source: tags/arb-6.0-rc1/AWTC/AWTC_submission.cxx

Last change on this file was 11512, checked in by westram, 12 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.5 KB
Line 
1// ================================================================ //
2//                                                                  //
3//   File      : AWTC_submission.cxx                                //
4//   Purpose   :                                                    //
5//                                                                  //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)        //
7//   http://www.arb-home.de/                                        //
8//                                                                  //
9// ================================================================ //
10
11#include <aw_window.hxx>
12#include <aw_awars.hxx>
13#include <aw_edit.hxx>
14#include <aw_root.hxx>
15#include <aw_msg.hxx>
16
17#include <arbdbt.h>
18#include <arb_strbuf.h>
19#include <arb_strarray.h>
20
21#define awtc_assert(bed) arb_assert(bed)
22
23
24#define AWAR_PARSER "tmp/submission/parser"
25#define AWAR_PARSED "tmp/submission/parsed"
26
27void AWTC_create_submission_variables(AW_root *root, AW_default db1)
28{
29    root->awar_string("submission/source", "",       db1);
30    root->awar_string(AWAR_PARSER, "press READ INFO",       db1);
31    root->awar_string(AWAR_PARSED, "",       db1);
32    root->awar_string("submission/file", "",       db1);
33    root->awar_string("submission/privat", "$(ADDRESS,    db1)=TUM Munich:\n");
34}
35
36static void ed_calltexe_event(AW_window *aww, char *varname)
37{
38    AW_root *aw_root = aww->get_root();
39    char    *file;
40    file = aw_root->awar(varname)->read_string();
41    AW_edit(file);
42    free(file);
43}
44
45static AW_window *create_calltexe_window(AW_root *root, char *varname) {
46    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
47    {
48        char *var_id    = GBS_string_2_key(varname);
49        char *window_id = GBS_global_string_copy("SUBM_TEXTEDIT_%s", var_id);
50        aws->init(root, window_id, "START TEXT EDITOR");
51        free(window_id);
52        free(var_id);
53    }
54
55    aws->load_xfig("calltexe.fig");
56    aws->label_length(18);
57    aws->button_length(8);
58
59    aws->at("close");
60    aws->callback     ((AW_CB0)AW_POPDOWN);
61    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "O");
62
63    aws->at("file");
64    aws->create_input_field(varname, 34);
65
66    aws->at("edit");
67    aws->callback((AW_CB1)ed_calltexe_event, (AW_CL)varname);
68    aws->create_button("EDIT", "EDIT", "E");
69
70    return (AW_window *)aws;
71}
72
73static void ed_submit_info_event_rm(char *string)
74{
75    char *p = string;
76    int c;
77    while ((c=*p) != 0) {
78        if (c==':') *p = ';';
79        if (c=='=') *p = '-';
80        p++;
81    }
82}
83
84static void ed_submit_info_event(AW_window *aww, AW_CL cl_gbmain) {
85    GBDATA  *gb_main = (GBDATA*)cl_gbmain;
86    AW_root *aw_root = aww->get_root();
87   
88    GB_transaction  ta(gb_main);
89    char           *species_name = aw_root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->read_string();
90    GBDATA         *gb_species   = GBT_find_species(gb_main, species_name);
91    GBS_strstruct  *strstruct    = GBS_stropen(1000);
92
93    if (gb_species) {
94        for (GBDATA *gb_entry = GB_child(gb_species); gb_entry; gb_entry = GB_nextChild(gb_entry)) {
95            int type = GB_read_type(gb_entry);
96            switch (type) {
97                case GB_STRING:
98                case GB_INT:
99                case GB_BITS:
100                case GB_FLOAT: {
101                    char *key = GB_read_key(gb_entry);
102
103                    GBS_strcat(strstruct, "$(");
104                    GBS_strcat(strstruct, key);
105                    GBS_strcat(strstruct, ")=");
106                    free(key);
107
108                    key = GB_read_as_string(gb_entry);
109                    ed_submit_info_event_rm(key);
110                    GBS_strcat(strstruct, key);
111                    free(key);
112
113                    GBS_strcat(strstruct, ":\n");
114                    break;
115                }
116                default:
117                    break;
118            }
119        }
120        char *seq_info = GBS_string_eval(" ", "*="
121                                         "$(SEQ_LEN)\\=*(|sequence|len(.-))\\:\n"
122                                         "$(SEQ_A)\\=*(|sequence|count(aA))\\:\n"
123                                         "$(SEQ_C)\\=*(|sequence|count(cC))\\:\n"
124                                         "$(SEQ_G)\\=*(|sequence|count(gG))\\:\n"
125                                         "$(SEQ_T)\\=*(|sequence|count(tT))\\:\n"
126                                         "$(SEQ_U)\\=*(|sequence|count(uU))\\:\n"
127                                         "$(SEQUENCE)\\=*(|sequence|remove(.-)|format_sequence(firsttab\\=12;tab\\=12;width\\=60;numleft;gap\\=10))\\:\n"
128                                         , gb_species);
129        if (seq_info) {
130            GBS_strcat(strstruct, seq_info);
131            free(seq_info);
132        }
133        else {
134            aw_message(GB_await_error());
135        }
136    }
137    else {
138        GBS_strcat(strstruct, "Species not found");
139    }
140
141    char *parser = GBS_strclose(strstruct);
142    aw_root->awar(AWAR_PARSER)->write_string(parser);
143
144    free(parser);
145    free(species_name);
146}
147
148static void ed_save_var_to_file(AW_window *aww, char *data_var, char *file_var) {
149    AW_root *aw_root   = aww->get_root();
150    char    *data      = aw_root->awar(data_var)->read_string();
151    char    *file_name = aw_root->awar(file_var)->read_string();
152    FILE    *out       = fopen(file_name, "w");
153   
154    if (out) {
155        fprintf(out, "%s", data);
156        fclose(out);
157    }
158    else {
159        GB_export_IO_error("saving info", file_name);
160        aw_message(GB_await_error());
161    }
162    free(file_name);
163    free(data);
164}
165static void ed_submit_parse_event(AW_window *aww)
166{
167    AW_root *aw_root = aww->get_root();
168    char *parser = aw_root->awar(AWAR_PARSER)->read_string();
169    char    *dest;
170    char    *dest2;
171    char    *privat;
172    char    *p, *d;
173    int c;
174
175    for (d = p = parser; *p; p++) {
176        if ((c=*p)==':') {
177            if (p[1] == '\n') p++; // skip newline
178        }
179        *(d++) = c;
180    }
181    *d = 0;
182    char *sub_file = aw_root->awar("submission/source")->read_string();
183    char *source = GB_read_file(sub_file);
184    if (source) {
185        dest = GBS_string_eval(source, parser, 0);
186        if (!dest) dest = strdup(GB_await_error());
187    }
188    else {
189        dest = GBS_global_string_copy("submission form not found\n(Reason: %s)", GB_await_error());
190    }
191
192    awtc_assert(dest); // should contain partly filled form or error message
193
194    privat = aw_root->awar("submission/privat")->read_string();
195    for (d = p = privat; *p; p++) {
196        if ((c=*p)==':') {
197            if (p[1] == '\n') p++; // skip newline
198        }
199        *(d++) = c;
200    }
201    *d = 0;
202
203    dest2             = GBS_string_eval(dest, privat, 0);
204    if (!dest2) dest2 = strdup(GB_await_error());
205
206    aw_root->awar(AWAR_PARSED)->write_string(dest2);
207
208    free(dest);
209    free(dest2);
210    free(privat);
211    free(source);
212    free (sub_file);
213    free(parser);
214}
215
216static void ed_submit_gen_event(AW_window *aww)
217{
218    AW_root *aw_root = aww->get_root();
219    char buffer[256];
220    char *name = aw_root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->read_string();
221    sprintf(buffer, "%s.submit", name);
222    free(name);
223    aw_root->awar("submission/file")->write_string(buffer);
224}
225
226
227AW_window *AWTC_create_submission_window(AW_root *root, GBDATA *gb_main) {
228    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
229    aws->init(root, "SUBMISSION", "SUBMISSION");
230
231    aws->load_xfig("submiss.fig");
232    aws->label_length(18);
233    aws->button_length(8);
234
235    aws->at("close");
236    aws->callback     ((AW_CB0)AW_POPDOWN);
237    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "O");
238
239    aws->callback(makeHelpCallback("submission.hlp"));
240    aws->at("help");
241    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
242
243    aws->button_length(15);
244
245    aws->at("privat");
246    aws->create_text_field("submission/privat", 80, 5);
247
248    aws->at("parsed_info");
249    aws->create_text_field(AWAR_PARSER, 80, 6);
250
251    aws->at("parsed");
252    aws->create_text_field(AWAR_PARSED, 80, 13);
253
254    aws->at("species");
255    aws->label("Species Name:");
256    aws->create_input_field(AWAR_SPECIES_NAME, 12);
257
258    aws->at("submission");
259    {
260        StrArray submits;
261        GBS_read_dir(submits, GB_path_in_ARBLIB("submit"), NULL);
262
263        if (!submits.empty()) {
264            aws->create_option_menu("submission/source", "Select a Form", "s");
265            for (int i = 0; submits[i]; ++i) {
266                aws->insert_option(submits[i], "", submits[i]);
267            }
268            aws->insert_default_option("default", "d", "default");
269            aws->update_option_menu();
270        }
271    }
272
273    aws->at("gen");
274    aws->label("Gen File Name");
275    aws->callback(ed_submit_gen_event);
276    aws->create_button("GEN_FILE_NAME", "CREATE NAME", "C");
277
278    aws->at("file");
279    aws->label("or enter");
280    aws->create_input_field("submission/file", 30);
281
282    aws->at("info");
283    aws->callback(ed_submit_info_event, (AW_CL)gb_main);
284    aws->create_button("READ_INFO", "READ INFO", "R");
285
286    aws->at("parse");
287    aws->callback((AW_CB0)ed_submit_parse_event);
288    aws->create_button("FILL_OUT_FORM", "FILL THE FORM", "F");
289
290    aws->at("write");
291    aws->callback((AW_CB)ed_save_var_to_file, (AW_CL)AWAR_PARSED, (AW_CL)"submission/file");
292    aws->create_button("SAVE", "SAVE TO FILE", "S");
293
294    aws->button_length(20);
295    aws->at("edit");
296    aws->callback(AW_POPUP, (AW_CL)create_calltexe_window, (AW_CL)"submission/source");
297    aws->create_button("EDIT_FORM", "EDIT FORM", "R");
298
299    aws->at("editresult");
300    aws->callback(AW_POPUP, (AW_CL)create_calltexe_window, (AW_CL)"submission/file");
301    aws->create_button("EDIT_SAVED", "EDIT SAVED", "S");
302
303    aws->at("privatlabel");
304    aws->create_button(0, "Your private data");
305
306    return aws;
307}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.