source: branches/stable/GDE/MUSCLE/src/params.h

Last change on this file was 10390, checked in by aboeckma, 12 years ago

added muscle sourcles amd makefile
File size: 2.9 KB
Line 
1#ifndef params_h
2#define params_h
3
4extern const char *g_pstrInFileName;
5extern const char *g_pstrOutFileName;
6
7extern const char *g_pstrFASTAOutFileName;
8extern const char *g_pstrMSFOutFileName;
9extern const char *g_pstrClwOutFileName;
10extern const char *g_pstrClwStrictOutFileName;
11extern const char *g_pstrHTMLOutFileName;
12extern const char *g_pstrPHYIOutFileName;
13extern const char *g_pstrPHYSOutFileName;
14extern const char *g_pstrDistMxFileName1;
15extern const char *g_pstrDistMxFileName2;
16
17extern const char *g_pstrFileName1;
18extern const char *g_pstrFileName2;
19
20extern const char *g_pstrSPFileName;
21extern const char *g_pstrMatrixFileName;
22
23extern const char *g_pstrUseTreeFileName;
24extern bool g_bUseTreeNoWarn;
25
26extern const char *g_pstrComputeWeightsFileName;
27extern const char *g_pstrScoreFileName;
28
29extern SCORE g_scoreGapOpen;
30extern SCORE g_scoreCenter;
31extern SCORE g_scoreGapExtend;
32extern SCORE g_scoreGapAmbig;
33
34#if     DOUBLE_AFFINE
35extern SCORE g_scoreGapOpen2;
36extern SCORE g_scoreGapExtend2;
37#endif
38
39extern unsigned g_uSmoothWindowLength;
40extern unsigned g_uAnchorSpacing;
41extern unsigned g_uMaxTreeRefineIters;
42
43extern unsigned g_uMinDiagLength;
44extern unsigned g_uMaxDiagBreak;
45extern unsigned g_uDiagMargin;
46
47extern unsigned g_uRefineWindow;
48extern unsigned g_uWindowFrom;
49extern unsigned g_uWindowTo;
50extern unsigned g_uSaveWindow;
51extern unsigned g_uWindowOffset;
52
53extern unsigned g_uMaxSubFamCount;
54
55extern unsigned g_uHydrophobicRunLength;
56extern float g_dHydroFactor;
57
58extern float g_dSmoothScoreCeil;
59extern float g_dMinBestColScore;
60extern float g_dMinSmoothScore;
61extern float g_dSUEFF;
62
63extern bool g_bPrecompiledCenter;
64extern bool g_bNormalizeCounts;
65extern bool g_bDiags1;
66extern bool g_bDiags2;
67extern bool g_bDiags;
68extern bool g_bAnchors;
69extern bool g_bCatchExceptions;
70
71extern bool g_bMSF;
72extern bool g_bAln;
73extern bool g_bClwStrict;
74extern bool g_bHTML;
75extern bool g_bPHYI;
76extern bool g_bPHYS;
77
78extern bool g_bQuiet;
79extern bool g_bVerbose;
80extern bool g_bRefine;
81extern bool g_bRefineW;
82extern bool g_bRefineX;
83extern bool g_bLow;
84extern bool g_bSW;
85extern bool g_bClusterOnly;
86extern bool g_bProfile;
87extern bool g_bProfDB;
88extern bool g_bPPScore;
89extern bool g_bBrenner;
90extern bool g_bDimer;
91extern bool g_bVersion;
92extern bool g_bStable;
93extern bool g_bFASTA;
94extern bool g_bPAS;
95extern bool g_bTomHydro;
96extern bool g_bMakeTree;
97
98extern PPSCORE g_PPScore;
99extern OBJSCORE g_ObjScore;
100
101extern DISTANCE g_Distance1;
102extern CLUSTER g_Cluster1;
103extern ROOT g_Root1;
104extern SEQWEIGHT g_SeqWeight1;
105
106extern DISTANCE g_Distance2;
107extern CLUSTER g_Cluster2;
108extern ROOT g_Root2;
109extern SEQWEIGHT g_SeqWeight2;
110
111extern unsigned g_uMaxIters;
112extern unsigned long g_ulMaxSecs;
113extern unsigned g_uMaxMB;
114
115extern SEQTYPE g_SeqType;
116extern TERMGAPS g_TermGaps;
117
118#endif // params_h
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.