source: branches/stable/lib/dtd/arb_tree.dtd

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  • appellation
    • name, shortname, … → (unique) species ID
    • generate names → synchronize IDs
  • fixes #304
    • ask to recreate ID (experts only)
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1<!-- ==================================================================== -->
2<!--                                                                      -->
3<!--   File      : arb_tree.dtd                                           -->
4<!--   Purpose   : DTD for ARB tree export                                -->
5<!--                                                                      -->
6<!--                                                                      -->
7<!-- Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in May 2002              -->
8<!-- Copyright Department of Microbiology (Technical University Munich)   -->
9<!--                                                                      -->
10<!-- Visit our web site at: http://www.arb-home.de/                       -->
11<!--                                                                      -->
12<!-- ==================================================================== -->
13
14<!ELEMENT ARB_TREE (COMMENT|ITEM|BRANCH|FOLDED_GROUP)* >
15<!ATTLIST ARB_TREE database CDATA #IMPLIED> <!--name of ARB database tree was exported from-->
16<!ATTLIST ARB_TREE treename CDATA #IMPLIED> <!--ARB internal tree name-->
17<!ATTLIST ARB_TREE export_date CDATA #IMPLIED>
18
19<!ELEMENT COMMENT (#PCDATA) >
20
21<!ELEMENT BRANCH (BRANCH|ITEM|FOLDED_GROUP)* >
22<!ATTLIST BRANCH name ID #REQUIRED> <!--unique ID (enumerates the single branches, items and groups) -->
23<!ATTLIST BRANCH length CDATA #IMPLIED> <!--branchlength (defaults to zero)-->
24<!ATTLIST BRANCH bootstrap CDATA #IMPLIED > <!--bootstrap value (defaults to none)-->
25<!ATTLIST BRANCH groupname CDATA #IMPLIED > <!--groupname (defaults to none)-->
26<!ATTLIST BRANCH folded (0|1) #IMPLIED > <!--whether the group is folded (only legal if groupname was specified) -->
27
28<!ELEMENT ITEM EMPTY>
29<!ATTLIST ITEM name ID #REQUIRED> <!--unique ID (enumerates the single branches, items and groups) -->
30<!ATTLIST ITEM length CDATA #IMPLIED> <!--branchlength (defaults to zero)-->
31<!ATTLIST ITEM itemname CDATA #REQUIRED> <!--species ID (should be a unique ID (at least inside ARB))-->
32
33<!ELEMENT FOLDED_GROUP EMPTY> <!--a folded group-->
34<!ATTLIST FOLDED_GROUP name ID #REQUIRED> <!--unique ID (enumerates the single branches, items and groups) -->
35<!ATTLIST FOLDED_GROUP length CDATA #IMPLIED> <!--branchlength (defaults to zero)-->
36<!ATTLIST FOLDED_GROUP groupname CDATA #REQUIRED> <!--group name-->
37<!ATTLIST FOLDED_GROUP bootstrap CDATA #IMPLIED > <!--bootstrap value (defaults to none)-->
38<!ATTLIST FOLDED_GROUP items_in_group CDATA #REQUIRED > <!--number of items in group-->
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Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.