source: branches/stable/lib/import/older/rdp_old.ift

Last change on this file was 11965, checked in by westram, 12 years ago
  • move old import filters into '$ARBHOME/lib/import/older'
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 4.4 KB
Line 
1AUTODETECT      "LOCUS       *\nORIGIN*"
2                #Global settings:
3KEYWIDTH        12
4FILETAG                         "RDP"
5
6BEGIN           "LOCUS*"
7
8MATCH           "LOCUS *"
9                SRT "* *=*1"
10                WRITE "name"
11
12MATCH           "LOCUS *"
13                SRT "* *=*1"
14                TAG             "RDP"
15                WRITE "id"
16
17MATCH           "LOCUS *"
18                SRT "* RNA*RNA *=*3"
19                TAG             "RDP"
20                WRITE "date"
21
22MATCH           "ACCESSION *"
23                SRT "\"*\"=*1:;=:No information="
24                ACI "extract_words("0123456789",4.0)"
25                WRITE "acc"
26
27MATCH           "COMMENT*Corresponding GenBank entry*"
28                SRT             "*Corresponding GenBank entry\: *=*2:|*=:(*=:;=:not submitted="
29                ACI "extract_words("0123456789",4.0)"
30                WRITE           "acc"
31
32MATCH           "SOURCE *"
33                TAG             "RDP"
34                APPEND "source"
35
36MATCH           "DEFINITION *"
37                SRT             " str. *=:biovar*=:.="
38                WRITE "full_name"
39
40MATCH           "DEFINITION *"
41                SRT             " str. *=:biovar*=:.="
42                TAG             "RDP"
43                WRITE "db_name"
44
45MATCH           "  ORGANISM *"
46                SRT "*|*=*1"
47                WRITE "full_name"
48
49MATCH           "  ORGANISM *"
50                SRT "*|*=*1"
51                TAG             "RDP"
52                WRITE "db_name"
53
54MATCH           "  AUTHORS *"
55                SRT             "No information*=:?*=?1*1"
56                TAG             "RDP"
57                APPEND "author"
58
59MATCH           "COMMENT*auth line 2:*"
60                SRT             "*auth line 2\:*=*2:|*="
61                TAG             "RDP"
62                APPEND          "author"
63
64MATCH           "COMMENT*auth line 3:*"
65                SRT             "*auth line 3\:*=*2:|*="
66                TAG             "RDP"
67                APPEND          "author"
68
69MATCH           "COMMENT*auth line 4:*"
70                SRT             "*auth line 4\:*=*2:|*="
71                TAG             "RDP"
72                APPEND          "author"
73
74MATCH           "  TITLE *"
75                SRT             "No information*=:?*=?1*1"
76                TAG             "RDP"
77                APPEND          "title"
78
79MATCH           "COMMENT*title line 2:*"
80                SRT             "*title line 2\:*=*2:|*="
81                TAG             "RDP"
82                APPEND          "title"
83
84MATCH           "COMMENT*title line 3:*"
85                SRT             "*title line 3\:*=*2:|*="
86                TAG             "RDP"
87                APPEND          "title"
88
89MATCH           "COMMENT*title line 4:*"
90                SRT             "*title line 4\:*=*2:|*="
91                TAG             "RDP"
92                APPEND          "title"
93
94MATCH           "  JOURNAL *"
95                SRT             "No information*=:Unpublished*=:?*=?1*1"
96                TAG             "RDP"
97                APPEND          "journal"
98
99MATCH           "DEFINITION* str. *"
100                SRT             "*str. *=*2"
101                TAG             "RDP"
102                APPEND "strain"
103
104MATCH           "COMMENT*Culture collection\: *"
105                SRT             "*Culture collection\: *=*2:|*="
106                TAG             "RDP"
107                APPEND          "strain"
108
109MATCH           "COMMENT *strain=*"
110                SRT             "*strain\=\"*\"*=*2"
111                TAG             "RDP"
112                APPEND          "strain"
113
114MATCH           "COMMENT *ref 2 =*"
115                SRT             "*ref 2*=ref 2*2"
116                TAG             "RDP"
117                APPEND          "reference"
118
119MATCH           "COMMENT*biovar:*"
120                SRT             "*biovar\:*=*2:|*="
121                TAG             "RDP"
122                APPEND          "source"
123
124MATCH           "DEFINITION * biovar *"
125                SRT             "* biovar *=*2"
126                TAG             "RDP"
127                APPEND "source"
128
129MATCH           "COMMENT*IDENT:*"
130                SRT             "*IDENT\:*=*2:|*="
131                TAG             "RDP"
132                APPEND          "id"
133
134
135SEQUENCEAFTER   "ORIGIN*"
136SEQUENCESRT     " =:~=.:*Check*..="
137SEQUENCEACI     "remove("0123456789 ")"
138# SEQUENCECOLUMN                10
139SEQUENCEEND     "//"
140CREATE_ACC_FROM_SEQUENCE
141
142END             "//"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.