source: branches/profile/SEQ_QUALITY/SQ_ambiguities.h

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  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1//  ==================================================================== //
2//                                                                       //
3//    File      : SQ_ambiguities.h                                       //
4//    Purpose   : Class used for evaluation of iupac ambiguities         //
5//                                                                       //
6//                                                                       //
7//  Coded by Juergen Huber in July 2003 - February 2004                  //
8//  Coded by Kai Bader (baderk@in.tum.de) in 2007 - 2008                 //
9//  Copyright Department of Microbiology (Technical University Munich)   //
10//                                                                       //
11//  Visit our web site at: http://www.arb-home.de/                       //
12//                                                                       //
13//  ==================================================================== //
14
15#ifndef ARBDB_BASE_H
16#include <arbdb_base.h>
17#endif
18
19#define seq_assert(bed) arb_assert(bed)
20
21class SQ_ambiguities {
22    int number;
23    int percent;
24    int iupac_value;
25
26public:
27    SQ_ambiguities()
28        : number(0)
29        , percent(0)
30        , iupac_value(0)
31    {}
32
33    void SQ_count_ambiguities(const char *iupac, int length, GBDATA * gb_quality);
34   
35    int SQ_get_nr_ambiguities() const      { return number; }
36    int SQ_get_percent_ambiguities() const { return percent; }
37    int SQ_get_iupac_value() const         { return iupac_value; }
38};
39
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.