source: branches/stable/NALIGNER/ali_pt.hxx

Last change on this file was 11002, checked in by westram, 6 years ago
  • 'class { public' → struct
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 2.5 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ali_pt.hxx                                        //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#ifndef ALI_PT_HXX
12#define ALI_PT_HXX
13
14#ifndef ALI_OTHER_STUFF_HXX
15#include "ali_other_stuff.hxx"
16#endif
17#ifndef ALI_TLIST_HXX
18#include "ali_tlist.hxx"
19#endif
20#ifndef ALI_SEQUENCE_HXX
21#include "ali_sequence.hxx"
22#endif
23#ifndef CLIENT_H
24#include <client.h>
25#endif
26
27enum ALI_PT_MODE { ServerMode, SpecifiedMode };
28
29struct ALI_PT_CONTEXT {
30    char *servername;
31    GBDATA *gb_main;
32
33    int matches_min;
34    float percent_min;
35    unsigned long fam_list_max;
36    unsigned long ext_list_max;
37
38    char *use_specified_family;
39};
40
41// class of family members
42struct ali_pt_member : virtual Noncopyable {
43    char *name;
44    int matches;
45
46    ali_pt_member(char *speciesname, int number_of_matches) {
47        name = speciesname;
48        matches = number_of_matches;
49    }
50    ~ali_pt_member() {
51        if (name)
52            free((char *) name);
53    }
54};
55
56
57// Class for accessing the PT server
58class ALI_PT : virtual Noncopyable {
59private:
60    ALI_PT_MODE mode;
61
62    char *specified_family;
63    unsigned long fam_list_max;
64    unsigned long ext_list_max;
65    float percent_min;
66    int matches_min;
67
68    aisc_com *link;
69    T_PT_LOCS locs;
70    T_PT_MAIN com;
71
72    ALI_TLIST<ali_pt_member *> *family_list;
73    ALI_TLIST<ali_pt_member *> *extension_list;
74
75
76    int init_communication();
77    char *get_family_member(char *specified_family, unsigned long number);
78    char *get_extension_member(char *specified_family, unsigned long number);
79    int open(char *servername);
80    void close();
81
82public:
83    ALI_PT(ALI_PT_CONTEXT *context);
84    ~ALI_PT();
85
86    int find_family(ALI_SEQUENCE *sequence, int find_type = 1);
87
88    ALI_TLIST<ali_pt_member *> *get_family_list();
89    ALI_TLIST<ali_pt_member *> *get_extension_list();
90
91    int first_family_(char **seq_name, int *matches);
92    int next_family_(char **seq_name, int *matches);
93};
94
95#else
96#error ali_pt.hxx included twice
97#endif // ALI_PT_HXX
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.