source: branches/profile/GDE/PHYML/models.h

Last change on this file was 4073, checked in by westram, 13 years ago
  • phyml 2.4.5
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 1.6 KB
Line 
1/*
2
3PHYML :  a program that  computes maximum likelihood  phylogenies from
4DNA or AA homologous sequences
5
6Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward
7
8All parts of  the source except where indicated  are distributed under
9the GNU public licence.  See http://www.opensource.org for details.
10
11*/
12
13#ifndef MODELS_H
14#define MODELS_H
15
16void  PMat(double l, model *mod, double ***Pij);
17void  PMat_K80(double l,double kappa, double ***Pij);
18void  PMat_TN93(double l, model *mod, double ***Pij);
19void  PMat_Empirical(double l, model *mod, double ***Pij);
20void  dPMat(double l, double rr, model *mod, double ***dPij);
21void  d2PMat(double l, double rr, model *mod, double ***d2Pij);
22void  dPMat_K80(double l, double ***dPij, double rr, double k);
23void  d2PMat_K80(double l, double ***d2Pij, double rr, double k);
24void  dPMat_TN93(double l, double ***dPij, model *mod, double rr);
25void  d2PMat_TN93(double l, double ***dPij, model *mod, double rr);
26int GetDaa (double *daa, double *pi, char *file_name);
27int Matinv (double *x, int n, int m, double *space);
28void Init_Model(allseq *data, model *mod);
29int Init_Qmat_Dayhoff(double *daa, double *pi);
30int Init_Qmat_JTT(double *daa, double *pi);
31void Update_Qmat_GTR(model *mod);
32void Translate_Custom_Mod_String(model *mod);
33int Init_Qmat_WAG(double *daa, double *pi);
34void Set_Model_Parameters(arbre *tree);
35int Init_Qmat_RtREV(double *daa, double *pi);
36int Init_Qmat_CpREV(double *daa, double *pi);
37int Init_Qmat_VT(double *daa, double *pi);
38int Init_Qmat_Blosum62(double *daa, double *pi);
39int Init_Qmat_MtMam(double *daa, double *pi);
40
41#endif
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.