source: branches/stable/NALIGNER/ali_global.hxx

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  • eliminated several main()'s from lib/obj-code
    • replaced by ARB_main
    • link executable with wrapper-object (main→ARB_main)
  • unit-tests now use their own main()
    • this ensures that all static data is initialized when the unit-test starts (previous behavior was working, but undefined)
    • all tests pass (versus [8243])
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 1.4 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ali_global.hxx                                    //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#ifndef ALI_GLOBAL_HXX
12#define ALI_GLOBAL_HXX
13
14#ifndef ALI_PREALIGNER_HXX
15#include "ali_prealigner.hxx"
16#endif
17
18class ALI_GLOBAL {
19private:
20public:
21
22    // misc
23    const char *prog_name;
24    char       *species_name;
25    char       *default_file;
26    char       *db_server;
27    char       *pt_server;
28
29    // other classes
30    ALI_ARBDB       arbdb;
31    ALI_PT          *pt;
32
33    // flags
34    int                  mark_species_flag;
35
36    // limits
37    float       cost_low;
38    float       cost_middle;
39    float       cost_high;
40
41    // Contexts
42    ALI_PT_CONTEXT       pt_context;
43    ALI_PROFILE_CONTEXT prof_context;
44    ALI_PREALIGNER_CONTEXT preali_context;
45
46    // functions
47    void init(int *argc, const char *argv[]);
48};
49
50#else
51#error ali_global.hxx included twice
52#endif // ALI_GLOBAL_HXX
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.