source: branches/stable/MULTI_PROBE/MP_Window.cxx

Last change on this file was 17396, checked in by westram, 6 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 30.3 KB
Line 
1// ================================================================ //
2//                                                                  //
3//   File      : MP_Window.cxx                                      //
4//   Purpose   :                                                    //
5//                                                                  //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)        //
7//   http://www.arb-home.de/                                        //
8//                                                                  //
9// ================================================================ //
10
11#include "MP_externs.hxx"
12#include "MultiProbe.hxx"
13#include "mp_proto.hxx"
14
15#include <awt_sel_boxes.hxx>
16#include <awt_modules.hxx>
17#include <aw_select.hxx>
18#include <aw_file.hxx>
19#include <aw_msg.hxx>
20#include <aw_root.hxx>
21#include <aw_awar_defs.hxx>
22
23#include <arb_strarray.h>
24#include <arb_defs.h>
25#include <arb_strbuf.h>
26#include <arbdbt.h>
27#include <ad_cb.h>
28#include <RegExpr.hxx>
29
30// **************************************************************************
31
32struct mp_gl_struct mp_pd_gl; // global link
33
34AW_selection_list *selected_list;
35AW_selection_list *result_probes_list;
36
37static AW_selection_list *probelist;
38
39
40AW_window_simple *MP_Window::create_result_window(AW_root *aw_root) {
41    if (!result_window) {
42        result_window = new AW_window_simple;
43        result_window->init(aw_root, "MULTIPROBE_RESULTS", "MultiProbe combination results");
44        result_window->load_xfig("mp_results.fig");
45
46        result_window->auto_space(5, 5);
47       
48        result_window->button_length(7);
49        result_window->at("close");
50        result_window->callback(AW_POPDOWN);
51        result_window->create_button("CLOSE", "CLOSE");
52
53        result_window->at("Help");
54        result_window->callback(makeHelpCallback("multiproberesults.hlp"));
55        result_window->create_button("HELP", "HELP");
56
57        result_window->at("Comment");
58        result_window->callback(makeWindowCallback(MP_Comment, (const char *)NULp));
59        result_window->create_input_field(MP_AWAR_RESULTPROBESCOMMENT);
60
61        result_window->at("box");
62        aw_root->awar(MP_AWAR_RESULTPROBES)->add_callback(MP_result_combination_chosen);
63        result_probes_list = result_window->create_selection_list(MP_AWAR_RESULTPROBES, true);
64        result_probes_list->set_file_suffix("mpr");
65        result_probes_list->insert_default("", "");
66
67        const StorableSelectionList *storable_probes_list = new StorableSelectionList(TypedSelectionList("mpr", result_probes_list, "multiprobes", "multi_probes"));
68
69        result_window->at("buttons");
70        result_window->callback(makeCreateWindowCallback(create_load_box_for_selection_lists, storable_probes_list));
71        result_window->create_button("LOAD_RPL", "LOAD");
72
73        result_window->callback(makeCreateWindowCallback(create_save_box_for_selection_lists, storable_probes_list));
74        result_window->create_button("SAVE_RPL", "SAVE");
75
76        result_window->callback(makeWindowCallback(awt_clear_selection_list_cb, result_probes_list));
77        result_window->create_button("CLEAR", "CLEAR");
78
79        result_window->callback(makeWindowCallback(MP_delete_selected, result_probes_list));
80        result_window->create_button("DELETE", "DELETE");
81
82        // change comment :
83
84        result_window->button_length(8);
85
86        result_window->at("comment");
87        result_window->callback(makeWindowCallback(MP_Comment, "Bad"));
88        result_window->create_button("MARK_AS_BAD", "BAD");
89
90        result_window->callback(makeWindowCallback(MP_Comment, "???"));
91        result_window->create_button("MARK_AS_GOOD", "???");
92
93        result_window->callback(makeWindowCallback(MP_Comment, "Good"));
94        result_window->create_button("MARK_AS_BEST", "Good");
95
96        result_window->at("auto");
97        result_window->create_toggle(MP_AWAR_AUTOADVANCE);
98
99        // tree actions :
100
101        result_window->button_length(3);
102
103        result_window->at("ct_back");
104        result_window->callback(makeWindowCallback(MP_show_probes_in_tree_move, true, result_probes_list));
105        result_window->create_button("COLOR_TREE_BACKWARD", "#rightleft_small.xpm");
106
107        result_window->at("ct_fwd");
108        result_window->callback(makeWindowCallback(MP_show_probes_in_tree_move, false, result_probes_list));
109        result_window->create_button("COLOR_TREE_FORWARD", "#leftright_small.xpm");
110
111        result_window->button_length(8);
112
113        result_window->at("ColorTree");
114        result_window->button_length(4);
115        result_window->callback(MP_show_probes_in_tree);
116        result_window->create_button("COLOR_TREE", "GO");
117
118        result_window->at("MarkTree");
119        result_window->callback(MP_mark_probes_in_tree);
120        result_window->create_button("MARK_TREE", "GO");
121
122        result_window->at("GroupAll");
123        result_window->callback(MP_group_all_except_marked);
124        result_window->create_button("GROUP_UNMARKED", "GO");
125
126        result_window->at("StandardColor");
127        result_window->callback(MP_normal_colors_in_tree);
128        result_window->create_button("RESET_COLORS", "GO");
129    }
130    return result_window;
131}
132
133// --------------------------------------------------------------------------------
134// Format of probe-list for multi-probes:
135//
136// The saved format is identical to the internal format (of sellist entries; where value always equals displayed!)
137//     "quality#singlemismatch#ecolipos#target"
138//
139// When loading input probes, several other formats are accepted:
140//
141//     "quality,singlemismatch#ecolipos#probe"                      (old save format)
142//     "target le pos apos ecol grps GC 4gc2at probe | ..."         (save of probe design; old format)
143//     "target le pos apos ecol grps GC 4gc2at probe | ...,target"  (save of probe design)
144//
145// above
146//   'target' is the target-string of the 'probe'. Internally MP works with target strings,
147//   so when loading the old save-format, 'probe' gets reverse-complemented into 'target'
148
149
150#define SPACED(expr) "[[:space:]]*" expr "[[:space:]]*"
151
152inline char *gen_display(int quality, int singleMis, int ecoliPos, const char *probe) {
153    return GBS_global_string_copy("%i#%i#%5i#%s", quality, singleMis, ecoliPos, probe);
154}
155
156static GB_ERROR mp_list2file(const CharPtrArray& display, const CharPtrArray& value, StrArray& line) {
157    GB_ERROR error = NULp;
158
159    if (value.empty()) error = "nothing to save";
160
161    for (size_t i = 0; i<display.size() && !error; ++i) {
162        line.put(ARB_strdup(display[i]));
163    }
164
165    return error;
166}
167
168static char T_or_U_for_load = 0;
169
170static GB_ERROR mp_file2list(const CharPtrArray& line, StrArray& display, StrArray& value) {
171    GB_ERROR error = NULp;
172
173    if (line.empty()) error = "empty file";
174
175    // detect format
176    if (!error) {
177        // 1. try to read probes saved from multiprobes inputlist
178        RegExpr reg_saved("^" SPACED("([0-9]+)") "([,#])" SPACED("([0-9])+") "#" SPACED("([0-9]+)") "#" SPACED("([A-Z]+)") "$", true);
179        bool    isSavedFormat = true;
180
181        for (size_t i = 0; i<line.size() && isSavedFormat; ++i) {
182            const RegMatch *match = reg_saved.match(line[i]);
183            if (!match || reg_saved.subexpr_count() != 5) {
184                isSavedFormat = false;
185                if (reg_saved.has_failed()) aw_message(reg_saved.get_error());
186            }
187            else {
188                char T_or_U = T_or_U_for_load ? T_or_U_for_load : 'U';
189
190                std::string sep = reg_saved.subexpr_match(2)->extract(line[i]);
191
192                int quality   = atoi(reg_saved.subexpr_match(1)->extract(line[i]).c_str());
193                int singlemis = atoi(reg_saved.subexpr_match(3)->extract(line[i]).c_str());
194                int ecoli     = atoi(reg_saved.subexpr_match(4)->extract(line[i]).c_str());
195
196                std::string probe = reg_saved.subexpr_match(5)->extract(line[i]);
197
198                if (sep[0] == ',') { // old format (saved probe instead of probe-target)
199                    size_t  plen   = probe.length();
200                    char   *dprobe = ARB_strndup(probe.c_str(), plen);
201
202                    GBT_reverseComplementNucSequence(dprobe, plen, T_or_U);
203                    probe = dprobe;
204                    free(dprobe);
205                }
206
207                char *entry = gen_display(quality, singlemis, ecoli, probe.c_str());
208                display.put(entry); // transfers ownership - dont free!
209                value.put(ARB_strdup(entry));
210            }
211        }
212
213        if (!isSavedFormat) {
214            // delete attempt to read saved format:
215            display.clear();
216            value.clear();
217
218            // try to read designed list
219            RegExpr reg_designed("^([A-Z]+)"            // subexpr #1 (target)
220                                 "[[:space:]]+[0-9]+"
221                                 "[[:space:]]+[A-Z][=+-]"
222                                 "[[:space:]]*[0-9]+"
223                                 "[[:space:]]+([0-9]+)" // subexpr #2 (ecoli pos)
224                                 "([[:space:]]+[0-9]+){1,2}" // accept with and without quality entry
225                                 "([[:space:]]+[0-9.]+){2}"
226                                 "[[:space:]]+[A-Z]+"
227                                 "[[:space:]]+[|]", true);
228
229            for (size_t i = 0; i<line.size() && !error; ++i) {
230                char *probe       = NULp;
231                char *description = NULp;
232                bool  new_format  = false;
233
234                const char *comma = strchr(line[i], ',');
235                if (comma) {
236                    description = ARB_strpartdup(line[i], comma-1);
237
238                    const char *cprobe = comma+1;
239                    while (cprobe[0] == ' ') ++cprobe;
240                    probe = ARB_strdup(cprobe);
241                   
242                    new_format = true;
243                }
244                else {
245                    description = ARB_strdup(line[i]);
246                }
247
248                const RegMatch *match = reg_designed.match(description);
249                if (match) { // line from probe design (old + new format)
250                    mp_assert(match->didMatch());
251
252                    match = reg_designed.subexpr_match(1);
253                    mp_assert(match->didMatch());
254                    std::string parsed_probe = match->extract(description);
255
256                    if (new_format) { // already got probe value -> compare
257                        if (strcmp(probe, parsed_probe.c_str()) != 0) {
258                            error = GBS_global_string("probe string mismatch (probe='%s', parsed_probe='%s', parsed from='%s')",
259                                                      probe, parsed_probe.c_str(), line[i]);
260                        }
261                    }
262                    else {
263                        probe = ARB_strdup(parsed_probe.c_str());
264                    }
265
266                    if (!error) {
267                        int quality, ecoli;
268                       
269                        match   = reg_designed.subexpr_match(2);
270                        mp_assert(match->didMatch());
271                        ecoli   = atoi(match->extract(description).c_str());
272                        quality = 3;
273
274                        char *entry = gen_display(quality, 0, ecoli, probe);
275                        display.put(entry); // transfers ownership - dont free!
276                        value.put(ARB_strdup(entry));
277                    }
278                }
279                else {
280                    if (reg_designed.has_failed()) aw_message(reg_designed.get_error());
281                    if (new_format && probe[0]) {
282                        error = GBS_global_string("can't parse line '%s'", line[i]);
283                    }
284                    // (when loading old format -> silently ignore non-matching lines)
285                }
286
287                free(probe);
288                free(description);
289            }
290        }
291    }
292
293    return error;
294}
295
296static void track_ali_change_cb(AW_root*, GBDATA *gb_main) {
297    GB_transaction     ta(gb_main);
298    char              *aliname = GBT_get_default_alignment(gb_main);
299    GB_alignment_type  alitype = GBT_get_alignment_type(gb_main, aliname);
300
301    GBT_determine_T_or_U(alitype, &T_or_U_for_load, "reverse-complement"); // T_or_U_for_load is set to 0 in error-case
302    GB_clear_error();
303
304    free(aliname);
305}
306
307static void MP_collect_probes(AW_window*, awt_collect_mode mode) {
308    switch (mode) {
309        case ACM_ADD:
310            if (!probelist->default_is_selected()) {
311                int                        idx = probelist->get_index_of_selected();
312                AW_selection_list_iterator sel(probelist, idx);
313                selected_list->insert(sel.get_displayed(), *sel.get_value());
314                MP_delete_selected(NULp, probelist);
315            }
316            break;
317
318        case ACM_REMOVE:
319            if (!selected_list->default_is_selected()) {
320                int                        idx = selected_list->get_index_of_selected();
321                AW_selection_list_iterator sel(selected_list, idx);
322                probelist->insert(sel.get_displayed(), *sel.get_value());
323                MP_delete_selected(NULp, selected_list);
324            }
325            break;
326           
327        case ACM_FILL:
328            probelist->move_content_to(selected_list);
329            break;
330
331        case ACM_EMPTY:
332            selected_list->move_content_to(probelist);
333            break;
334    }
335
336    selected_list->sort(false, true);
337
338    probelist->update();
339    selected_list->update();
340}
341
342MP_Window::MP_Window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
343    int max_seq_col = 35;
344    int max_seq_hgt = 15;
345
346#if defined(DEBUG)
347    static bool initialized = false;
348    mp_assert(!initialized); // this function may only be called once!
349    initialized             = true;
350#endif
351
352    aw_root->awar(AWAR_DEFAULT_ALIGNMENT)->add_callback(makeRootCallback(track_ali_change_cb, gb_main));
353    track_ali_change_cb(aw_root, gb_main);
354
355    result_window = NULp;
356
357    aws = new AW_window_simple;
358    aws->init(aw_root, "MULTIPROBE", "MULTI_PROBE");
359    aws->load_xfig("multiprobe.fig");
360
361    aws->at("close");
362    aws->callback(MP_close_main);
363    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE");
364
365    aws->at("help");
366    aws->callback(makeHelpCallback("multiprobe.hlp"));
367    aws->create_button("HELP", "HELP");
368
369    aws->button_length(7);
370    aws->at("Selectedprobes");
371    aw_root->awar(MP_AWAR_SELECTEDPROBES)->add_callback(MP_selected_chosen);
372    selected_list = aws->create_selection_list(MP_AWAR_SELECTEDPROBES, max_seq_col, max_seq_hgt, true);
373
374    const StorableSelectionList *storable_selected_list = new StorableSelectionList(TypedSelectionList("prb", selected_list, "probes", "selected_probes"), mp_list2file, mp_file2list);
375
376    selected_list->insert_default("", "");
377
378    aws->at("Probelist");
379    probelist = aws->create_selection_list(MP_AWAR_PROBELIST, true);
380    const StorableSelectionList *storable_probelist = new StorableSelectionList(TypedSelectionList("prb", probelist, "probes", "all_probes"), mp_list2file, mp_file2list);
381    probelist->insert_default("", "");
382
383    aws->at("collect");
384    awt_create_collect_buttons(aws, true, MP_collect_probes);
385   
386    aws->auto_space(5, 5);
387    aws->button_length(7);
388
389    for (int rightSide = 0; rightSide <= 1; ++rightSide) {
390        const StorableSelectionList *storableList = rightSide ? storable_selected_list : storable_probelist;
391        const char                  *id_suffix    = rightSide ? "SELECTED_PROBES" : "PROBES";
392
393        AW_selection_list *sellist = storableList->get_typedsellist().get_sellist();
394
395        aws->at(rightSide ? "RightButtons" : "LeftButtons");
396
397        aws->callback(makeCreateWindowCallback(create_load_box_for_selection_lists, storableList));
398        aws->create_button(GBS_global_string("LOAD_%s", id_suffix), "LOAD");
399
400        aws->callback(makeCreateWindowCallback(create_save_box_for_selection_lists, storableList));
401        aws->create_button(GBS_global_string("SAVE_%s", id_suffix), "SAVE");
402
403        aws->callback(makeWindowCallback(awt_clear_selection_list_cb, sellist));
404        aws->create_button(GBS_global_string("CLEAR_%s", id_suffix), "CLEAR");
405
406        aws->callback(makeWindowCallback(MP_delete_selected, sellist));
407        aws->create_button(GBS_global_string("DELETE_%s", id_suffix), "DELETE");
408    }
409
410    aws->at("Quality");
411    aws->callback(MP_cache_sonden); // @@@ used as OPTIONMENU_SELECT_CB (see #559)
412    aws->create_option_menu(MP_AWAR_QUALITY, true);
413    aws->insert_option("High Priority", "", 5);
414    aws->insert_option("       4", "", 4);
415    aws->insert_option("Normal 3", "", 3);
416    aws->insert_option("       2", "", 2);
417    aws->insert_option("Low Prio. 1", "", 1);
418    aws->update_option_menu();
419
420    aws->at("add");
421    aws->callback(MP_new_sequence);
422    aws->create_autosize_button("ADD_PROBE", "ADD");
423    aws->at("seqin");
424    aws->create_input_field(MP_AWAR_SEQIN, 25);
425
426    // --------------------------------
427    //      multi probe parameters
428
429    aws->at("PTServer");
430    awt_create_PTSERVER_selection_button(aws, MP_AWAR_PTSERVER);
431    aw_root->awar(MP_AWAR_PTSERVER)->add_callback(MP_cache_sonden2); // remove cached probes when changing pt-server
432
433    aws->at("NoOfProbes");
434    aws->create_option_menu(MP_AWAR_NOOFPROBES, true);
435    aws->callback(MP_cache_sonden); // @@@ used as OPTIONMENU_SELECT_CB (see #559)
436    aws->insert_option("Compute  1 probe ", "", 1);
437    char str[50];
438    for (int i=2; i<=MAXPROBECOMBIS; i++) {
439        sprintf(str, "%2d-probe-combinations", i);
440        aws->insert_option(str, "", i);
441    }
442    aws->update_option_menu();
443
444    aws->button_length(10);
445    aws->at("Compute");
446    aws->callback(makeWindowCallback(MP_compute, gb_main));
447    aws->highlight();
448    aws->help_text("Compute possible Solutions");
449    aws->create_button("GO", "GO");
450
451    aws->button_length(20);
452    aws->at("Results");
453    aws->callback(MP_popup_result_window);
454    aws->create_button("OPEN_RESULT_WIN", "Open result window");
455
456    aws->at("Komplement");
457    aws->callback(MP_cache_sonden); // @@@ used as TOGGLE_CLICK_CB (see #559)
458    aws->create_toggle(MP_AWAR_COMPLEMENT);
459
460    aws->at("WeightedMismatches");
461    aws->callback(MP_cache_sonden); // @@@ used as TOGGLE_CLICK_CB (see #559)
462    aws->create_toggle(MP_AWAR_WEIGHTEDMISMATCHES);
463
464    // max non group hits
465    aws->at("Border1");
466    aws->callback(MP_cache_sonden); // @@@ used as INPUTFIELD_CB (see #559)
467    aws->create_input_field(MP_AWAR_QUALITYBORDER1, 6);
468
469    aws->at("OutsideMismatches");
470    aws->callback(MP_cache_sonden); // @@@ used as OPTIONMENU_SELECT_CB (see #559)
471    aws->create_option_menu(MP_AWAR_OUTSIDEMISMATCHES, true);
472    aws->insert_option("3.0", "", (float)3.0);
473    aws->insert_option("2.5", "", (float)2.5);
474    aws->insert_option("2.0", "", (float)2.0);
475    aws->insert_option("1.5", "", (float)1.5);
476    aws->insert_option("1.0", "", (float)1.0);
477    aws->update_option_menu();
478
479    // max mismatches for group
480    aws->at("Greyzone");
481    aws->callback(MP_cache_sonden); // @@@ used as OPTIONMENU_SELECT_CB (see #559)
482    aws->create_option_menu(MP_AWAR_GREYZONE, true);
483    aws->insert_default_option("0.0", "", (float)0.0);
484    for (float lauf=0.1; lauf<(float)1.0; lauf+=0.1) {
485        char strs[20];
486        sprintf(strs, "%.1f", lauf);
487        aws->insert_option(strs, "", lauf);
488    }
489    aws->update_option_menu();
490
491}
492
493
494MP_Window::~MP_Window() {
495    if (result_window)  result_window->hide();
496    if (aws)            aws->hide();
497
498    delete result_window;
499    delete aws;
500}
501
502// --------------------------------------------------------------------------------
503
504#ifdef UNIT_TESTS
505#ifndef TEST_UNIT_H
506#include <test_unit.h>
507#endif
508#include <command_output.h>
509
510inline void array2cpa(const char **content, int count, ConstStrArray& array) {
511    array.erase();
512    for (int i = 0; i<count; ++i) {
513        array.put(content[i]);
514    }
515}
516
517inline char *array2string(const CharPtrArray& array) {
518    GBS_strstruct out(1000);
519
520    for (size_t i = 0; i<array.size(); ++i) {
521        out.cat(array[i]);
522        out.put('\n');
523    }
524
525    return out.release();
526}
527
528static arb_test::match_expectation inputConvertsInto(const char *input, const char *expected_result) {
529    ConstStrArray lines;
530    GBT_split_string(lines, input, "\n", true);
531
532    using namespace   arb_test;
533    expectation_group expected;
534
535    StrArray display, value;
536    expected.add(doesnt_report_error(mp_file2list(lines, display, value)));
537
538    char *displ_as_string = array2string(display);
539    char *value_as_string = array2string(value);
540
541    expected.add(that(displ_as_string).is_equal_to(expected_result));
542    expected.add(that(value_as_string).is_equal_to(expected_result));
543
544    free(value_as_string);
545    free(displ_as_string);
546
547    return all().ofgroup(expected);
548}
549
550#define TEST_EXPECT_LOADS_INTO_MULTIPROBE_AS(input,expected)         TEST_EXPECTATION(inputConvertsInto(input, expected))
551#define TEST_EXPECT_LOADS_INTO_MULTIPROBE_AS__BROKEN(input,expected) TEST_EXPECTATION__BROKEN(inputConvertsInto(input, expected))
552
553void TEST_load_probe_design_results() {
554    {
555        const char *expected =
556            "3#0#  521#GCAGCCGCGGUAAUACGG\n"
557            "3#0#  510#ACUCCGUGCCAGCAGCCG\n"
558            "3#0#  511#CUCCGUGCCAGCAGCCGC\n"
559            "3#0#  512#UCCGUGCCAGCAGCCGCG\n"
560            "3#0#  513#CCGUGCCAGCAGCCGCGG\n"
561            "3#0#  509#AACUCCGUGCCAGCAGCC\n";
562
563        const char *old_probeDesignSave =
564            "Probe design Parameters:\n"
565            "Length of probe      18\n"
566            "Temperature        [30.0 -100.0]\n"
567            "GC-Content         [50.0 -100.0]\n"
568            "E.Coli Position    [any]\n"
569            "Max Non Group Hits     0\n"
570            "Min Group Hits        50%\n"
571            "Target             le     apos ecol grps  G+C 4GC+2AT Probe sequence     | Decrease T by n*.3C -> probe matches n non group species\n"
572            "GCAGCCGCGGUAAUACGG 18 A=  4398  521   23 66.7 60.0    CCGUAUUACCGCGGCUGC |  0;  0;  0;  0;  0;  0;  0;  0; 35; 35; 35; 38; 74; 74; 74; 77;113;113;113;148;\n"
573            "ACUCCGUGCCAGCAGCCG 18 B=  3852  510   23 72.2 62.0    CGGCUGCUGGCACGGAGU |  0;  0;  0;  0;  0; 40; 40; 40; 80; 80; 80; 80;120;120;120;200;200;200;200;201;\n"
574            "CUCCGUGCCAGCAGCCGC 18 B+     4  511   23 77.8 64.0    GCGGCUGCUGGCACGGAG |  0;  0;  0;  0;  0; 40; 40; 40; 40; 80; 80; 80;160;160;160;160;201;201;201;201;\n"
575            "UCCGUGCCAGCAGCCGCG 18 B+     7  512   23 77.8 64.0    CGCGGCUGCUGGCACGGA |  0;  0;  0;  0;  0; 40; 40; 40;120;120;120;120;160;160;161;201;201;201;202;202;\n"
576            "CCGUGCCAGCAGCCGCGG 18 B+     9  513   23 83.3 66.0    CCGCGGCUGCUGGCACGG |  0;  0;  0;  0;  0; 80; 80; 80; 80;120;120;121;161;161;161;162;203;203;204;204;\n"
577            "AACUCCGUGCCAGCAGCC 18 B-     1  509   22 66.7 60.0    GGCUGCUGGCACGGAGUU |  0;  0;  0;  0;  0; 40; 40; 40; 80; 80; 80;120;120;120;120;160;160;160;240;240;\n";
578
579        TEST_EXPECT_LOADS_INTO_MULTIPROBE_AS(old_probeDesignSave, expected);
580
581
582        const char *old_multiprobeInputSave = // old multi-probe saved probe (i.e. not target) sequences -> load shall correct that
583            "3,0#   521#CCGUAUUACCGCGGCUGC\n"
584            "3,0#   510#CGGCUGCUGGCACGGAGU\n"
585            "3,0#   511#GCGGCUGCUGGCACGGAG\n"
586            "3,0#   512#CGCGGCUGCUGGCACGGA\n"
587            "3,0#   513#CCGCGGCUGCUGGCACGG\n"
588            "3,0#   509#GGCUGCUGGCACGGAGUU\n";
589
590        {
591            LocallyModify<char> TorU(T_or_U_for_load, 'U');
592            TEST_EXPECT_LOADS_INTO_MULTIPROBE_AS(old_multiprobeInputSave, expected);
593        }
594
595        const char *new_probeDesignSave_v1 =
596            "Probe design Parameters:,\n"
597            "Length of probe      18,\n"
598            "Temperature        [30.0 -100.0],\n"
599            "GC-Content         [50.0 -100.0],\n"
600            "E.Coli Position    [any],\n"
601            "Max Non Group Hits     0,\n"
602            "Min Group Hits        50%,\n"
603            "Target             le     apos ecol grps  G+C 4GC+2AT Probe sequence     | Decrease T by n*.3C -> probe matches n non group species,\n"
604            "GCAGCCGCGGUAAUACGG 18 A=  4398  521   23 66.7 60.0    CCGUAUUACCGCGGCUGC |  0;  0;  0;  0;  0;  0;  0;  0; 35; 35; 35; 38; 74; 74; 74; 77;113;113;113;148;,GCAGCCGCGGUAAUACGG\n"
605            "ACUCCGUGCCAGCAGCCG 18 B=  3852  510   23 72.2 62.0    CGGCUGCUGGCACGGAGU |  0;  0;  0;  0;  0; 40; 40; 40; 80; 80; 80; 80;120;120;120;200;200;200;200;201;,ACUCCGUGCCAGCAGCCG\n"
606            "CUCCGUGCCAGCAGCCGC 18 B+     4  511   23 77.8 64.0    GCGGCUGCUGGCACGGAG |  0;  0;  0;  0;  0; 40; 40; 40; 40; 80; 80; 80;160;160;160;160;201;201;201;201;,CUCCGUGCCAGCAGCCGC\n"
607            "UCCGUGCCAGCAGCCGCG 18 B+     7  512   23 77.8 64.0    CGCGGCUGCUGGCACGGA |  0;  0;  0;  0;  0; 40; 40; 40;120;120;120;120;160;160;161;201;201;201;202;202;,UCCGUGCCAGCAGCCGCG\n"
608            "CCGUGCCAGCAGCCGCGG 18 B+     9  513   23 83.3 66.0    CCGCGGCUGCUGGCACGG |  0;  0;  0;  0;  0; 80; 80; 80; 80;120;120;121;161;161;161;162;203;203;204;204;,CCGUGCCAGCAGCCGCGG\n"
609            "AACUCCGUGCCAGCAGCC 18 B-     1  509   22 66.7 60.0    GGCUGCUGGCACGGAGUU |  0;  0;  0;  0;  0; 40; 40; 40; 80; 80; 80;120;120;120;120;160;160;160;240;240;,AACUCCGUGCCAGCAGCC\n";
610
611        TEST_EXPECT_LOADS_INTO_MULTIPROBE_AS(new_probeDesignSave_v1, expected);
612
613
614        const char *new_multiprobeInputSave =
615            "3#0#  521#GCAGCCGCGGUAAUACGG\n"
616            "3#0#  510#ACUCCGUGCCAGCAGCCG\n"
617            "3#0#  511#CUCCGUGCCAGCAGCCGC\n"
618            "3#0#  512#UCCGUGCCAGCAGCCGCG\n"
619            "3#0#  513#CCGUGCCAGCAGCCGCGG\n"
620            "3#0#  509#AACUCCGUGCCAGCAGCC\n";
621
622        TEST_EXPECT_LOADS_INTO_MULTIPROBE_AS(new_multiprobeInputSave, expected);
623    }
624}
625
626static const char *recent_expected =
627    "3#0#   82#CGAAAGGAAGAUUA\n"
628    "3#0#   82#CGAAAGGAAGAUUAA\n"
629    "3#0#   86#AGGAAGAUUAAUACC\n"
630    "3#0#   87#GGAAGAUUAAUACC\n"
631    "3#0#   21#GUCGAGCGAUGAAG\n"
632    "3#0#   20#AGUCGAGCGAUGAAG\n"
633    "3#0#   20#AGUCGAGCGAUGAA\n"
634    "3#0#   19#AAGUCGAGCGAUGAA\n"
635    "3#0#   18#CAAGUCGAGCGAUGA\n"
636    "3#0#   19#AAGUCGAGCGAUGA\n"
637    "3#0#   17#UCAAGUCGAGCGAUG\n"
638    "3#0#   18#CAAGUCGAGCGAUG\n"
639    "3#0#   16#AUCAAGUCGAGCGAU\n"
640    "3#0#   17#UCAAGUCGAGCGAU\n"
641    "3#0#   16#AUCAAGUCGAGCGA\n";
642
643static const char *recent_probeDesignSave =
644    "Probe design parameters:,\n"
645    "Length of probe    14-15,\n"
646    "Temperature        [ 0.0 -400.0],\n"
647    "GC-content         [30.0 - 80.0],\n"
648    "E.Coli position    [any],\n"
649    "Max. nongroup hits 0,\n"
650    "Min. group hits    100% (max. rejected coverage: 75%),\n"
651    "Target          le apos ecol qual grps   G+C temp  Probe sequence | Decrease T by n*.3C -> probe matches n non group species,\n"
652    "CGAAAGGAAGAUUA  14 A=94   82   77    4  35.7 38.0  UAAUCUUCCUUUCG | - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -,CGAAAGGAAGAUUA\n"
653    "CGAAAGGAAGAUUAA 15 A+ 0   82   77    4  33.3 40.0 UUAAUCUUCCUUUCG | - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -,CGAAAGGAAGAUUAA\n"
654    "AGGAAGAUUAAUACC 15 A+ 4   86   77    4  33.3 40.0 GGUAUUAAUCUUCCU | - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -,AGGAAGAUUAAUACC\n"
655    "GGAAGAUUAAUACC  14 A+ 5   87   77    4  35.7 38.0  GGUAUUAAUCUUCC | - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -,GGAAGAUUAAUACC\n"
656    "GUCGAGCGAUGAAG  14 B=22   21   77    4  57.1 44.0  CUUCAUCGCUCGAC | - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2,GUCGAGCGAUGAAG\n"
657    "AGUCGAGCGAUGAAG 15 B- 1   20   73    4  53.3 46.0 CUUCAUCGCUCGACU | - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2 2,AGUCGAGCGAUGAAG\n"
658    "AGUCGAGCGAUGAA  14 B- 1   20   57    4  50.0 42.0  UUCAUCGCUCGACU | - - - - - - - - - - - - - - 2 2 2 2 2 2,AGUCGAGCGAUGAA\n"
659    "AAGUCGAGCGAUGAA 15 B- 2   19   53    4  46.7 44.0 UUCAUCGCUCGACUU | - - - - - - - - - - - - - 2 2 2 2 2 2 2,AAGUCGAGCGAUGAA\n"
660    "CAAGUCGAGCGAUGA 15 B- 3   18   41    4  53.3 46.0 UCAUCGCUCGACUUG | - - - - - - - - - - 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2,CAAGUCGAGCGAUGA\n"
661    "AAGUCGAGCGAUGA  14 B- 2   19   41    4  50.0 42.0  UCAUCGCUCGACUU | - - - - - - - - - - 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2,AAGUCGAGCGAUGA\n"
662    "UCAAGUCGAGCGAUG 15 B- 4   17   25    4  53.3 46.0 CAUCGCUCGACUUGA | - - - - - - 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 9 9,UCAAGUCGAGCGAUG\n"
663    "CAAGUCGAGCGAUG  14 B- 3   18   25    4  57.1 44.0  CAUCGCUCGACUUG | - - - - - - 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2,CAAGUCGAGCGAUG\n"
664    "AUCAAGUCGAGCGAU 15 B- 5   16    5    4  46.7 44.0 AUCGCUCGACUUGAU | - 2 2 2 2 2 2 2 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9,AUCAAGUCGAGCGAU\n"
665    "UCAAGUCGAGCGAU  14 B- 4   17    5    4  50.0 42.0  AUCGCUCGACUUGA | - 2 2 2 2 2 2 2 2 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9,UCAAGUCGAGCGAU\n"
666    "AUCAAGUCGAGCGA  14 B- 5   16    5    4  50.0 42.0  UCGCUCGACUUGAU | - 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9,AUCAAGUCGAGCGA";
667
668void TEST_AFTER_SLOW_recent_probe_design_result() {
669    // --------------------------------------------------------------------------------
670    // whenever probe design output changes, copy current 'recent_probeDesignSave' and
671    // 'recent_expected' into TEST_load_probe_design_results, to ensure ARB can load
672    // any saved probe design ever created with ARB.
673
674    TEST_EXPECT_LOADS_INTO_MULTIPROBE_AS(recent_probeDesignSave, recent_expected);
675}
676
677void TEST_SLOW_design_probes_and_load_result() {
678    TEST_SETUP_GLOBAL_ENVIRONMENT("ptserver");
679
680    CommandOutput designed_probes("arb_probe serverid=-666 designprobelength=14 designmaxprobelength=15 designnames=ClnCorin#CltBotul#CPPParap#ClfPerfr designmintargets=100", true);
681    TEST_EXPECT_NO_ERROR(designed_probes.get_error());
682
683    // Simulate result of designing probes in ARB_NT and saving the result to a file:
684    char *saved_design_result = NULp; // content of that file
685    {
686        ConstStrArray lines;
687        GBT_split_string(lines, designed_probes.get_stdoutput(), "\n", true);
688
689        StrArray saved_lines;
690
691        for (size_t i = 0; i<lines.size(); ++i) {
692            char *probe; // same as awar-value of probe-design-resultlist in ARB_NT
693            {
694                size_t plen = strspn(lines[i], "acgtuACGTU");
695                if (plen<10) { // no probe at start // @@@ 10 is min. probelen, use a global definition here!
696                    probe = ARB_strdup("");
697                }
698                else {
699                    probe = ARB_strndup(lines[i], plen);
700                }
701            }
702
703            char *conv4save = GBS_string_eval(lines[i], ":,=;"); // saving selection list converts comma to semicolon
704            arb_assert(conv4save);
705
706            saved_lines.put(GBS_global_string_copy("%s,%s", conv4save, probe));
707
708            free(conv4save);
709            free(probe);
710        }
711
712        saved_design_result = GBT_join_strings(saved_lines, '\n');
713        TEST_EXPECT_EQUAL(saved_design_result, recent_probeDesignSave); // see comment in TEST_LATE_recent_probe_design_result
714    }
715
716    TEST_EXPECT_LOADS_INTO_MULTIPROBE_AS(saved_design_result, recent_expected);
717    free(saved_design_result);
718}
719
720
721#endif // UNIT_TESTS
722
723// --------------------------------------------------------------------------------
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.