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Line 
1/*ARBDB ASCII*/
2window  %% (%
3        font            "8x13bold"
4        foreground              "Black"
5        background              "light grey"
6        ARB_PHYL        %% (%
7                horizontal_page_increment       %i 50
8                vertical_page_increment %i 50
9                scroll_delay_vertical   %i 20
10                scroll_delay_horizontal %i 20
11                scroll_width_horizontal %i 9
12                scroll_width_vertical   %i 20
13                %) /*ARB_PHYL*/
14
15        color_1         "black"
16        color_2         "black"
17        color_3         "black"
18        reverse         "n"
19        data_bg         "blue"
20        data_fg         "yellow"
21        data_rv         "r"
22        windows %% (%
23                PHYL_MATRIX     %% (%
24                        width   %i 460
25                        height  %i 640
26                        posx    %i 10
27                        posy    %i 10
28                        %) /*PHYL_MATRIX*/
29
30                ARB_PHYLO       %% (%
31                        width   %i 830
32                        height  %i 630
33                        posx    %i 0
34                        posy    %i 0
35                        %) /*ARB_PHYLO*/
36
37                PHYL_FILTER     %% (%
38                        width   %i 600
39                        height  %i 300
40                        posx    %i 5
41                        posy    %i -16
42                        %) /*PHYL_FILTER*/
43
44                WINDOW_PROPERTIES       %% (%
45                        width   %i 532
46                        height  %i 291
47                        posx    %i 395
48                        posy    %i 274
49                        %) /*WINDOW_PROPERTIES*/
50
51                GC_MANAGER      %% (%
52                        width   %i 770
53                        height  %i 148
54                        posx    %i 395
55                        posy    %i 274
56                        %) /*GC_MANAGER*/
57
58                DistanceTable   %% (%
59                        width   %i 600
60                        height  %i 220
61                        posx    %i 5
62                        posy    %i -16
63                        %) /*DistanceTable*/
64
65                %) /*windows*/
66
67        ARB_PHYLO       %% (%
68                horizontal_page_increment       %i 50
69                vertical_page_increment %i 50
70                scroll_delay_vertical   %i 20
71                scroll_delay_horizontal %i 20
72                scroll_width_horizontal %i 70
73                scroll_width_vertical   %i 26
74                %) /*ARB_PHYLO*/
75
76        %) /*window*/
77
78phyl    %% (%
79        which_species           "marked"
80        alignment               "ali_23all"
81        filter  %% (%
82                alignment               "none"
83                name            "none"
84                filter          ""
85                cancel          ".0-"
86                startcol        %i 0
87                stopcol %i 3413
88                minhom  %i 0
89                maxhom  %i 100
90                point   %i 0
91                minus   %i 0
92                rest    %i 0
93                lower   %i 0
94                %) /*filter*/
95
96        weights %% (%
97                name            "none"
98                alignment               "none"
99                %) /*weights*/
100
101        rates   %% (%
102                name            "none"
103                %) /*rates*/
104
105        cancel  %% (%
106                chars           "-."
107                %) /*cancel*/
108
109        correction      %% (%
110                name            "none/J/C"
111                correction              "none"
112                transformation          "J+C"
113                trans   %i 2
114                %) /*correction*/
115
116        tree    %% (%
117                tree_name               "tree_gud"
118                %) /*tree*/
119
120        alpha   %f 1.000000
121        ratematrix      %% (%
122                val_2_1 %f 1.000000
123                val_4_1 %f 1.000000
124                val_4_2 %f 1.000000
125                val_8_1 %f 1.000000
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127                val_8_4 %f 1.000000
128                val_16_1        %f 1.000000
129                val_16_2        %f 1.000000
130                val_16_4        %f 1.000000
131                val_16_8        %f 1.000000
132                %) /*ratematrix*/
133
134        matrix  %% (%
135                point   %i 0
136                minus   %i 0
137                rest    %i 0
138                lower   %i 0
139                %) /*matrix*/
140
141        %) /*phyl*/
142
143bc      %% (%
144        env     %% (%
145                seq_len %i 0
146                filter_len      %i 0
147                ali_len %i 0
148                marked_len      %i 0
149                %) /*env*/
150
151        alignment               ""
152        species         ""
153        filter  %% (%
154                name            ""
155                filter          ""
156                alignment               ""
157                %) /*filter*/
158
159        table   %% (%
160                type    %i 1
161                rank    %% (%
162                        AD      %% (%
163                                aden    %f 0.000000
164                                cyto    %f 0.000000
165                                guan    %f 0.000000
166                                urac    %f 0.000000
167                                unspec  %f 0.000000
168                                blank   %f 0.000000
169                                %) /*AD*/
170
171                        CY      %% (%
172                                aden    %f 0.000000
173                                cyto    %f 0.000000
174                                guan    %f 0.000000
175                                urac    %f 0.000000
176                                unspec  %f 0.000000
177                                blank   %f 0.000000
178                                %) /*CY*/
179
180                        GU      %% (%
181                                aden    %f 0.000000
182                                cyto    %f 0.000000
183                                guan    %f 0.000000
184                                urac    %f 0.000000
185                                unspec  %f 0.000000
186                                blank   %f 0.000000
187                                %) /*GU*/
188
189                        UR      %% (%
190                                aden    %f 0.000000
191                                cyto    %f 0.000000
192                                guan    %f 0.000000
193                                urac    %f 0.000000
194                                unspec  %f 0.000000
195                                blank   %f 0.000000
196                                %) /*UR*/
197
198                        UNSPEC  %% (%
199                                aden    %f 0.000000
200                                cyto    %f 0.000000
201                                guan    %f 0.000000
202                                urac    %f 0.000000
203                                unspec  %f 0.000000
204                                blank   %f 0.000000
205                                %) /*UNSPEC*/
206
207                        BLANK   %% (%
208                                aden    %f 0.000000
209                                cyto    %f 0.000000
210                                guan    %f 0.000000
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212                                unspec  %f 0.000000
213                                blank   %f 0.000000
214                                %) /*BLANK*/
215
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220
221        check   %% (%
222                pos1    %i 1
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224                measure %i 2
225                result          ""
226                %) /*check*/
227
228        plot    %% (%
229                table   %i 1
230                type    %i 1
231                range   %i 3
232                %) /*plot*/
233
234        save    %% (%
235                file_name               ""
236                directory               "."
237                filter          "bc"
238                %) /*save*/
239
240        load    %% (%
241                file_name               ""
242                directory               "."
243                filter          "bc"
244                %) /*load*/
245
246        pca     %% (%
247                project %% (%
248                        file_name               ""
249                        directory               ""
250                        %) /*project*/
251
252                option  %i 0
253                value   %f 0.000000
254                nfactors        %i 0
255                ztrafo  %i 0
256                rotation        %i 0
257                noise   %% (%
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259                        rel     %f 0.000000
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261                        factors %i 0
262                        distance        %i 0
263                        %) /*noise*/
264
265                %) /*pca*/
266
267        standard        %i 0
268        overview        %% (%
269                data            "BC: no information available.\n    Please select START first.\n"
270                comp            "BC: no information available.\n    Please select START first.\n"
271                cov             "BC: no information available.\n    Please select START first.\n"
272                cov_thresh      %f 0.700000
273                trans           "BC: no information available.\n    Please select START first.\n"
274                transmatrix             "BC: no information available.\n    Please select START first.\n"
275                trans_thresh    %f 0.200000
276                verbose         "BC: no information available.\n    Please select START first.\n"
277                rounding                "BC: no information available.\n    Please select START first.\n"
278                %) /*overview*/
279
280        %) /*bc*/
281
282
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.