source: branches/stable/CONVERTALN/embl.cxx

Last change on this file was 16766, checked in by westram, 8 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 25.2 KB
Line 
1#include "embl.h"
2#include "genbank.h"
3#include "macke.h"
4#include "wrap.h"
5
6static void embl_continue_line(const char *pattern, char*& Str, Reader& reader) {
7    // if there are (numb) blanks at the beginning of line,
8    // it is a continue line of the current command.
9    int  ind;
10    char key[TOKENSIZE], temp[LINESIZE];
11
12    // check continue lines
13    for (++reader; reader.line(); ++reader) {
14        if (has_content(reader.line())) {
15            embl_key_word(reader.line(), 0, key);
16            if (!str_equal(pattern, key)) break;
17
18            // remove end-of-line, if there is any
19            ind = Skip_white_space(reader.line(), p_nonkey_start);
20            strcpy(temp, reader.line() + ind);
21            skip_eolnl_and_append_spaced(Str, temp);
22        }
23    }
24}
25
26static void embl_one_entry(Reader& reader, char*& entry, const char *key) {
27    // Read in one embl entry lines.
28    int index = Skip_white_space(reader.line(), p_nonkey_start);
29    freedup(entry, reader.line() + index);
30    embl_continue_line(key, entry, reader);
31}
32
33static void embl_date(Embl& embl, Reader& reader) {
34    // Read in embl DATE lines.
35    int index = Skip_white_space(reader.line(), p_nonkey_start);
36    freedup(embl.dateu, reader.line() + index);
37
38    ++reader;
39
40    char key[TOKENSIZE];
41    embl_key_word(reader.line(), 0, key);
42    if (str_equal(key, "DT")) {
43        index = Skip_white_space(reader.line(), p_nonkey_start);
44        freedup(embl.datec, reader.line() + index);
45        // skip the rest of DT lines
46        do {
47            ++reader;
48            if (!reader.line()) break;
49            embl_key_word(reader.line(), 0, key);
50        }
51        while (str_equal(key, "DT"));
52    }
53    else {
54        // always expect more than two DT lines
55        warning(33, "one DT line is missing");
56    }
57}
58
59static void embl_correct_title(Emblref& ref) {
60    // Check missing '"' at the both ends
61
62    terminate_with(ref.title, ';');
63
64    int len = str0len(ref.title);
65    if (len > 2 && (ref.title[0] != '"' || ref.title[len - 3] != '"')) {
66        char *temp = NULp;
67        if (ref.title[0] != '"')
68            temp = ARB_strdup("\"");
69        else
70            temp = ARB_strdup("");
71        Append(temp, ref.title);
72        if ((len > 2 && ref.title[len - 3]
73             != '"')) {
74            len = str0len(temp);
75            temp[len - 2] = '"';
76            terminate_with(temp, ';');
77        }
78        freedup(ref.title, temp);
79        free(temp);
80    }
81}
82
83int comment_subkey(const char *line, char *key) {
84    // Get the subkey-word (including delimiting ':') from a comment line
85    int len = parse_key_word(line, key, ":\t\n(");
86    if (!len) return 0;
87
88    if (line[len] == ':') {
89        key[len]   = ':';
90        key[len+1] = 0;
91    }
92    return len+1;
93}
94
95inline bool is_embl_comment(const char *line) { return line && line[0] == 'C' && line[1] == 'C'; }
96
97static void embl_one_comment_entry(char*& datastring, int start_index, Reader& reader) {
98    // Read in one embl sub-entry in comments lines.
99    // If it's not a RDP defined comment, you should not call this function.
100
101    int index = Skip_white_space(reader.line(), start_index);
102    freedup(datastring, reader.line() + index);
103
104    const int expectedIndent = RDP_CONTINUED_INDENT+RDP_SUBKEY_INDENT;
105
106    for (++reader;
107         is_embl_comment(reader.line()) && count_spaces(reader.line() + 2) >= expectedIndent;
108         ++reader)
109    {
110        index = Skip_white_space(reader.line(), p_nonkey_start + expectedIndent);
111
112        char temp[LINESIZE];
113        strcpy(temp, reader.line() + index);
114        skip_eolnl_and_append_spaced(datastring, temp);
115    }
116}
117
118static void embl_comments(Embl& embl, Reader& reader) {
119    // Read in embl comment lines.
120
121    for (; is_embl_comment(reader.line());) {
122        char key[TOKENSIZE];
123        int  index  = Skip_white_space(reader.line(), 5);
124        int  offset = comment_subkey(reader.line() + index, key);
125        index       = Skip_white_space(reader.line(), index + offset);
126
127        RDP_comment_parser one_comment_entry = embl_one_comment_entry;
128        RDP_comments&      comments          = embl.comments;
129
130        if (!parse_RDP_comment(comments, one_comment_entry, key, index, reader)) {
131            // other comments
132            Append(comments.others, reader.line() + 5);
133            ++reader;
134        }
135    }
136}
137
138static void embl_skip_unidentified(const char *pattern, Reader& reader) {
139    // if there are (numb) blanks at the beginning of line,
140    // it is a continue line of the current command.
141
142    for (++reader; reader.line(); ++reader) {
143        char  key[TOKENSIZE];
144        embl_key_word(reader.line(), 0, key);
145        if (!str_equal(key, pattern)) break;
146    }
147}
148
149void EmblParser::parse_section() {
150    char key[TOKENSIZE];
151    embl_key_word(reader.line(), 0, key);
152    state = ENTRY_STARTED;
153    parse_keyed_section(key);
154}
155
156static void embl_origin(Seq& seq, Reader& reader) {
157    // Read in embl sequence data.
158    ca_assert(seq.is_empty());
159
160    // read in whole sequence data
161    for (++reader;
162         reader.line() && !is_sequence_terminator(reader.line());
163         ++reader)
164    {
165        const char *line = reader.line();
166        for (int idx = 5; line[idx]; ++idx) {
167            char ch = line[idx];
168            if (ch == ' ' || ch == '\n') continue;
169            if (idx>70) continue;
170            seq.add(ch);
171        }
172    }
173}
174
175void EmblParser::parse_keyed_section(const char *key) {
176    if (str_equal(key, "ID")) {
177        embl_one_entry(reader, embl.ID, key);
178    }
179    else if (str_equal(key, "DT")) {
180        embl_date(embl, reader);
181    }
182    else if (str_equal(key, "DE")) {
183        embl_one_entry(reader, embl.description, key);
184    }
185    else if (str_equal(key, "OS")) {
186        embl_one_entry(reader, embl.os, key);
187    }
188    else if (str_equal(key, "AC")) {
189        embl_one_entry(reader, embl.accession, key);
190    }
191    else if (str_equal(key, "KW")) {
192        embl_one_entry(reader, embl.keywords, key);
193
194        // correct missing '.'
195        if (!has_content(embl.keywords)) freedup(embl.keywords, ".\n");
196        else terminate_with(embl.keywords, '.');
197    }
198    else if (str_equal(key, "DR")) {
199        embl_one_entry(reader, embl.dr, key);
200    }
201    else if (str_equal(key, "RA")) {
202        Emblref& ref = embl.get_latest_ref();
203        embl_one_entry(reader, ref.author, key);
204        terminate_with(ref.author, ';');
205    }
206    else if (str_equal(key, "RT")) {
207        Emblref& ref = embl.get_latest_ref();
208        embl_one_entry(reader, ref.title, key);
209        embl_correct_title(ref);
210    }
211    else if (str_equal(key, "RL")) {
212        Emblref& ref = embl.get_latest_ref();
213        embl_one_entry(reader, ref.journal, key);
214        terminate_with(ref.journal, '.');
215    }
216    else if (str_equal(key, "RP")) {
217        Emblref& ref = embl.get_latest_ref();
218        embl_one_entry(reader, ref.processing, key);
219    }
220    else if (str_equal(key, "RN")) {
221        embl.resize_refs(embl.get_refcount()+1);
222        ++reader;
223    }
224    else if (str_equal(key, "CC")) {
225        embl_comments(embl, reader);
226    }
227    else if (str_equal(key, "SQ")) {
228        embl_origin(seq, reader);
229        state = ENTRY_COMPLETED;
230    }
231    else {
232        embl_skip_unidentified(key, reader);
233    }
234}
235
236void embl_key_word(const char *line, int index, char *key) {
237    parse_key_word(line+index, key, " \t\n");
238}
239
240static void embl_print_lines(Writer& write, const char *key, const char *content, const WrapMode& wrapMode) {
241    // Print EMBL entry and wrap around if line over EMBLMAXLINE.
242    ca_assert(strlen(key) == 2);
243
244    char prefix[TOKENSIZE];
245    sprintf(prefix, "%-*s", EMBLINDENT, key);
246
247    wrapMode.print(write, prefix, prefix, content, EMBLMAXLINE);
248}
249
250static bool embl_print_lines_if_content(Writer& write, const char *key, const char *content, const WrapMode& wrapMode, bool followed_by_spacer) {
251    if (has_content(content)) {
252        embl_print_lines(write, key, content, wrapMode);
253        if (followed_by_spacer) write.out("XX\n");
254        return true;
255    }
256    return false;
257}
258
259static void embl_print_comment_if_content(Writer& write, const char *key, const char *content) {
260    // Print one embl comment line, wrap around
261
262    if (!has_content(content)) return;
263
264    char first[LINESIZE]; sprintf(first, "CC%*s%s", (EMBLINDENT-2)+RDP_SUBKEY_INDENT, "", key);
265    char other[LINESIZE]; sprintf(other, "CC%*s", (EMBLINDENT-2)+RDP_SUBKEY_INDENT+RDP_CONTINUED_INDENT, "");
266    WrapMode(true).print(write, first, other, content, EMBLMAXLINE);
267}
268
269inline void embl_print_completeness(Writer& write, char compX, char X) {
270    if (compX == ' ') return;
271    ca_assert(compX == 'y' || compX == 'n');
272    write.outf("CC     %c' end complete: %s\n", X, compX == 'y' ? "Yes" : "No");
273}
274
275static void embl_out_comments(const Embl& embl, const Seq& seq, Writer& write) {
276    // Print out the comments part of EMBL format.
277
278    const OrgInfo& orginf = embl.comments.orginf;
279    if (orginf.exists()) {
280        write.out("CC   Organism information\n");
281
282        embl_print_comment_if_content(write, "Source of strain: ",   orginf.source);
283        embl_print_comment_if_content(write, "Culture collection: ", orginf.cultcoll);
284        embl_print_comment_if_content(write, "Former name: ",        orginf.formname);
285        embl_print_comment_if_content(write, "Alternate name: ",     orginf.nickname);
286        embl_print_comment_if_content(write, "Common name: ",        orginf.commname);
287        embl_print_comment_if_content(write, "Host organism: ",      orginf.hostorg);
288    }
289
290    const SeqInfo& seqinf = embl.comments.seqinf;
291    if (seqinf.exists()) {
292        write.outf("CC   Sequence information (bases 1 to %d)\n", seq.get_len());
293
294        embl_print_comment_if_content(write, "RDP ID: ",                      seqinf.RDPid);
295        embl_print_comment_if_content(write, "Corresponding GenBank entry: ", seqinf.gbkentry);
296        embl_print_comment_if_content(write, "Sequencing methods: ",          seqinf.methods);
297
298        embl_print_completeness(write, seqinf.comp5, '5');
299        embl_print_completeness(write, seqinf.comp3, '3');
300    }
301
302    embl_print_lines_if_content(write, "CC", embl.comments.others, WrapMode("\n"), true);
303}
304
305static void embl_out_origin(const Seq& seq, Writer& write) {
306    // Print out the sequence data of EMBL format.
307    BaseCounts bases;
308    seq.count(bases);
309    write.outf("SQ   Sequence %d BP; %d A; %d C; %d G; %d T; %d other;\n",
310               seq.get_len(), bases.a, bases.c, bases.g, bases.t, bases.other);
311
312    seq.out(write, EMBL);
313}
314
315void embl_out_header(const Embl& embl, const Seq& seq, Writer& write) {
316    WrapMode wrapWords(true);
317    WrapMode neverWrap(false);
318
319    embl_print_lines_if_content(write, "ID", embl.ID,        neverWrap, true);
320    embl_print_lines_if_content(write, "AC", embl.accession, wrapWords, true);
321
322    {
323        bool dt1 = embl_print_lines_if_content(write, "DT", embl.dateu, neverWrap, false);
324        bool dt2 = embl_print_lines_if_content(write, "DT", embl.datec, neverWrap, false);
325        if (dt1 || dt2) write.out("XX\n");
326    }
327
328    embl_print_lines_if_content(write, "DE", embl.description, wrapWords,     true);
329    embl_print_lines_if_content(write, "KW", embl.keywords,    WrapMode(";"), true);
330
331    if (has_content(embl.os)) {
332        embl_print_lines(write, "OS", embl.os, wrapWords);
333        write.out("OC   No information.\n");
334        write.out("XX\n");
335    }
336
337    // GenbankRef
338    for (int indi = 0; indi < embl.get_refcount(); indi++) {
339        const Emblref& ref = embl.get_ref(indi);
340
341        write.outf("RN   [%d]\n", indi + 1);
342        embl_print_lines_if_content(write, "RP", ref.processing, neverWrap, false);
343        embl_print_lines_if_content(write, "RA", ref.author, WrapMode(","), false);
344
345        if (has_content(ref.title)) embl_print_lines(write, "RT", ref.title, wrapWords);
346        else write.out("RT   ;\n");
347
348        embl_print_lines_if_content(write, "RL", ref.journal, wrapWords, false);
349        write.out("XX\n");
350    }
351
352    if (has_content(embl.dr)) {
353        embl_print_lines(write, "DR", embl.dr, wrapWords);
354        write.out("XX\n");
355    }
356
357    embl_out_comments(embl, seq, write);
358}
359
360void embl_out(const Embl& embl, const Seq& seq, Writer& write) {
361    // Output EMBL data.
362    embl_out_header(embl, seq, write);
363    embl_out_origin(seq, write);
364}
365
366static char *etog_author(char *Str) {
367    // Convert EMBL author format to Genbank author format.
368    int  indi, indk, len, index;
369    char token[TOKENSIZE], *author;
370
371    author = ARB_strdup("");
372    for (indi = index = 0, len = str0len(Str) - 1; indi < len; indi++, index++) {
373        if (Str[indi] == ',' || Str[indi] == ';') {
374            token[index--] = '\0';
375            if (has_content(author)) {
376                Append(author, (Str[indi] == ',') ? "," : " and");
377            }
378            // search backward to find the first blank and replace the blank by ','
379            for (indk = 0; index > 0 && indk == 0; index--)
380                if (token[index] == ' ') {
381                    token[index] = ',';
382                    indk = 1;
383                }
384            Append(author, token);
385            index = (-1);
386        }
387        else
388            token[index] = Str[indi];
389    }
390    Append(author, "\n");
391    return author;
392}
393static char *etog_journal(const char *eJournal) {
394    // Convert journal part from EMBL to GenBank format.
395    char *new_journal = NULp;
396    char  token[TOKENSIZE];
397
398    scan_token_or_die(token, eJournal);
399    if (str_equal(token, "(in)") == 1 || str_equal(token, "Submitted") || str_equal(token, "Unpublished")) {
400        // remove trailing '.'
401        int len = strlen(eJournal);
402        ca_assert(eJournal[len-2] == '.');
403        new_journal = strndup(eJournal, len-2);
404        Append(new_journal, "\n");
405    }
406    else {
407        const char *colon = strchr(eJournal, ':');
408
409        if (colon) {
410            const char *p1 = strchr(colon+1, '(');
411            if (p1) {
412                const char *p2 = strchr(p1+1, ')');
413                if (p2 && strcmp(p2+1, ".\n") == 0) {
414                    ARB_realloc(new_journal, str0len(eJournal)+1+1);
415
416                    int l1 = colon-eJournal;
417                    int l2 = p1-colon-1;
418                    int l3 = p2-p1+1;
419
420                    char *pos = new_journal;
421
422                    memcpy(pos, eJournal, l1); pos += l1;
423                    memcpy(pos, ", ",     2);  pos += 2;
424                    memcpy(pos, colon+1,  l2); pos += l2;
425                    memcpy(pos, " ",      1);  pos += 1;
426                    memcpy(pos, p1,       l3); pos += l3;
427                    memcpy(pos, "\n",     2);
428                }
429            }
430        }
431
432        if (!new_journal) {
433            warningf(148, "Removed unknown journal format: %s", eJournal);
434            new_journal = no_content();
435        }
436    }
437
438    return new_journal;
439}
440static void etog_convert_references(const Embl& embl, GenBank& gbk) {
441    // Convert reference from EMBL to GenBank format.
442    int  indi, len, start, end;
443    char temp[LONGTEXT];
444
445    gbk.resize_refs(embl.get_refcount());
446
447    for (indi = 0; indi < embl.get_refcount(); indi++) {
448        const Emblref& ref  = embl.get_ref(indi);
449        GenbankRef&    gref = gbk.get_ref(indi);
450
451        if (has_content(ref.processing) &&
452            sscanf(ref.processing, "%d %d", &start, &end) == 2)
453        {
454            end *= -1; // will get negative from sscanf
455            sprintf(temp, "%d  (bases %d to %d)\n", (indi + 1), start, end);
456        }
457        else {
458            sprintf(temp, "%d\n", (indi + 1));
459        }
460
461        freedup(gref.ref, temp);
462
463        if (has_content(ref.title) && ref.title[0] != ';') {
464            // remove '"' and ';', if there is any
465            len = str0len(ref.title);
466            if (len > 2 && ref.title[0] == '"' && ref.title[len - 2] == ';' && ref.title[len - 3] == '"') {
467                ref.title[len - 3] = '\n';
468                ref.title[len - 2] = '\0';
469                freedup(gref.title, ref.title+1);
470                ref.title[len - 3] = '"';
471                ref.title[len - 2] = ';';
472            }
473            else {
474                freedup(gref.title, ref.title);
475            }
476        }
477        else {
478            freeset(gref.title, no_content());
479        }
480
481        freeset(gref.author, has_content(ref.author) ? etog_author(ref.author) : no_content());
482        freeset(gref.journal, has_content(ref.journal) ? etog_journal(ref.journal) : no_content());
483
484        freeset(gref.standard, no_content());
485    }
486}
487
488int etog(const Embl& embl, GenBank& gbk, const Seq& seq) { // __ATTR__USERESULT
489    // Convert from embl to genbank format.
490    int  indi;
491    char key[TOKENSIZE], temp[LONGTEXT];
492    char t1[TOKENSIZE], t2[TOKENSIZE], t3[TOKENSIZE];
493
494    embl_key_word(embl.ID, 0, key);
495    if (has_content(embl.dr)) {
496        // get short_id from DR line if there is RDP def.
497        strcpy(t3, "dummy");
498        ASSERT_RESULT(int, 3, sscanf(embl.dr, "%s %s %s", t1, t2, t3));
499        if (str_equal(t1, "RDP;")) {
500            if (!str_equal(t3, "dummy")) {
501                strcpy(key, t3);
502            }
503            else
504                strcpy(key, t2);
505            key[str0len(key) - 1] = '\0';        // remove '.'
506        }
507    }
508    strcpy(temp, key);
509
510    // LOCUS
511    for (indi = str0len(temp); indi < 13; temp[indi++] = ' ') {}
512    {
513        const char *date = has_content(embl.dateu) ? embl.dateu : today_date();
514        sprintf((temp + 10), "%7d bp    RNA             RNA       %s\n",
515                seq.get_len(),
516                genbank_date(date));
517    }
518    freedup(gbk.locus, temp);
519
520    // DEFINITION
521    if (copy_content(gbk.definition, embl.description)) terminate_with(gbk.definition, '.');
522
523    // SOURCE and DEFINITION if not yet defined
524    if (copy_content(gbk.source, embl.os)) {
525        freedup(gbk.organism, embl.os);
526        if (!has_content(embl.description)) {
527            freedup(gbk.definition, embl.os);
528        }
529    }
530
531    // COMMENT GenBank entry
532    copy_content(gbk.accession, embl.accession);
533    if (has_content(embl.keywords) && embl.keywords[0] != '.') {
534        freedup(gbk.keywords, embl.keywords);
535    }
536
537    etog_convert_references(embl, gbk);
538    gbk.comments.set_content_from(embl.comments);
539
540    return 1;
541}
542
543int etom(const Embl& embl, Macke& macke, const Seq& seq) { // __ATTR__USERESULT
544    // Convert from embl format to Macke format.
545    GenBank gbk;
546    return etog(embl, gbk, seq) && gtom(gbk, macke);
547}
548
549// --------------------------------------------------------------------------------
550
551#ifdef UNIT_TESTS
552#include <test_unit.h>
553
554#define TEST_EXPECT_ETOG_JOURNAL_PARSES(i,o)              \
555    do {                                                  \
556        char *dup = ARB_strdup(i);                        \
557        char *res = etog_journal(dup);                    \
558        TEST_EXPECT_EQUAL(res, o);                        \
559        free(res);                                        \
560        free(dup);                                        \
561    } while (0)
562
563void TEST_BASIC_etog_journal() {
564    // behavior documented in r6943:
565    TEST_EXPECT_ETOG_JOURNAL_PARSES("Gene 134:283-287(1993).\n",
566                                    "Gene 134, 283-287 (1993)\n");
567    TEST_EXPECT_ETOG_JOURNAL_PARSES("J. Exp. Med. 179:1809-1821(1994).\n",
568                                    "J. Exp. Med. 179, 1809-1821 (1994)\n");
569    TEST_EXPECT_ETOG_JOURNAL_PARSES("Unpublished whatever.\n",
570                                    "Unpublished whatever\n");
571    TEST_EXPECT_ETOG_JOURNAL_PARSES("bla bla bla.\n",
572                                    "\n"); // skips if can't parse
573    TEST_EXPECT_ETOG_JOURNAL_PARSES("bla bla bla\n",
574                                    "\n");
575}
576
577#endif // UNIT_TESTS
578
579static char *gtoe_author(char *author) {
580    // Convert GenBank author to EMBL author.
581    int   indi, len, index, odd;
582    char *auth, *Str;
583
584    // replace " and " by ", "
585    auth = nulldup(author);
586    if ((index = find_pattern(auth, " and ")) > 0) {
587        auth[index] = '\0';
588        Str = nulldup(auth);
589        auth[index] = ' ';      // remove '\0' for free space later
590        Append(Str, ",");
591        Append(Str, auth + index + 4);
592    }
593    else
594        Str = nulldup(author);
595
596    for (indi = 0, len = str0len(Str), odd = 1; indi < len; indi++) {
597        if (Str[indi] == ',') {
598            if (odd) {
599                Str[indi] = ' ';
600                odd = 0;
601            }
602            else {
603                odd = 1;
604            }
605        }
606    }
607
608    freenull(auth);
609    return Str;
610}
611static char *gtoe_journal(char *Str) {
612    // Convert GenBank journal to EMBL journal.
613    char token[TOKENSIZE], *journal;
614    int  indi, indj, index, len;
615
616    if (scan_token(token, Str)) {
617        if (str_equal(token, "(in)") == 1 || str_equal(token, "Unpublished") || str_equal(token, "Submitted")) {
618            journal = nulldup(Str);
619            terminate_with(journal, '.');
620            return journal;
621        }
622    }
623
624    journal = nulldup(Str);
625    for (indi = indj = index = 0, len = str0len(journal); indi < len; indi++, indj++) {
626        if (journal[indi] == ',') {
627            journal[indi] = ':';
628            indi++;             // skip blank after ','
629            index = 1;
630        }
631        else if (journal[indi] == ' ' && index) {
632            indj--;
633        }
634        else
635            journal[indj] = journal[indi];
636    }
637
638    journal[indj] = '\0';
639    terminate_with(journal, '.');
640    return journal;
641}
642static void gtoe_reference(const GenBank& gbk, Embl& embl) {
643    // Convert references from GenBank to EMBL.
644    if (gbk.has_refs()) {
645        embl.resize_refs(gbk.get_refcount());
646    }
647
648    for (int indi = 0; indi < gbk.get_refcount(); indi++) {
649        Emblref&          ref  = embl.get_ref(indi);
650        const GenbankRef& gref = gbk.get_ref(indi);
651
652        freedup(ref.title, gref.title);
653        embl_correct_title(ref);
654
655        freeset(ref.journal, gtoe_journal(gref.journal));
656        terminate_with(ref.journal, '.');
657
658        freeset(ref.author, gtoe_author(gref.author));
659        terminate_with(ref.author, ';');
660
661        // create processing information
662        int refnum, start = 0, end = 0;
663        char t1[TOKENSIZE], t2[TOKENSIZE], t3[TOKENSIZE];
664
665        if (!gref.ref || sscanf(gref.ref, "%d %s %d %s %d %s", &refnum, t1, &start, t2, &end, t3) != 6) {
666            start = 0;
667            end = 0;
668        }
669
670        freenull(ref.processing);
671        if (start || end) ref.processing = strf("%d-%d\n", start, end);
672        else              ref.processing = no_content();
673
674    }
675}
676
677int gtoe(const GenBank& gbk, Embl& embl, const Seq& seq) { // __ATTR__USERESULT
678    // Genbank to EMBL.
679    {
680        char temp[LONGTEXT];
681        strcpy(temp, gbk.get_id());
682
683        upcase(temp); // Adjust short-id, EMBL short_id always upper case
684        for (int indi = min(str0len(temp), 9); indi < 10; indi++)
685            temp[indi] = ' ';
686
687        sprintf(temp + 10, "preliminary; RNA; UNA; %d BP.\n", seq.get_len());
688        freedup(embl.ID, temp);
689    }
690
691    // accession number
692    if (has_content(gbk.accession))
693        // take just the accession num, no version num.
694        freedup(embl.accession, gbk.accession);
695
696    // date
697    {
698        char *date = gbk.get_date();
699
700        freeset(embl.dateu, strf("%s (Rel. 1, Last updated, Version 1)\n", date));
701        freeset(embl.datec, strf("%s (Rel. 1, Created)\n", date));
702
703        free(date);
704    }
705
706    // description
707    copy_content(embl.description, gbk.definition);
708    // EMBL KW line
709    if (copy_content(embl.keywords, gbk.keywords)) {
710        terminate_with(embl.keywords, '.');
711    }
712    else {
713        freedup(embl.keywords, ".\n");
714    }
715
716    copy_content(embl.os, gbk.organism); // EMBL OS line
717    // reference
718    gtoe_reference(gbk, embl);
719
720    // EMBL DR line
721    {
722        char token[TOKENSIZE];
723        char temp[LONGTEXT];
724
725        scan_token_or_die(token, gbk.locus); // short_id
726        if (has_content(gbk.comments.seqinf.RDPid)) {
727            char rdpid[TOKENSIZE];
728            scan_token_or_die(rdpid, gbk.comments.seqinf.RDPid);
729            sprintf(temp, "RDP; %s; %s.\n", rdpid, token);
730        }
731        else {
732            sprintf(temp, "RDP; %s.\n", token);
733        }
734        freedup(embl.dr, temp);
735    }
736    embl.comments.set_content_from(gbk.comments);
737
738    return 1;
739}
740
741static int partial_mtoe(const Macke& macke, Embl& embl) {
742    // Handle subspecies information when converting from Macke to EMBL.
743    char*& others = embl.comments.others;
744
745    if (has_content(macke.strain)) {
746        int  ridx        = skip_pattern(others, "*source:");
747        bool have_strain = ridx >= 0 && stristr(others+ridx, "strain=");
748
749        if (!have_strain) {
750            if (!has_content(others)) freenull(others);
751            Append(others, "*source: strain=");
752            Append(others, macke.strain);
753            if (!is_end_mark(others[str0len(others) - 2])) skip_eolnl_and_append(others, ";\n");
754        }
755    }
756
757    if (has_content(macke.subspecies)) {
758        int  ridx       = skip_pattern(others, "*source:");
759        bool have_subsp = ridx >= 0 && find_subspecies(others+ridx, '=') >= 0;
760
761        if (!have_subsp) {
762            if (!has_content(others)) freenull(others);
763            Append(others, "*source: subspecies=");
764            Append(others, macke.subspecies);
765            if (!is_end_mark(others[str0len(others) - 2])) skip_eolnl_and_append(others, ";\n");
766        }
767    }
768
769    return 1;
770}
771
772int mtoe(const Macke& macke, Embl& embl, const Seq& seq) { // __ATTR__USERESULT
773    GenBank gbk;
774    return mtog(macke, gbk, seq) && gtoe(gbk, embl, seq) && partial_mtoe(macke, embl);
775}
776
777bool EmblSwissprotReader::read_one_entry(Seq& seq) {
778    data.reinit();
779    if (!EmblParser(data, seq, *this).parse_entry()) abort();
780    return ok();
781}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.