source: branches/profile/SEQ_QUALITY/SQ_ambiguities.cxx

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Line 
1// ============================================================= //
2//                                                               //
3//   File      : SQ_ambiguities.cxx                              //
4//   Purpose   :                                                 //
5//                                                               //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)     //
7//   http://www.arb-home.de/                                     //
8//                                                               //
9// ============================================================= //
10
11#include "SQ_ambiguities.h"
12#include <arbdb.h>
13
14using namespace std;
15
16void SQ_ambiguities::SQ_count_ambiguities(const char *iupac, int length,
17        GBDATA * gb_quality) {
18    char c;
19
20    for (int i = 0; i < length; i++) {
21        c = iupac[i];
22        switch (c) {
23        case 'R':
24            number++;
25            iupac_value = iupac_value + 2;
26            break;
27        case 'Y':
28            number++;
29            iupac_value = iupac_value + 3;
30            break;
31        case 'M':
32            number++;
33            iupac_value = iupac_value + 2;
34            break;
35        case 'K':
36            number++;
37            iupac_value = iupac_value + 3;
38            break;
39        case 'W':
40            number++;
41            iupac_value = iupac_value + 3;
42            break;
43        case 'S':
44            number++;
45            iupac_value = iupac_value + 2;
46            break;
47        case 'B':
48            number++;
49            iupac_value = iupac_value + 4;
50            break;
51        case 'D':
52            number++;
53            iupac_value = iupac_value + 4;
54            break;
55        case 'H':
56            number++;
57            iupac_value = iupac_value + 4;
58            break;
59        case 'V':
60            number++;
61            iupac_value = iupac_value + 3;
62            break;
63        case 'N':
64            number++;
65            iupac_value = iupac_value + 5;
66            break;
67        }
68    }
69    percent = (100 * number) / length;
70
71    GBDATA *gb_result1 = GB_search(gb_quality, "iupac_value", GB_INT);
72    seq_assert(gb_result1);
73    GB_write_int(gb_result1, iupac_value);
74}
75
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.