source: branches/profile/SL/TREE_READ/TreeTools.cxx

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  • reintegrates 'tree' into 'trunk'
    • implements #417 (multifurcate tree)
    • tree display
      • adds MULTIFURC MODE
      • reordered modes (synchronizes NTREE and PARSIMONY)
    • branch analysis
      • display number of multifurcations in 'mark long branches'
      • display "in-tree-distance" and "per-species-distance"
    • added function to toggle '100%' bootstraps
    • document bug in GBT_remove_leafs (#452)
  • adds:
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Line 
1// ============================================================ //
2//                                                              //
3//   File      : TreeTools.cxx                                  //
4//   Purpose   :                                                //
5//                                                              //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)    //
7//   www.arb-home.de                                            //
8//                                                              //
9// ============================================================ //
10
11#include "TreeRead.h"
12
13void TREE_scale(GBT_TREE *tree, double length_scale, double bootstrap_scale) { // @@@ make a member of GBT_TREE?
14    if (tree->leftson) {
15        if (is_marked_as_default_len(tree->leftlen)) tree->leftlen  = DEFAULT_BRANCH_LENGTH;
16        else                                         tree->leftlen *= length_scale;
17
18        TREE_scale(tree->leftson, length_scale, bootstrap_scale);
19    }
20    if (tree->rightson) {
21        if (is_marked_as_default_len(tree->rightlen)) tree->rightlen  = DEFAULT_BRANCH_LENGTH;
22        else                                          tree->rightlen *= length_scale;
23
24        TREE_scale(tree->rightson, length_scale, bootstrap_scale);
25    }
26
27    double bootstrap;
28    switch (tree->parse_bootstrap(bootstrap)) {
29        case REMARK_BOOTSTRAP: tree->set_bootstrap(bootstrap*bootstrap_scale); break;
30        case REMARK_OTHER:     tree->remove_remark(); break; // remove non-bootstrap comments
31        case REMARK_NONE:      break;
32    }
33}
34
35
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.