source: branches/stable/NALIGNER/Makefile

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  • use cflags before cxxflags
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1# for variables passed from parent makefile see ../SOURCE_TOOLS/parent_make.txt
2
3.SUFFIXES: .o .c .cxx .depend
4
5CPP_OBJECTS = \
6        ali_aligner.o \
7        ali_arbdb.o \
8        ali_global.o \
9        ali_main.o \
10        ali_pathmap.o \
11        ali_prealigner.o \
12        ali_profile.o \
13        ali_pt.o \
14        ali_sequence.o \
15        ali_solution.o \
16
17$(MAIN): $(CPP_OBJECTS)
18        $(LINK_STATIC_LIB) $(MAIN) $(CPP_OBJECTS)
19
20.cxx.o:
21        $(A_CXX) $(cflags) $(cxxflags) -c -o $@ $< $(CXX_INCLUDES) $(POST_COMPILE)
22
23clean:
24        rm -f $(CPP_OBJECTS) *.a
25
26DEPENDS = $(CPP_OBJECTS:.o=.depend)
27depends: $(DEPENDS)
28        @cat $(DEPENDS) | grep -v '^#' >>Makefile
29        @rm $(DEPENDS)
30$(DEPENDS): depend.init
31depend.init:
32        $(MAKEDEPEND) $(MAKEDEPENDFLAGS) 2>/dev/null # remove dependencies
33.c.depend:
34        $(MAKEDEPEND) -f- $(MAKEDEPENDFLAGS) $< 2>/dev/null >$@
35.cxx.depend:
36        $(MAKEDEPEND) -f- $(MAKEDEPENDFLAGS) $< 2>/dev/null >$@
37
38# DO NOT DELETE THIS LINE -- make depend depends on it.
39
40# Do not add dependencies manually - use 'make depend' in $ARBHOME
41# For formatting issues see SOURCE_TOOLS/fix_depends.pl (from main)
42
43ali_aligner.o: ali_aligner.hxx
44ali_aligner.o: ali_arbdb.hxx
45ali_aligner.o: ali_misc.hxx
46ali_aligner.o: ali_other_stuff.hxx
47ali_aligner.o: ali_pathmap.hxx
48ali_aligner.o: ali_profile.hxx
49ali_aligner.o: ali_pt.hxx
50ali_aligner.o: ali_sequence.hxx
51ali_aligner.o: ali_solution.hxx
52ali_aligner.o: ali_tarray.hxx
53ali_aligner.o: ali_tlist.hxx
54ali_aligner.o: ali_tstack.hxx
55ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
56ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
57ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
58ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
59ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
60ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
61ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
62ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
63ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
64ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
65ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
66ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
67ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
68ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
69ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
70ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
71ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
72ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
73ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/downcast.h
74ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
75ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
76ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
77ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
78ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
79ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
80ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/static_assert.h
81ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
82
83ali_arbdb.o: ali_arbdb.hxx
84ali_arbdb.o: ali_misc.hxx
85ali_arbdb.o: ali_other_stuff.hxx
86ali_arbdb.o: ali_sequence.hxx
87ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
88ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
89ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
90ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
91ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
92ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
93ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
94ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
95ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
96ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
97ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
98ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
99ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
100ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
101ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
102ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
103ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/downcast.h
104ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
105ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
106ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
107ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
108ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
109ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
110ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/static_assert.h
111ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
112
113ali_global.o: ali_arbdb.hxx
114ali_global.o: ali_global.hxx
115ali_global.o: ali_misc.hxx
116ali_global.o: ali_other_stuff.hxx
117ali_global.o: ali_pathmap.hxx
118ali_global.o: ali_prealigner.hxx
119ali_global.o: ali_profile.hxx
120ali_global.o: ali_pt.hxx
121ali_global.o: ali_sequence.hxx
122ali_global.o: ali_solution.hxx
123ali_global.o: ali_tarray.hxx
124ali_global.o: ali_tlist.hxx
125ali_global.o: ali_tstack.hxx
126ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
127ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
128ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
129ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
130ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
131ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
132ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
133ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
134ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
135ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
136ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
137ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
138ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
139ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
140ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
141ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
142ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
143ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
144ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/downcast.h
145ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
146ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
147ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
148ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
149ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
150ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
151ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/static_assert.h
152ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
153
154ali_main.o: ali_arbdb.hxx
155ali_main.o: ali_global.hxx
156ali_main.o: ali_misc.hxx
157ali_main.o: ali_other_stuff.hxx
158ali_main.o: ali_pathmap.hxx
159ali_main.o: ali_prealigner.hxx
160ali_main.o: ali_profile.hxx
161ali_main.o: ali_pt.hxx
162ali_main.o: ali_sequence.hxx
163ali_main.o: ali_solution.hxx
164ali_main.o: ali_tarray.hxx
165ali_main.o: ali_tlist.hxx
166ali_main.o: ali_tstack.hxx
167ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
168ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
169ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
170ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
171ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
172ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
173ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
174ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
175ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
176ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
177ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
178ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
179ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
180ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
181ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
182ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
183ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
184ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
185ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/downcast.h
186ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
187ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
188ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
189ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
190ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
191ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
192ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/static_assert.h
193ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
194
195ali_pathmap.o: ali_misc.hxx
196ali_pathmap.o: ali_pathmap.hxx
197ali_pathmap.o: ali_tarray.hxx
198ali_pathmap.o: ali_tlist.hxx
199ali_pathmap.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
200ali_pathmap.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
201ali_pathmap.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
202ali_pathmap.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
203
204ali_prealigner.o: ali_aligner.hxx
205ali_prealigner.o: ali_arbdb.hxx
206ali_prealigner.o: ali_misc.hxx
207ali_prealigner.o: ali_other_stuff.hxx
208ali_prealigner.o: ali_pathmap.hxx
209ali_prealigner.o: ali_prealigner.hxx
210ali_prealigner.o: ali_profile.hxx
211ali_prealigner.o: ali_pt.hxx
212ali_prealigner.o: ali_sequence.hxx
213ali_prealigner.o: ali_solution.hxx
214ali_prealigner.o: ali_tarray.hxx
215ali_prealigner.o: ali_tlist.hxx
216ali_prealigner.o: ali_tstack.hxx
217ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
218ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
219ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
220ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
221ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
222ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
223ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
224ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
225ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
226ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
227ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
228ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
229ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
230ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
231ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
232ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
233ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
234ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
235ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/downcast.h
236ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
237ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
238ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
239ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
240ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
241ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
242ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/static_assert.h
243ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
244
245ali_profile.o: ali_arbdb.hxx
246ali_profile.o: ali_misc.hxx
247ali_profile.o: ali_other_stuff.hxx
248ali_profile.o: ali_profile.hxx
249ali_profile.o: ali_pt.hxx
250ali_profile.o: ali_sequence.hxx
251ali_profile.o: ali_tlist.hxx
252ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
253ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
254ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
255ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
256ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
257ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
258ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
259ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
260ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
261ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
262ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
263ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
264ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
265ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
266ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/BI_helix.hxx
267ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
268ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
269ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
270ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
271ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/downcast.h
272ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
273ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
274ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
275ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
276ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
277ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
278ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/static_assert.h
279ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
280
281ali_pt.o: ali_misc.hxx
282ali_pt.o: ali_other_stuff.hxx
283ali_pt.o: ali_pt.hxx
284ali_pt.o: ali_sequence.hxx
285ali_pt.o: ali_tlist.hxx
286ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
287ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
288ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
289ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
290ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
291ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
292ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
293ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
294ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
295ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
296ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
297ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
298ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
299ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
300ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
301ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
302ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
303ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
304ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/downcast.h
305ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
306ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
307ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
308ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
309ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
310ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
311ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/static_assert.h
312ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
313
314ali_sequence.o: ali_misc.hxx
315ali_sequence.o: ali_sequence.hxx
316ali_sequence.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
317ali_sequence.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
318ali_sequence.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
319ali_sequence.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
320
321ali_solution.o: ali_arbdb.hxx
322ali_solution.o: ali_misc.hxx
323ali_solution.o: ali_other_stuff.hxx
324ali_solution.o: ali_profile.hxx
325ali_solution.o: ali_pt.hxx
326ali_solution.o: ali_sequence.hxx
327ali_solution.o: ali_solution.hxx
328ali_solution.o: ali_tlist.hxx
329ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
330ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
331ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
332ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
333ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
334ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
335ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
336ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
337ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
338ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
339ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
340ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
341ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
342ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
343ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
344ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
345ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
346ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/cxxforward.h
347ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/downcast.h
348ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
349ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/gccver.h
350ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
351ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
352ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
353ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
354ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/static_assert.h
355ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.