source: branches/stable/SL/PRONUC/iupac.h

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merge from e4fix [8135] [8136] [8137] [8138] [8139] [8140] [8141] [8142] [8143] [8144] [8222]
(this revives the reverted patches [8129] [8130] [8131] [8132]; see [8133])

  • fixes
    • some free/delete mismatches
    • wrong definition of ORF objects (Level was no bit value)
    • amino consensus (failed for columns only containing 'C')
  • rename
    • AA_sequence_term → orf_term
    • ED4_sequence_terminal_basic → ED4_abstract_sequence_terminal
  • cleaned up hierarchy dumps
  • tweaked is_terminal()/to_terminal()
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1// ================================================================= //
2//                                                                   //
3//   File      : iupac.h                                             //
4//   Purpose   :                                                     //
5//                                                                   //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)         //
7//   http://www.arb-home.de/                                         //
8//                                                                   //
9// ================================================================= //
10
11#ifndef IUPAC_H
12#define IUPAC_H
13
14#ifndef ARBDB_BASE_H
15#include <arbdb_base.h>
16#endif
17#ifndef ARB_ASSERT_H
18#include <arb_assert.h>
19#endif
20
21
22namespace iupac {
23    // --------------
24    //      amino
25
26    enum Amino_Group {
27        AA_GROUP_NONE = 0,
28
29        AA_GROUP_ALPHA,
30        AA_GROUP_BETA,
31        AA_GROUP_GAMMA,
32        AA_GROUP_DELTA,
33        AA_GROUP_EPSILON,
34        AA_GROUP_ZETA,
35
36        AA_GROUP_ILLEGAL,
37
38        AA_GROUP_COUNT = AA_GROUP_ILLEGAL, // count of real groups plus none-"group"
39    };
40    Amino_Group get_amino_group_for(char aa);
41    char get_amino_consensus_char(Amino_Group ag);
42
43    // -------------
44    //      Nucs
45
46    struct Nuc_Group {
47        const char * const members; // contains members of nuc IUPAC group (NULL if no members)
48        size_t const       count;   // no of members (1 for 'N'!)
49    };
50
51    extern const Nuc_Group nuc_group[26][2]; // second index: [0] uses T, [1] uses U
52
53    inline int to_index(char c) { // calculate index for nuc_group
54        arb_assert(c>='A' && c<='Z');
55        return c-'A';
56    }
57    // @@@ create accessor and hide nuc_group
58
59    char combine(char c1, char c2, GB_alignment_type ali); // nucleotides only
60    char encode(const char bases[], GB_alignment_type aliType);
61
62    // -------------
63    //      Both
64
65    const char* decode(char iupac, GB_alignment_type aliType, int decode_amino_iupac_groups);
66};
67
68#else
69#error iupac.h included twice
70#endif // IUPAC_H
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.