnapars dnapenny \
6                   dolmove dollop dolpenny drawgram drawtree factor \
7                   fitch gendist kitsch mix move neighbor penny \
8                   protdist protpars restml retree seqboot
9
10PROGS   =          clique consense contml contrast dnacomp dnadist \
11                   dnainvar dnaml dnamlk dnamove dnapars dnapenny \
12                   dolmove dollop dolpenny factor fitch gendist kitsch \
13                   mix move neighbor pars penny proml promlk protdist \
14                   protpars restdist restml retree seqboot treedist \
15                   drawgram drawtree
16
17BIN=$(ARBHOME)/bin
18BINARIES=$(addprefix $(BIN)/,$(PROGS))
19
20DLIBS=$(LIBS) $(XLIBS) -lXaw
21
22
23all: $(BINARIES)
24
25$(BIN)/clique:       clique.o  disc.o  phylip.o
26        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
27
28$(BIN)/consense:     consense.o  phylip.o  cons.o
29        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
30
31$(BIN)/contml:       contml.o  cont.o  phylip.o
32        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
33
34$(BIN)/contrast:     contrast.o  cont.o  phylip.o
35        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
36
37$(BIN)/dnacomp:      dnacomp.o seq.o phylip.o
38        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
39
40$(BIN)/dnadist:      dnadist.o seq.o phylip.o
41        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
42
43$(BIN)/dnainvar:     dnainvar.o seq.o phylip.o
44        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
45
46$(BIN)/dnaml:        dnaml.o seq.o phylip.o
47        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
48
49$(BIN)/dnamlk:       dnamlk.o seq.o phylip.o
50        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
51
52$(BIN)/dnamove:      dnamove.o seq.o moves.o phylip.o
53        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
54
55$(BIN)/dnapenny:     dnapenny.o seq.o phylip.o
56        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
57
58$(BIN)/dnapars:      dnapars.o seq.o phylip.o
59        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
60
61$(BIN)/dolmove:      dolmove.o disc.o moves.o dollo.o phylip.o
62        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
63
64$(BIN)/dollop:       dollop.o disc.o dollo.o phylip.o
65        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
66
67$(BIN)/dolpenny:     dolpenny.o disc.o dollo.o phylip.o
68        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
69
70$(BIN)/drawgram:     drawgram.o draw.o draw2.o phylip.o
71        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(DLIBS)
72
73$(BIN)/drawtree:     drawtree.o draw.o draw2.o phylip.o
74        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(DLIBS)
75
76$(BIN)/factor:       factor.o phylip.o
77        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
78
79$(BIN)/fitch:        fitch.o dist.o phylip.o
80        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
81
82$(BIN)/gendist:      gendist.o phylip.o
83        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
84
85$(BIN)/kitsch:       kitsch.o dist.o phylip.o
86        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
87
88$(BIN)/mix:          mix.o disc.o wagner.o phylip.o
89        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
90
91$(BIN)/move:         move.o disc.o moves.o wagner.o phylip.o
92        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
93
94$(BIN)/neighbor:     neighbor.o dist.o phylip.o
95        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
96
97$(BIN)/pars:         pars.o  discrete.o  phylip.o
98        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
99
100$(BIN)/penny:        penny.o disc.o wagner.o phylip.o
101        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
102
103$(BIN)/proml:        proml.o seq.o phylip.o
104        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
105
106$(BIN)/promlk:       promlk.o seq.o phylip.o
107        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
108
109$(BIN)/protdist:     protdist.o seq.o phylip.o
110        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
111
112$(BIN)/protpars:     protpars.o seq.o phylip.o
113        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
114
115$(BIN)/restdist:     restdist.o seq.o phylip.o
116        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
117
118$(BIN)/restml:       restml.o seq.o phylip.o
119        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
120
121$(BIN)/retree:       retree.o moves.o phylip.o
122        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
123
124$(BIN)/seqboot:      seqboot.o seq.o phylip.o
125        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
126
127$(BIN)/treedist:     treedist.o phylip.o cons.o
128        $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
129
130
131
132#$(BIN)/clique: clique.o disc.o phylip.o
133#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
134
135#$(BIN)/dnaml: dnaml.o seq.o phylip.o
136#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
137
138#../../bin/dnaml:        dnaml.o dnaml2.o
139#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ dnaml.o dnaml2.o $(LIBS)
140
141#../../bin/dnamlk:       dnamlk.o dnamlk2.o
142#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ dnamlk.o dnamlk2.o $(LIBS)
143
144#../../bin/drawgram:     drawgram.o drawgraphics.o
145#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ drawgram.o drawgraphics.o $(LIBS)
146
147#../../bin/drawtree:     drawtree.o drawgraphics.o
148#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ drawtree.o drawgraphics.o $(LIBS)
149
150#../../bin/mix:     mix.o mix2.o
151#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ mix.o mix2.o $(LIBS)
152
153#../../bin/restml:     restml.o restml2.o
154#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ restml.o restml2.o $(LIBS)
155
156#../../bin/protml:     protml.o p2clib.o
157#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ protml.o p2clib.o $(LIBS)
158
159#$(BIN)/%: %.c
160#       $(A_CC) $(cflags) -o $@ $^ $(LIBS)
161
162.c.o :
163        $(A_CC) -c $(cflags) $< $(POST_COMPILE)
164
165DEPENDS = $(notdir $(PROGS:%=%.depend))
166depends: $(DEPENDS)
167        @cat $(DEPENDS) | grep -v '^#' >>Makefile
168        @rm $(DEPENDS)
169$(DEPENDS): depend.init
170depend.init:
171        $(MAKEDEPEND) $(MAKEDEPENDFLAGS) 2>/dev/null # remove dependencies
172.c.depend:
173        $(MAKEDEPEND) -f- $(MAKEDEPENDFLAGS) $< 2>/dev/null >$@
174
175clean:
176        rm -f $(BINARIES) *.o
177# DO NOT DELETE THIS LINE -- make depend depends on it.
178
179# Do not add dependencies manually - use 'make depend' in $ARBHOME
180# For formatting issues see SOURCE_TOOLS/fix_depends.pl (from GDE)
181
182clique.o: disc.h
183clique.o: phylip.h
184
185consense.o: cons.h
186consense.o: phylip.h
187
188contml.o: cont.h
189contml.o: phylip.h
190
191contrast.o: cont.h
192contrast.o: phylip.h
193
194dnacomp.o: phylip.h
195dnacomp.o: seq.h
196
197dnadist.o: phylip.h
198dnadist.o: seq.h
199
200dnainvar.o: phylip.h
201dnainvar.o: seq.h
202
203dnaml.o: phylip.h
204dnaml.o: seq.h
205
206dnamlk.o: phylip.h
207dnamlk.o: seq.h
208
209dnamove.o: moves.h
210dnamove.o: phylip.h
211dnamove.o: seq.h
212
213dnapars.o: phylip.h
214dnapars.o: seq.h
215
216dnapenny.o: phylip.h
217dnapenny.o: seq.h
218
219dollop.o: disc.h
220dollop.o: dollo.h
221dollop.o: phylip.h
222
223dolmove.o: disc.h
224dolmove.o: dollo.h
225dolmove.o: moves.h
226dolmove.o: phylip.h
227
228dolpenny.o: disc.h
229dolpenny.o: dollo.h
230dolpenny.o: phylip.h
231
232drawgram.o: draw.h
233drawgram.o: phylip.h
234
235drawtree.o: draw.h
236drawtree.o: phylip.h
237
238factor.o: phylip.h
239
240fitch.o: dist.h
241fitch.o: phylip.h
242
243gendist.o: phylip.h
244
245kitsch.o: dist.h
246kitsch.o: phylip.h
247
248mix.o: disc.h
249mix.o: phylip.h
250mix.o: wagner.h
251
252move.o: disc.h
253move.o: moves.h
254move.o: phylip.h
255move.o: wagner.h
256
257neighbor.o: dist.h
258neighbor.o: phylip.h
259
260pars.o: discrete.h
261pars.o: phylip.h
262
263penny.o: disc.h
264penny.o: phylip.h
265penny.o: wagner.h
266
267proml.o: phylip.h
268proml.o: seq.h
269
270promlk.o: phylip.h
271promlk.o: seq.h
272
273protdist.o: phylip.h
274protdist.o: seq.h
275
276protpars.o: phylip.h
277protpars.o: seq.h
278
279restdist.o: phylip.h
280restdist.o: seq.h
281
282restml.o: phylip.h
283restml.o: seq.h
284
285retree.o: moves.h
286retree.o: phylip.h
287
288seqboot.o: phylip.h
289seqboot.o: seq.h
290
291treedist.o: cons.h
292treedist.o: phylip.h
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.