source: branches/profile/SEQ_QUALITY/SQ_GroupData.h

Last change on this file was 11002, checked in by westram, 6 years ago
  • 'class { public' → struct
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 6.3 KB
Line 
1//  ==================================================================== //
2//                                                                       //
3//    File      : SQ_GroupData.h                                         //
4//    Purpose   : Classes to store global information about sequences    //
5//                                                                       //
6//                                                                       //
7//  Coded by Juergen Huber in July 2003 - February 2004                  //
8//  Coded by Kai Bader (baderk@in.tum.de) in 2007 - 2008                 //
9//  Copyright Department of Microbiology (Technical University Munich)   //
10//                                                                       //
11//  Visit our web site at: http://www.arb-home.de/                       //
12//                                                                       //
13//  ==================================================================== //
14
15
16#ifndef SQ_GROUPDATA_H
17#define SQ_GROUPDATA_H
18
19#ifndef _GLIBCXX_CSTDDEF
20# include <cstddef>
21#endif
22#ifndef _GLIBCXX_IOSTREAM
23# include <iostream>
24#endif
25#ifndef ARB_ASSERT_H
26# include <arb_assert.h>
27#endif
28#ifndef CXXFORWARD_H
29#include <cxxforward.h>
30#endif
31
32#define seq_assert(bed) arb_assert(bed)
33
34struct consensus_result {
35    double conformity;
36    double deviation;
37};
38
39class SQ_GroupData {
40protected:
41    int    size;
42    int    avg_bases;
43    int    nr_sequences;
44    double gc_prop;
45    bool   initialized;
46
47public:
48    SQ_GroupData();
49    virtual ~SQ_GroupData();
50    virtual SQ_GroupData& operator      = (const SQ_GroupData& other) = 0;
51    virtual SQ_GroupData *clone() const = 0;
52
53    void SQ_set_avg_bases(int bases) {
54        avg_bases += bases;
55    }
56    int SQ_get_avg_bases() const {
57        return (avg_bases/nr_sequences);
58    }
59    void SQ_set_avg_gc(double gc) {
60        gc_prop += gc;
61    }
62    double SQ_get_avg_gc() const {
63        return (gc_prop/nr_sequences);
64    }
65    void SQ_count_sequences() {
66        nr_sequences++;
67    }
68    int SQ_get_nr_sequences() const {
69        return nr_sequences;
70    }
71    bool SQ_is_initialized() const {
72        return initialized;
73    }
74
75    virtual void SQ_init_consensus(int size)                               = 0;
76    virtual int SQ_print_on_screen()                                       = 0;
77    virtual consensus_result SQ_calc_consensus(const char *sequence) const = 0;
78    virtual void SQ_add_sequence(const char *sequence)                     = 0;
79    virtual void SQ_add(const SQ_GroupData& other)                         = 0;
80
81    int getSize() const {
82        return size;
83    }
84
85};
86
87template <int I> class Int {
88    Int(const Int& other); // copying not allowed
89
90public:
91    int i[I];
92
93    int size() const {
94        return I;
95    }
96
97    Int() {
98        memset(i, 0, I*sizeof(int));
99    }
100
101    Int& operator += (const Int& other) {
102        const int *otheri = other.i;
103        for (int j = 0; j<I; ++j) {
104            i[j] += otheri[j];
105        }
106        return *this;
107    }
108
109    Int& operator = (const Int& other) {
110        memcpy(i, other.i, I*sizeof(int));
111        return *this;
112    }
113};
114
115template <int I> class SQ_GroupData_Impl : public SQ_GroupData {
116    SQ_GroupData_Impl(const SQ_GroupData_Impl& other);
117    SQ_GroupData_Impl& operator = (const SQ_GroupData_Impl& Other);
118
119public:
120    SQ_GroupData_Impl() {
121        consensus = 0;
122    }
123    virtual ~SQ_GroupData_Impl() OVERRIDE;
124
125    SQ_GroupData_Impl& operator = (const SQ_GroupData& Other) OVERRIDE {
126        const SQ_GroupData_Impl& other = dynamic_cast<const SQ_GroupData_Impl&>(Other);
127        seq_assert(other.size>0 && other.initialized);
128
129        if (!initialized) SQ_init_consensus(other.size);
130        seq_assert(size==other.size);
131
132        avg_bases = other.avg_bases;
133        gc_prop   = other.gc_prop;
134       
135        for (int s=0; s<size; ++s) {
136            consensus[s] = other.consensus[s];
137        }
138        nr_sequences = other.nr_sequences;
139        return *this;
140    }
141
142    void SQ_init_consensus(int size) OVERRIDE;
143    int SQ_print_on_screen() OVERRIDE;
144    void SQ_add(const SQ_GroupData& other) OVERRIDE; // add's other to this
145
146protected:
147    Int<I> *consensus;
148};
149
150class SQ_GroupData_RNA : public SQ_GroupData_Impl<6> {
151    typedef SQ_GroupData_Impl<6> Base;
152    SQ_GroupData_RNA(const SQ_GroupData_RNA& other); // copying not allowed
153public:
154    SQ_GroupData_RNA() {
155    }
156
157    SQ_GroupData_RNA *clone() const OVERRIDE {
158        return new SQ_GroupData_RNA;
159    }
160    SQ_GroupData_RNA& operator = (const SQ_GroupData& other) OVERRIDE {
161        Base::operator=(other);
162        return *this;
163    }
164
165    consensus_result SQ_calc_consensus (const char *sequence) const OVERRIDE;
166    void SQ_add_sequence (const char *sequence) OVERRIDE;
167protected:
168    static int class_counter;
169};
170
171class SQ_GroupData_PRO : public SQ_GroupData_Impl<20> {
172    typedef SQ_GroupData_Impl<20> Base;
173    SQ_GroupData_PRO(const SQ_GroupData_PRO& other); // copying not allowed
174public:
175    SQ_GroupData_PRO() {
176    }
177
178    SQ_GroupData_PRO *clone() const OVERRIDE {
179        return new SQ_GroupData_PRO;
180    }
181    SQ_GroupData_PRO& operator = (const SQ_GroupData& other) OVERRIDE {
182        Base::operator=(other);
183        return *this;
184    }
185
186    consensus_result SQ_calc_consensus (const char *sequence) const OVERRIDE;
187    void SQ_add_sequence (const char *sequence) OVERRIDE;
188};
189
190// -----------------------
191//      implementation
192
193template <int I> SQ_GroupData_Impl<I>::~SQ_GroupData_Impl() {
194    delete [] consensus;
195}
196
197template <int I> void SQ_GroupData_Impl<I>::SQ_init_consensus(int size_) {
198    seq_assert (!initialized);
199
200    size = size_;
201    consensus = new Int<I>[size];
202    initialized = true;
203}
204
205template <int I> void SQ_GroupData_Impl<I>::SQ_add(
206        const SQ_GroupData& other_base) {
207    const SQ_GroupData_Impl<I>& other =
208            dynamic_cast<const SQ_GroupData_Impl<I>&> (other_base);
209    seq_assert (size==other.size);
210    for (int i = 0; i<size; ++i) {
211        consensus[i] += other.consensus[i];
212    }
213    nr_sequences+=other.nr_sequences;
214    avg_bases+=other.avg_bases;
215    gc_prop += other.gc_prop;
216}
217
218template <int I> int SQ_GroupData_Impl<I>::SQ_print_on_screen() {
219    for (int i=0; i < size; i++) {
220        for (int j = 0; j<I; j++) {
221            std::cout << consensus[i].i[j];
222        }
223    }
224    return (0);
225}
226
227#else
228#error SQ_GroupData.h included twice
229#endif
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.