source: branches/stable/GDE/MUSCLE/src/blosum62.cpp

Last change on this file was 10390, checked in by aboeckma, 11 years ago

added muscle sourcles amd makefile
File size: 2.0 KB
Line 
1#include "muscle.h"
2
3int BLOSUM62[20][20] =
4    {
5//    A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
6    { 4,  0, -2, -1, -2,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1,  1,  0,  0, -3, -2},  // A
7    { 0,  9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -3, -1, -1, -3, -3, -3, -3, -1, -1, -1, -2, -2},  // C
8    {-2, -3,  6,  2, -3, -1, -1, -3, -1, -4, -3,  1, -1,  0, -2,  0, -1, -3, -4, -3},  // D
9    {-1, -4,  2,  5, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -2,  0, -1,  2,  0,  0, -1, -2, -3, -2},  // E
10    {-2, -2, -3, -3,  6, -3, -1,  0, -3,  0,  0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1,  1,  3},  // F
11    { 0, -3, -1, -2, -3,  6, -2, -4, -2, -4, -3,  0, -2, -2, -2,  0, -2, -3, -2, -3},  // G
12    {-2, -3, -1,  0, -1, -2,  8, -3, -1, -3, -2,  1, -2,  0,  0, -1, -2, -3, -2,  2},  // H
13    {-1, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4, -3,  2,  1, -3, -3, -3, -3, -2, -1,  3, -3, -1},  // I
14    {-1, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5, -2, -1,  0, -1,  1,  2,  0, -1, -2, -3, -2},  // K
15    {-1, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  4,  2, -3, -3, -2, -2, -2, -1,  1, -2, -1},  // L
16    {-1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  5, -2, -2,  0, -1, -1, -1,  1, -1, -1},  // M
17    {-2, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  6, -2,  0,  0,  1,  0, -3, -4, -2},  // N
18    {-1, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  7, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -3},  // P
19    {-1, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  5,  1,  0, -1, -2, -2, -1},  // Q
20    {-1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  5, -1, -1, -3, -3, -2},  // R
21    { 1, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  4,  1, -2, -3, -2},  // S
22    { 0, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,  0, -2, -2},  // T
23    { 0, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  4, -3, -1},  // V
24    {-3, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11,  2},  // W
25    {-2, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2,  7},  // Y
26    };
27
28double BLOSUM62_Expected = -0.5209;
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.