source: branches/profile/SEQ_QUALITY/SQ_GroupData.cxx

Last change on this file was 6366, checked in by westram, 10 years ago
  • fixed whitespace (scripted)
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 6.7 KB
Line 
1//  ==================================================================== //
2//                                                                       //
3//    File      : SQ_GroupData.cxx                                       //
4//    Purpose   : Classes to store global information about sequences    //
5//                                                                       //
6//                                                                       //
7//  Coded by Juergen Huber in July 2003 - February 2004                  //
8//  Coded by Kai Bader (baderk@in.tum.de) in 2007 - 2008                 //
9//  Copyright Department of Microbiology (Technical University Munich)   //
10//                                                                       //
11//  Visit our web site at: http://www.arb-home.de/                       //
12//                                                                       //
13//  ==================================================================== //
14
15
16#include <cstdio>
17#include <cctype>
18#include "SQ_GroupData.h"
19
20using namespace std;
21
22SQ_GroupData::SQ_GroupData() {
23    size = 0;
24    avg_bases = 0;
25    nr_sequences = 0;
26    gc_prop = 0;
27    initialized = false;
28}
29
30SQ_GroupData::~SQ_GroupData() {
31}
32
33consensus_result SQ_GroupData_RNA::SQ_calc_consensus(const char *sequence) const {
34    consensus_result cr;
35    cr.conformity = 0;
36    cr.deviation = 0;
37
38    for (int i = 0; i < size; i++) {
39        int current[6] = { 0, 0, 0, 0, 0, 0 };
40
41        // fill up current with decoded iupac values
42        switch (sequence[i]) {
43        case 'a':
44        case 'A':
45            current[0] = 100;
46            break;
47        case 't':
48        case 'T':
49            current[1] = 100;
50            break;
51        case 'c':
52        case 'C':
53            current[2] = 100;
54            break;
55        case 'g':
56        case 'G':
57            current[3] = 100;
58            break;
59        case 'u':
60        case 'U':
61            current[1] = 100;
62            break;
63        case 'r':
64        case 'R':
65            current[0] = 50;
66            current[3] = 50;
67            break;
68        case 'y':
69        case 'Y':
70            current[2] = 50;
71            current[1] = 50;
72            break;
73        case 'm':
74        case 'M':
75            current[0] = 50;
76            current[2] = 50;
77            break;
78        case 'k':
79        case 'K':
80            current[3] = 50;
81            current[1] = 50;
82            break;
83        case 'w':
84        case 'W':
85            current[0] = 50;
86            current[1] = 50;
87            break;
88        case 's':
89        case 'S':
90            current[3] = 50;
91            current[2] = 50;
92            break;
93        case 'b':
94        case 'B':
95            current[2] = 33;
96            current[1] = 33;
97            current[3] = 33;
98            break;
99        case 'd':
100        case 'D':
101            current[0] = 33;
102            current[1] = 33;
103            current[3] = 33;
104            break;
105        case 'h':
106        case 'H':
107            current[2] = 33;
108            current[1] = 33;
109            current[0] = 33;
110            break;
111        case 'v':
112        case 'V':
113            current[0] = 33;
114            current[2] = 33;
115            current[3] = 33;
116            break;
117        case 'n':
118        case 'N':
119        case 'x':
120        case 'X':
121            current[2] = 25;
122            current[1] = 25;
123            current[0] = 25;
124            current[3] = 25;
125            break;
126        case '.':
127            current[4] = 1;
128            break;
129        case '-':
130            current[5] = 1;
131            break;
132        default:
133            seq_assert(0);
134            // unhandled character
135            break;
136
137        }
138
139        int *cs = consensus[i].i;
140        double sum = (double) (cs[0] + cs[1] + cs[2] + cs[3] + cs[4] + cs[5]);
141
142        for (int j = 0; j < 6; j++) {
143            int currentj = current[j];
144            if (currentj > 0) {
145                if (cs[j] > currentj) {
146                    cr.conformity += (double) (cs[j] - currentj) / sum;
147                }
148                else {
149                    cr.deviation += current[j];
150                }
151            }
152        }
153    }
154
155    cr.conformity = cr.conformity / size; // set conformity in relation to sequencelength
156    cr.deviation = cr.deviation / size; // set deviation in relation to sequencelength
157    return cr;
158}
159
160void SQ_GroupData_RNA::SQ_add_sequence(const char *sequence) {
161    for (int i = 0; i < size; i++) {
162        int *cs = consensus[i].i;
163        switch (sequence[i]) {
164        case 'a':
165        case 'A':
166            cs[0] += 100;
167            break;
168        case 't':
169        case 'T':
170            cs[1] += 100;
171            break;
172        case 'c':
173        case 'C':
174            cs[2] += 100;
175            break;
176        case 'g':
177        case 'G':
178            cs[3] += 100;
179            break;
180        case 'u':
181        case 'U':
182            cs[1] += 100;
183            break;
184        case 'r':
185        case 'R':
186            cs[0] += 50;
187            cs[3] += 50;
188            break;
189        case 'y':
190        case 'Y':
191            cs[2] += 50;
192            cs[1] += 50;
193            break;
194        case 'm':
195        case 'M':
196            cs[0] += 50;
197            cs[2] += 50;
198            break;
199        case 'k':
200        case 'K':
201            cs[3] += 50;
202            cs[1] += 50;
203            break;
204        case 'w':
205        case 'W':
206            cs[0] += 50;
207            cs[1] += 50;
208            break;
209        case 's':
210        case 'S':
211            cs[3] += 50;
212            cs[2] += 50;
213            break;
214        case 'b':
215        case 'B':
216            cs[2] += 33;
217            cs[1] += 33;
218            cs[3] += 33;
219            break;
220        case 'd':
221        case 'D':
222            cs[0] += 33;
223            cs[1] += 33;
224            cs[3] += 33;
225            break;
226        case 'h':
227        case 'H':
228            cs[2] += 33;
229            cs[1] += 33;
230            cs[0] += 33;
231            break;
232        case 'v':
233        case 'V':
234            cs[0] += 33;
235            cs[2] += 33;
236            cs[3] += 33;
237            break;
238        case 'n':
239        case 'x':
240        case 'N':
241        case 'X':
242            cs[2] += 25;
243            cs[1] += 25;
244            cs[0] += 25;
245            cs[3] += 25;
246            break;
247        case '.':
248            cs[4] += 1;
249            break;
250        case '-':
251            cs[5] += 1;
252            break;
253        default:
254            fprintf(stderr, "Illegal character '%c'", sequence[i]);
255            seq_assert(0);
256            // unhandled character
257            break;
258        }
259    }
260}
261
262consensus_result SQ_GroupData_PRO::SQ_calc_consensus(const char *) const {
263    // Warning: implementation missing
264    consensus_result cr;
265    cr.conformity = 0;
266    cr.deviation = 0;
267    return cr;
268    // dummy return values
269}
270
271void SQ_GroupData_PRO::SQ_add_sequence(const char *) {
272    // Warning: implementation missing
273}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.