| 1 | #Makefile modified for use in ARB by Arne Boeckmann (aboeckma@mpi-bremen.de) |
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| 2 | LIBDIR = $(ARBHOME)/lib/mafft |
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| 3 | BINDIR = $(ARBHOME)/bin |
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| 4 | |
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| 5 | |
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| 6 | #MNO_CYGWIN = -mno-cygwin |
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| 7 | |
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| 8 | #ENABLE_MULTITHREAD = -Denablemultithread |
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| 9 | # Comment out the above line if your compiler |
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| 10 | # does not support TLS (thread-local strage). |
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| 11 | |
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| 12 | CC ?= gcc |
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| 13 | CFLAGS = -O3 |
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| 14 | |
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| 15 | #CC = icc |
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| 16 | #CFLAGS = -fast |
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| 17 | # if you have icc, use this. |
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| 18 | |
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| 19 | #CFLAGS = -O0 -pedantic -Wall -std=c99 -g -pg -DMALLOC_CHECK_=3 |
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| 20 | #CFLAGS = -O0 -pedantic -Wall -std=c99 -g -DMALLOC_CHECK_=3 # for shark |
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| 21 | |
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| 22 | |
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| 23 | MYCFLAGS = $(MNO_CYGWIN) $(ENABLE_MULTITHREAD) $(CFLAGS) |
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| 24 | |
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| 25 | ifdef ENABLE_MULTITHREAD |
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| 26 | LIBS = -lm -lpthread |
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| 27 | else |
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| 28 | LIBS = -lm |
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| 29 | endif |
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| 30 | |
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| 31 | INSTALL = install |
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| 32 | |
|---|
| 33 | PROGS = dvtditr dndfast7 dndblast sextet5 mafft-distance pairlocalalign \ |
|---|
| 34 | pair2hat3s multi2hat3s rnatest pairash addsingle \ |
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| 35 | splittbfast disttbfast tbfast mafft-profile f2cl mccaskillwrap contrafoldwrap countlen \ |
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| 36 | seq2regtable regtable2seq score getlag dndpre dndpre2 setcore replaceu restoreu setdirection makedirectionlist version |
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| 37 | SCRIPTS = mafft mafft-homologs.rb |
|---|
| 38 | OBJSETDIRECTION = mtxutl.o io.o setdirection.o defs.o mltaln9.o |
|---|
| 39 | OBJREPLACEU = mtxutl.o io.o replaceu.o defs.o mltaln9.o |
|---|
| 40 | OBJRESTOREU = mtxutl.o io.o restoreu.o defs.o mltaln9.o |
|---|
| 41 | OBJREGTABLE2SEQ = mtxutl.o io.o regtable2seq.o defs.o mltaln9.o |
|---|
| 42 | OBJSEQ2REGTABLE = mtxutl.o io.o seq2regtable.o defs.o |
|---|
| 43 | OBJCOUNTLEN = mtxutl.o io.o countlen.o defs.o |
|---|
| 44 | OBJF2CL = mtxutl.o io.o f2cl.o constants.o defs.o |
|---|
| 45 | OBJMCCASKILLWRAP = mtxutl.o io.o mccaskillwrap.o constants.o defs.o mltaln9.o |
|---|
| 46 | OBJCONTRAFOLDWRAP = mtxutl.o io.o contrafoldwrap.o constants.o defs.o mltaln9.o |
|---|
| 47 | OBJMULTI2HAT3S = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o \ |
|---|
| 48 | multi2hat3s.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 49 | OBJPAIR2HAT3S = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o \ |
|---|
| 50 | pair2hat3s.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 51 | OBJRNATEST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o Lalignmm.o \ |
|---|
| 52 | rna.o rnatest.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 53 | OBJPAIRASH = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 54 | Falign.o MSalignmm.o Galign11.o MSalign11.o suboptalign11.o genGalign11.o genalign11.o Lalign11.o SAalignmm.o \ |
|---|
| 55 | pairash.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 56 | OBJPAIRLOCALALIGN = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 57 | Falign.o MSalignmm.o Galign11.o MSalign11.o suboptalign11.o genGalign11.o genalign11.o Lalign11.o SAalignmm.o \ |
|---|
| 58 | pairlocalalign.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 59 | OBJDUMMY = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 60 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 61 | disttbfast_dummy.o dummy.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 62 | OBJSPLITFROMALN = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 63 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 64 | Lalign11.o splitfromaln.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 65 | OBJSPLITTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 66 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 67 | Lalign11.o splittbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 68 | OBJSPLITTBFAST2 = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 69 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 70 | Lalign11.o splittbfast2.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 71 | OBJSPLITTBFASTP = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 72 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 73 | Lalign11.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 74 | OBJDISTTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 75 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 76 | disttbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o |
|---|
| 77 | OBJMAKEDIRECTIONLIST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 78 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 79 | Lalign11.o makedirectionlist.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o |
|---|
| 80 | OBJTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o MSalignmm.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 81 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o \ |
|---|
| 82 | tbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o |
|---|
| 83 | OBJADDSINGLE = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o MSalignmm.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 84 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o \ |
|---|
| 85 | addsingle.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o |
|---|
| 86 | OBJTBFAST2 = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 87 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o \ |
|---|
| 88 | tbfast2.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 89 | OBJSETCORE = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 90 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 91 | setcore.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 92 | OBJTDITR = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o nj.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 93 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o fftFunctions.o fft.o \ |
|---|
| 94 | tditeration.o tditr.o defs.o SAalignmm.o treeOperation.o |
|---|
| 95 | OBJDVTDITR = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o nj.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 96 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o MSalignmm.o fftFunctions.o fft.o \ |
|---|
| 97 | tditeration.o dvtditr.o defs.o SAalignmm.o treeOperation.o addfunctions.o |
|---|
| 98 | OBJGETLAG = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 99 | Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \ |
|---|
| 100 | getlag.o defs.o fft.o fftFunctions.o |
|---|
| 101 | OBJGAPFILL = mtxutl.o io.o constants.o gapfill.o defs.o |
|---|
| 102 | OBJDNDFAST5 = dndfast5.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o |
|---|
| 103 | OBJDNDBLAST = dndblast.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o |
|---|
| 104 | OBJDNDFAST7 = dndfast7.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o |
|---|
| 105 | OBJDNDFAST6 = dndfast6.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o |
|---|
| 106 | OBJDNDFAST4 = dndfast4.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o |
|---|
| 107 | OBJDNDFAST6 = dndfast6.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o |
|---|
| 108 | OBJSEXTET5 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o sextet5.o defs.o |
|---|
| 109 | OBJDISTANCE = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o mafft-distance.o defs.o |
|---|
| 110 | OBJTRIPLET6 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o triplet6.o defs.o |
|---|
| 111 | OBJTRIPLET5 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o triplet5.o defs.o |
|---|
| 112 | OBJOCTET4 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o octet4.o defs.o |
|---|
| 113 | OBJDNDPRE = dndpre.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o defs.o |
|---|
| 114 | OBJDNDPRESCORE = dndpre2.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o defs.o |
|---|
| 115 | OBJGALN = io.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o MSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \ |
|---|
| 116 | SAalignmm.o Galign11.o Falign.o Falign_localhom.o fftFunctions.o fft.o mafft-profile.o defs.o |
|---|
| 117 | OBJSCORE = io.o mtxutl.o mltaln9.o score.o constants.o defs.o |
|---|
| 118 | |
|---|
| 119 | HEADER = mltaln.h mtxutl.h |
|---|
| 120 | FFTHEADER = fft.h |
|---|
| 121 | |
|---|
| 122 | MANPAGES = mafft.1 mafft-homologs.1 |
|---|
| 123 | |
|---|
| 124 | |
|---|
| 125 | |
|---|
| 126 | all : $(PROGS) $(SCRIPTS) |
|---|
| 127 | cp $(SCRIPTS) ../scripts |
|---|
| 128 | chmod 755 ../scripts/* |
|---|
| 129 | cp $(PROGS) ../binaries |
|---|
| 130 | chmod 755 ../binaries/* |
|---|
| 131 | cp $(MANPAGES) ../binaries |
|---|
| 132 | @echo done. |
|---|
| 133 | |
|---|
| 134 | univscript: univscript.tmpl Makefile |
|---|
| 135 | sed "s:_PROGS:$(PROGS):" univscript.tmpl > univscript |
|---|
| 136 | |
|---|
| 137 | mafft: mafft.tmpl mltaln.h |
|---|
| 138 | sed 's:_LIBDIR:$$ARBHOME/lib/mafft:' mafft.tmpl > mafft |
|---|
| 139 | |
|---|
| 140 | mafft-homologs.rb: mafft-homologs.tmpl |
|---|
| 141 | # cp mafft-homologs.tmpl mafft-homologs.rb |
|---|
| 142 | sed 's:_BINDIR:\$$ARBHOME/bin:' mafft-homologs.tmpl > mafft-homologs.rb |
|---|
| 143 | |
|---|
| 144 | mltaln.h : functions.h |
|---|
| 145 | touch mltaln.h |
|---|
| 146 | |
|---|
| 147 | version : version.c mltaln.h |
|---|
| 148 | $(CC) -o $@ version.c $(MYCFLAGS) |
|---|
| 149 | |
|---|
| 150 | tbfast : $(OBJTBFAST) |
|---|
| 151 | $(CC) -o $@ $(OBJTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 152 | |
|---|
| 153 | addsingle : $(OBJADDSINGLE) |
|---|
| 154 | $(CC) -o $@ $(OBJADDSINGLE) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 155 | |
|---|
| 156 | tbfast2 : $(OBJTBFAST2) |
|---|
| 157 | $(CC) -o $@ $(OBJTBFAST2) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 158 | |
|---|
| 159 | disttbfast : $(OBJDISTTBFAST) |
|---|
| 160 | $(CC) -o $@ $(OBJDISTTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 161 | |
|---|
| 162 | makedirectionlist : $(OBJMAKEDIRECTIONLIST) |
|---|
| 163 | $(CC) -o $@ $(OBJMAKEDIRECTIONLIST) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 164 | |
|---|
| 165 | splittbfast : $(OBJSPLITTBFAST) |
|---|
| 166 | $(CC) -o $@ $(OBJSPLITTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 167 | |
|---|
| 168 | splitfromaln : $(OBJSPLITFROMALN) |
|---|
| 169 | $(CC) -o $@ $(OBJSPLITFROMALN) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 170 | |
|---|
| 171 | splittbfast2 : $(OBJSPLITTBFAST2) |
|---|
| 172 | $(CC) -o $@ $(OBJSPLITTBFAST2) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 173 | |
|---|
| 174 | dummy : $(OBJDUMMY) |
|---|
| 175 | $(CC) -o $@ $(OBJDUMMY) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 176 | |
|---|
| 177 | setcore : $(OBJSETCORE) |
|---|
| 178 | $(CC) -o $@ $(OBJSETCORE) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 179 | |
|---|
| 180 | countlen : $(OBJCOUNTLEN) |
|---|
| 181 | $(CC) -o $@ $(OBJCOUNTLEN) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 182 | |
|---|
| 183 | seq2regtable : $(OBJSEQ2REGTABLE) |
|---|
| 184 | $(CC) -o $@ $(OBJSEQ2REGTABLE) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 185 | |
|---|
| 186 | regtable2seq : $(OBJREGTABLE2SEQ) |
|---|
| 187 | $(CC) -o $@ $(OBJREGTABLE2SEQ) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 188 | |
|---|
| 189 | setdirection : $(OBJSETDIRECTION) |
|---|
| 190 | $(CC) -o $@ $(OBJSETDIRECTION) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 191 | |
|---|
| 192 | replaceu : $(OBJREPLACEU) |
|---|
| 193 | $(CC) -o $@ $(OBJREPLACEU) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 194 | |
|---|
| 195 | restoreu : $(OBJRESTOREU) |
|---|
| 196 | $(CC) -o $@ $(OBJRESTOREU) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 197 | |
|---|
| 198 | f2cl : $(OBJF2CL) |
|---|
| 199 | $(CC) -o $@ $(OBJF2CL) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 200 | |
|---|
| 201 | mccaskillwrap : $(OBJMCCASKILLWRAP) |
|---|
| 202 | $(CC) -o $@ $(OBJMCCASKILLWRAP) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 203 | |
|---|
| 204 | contrafoldwrap : $(OBJCONTRAFOLDWRAP) |
|---|
| 205 | $(CC) -o $@ $(OBJCONTRAFOLDWRAP) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 206 | |
|---|
| 207 | pairlocalalign : $(OBJPAIRLOCALALIGN) |
|---|
| 208 | $(CC) -o $@ $(OBJPAIRLOCALALIGN) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 209 | |
|---|
| 210 | pairash : $(OBJPAIRASH) |
|---|
| 211 | $(CC) -o $@ $(OBJPAIRASH) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 212 | |
|---|
| 213 | rnatest : $(OBJRNATEST) |
|---|
| 214 | $(CC) -o $@ $(OBJRNATEST) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 215 | |
|---|
| 216 | pair2hat3s : $(OBJPAIR2HAT3S) |
|---|
| 217 | $(CC) -o $@ $(OBJPAIR2HAT3S) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 218 | |
|---|
| 219 | multi2hat3s : $(OBJMULTI2HAT3S) |
|---|
| 220 | $(CC) -o $@ $(OBJMULTI2HAT3S) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 221 | |
|---|
| 222 | getlag : $(OBJGETLAG) |
|---|
| 223 | $(CC) -o $@ $(OBJGETLAG) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 224 | |
|---|
| 225 | tditr : $(OBJTDITR) |
|---|
| 226 | $(CC) -o $@ $(OBJTDITR) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 227 | |
|---|
| 228 | dvtditr : $(OBJDVTDITR) |
|---|
| 229 | $(CC) -o $@ $(OBJDVTDITR) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 230 | |
|---|
| 231 | mafft-profile : $(OBJGALN) |
|---|
| 232 | $(CC) -o $@ $(OBJGALN) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 233 | |
|---|
| 234 | gapfill : $(OBJGAPFILL) |
|---|
| 235 | $(CC) -o $@ $(OBJGAPFILL) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 236 | |
|---|
| 237 | dndfast4 : $(OBJDNDFAST4) |
|---|
| 238 | $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST4) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 239 | |
|---|
| 240 | dndfast5 : $(OBJDNDFAST5) |
|---|
| 241 | $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST5) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 242 | |
|---|
| 243 | dndfast6 : $(OBJDNDFAST6) |
|---|
| 244 | $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST6) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 245 | |
|---|
| 246 | dndfast7 : $(OBJDNDFAST7) |
|---|
| 247 | $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST7) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 248 | |
|---|
| 249 | dndblast : $(OBJDNDBLAST) |
|---|
| 250 | $(CC) -o $@ $(OBJDNDBLAST) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 251 | |
|---|
| 252 | dndfast3 : $(OBJDNDFAST3) |
|---|
| 253 | $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST3) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 254 | |
|---|
| 255 | triplet : $(OBJTRIPLET) |
|---|
| 256 | $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 257 | |
|---|
| 258 | triplet3 : $(OBJTRIPLET3) |
|---|
| 259 | $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET3) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 260 | |
|---|
| 261 | sextet3 : $(OBJSEXTET3) |
|---|
| 262 | $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET3) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 263 | |
|---|
| 264 | sextet4 : $(OBJSEXTET4) |
|---|
| 265 | $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET4) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 266 | |
|---|
| 267 | sextet5 : $(OBJSEXTET5) |
|---|
| 268 | $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET5) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 269 | |
|---|
| 270 | mafft-distance : $(OBJDISTANCE) |
|---|
| 271 | $(CC) -o $@ $(OBJDISTANCE) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 272 | |
|---|
| 273 | triplet5 : $(OBJTRIPLET5) |
|---|
| 274 | $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET5) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 275 | |
|---|
| 276 | triplet6 : $(OBJTRIPLET6) |
|---|
| 277 | $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET6) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 278 | |
|---|
| 279 | octet4 : $(OBJOCTET4) |
|---|
| 280 | $(CC) -o $@ $(OBJOCTET4) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 281 | |
|---|
| 282 | dndpre : $(OBJDNDPRE) |
|---|
| 283 | $(CC) -o $@ $(OBJDNDPRE) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 284 | |
|---|
| 285 | dndpre2 : $(OBJDNDPRESCORE) |
|---|
| 286 | $(CC) -o $@ $(OBJDNDPRESCORE) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 287 | |
|---|
| 288 | score : $(OBJSCORE) |
|---|
| 289 | $(CC) -o $@ $(OBJSCORE) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 290 | |
|---|
| 291 | genMtx : $(OBJGENMTX) |
|---|
| 292 | $(CC) -o $@ $(OBJGENMTX) $(MYCFLAGS) $(LIBS) |
|---|
| 293 | |
|---|
| 294 | gapfill.o : gapfill.c $(HEADER) |
|---|
| 295 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c gapfill.c |
|---|
| 296 | |
|---|
| 297 | mltaln9.o : mltaln9.c $(HEADER) |
|---|
| 298 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c mltaln9.c |
|---|
| 299 | |
|---|
| 300 | tddis.o : tddis.c $(HEADER) |
|---|
| 301 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c tddis.c |
|---|
| 302 | |
|---|
| 303 | constants.o : constants.c miyata.h miyata5.h blosum.c DNA.h JTT.c $(HEADER) |
|---|
| 304 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c constants.c |
|---|
| 305 | |
|---|
| 306 | defs.o : defs.c |
|---|
| 307 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c defs.c |
|---|
| 308 | |
|---|
| 309 | #A+++alignmm.o : SA+++alignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 310 | # $(CC) $(MYCFLAGS) -c SA+++alignmm.c -o A+++alignmm.o |
|---|
| 311 | |
|---|
| 312 | Salignmm.o : Salignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 313 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Salignmm.c |
|---|
| 314 | |
|---|
| 315 | Halignmm.o : Halignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 316 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Halignmm.c |
|---|
| 317 | |
|---|
| 318 | Ralignmm.o : Ralignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 319 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Ralignmm.c |
|---|
| 320 | |
|---|
| 321 | Qalignmm.o : Qalignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 322 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Qalignmm.c |
|---|
| 323 | |
|---|
| 324 | MSalignmm.o : MSalignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 325 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c MSalignmm.c |
|---|
| 326 | |
|---|
| 327 | partSalignmm.o : partSalignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 328 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c partSalignmm.c |
|---|
| 329 | |
|---|
| 330 | partQalignmm.o : partQalignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 331 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c partQalignmm.c |
|---|
| 332 | |
|---|
| 333 | Lalign11.o : Lalign11.c $(HEADER) |
|---|
| 334 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Lalign11.c |
|---|
| 335 | |
|---|
| 336 | genalign11.o : genalign11.c $(HEADER) |
|---|
| 337 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c genalign11.c |
|---|
| 338 | |
|---|
| 339 | genGalign11.o : genGalign11.c $(HEADER) |
|---|
| 340 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c genGalign11.c |
|---|
| 341 | |
|---|
| 342 | suboptalign11.o : suboptalign11.c $(HEADER) |
|---|
| 343 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c suboptalign11.c |
|---|
| 344 | |
|---|
| 345 | Galign11.o : Galign11.c $(HEADER) |
|---|
| 346 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Galign11.c |
|---|
| 347 | |
|---|
| 348 | MSalign11.o : MSalign11.c $(HEADER) |
|---|
| 349 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c MSalign11.c |
|---|
| 350 | |
|---|
| 351 | SAalignmm.o : SAalignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 352 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c SAalignmm.c -o SAalignmm.o |
|---|
| 353 | |
|---|
| 354 | Lalignmm.o : Lalignmm.c $(HEADER) |
|---|
| 355 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Lalignmm.c |
|---|
| 356 | |
|---|
| 357 | rna.o : rna.c $(HEADER) |
|---|
| 358 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c rna.c |
|---|
| 359 | |
|---|
| 360 | disttbfast.o : disttbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 361 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c disttbfast.c |
|---|
| 362 | |
|---|
| 363 | splitfromaln.o : splitfromaln.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 364 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c splitfromaln.c |
|---|
| 365 | |
|---|
| 366 | splittbfast.o : splittbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 367 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c splittbfast.c |
|---|
| 368 | |
|---|
| 369 | splittbfast2.o : splittbfast2.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 370 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c splittbfast2.c |
|---|
| 371 | |
|---|
| 372 | makedirectionlist.o : makedirectionlist.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 373 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c makedirectionlist.c |
|---|
| 374 | |
|---|
| 375 | disttbfast_dummy.o : disttbfast_dummy.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 376 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c disttbfast_dummy.c |
|---|
| 377 | |
|---|
| 378 | dummy.o : dummy.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 379 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dummy.c |
|---|
| 380 | |
|---|
| 381 | tbfast.o : tbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 382 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c tbfast.c |
|---|
| 383 | |
|---|
| 384 | addsingle.o : addsingle.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 385 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c addsingle.c |
|---|
| 386 | |
|---|
| 387 | tbfast2.o : tbfast2.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 388 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c tbfast2.c |
|---|
| 389 | |
|---|
| 390 | setcore.o : setcore.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 391 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c setcore.c |
|---|
| 392 | |
|---|
| 393 | getlag.o : getlag.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 394 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c getlag.c |
|---|
| 395 | |
|---|
| 396 | tditr.o : tditr.c $(HEADER) |
|---|
| 397 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c tditr.c |
|---|
| 398 | |
|---|
| 399 | dvtditr.o : dvtditr.c $(HEADER) |
|---|
| 400 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dvtditr.c |
|---|
| 401 | |
|---|
| 402 | tditeration.o : tditeration.c $(HEADER) |
|---|
| 403 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c tditeration.c |
|---|
| 404 | |
|---|
| 405 | mafft-profile.o : mafft-profile.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 406 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c mafft-profile.c |
|---|
| 407 | |
|---|
| 408 | dndfast4.o : dndfast4.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 409 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast4.c |
|---|
| 410 | |
|---|
| 411 | dndfast5.o : dndfast5.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 412 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast5.c |
|---|
| 413 | |
|---|
| 414 | dndfast6.o : dndfast6.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 415 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast6.c |
|---|
| 416 | |
|---|
| 417 | dndfast7.o : dndfast7.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 418 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast7.c |
|---|
| 419 | |
|---|
| 420 | dndblast.o : dndblast.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 421 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndblast.c |
|---|
| 422 | |
|---|
| 423 | dndfast3.o : dndfast3.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 424 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast3.c |
|---|
| 425 | |
|---|
| 426 | dndpre.o : dndpre.c $(HEADER) |
|---|
| 427 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndpre.c |
|---|
| 428 | |
|---|
| 429 | countlen.o : countlen.c $(HEADER) |
|---|
| 430 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c countlen.c |
|---|
| 431 | |
|---|
| 432 | seq2regtable.o : seq2regtable.c $(HEADER) |
|---|
| 433 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c seq2regtable.c |
|---|
| 434 | |
|---|
| 435 | regtable2seq.o : regtable2seq.c $(HEADER) |
|---|
| 436 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c regtable2seq.c |
|---|
| 437 | |
|---|
| 438 | f2cl.o : f2cl.c $(HEADER) |
|---|
| 439 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c f2cl.c |
|---|
| 440 | |
|---|
| 441 | setdirection.o : setdirection.c $(HEADER) |
|---|
| 442 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c setdirection.c |
|---|
| 443 | |
|---|
| 444 | replaceu.o : replaceu.c $(HEADER) |
|---|
| 445 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c replaceu.c |
|---|
| 446 | |
|---|
| 447 | restoreu.o : restoreu.c $(HEADER) |
|---|
| 448 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c restoreu.c |
|---|
| 449 | |
|---|
| 450 | mccaskillwrap.o : mccaskillwrap.c $(HEADER) |
|---|
| 451 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c mccaskillwrap.c |
|---|
| 452 | |
|---|
| 453 | contrafoldwrap.o : contrafoldwrap.c $(HEADER) |
|---|
| 454 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c contrafoldwrap.c |
|---|
| 455 | |
|---|
| 456 | pairlocalalign.o : pairlocalalign.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 457 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c pairlocalalign.c |
|---|
| 458 | |
|---|
| 459 | pairash.o : pairash.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 460 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c pairash.c |
|---|
| 461 | |
|---|
| 462 | rnatest.o : rnatest.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 463 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c rnatest.c |
|---|
| 464 | |
|---|
| 465 | multi2hat3s.o : multi2hat3s.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 466 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c multi2hat3s.c |
|---|
| 467 | |
|---|
| 468 | pair2hat3s.o : pair2hat3s.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 469 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c pair2hat3s.c |
|---|
| 470 | |
|---|
| 471 | dndpre2.o : dndpre2.c $(HEADER) |
|---|
| 472 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndpre2.c |
|---|
| 473 | |
|---|
| 474 | io.o : io.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 475 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c io.c |
|---|
| 476 | |
|---|
| 477 | nj.o : nj.c $(HEADER) |
|---|
| 478 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c nj.c |
|---|
| 479 | |
|---|
| 480 | treeOperation.o : treeOperation.c $(HEADER) |
|---|
| 481 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c treeOperation.c |
|---|
| 482 | |
|---|
| 483 | sextet5.o : sextet5.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 484 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c sextet5.c |
|---|
| 485 | |
|---|
| 486 | mafft-distance.o : mafft-distance.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 487 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c mafft-distance.c |
|---|
| 488 | |
|---|
| 489 | triplet5.o : triplet5.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 490 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c triplet5.c |
|---|
| 491 | |
|---|
| 492 | triplet6.o : triplet6.c $(HEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 493 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c triplet6.c |
|---|
| 494 | |
|---|
| 495 | fft.o : fft.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 496 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c fft.c |
|---|
| 497 | |
|---|
| 498 | fftFunctions.o : fftFunctions.c $(HEADER) $(FFTHEADER) |
|---|
| 499 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c fftFunctions.c |
|---|
| 500 | |
|---|
| 501 | Falign.o : Falign.c $(HEADER) $(FFTHEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 502 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Falign.c |
|---|
| 503 | |
|---|
| 504 | Falign_localhom.o : Falign_localhom.c $(HEADER) $(FFTHEADER) $(MTXHEADER) |
|---|
| 505 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c Falign_localhom.c |
|---|
| 506 | |
|---|
| 507 | mtxutl.o : mtxutl.c |
|---|
| 508 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c mtxutl.c |
|---|
| 509 | |
|---|
| 510 | addfunctions.o : addfunctions.c $(HEADER) |
|---|
| 511 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c addfunctions.c |
|---|
| 512 | |
|---|
| 513 | score.o : score.c $(HEADER) |
|---|
| 514 | $(CC) $(MYCFLAGS) -c score.c |
|---|
| 515 | |
|---|
| 516 | clean : |
|---|
| 517 | rm -f *.o *.a *.exe *~ $(PROGS) $(SCRIPTS) |
|---|
| 518 | # rm -f ../binaries/* ../scripts/* |
|---|
| 519 | |
|---|
| 520 | install : all |
|---|
| 521 | mkdir -p $(LIBDIR) |
|---|
| 522 | chmod 755 $(LIBDIR) |
|---|
| 523 | mkdir -p $(BINDIR) |
|---|
| 524 | chmod 755 $(BINDIR) |
|---|
| 525 | chmod 755 $(SCRIPTS) |
|---|
| 526 | $(INSTALL) $(SCRIPTS) $(BINDIR) |
|---|
| 527 | chmod 755 $(PROGS) |
|---|
| 528 | $(INSTALL) -s $(PROGS) $(LIBDIR) |
|---|
| 529 | |
|---|
| 530 | ( cd $(BINDIR); \ |
|---|
| 531 | rm -f linsi ginsi einsi fftns fftnsi nwns nwnsi xinsi qinsi; \ |
|---|
| 532 | rm -f mafft-linsi mafft-ginsi mafft-einsi mafft-fftns mafft-fftnsi mafft-nwns mafft-nwnsi mafft-xinsi mafft-qinsi; \ |
|---|
| 533 | ln -s mafft linsi; ln -s mafft ginsi; ln -s mafft fftns; \ |
|---|
| 534 | ln -s mafft fftnsi; ln -s mafft nwns; ln -s mafft nwnsi; \ |
|---|
| 535 | ln -s mafft einsi; \ |
|---|
| 536 | ln -s mafft mafft-linsi; ln -s mafft mafft-ginsi; ln -s mafft mafft-fftns; \ |
|---|
| 537 | ln -s mafft mafft-fftnsi; ln -s mafft mafft-nwns; ln -s mafft mafft-nwnsi; \ |
|---|
| 538 | ln -s mafft mafft-einsi; ln -s mafft mafft-xinsi; ln -s mafft mafft-qinsi;\ |
|---|
| 539 | rm -f mafft-profile mafft-profile.exe; ln -s $(LIBDIR)/mafft-profile .; \ |
|---|
| 540 | rm -f mafft-distance mafft-distance.exe; ln -s $(LIBDIR)/mafft-distance . ) |
|---|
