source: branches/stable/NALIGNER/ali_global.cxx

Last change on this file was 16766, checked in by westram, 8 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 13.2 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ali_global.cxx                                    //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "ali_global.hxx"
12
13#define EXCLUSIVE_FLAG_DEFAULT             1
14#define MARK_FAMILY_FLAG_DEFAULT           0
15#define MARK_EXTENSION_FLAG_DEFAULT        0
16#define FIND_FAMILY_MODE_DEFAULT           1
17#define MAX_FAMILY_SIZE_DEFAULT            10
18#define MIN_FAMILY_SIZE_DEFAULT            5
19#define MIN_WEIGHT_DEFAULT                 0.7
20#define EXT_MAX_WEIGHT_DEFAULT             0.2
21#define MULTI_GAP_FACTOR_DEFAULT           0.1
22#define INSERT_FACTOR_DEFAULT              2.0;
23#define MULTI_INSERT_FACTOR_DEFAULT        0.5;
24#define COST_LOW_DEFAULT                   0.25
25#define COST_MIDDLE_DEFAULT                0.5
26#define COST_HIGH_DEFAULT                  0.8
27#define MAX_COST_OF_SUB_PERCENT_DEFAULT    0.5
28#define MAX_COST_OF_HELIX                  2.0
29#define ERROR_COUNT_DEFAULT                2
30#define MAX_NUMBER_OF_MAPS_DEFAULT         10 // 100
31#define MAX_NUMBER_OF_MAPS_ALIGNER_DEFAULT 2
32#define INTERVAL_BORDER_DEFAULT            5
33#define INTERVAL_CENTER_DEFAULT            5
34
35// ACHTUNG: muss noch durch parameter belegbar sein
36#define MATCHES_MIN_DEFAULT          1000
37#define PERCENT_MIN_DEFAULT          0.75
38#define FAM_LIST_MAX_DEFAULT         5
39#define EXT_LIST_MAX_DEFAULT         10
40#define USE_SPECIFIED_FAMILY_DEFAULT NULp
41
42
43static double default_substitute_matrix[5][5] = {
44    // a    c    g    u    -
45    { 0.0, 3.0, 1.0, 3.0, 5.0 }, // a
46    { 3.0, 0.0, 3.0, 1.0, 5.0 }, // c
47    { 1.0, 3.0, 0.0, 3.0, 5.0 }, // g
48    { 3.0, 1.0, 3.0, 0.0, 5.0 }, // u
49    { 5.0, 5.0, 5.0, 5.0, 0.0 } // -
50};
51
52static double default_binding_matrix[5][5] = {
53    // a    c    g    u    -
54    { 9.9, 9.9, 2.0, 0.9, 9.9 }, // a
55    { 9.9, 9.9, 0.6, 9.9, 9.9 }, // c
56    { 2.0, 0.6, 5.0, 1.1, 9.9 }, // g
57    { 0.9, 9.9, 1.1, 9.9, 9.9 }, // u
58    { 9.9, 9.9, 9.9, 9.9, 0.0 } // -
59};
60
61
62void ALI_GLOBAL::init(int *argc, const char *argv[]) {
63    int kill, i, h, j, ret;
64    const char *pos;
65    arb_params *params;
66    float fl;
67
68    params = arb_trace_argv(argc, argv);
69
70    prog_name = argv[0];
71    species_name = params->species_name;
72    default_file = params->default_file;
73    db_server = params->db_server;
74
75    // Set the defaults
76
77    for (i = 0; i < 5; i++)
78        for (j = 0; j < 5; j++) {
79            prof_context.substitute_matrix[i][j] = default_substitute_matrix[i][j];
80            prof_context.binding_matrix[i][j] = default_binding_matrix[i][j];
81        }
82
83    cost_low = COST_LOW_DEFAULT;
84    cost_middle = COST_MIDDLE_DEFAULT;
85    cost_high = COST_HIGH_DEFAULT;
86    preali_context.max_number_of_maps = MAX_NUMBER_OF_MAPS_DEFAULT;
87    preali_context.max_number_of_maps_aligner =
88        MAX_NUMBER_OF_MAPS_ALIGNER_DEFAULT;
89    preali_context.interval_border = INTERVAL_BORDER_DEFAULT;
90    preali_context.interval_center = INTERVAL_CENTER_DEFAULT;
91    preali_context.max_cost_of_sub_percent = MAX_COST_OF_SUB_PERCENT_DEFAULT;
92    preali_context.max_cost_of_helix = MAX_COST_OF_HELIX;
93    preali_context.error_count = ERROR_COUNT_DEFAULT;
94    mark_species_flag = 0;
95
96    prof_context.find_family_mode = FIND_FAMILY_MODE_DEFAULT;
97    prof_context.exclusive_flag = EXCLUSIVE_FLAG_DEFAULT;
98    prof_context.mark_family_flag = MARK_FAMILY_FLAG_DEFAULT;
99    prof_context.mark_family_extension_flag = MARK_EXTENSION_FLAG_DEFAULT;
100    prof_context.max_family_size = MAX_FAMILY_SIZE_DEFAULT;
101    prof_context.min_family_size = MIN_FAMILY_SIZE_DEFAULT;
102    prof_context.min_weight = MIN_WEIGHT_DEFAULT;
103    prof_context.ext_max_weight = EXT_MAX_WEIGHT_DEFAULT;
104    prof_context.multi_gap_factor = MULTI_GAP_FACTOR_DEFAULT;
105    prof_context.insert_factor = INSERT_FACTOR_DEFAULT;
106    prof_context.multi_insert_factor = MULTI_INSERT_FACTOR_DEFAULT;
107
108    pt_context.matches_min = MATCHES_MIN_DEFAULT;
109    pt_context.percent_min = PERCENT_MIN_DEFAULT;
110    pt_context.fam_list_max = FAM_LIST_MAX_DEFAULT;
111    pt_context.ext_list_max = EXT_LIST_MAX_DEFAULT;
112    pt_context.use_specified_family = USE_SPECIFIED_FAMILY_DEFAULT;
113
114    // evaluate the parameters
115
116    for (i = 1; i < *argc;) {
117        kill = 0;
118        if (strcmp("-nx", argv[i]) == 0 && kill == 0) {
119            prof_context.exclusive_flag = 0;
120            kill = i;
121        }
122        if (strncmp("-f", argv[i], 2) == 0 && kill == 0) {
123            pt_context.use_specified_family = ARB_strdup(argv[i] + 2);
124            kill = i;
125        }
126        if (strcmp("-ms", argv[i]) == 0 && kill == 0) {
127            mark_species_flag = 1;
128            kill = i;
129        }
130        if (strcmp("-mf", argv[i]) == 0 && kill == 0) {
131            prof_context.mark_family_flag = 1;
132            kill = i;
133        }
134        if (strcmp("-mfe", argv[i]) == 0 && kill == 0) {
135            prof_context.mark_family_extension_flag = 1;
136            kill = i;
137        }
138        if (strncmp("-mgf", argv[i], 4) == 0 && kill == 0) {
139            kill = i;
140            pos = argv[i] + 4;
141            ret = sscanf(pos, "%f", &prof_context.multi_gap_factor);
142            if (ret != 1) {
143                ali_warning("Wrong format for -mgf");
144                break;
145            }
146        }
147        if (strncmp("-if", argv[i], 3) == 0 && kill == 0) {
148            kill = i;
149            pos = argv[i] + 3;
150            ret = sscanf(pos, "%f", &prof_context.insert_factor);
151            if (ret != 1) {
152                ali_warning("Wrong format for -if");
153                break;
154            }
155        }
156        if (strncmp("-mif", argv[i], 4) == 0 && kill == 0) {
157            kill = i;
158            pos = argv[i] + 4;
159            ret = sscanf(pos, "%f", &prof_context.multi_insert_factor);
160            if (ret != 1) {
161                ali_warning("Wrong format for -mif");
162                break;
163            }
164        }
165        if (strcmp("-m", argv[i]) == 0 && kill == 0) {
166            mark_species_flag = 1;
167            prof_context.mark_family_flag = 1;
168            kill = i;
169        }
170        if (strncmp("-msub", argv[i], 5) == 0 && kill == 0) {
171            kill = i;
172            pos = argv[i] + 5;
173            for (h = 0; h < 5; h++)
174                for (j = 0; j < 5; j++) {
175                    ret = sscanf(pos, "%f", &fl);
176                    if (ret != 1) {
177                        ali_warning("wrong format for -msub");
178                        break;
179                    }
180                    else
181                        prof_context.substitute_matrix[h][j] = (double) fl;
182                    pos = strchr(pos, ',');
183                    if ((h != 4 || j != 4) && !pos) {
184                        ali_warning("Not enought values for -msub");
185                        break;
186                    }
187                    pos++;
188                }
189        }
190        if (strncmp("-mbind", argv[i], 6) == 0 && kill == 0) {
191            kill = i;
192            pos = argv[i] + 6;
193            for (h = 0; h < 5; h++)
194                for (j = 0; j < 5; j++) {
195                    ret = sscanf(pos, "%f", &fl);
196                    if (ret != 1) {
197                        ali_warning("Wrong format for -mbind");
198                        break;
199                    }
200                    else
201                        prof_context.binding_matrix[h][j] = (double) fl;
202                    pos = strchr(pos, ',');
203                    if ((h != 4 || j != 4) && !pos) {
204                        ali_warning("Not enought values for -mbind");
205                        break;
206                    }
207                    pos++;
208                }
209        }
210        if (strncmp("-maxf", argv[i], 5) == 0 && kill == 0) {
211            kill = i;
212            pos = argv[i] + 5;
213            ret = sscanf(pos, "%d", &prof_context.max_family_size);
214            if (ret != 1) {
215                ali_warning("Wrong format for -maxf");
216                break;
217            }
218        }
219        if (strncmp("-minf", argv[i], 5) == 0 && kill == 0) {
220            kill = i;
221            pos = argv[i] + 5;
222            ret = sscanf(pos, "%d", &prof_context.min_family_size);
223            if (ret != 1) {
224                ali_warning("Wrong format for -minf");
225                break;
226            }
227        }
228        if (strncmp("-minw", argv[i], 5) == 0 && kill == 0) {
229            kill = i;
230            pos = argv[i] + 5;
231            ret = sscanf(pos, "%f", &prof_context.min_weight);
232            if (ret != 1) {
233                ali_warning("Wrong format for -minw");
234                break;
235            }
236        }
237        if (strncmp("-maxew", argv[i], 6) == 0 && kill == 0) {
238            kill = i;
239            pos = argv[i] + 6;
240            ret = sscanf(pos, "%f", &prof_context.ext_max_weight);
241            if (ret != 1) {
242                ali_warning("Wrong format for -minw");
243                break;
244            }
245        }
246
247        // ACHTUNG: Unused BEGIN
248        if (strncmp("-cl", argv[i], 3) == 0 && kill == 0) {
249            kill = i;
250            pos = argv[i] + 3;
251            ret = sscanf(pos, "%f", &cost_low);
252            if (ret != 1) {
253                ali_warning("Wrong format for -cl");
254                break;
255            }
256        }
257        if (strncmp("-cm", argv[i], 3) == 0 && kill == 0) {
258            kill = i;
259            pos = argv[i] + 3;
260            ret = sscanf(pos, "%f", &cost_middle);
261            if (ret != 1) {
262                ali_warning("Wrong format for -cm");
263                break;
264            }
265        }
266        if (strncmp("-ch", argv[i], 3) == 0 && kill == 0) {
267            kill = i;
268            pos = argv[i] + 3;
269            ret = sscanf(pos, "%f", &cost_high);
270            if (ret != 1) {
271                ali_warning("Wrong format for -ch");
272                break;
273            }
274        }
275        // ACHTUNG: Unused END
276
277        if (strncmp("-csub", argv[i], 5) == 0 && kill == 0) {
278            kill = i;
279            pos = argv[i] + 5;
280            ret = sscanf(pos, "%f", &preali_context.max_cost_of_sub_percent);
281            if (ret != 1) {
282                ali_warning("Wrong format for -csub");
283                break;
284            }
285        }
286        if (strncmp("-chel", argv[i], 5) == 0 && kill == 0) {
287            kill = i;
288            pos = argv[i] + 5;
289            ret = sscanf(pos, "%f", &preali_context.max_cost_of_helix);
290            if (ret != 1) {
291                ali_warning("Wrong format for -chel");
292                break;
293            }
294        }
295        if (strncmp("-mma", argv[i], 4) == 0 && kill == 0) {
296            kill = i;
297            pos = argv[i] + 4;
298            ret = sscanf(pos, "%ld", &preali_context.max_number_of_maps_aligner);
299            if (ret != 1) {
300                ali_warning("Wrong format for -mma");
301                break;
302            }
303        }
304        if (strncmp("-mm", argv[i], 3) == 0 && kill == 0) {
305            kill = i;
306            pos = argv[i] + 3;
307            ret = sscanf(pos, "%ld", &preali_context.max_number_of_maps);
308            if (ret != 1) {
309                ali_warning("Wrong format for -mm");
310                break;
311            }
312        }
313        if (strncmp("-ec", argv[i], 3) == 0 && kill == 0) {
314            kill = i;
315            pos = argv[i] + 3;
316            ret = sscanf(pos, "%ld", &preali_context.error_count);
317            if (ret != 1) {
318                ali_warning("Wrong format for -ec");
319                break;
320            }
321        }
322        if (strncmp("-ib", argv[i], 3) == 0 && kill == 0) {
323            kill = i;
324            pos = argv[i] + 3;
325            ret = sscanf(pos, "%d", &preali_context.interval_border);
326            if (ret != 1) {
327                ali_warning("Wrong format for -ib");
328                break;
329            }
330        }
331        if (strncmp("-ic", argv[i], 3) == 0 && kill == 0) {
332            kill = i;
333            pos = argv[i] + 3;
334            ret = sscanf(pos, "%d", &preali_context.interval_center);
335            if (ret != 1) {
336                ali_warning("Wrong format for -ic");
337                break;
338            }
339        }
340
341        if (kill > 0) {
342            for (i++; i < *argc; i++)
343                argv[i-1] = argv[i];
344            (*argc)--;
345            i = kill;
346        }
347        else
348            i++;
349    }
350
351    // Check for consistency
352
353    if (prof_context.min_family_size > prof_context.max_family_size) {
354        ali_warning("minf <= maxf");
355    }
356
357    if (prof_context.ext_max_weight < 0 || prof_context.ext_max_weight > 1.0) {
358        ali_warning("0 <= maxew <= 1.0");
359    }
360
361    if (prof_context.min_weight < 0 || prof_context.min_weight > 1.0) {
362        ali_warning("0 <=  minw <= 1.0");
363    }
364
365    if (cost_low > cost_middle || cost_middle > cost_high ||
366        cost_low < 0 || cost_high > 1.0) {
367        ali_warning("0 <= cl <= cm <= ch <= 1.0");
368    }
369
370    // Open Database and Pt server
371
372    ali_message("Connecting to Database server");
373    if (arbdb.open(db_server) != 0) {
374        ali_error("Can't connect to Database server");
375    }
376    ali_message("Connection established");
377    prof_context.arbdb = &arbdb;
378
379    pt_context.servername = params->pt_server;
380    pt_context.gb_main = arbdb.gb_main;
381
382    pt = new ALI_PT(&pt_context);
383
384    prof_context.pt = pt;
385}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.