| 1 | /*ARBDB ASCII*/ |
|---|
| 2 | species_data %% (% |
|---|
| 3 | species :5000 %% (% |
|---|
| 4 | name :7600 "CytLyti6" |
|---|
| 5 | flag :7000 "m" |
|---|
| 6 | full_name "Cytophaga lytica" |
|---|
| 7 | short_name "C. lytica" |
|---|
| 8 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 9 | data :7500 "MAKETFDRSKPHLNIGTIGHVDHGKTTLTAAITTVL---------------ANAGLSE---LRSF-DSIDNAPEEKERGITINTSHVEYSTANRHYAHVDCPGHADYVKNMVTGAAQMDGAILVVAATDG----PM---PQTREHILLGRQVGIPRIVVFLNKVDMVDDE---ELLELVEMEVRELLSFYEYDGDNGPVVSGSALGALN-----GEQKWVDT-----------VMELMEAVDNWIELPKRDVDKDFLMPVEDVFTITGRGTVATGRIETGVANTGDAVDIIGMGADKLASTITGVEMFRKILDRGEAGDNVGILLRGIEKSQISRGMVICKPGSVKPHS--KFEAEVYILKK--EEGGRHTPFHNNYRPQFYVRTTDVTGTI------SLPSGVEMVMPGDNLTITVELLSPIA---LSEGLR---FAIREGGRTVGAGQVTKIIE-----------------" |
|---|
| 10 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 11 | |
|---|
| 12 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 13 | data :7500 "ATGGCAAAGGAAACTTTTGATCGTTCCAAACCGCACTTAAATATAGGTACTATTGGACACGTAGATCACGGTAAAACTACTTTAACTGCTGCTATTACAACAGTATTG---------------------------------------------GCAAATGCAGGTCTTTCTGAA---------TTAAGAAGTTTC---GATTCTATCGATAACGCTCCAGAAGAAAAAGAAAGAGGTATAACAATTAATACTTCTCACGTAGAGTATTCAACTGCAAACCGTCACTATGCACACGTAGATTGTCCAGGTCACGCGGATTACGTTAAGAACATGGTAACTGGTGCTGCTCAGATGGATGGTGCTATTTTGGTAGTTGCTGCAACTGATGGT------------CCAATG---------CCTCAAACACGTGAGCACATCTTATTAGGTCGTCAGGTAGGTATTCCAAGAATCGTTGTTTTCTTAAACAAGGTTGATATGGTTGATGATGAA---------GAGCTTTTAGAGCTTGTTGAAATGGAAGTTAGAGAATTACTTTCTTTTTACGAGTATGATGGTGATAATGGTCCTGTTGTTTCTGGTTCTGCTTTAGGTGCACTTAAT---------------GGTGAGCAAAAATGGGTAGATACA---------------------------------GTAATGGAATTGATGGAGGCTGTTGATAACTGGATCGAATTACCAAAGCGTGATGTAGATAAGGATTTCTTAATGCCTGTAGAGGATGTATTTACAATTACAGGTCGTGGAACAGTTGCAACTGGTCGTATTGAAACTGGTGTTGCTAATACAGGTGATGCTGTTGATATCATTGGTATGGGTGCTGATAAATTAGCTTCTACTATTACTGGTGTTGAAATGTTCCGTAAGATATTAGATAGAGGTGAAGCTGGTGATAACGTAGGTATCTTATTAAGAGGTATTGAAAAGTCTCAAATCAGTAGAGGTATGGTAATCTGTAAGCCAGGTTCTGTTAAGCCACACTCT------AAGTTTGAAGCTGAGGTTTATATCTTGAAAAAA------GAAGAAGGTGGTCGTCACACACCATTCCATAATAACTACCGTCCACAGTTTTACGTAAGAACAACGGATGTAACAGGAACTATT------------------AGTCTTCCTTCAGGAGTTGAAATGGTTATGCCTGGTGATAACTTAACTATTACAGTAGAATTATTATCTCCTATTGCA---------CTTAGTGAAGGTTTACGT---------TTTGCAATCCGTGAGGGTGGTAGAACAGTAGGTGCTGGTCAGGTAACTAAGATCATAGAA---------------------------------------------------......." |
|---|
| 14 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 15 | |
|---|
| 16 | strain "DSM 2039" |
|---|
| 17 | aacid "395 " |
|---|
| 18 | acc "ARB_6B3852E" |
|---|
| 19 | tmp "397 " |
|---|
| 20 | status "sorted" |
|---|
| 21 | aa "395 " |
|---|
| 22 | exclude "double entry" |
|---|
| 23 | aa_pro "395 " |
|---|
| 24 | %) /*species*/ |
|---|
| 25 | |
|---|
| 26 | species :5000 %% (% |
|---|
| 27 | name :7600 "TaxOcell" |
|---|
| 28 | flag :7000 "m" |
|---|
| 29 | full_name "Taxeobacter ocellatus" |
|---|
| 30 | short_name "T. ocellatus" |
|---|
| 31 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 32 | data :7500 "MAKETFDRSKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITTVL---------------ANKGLAA---KRDF-SSIDNAPEEKERGITINTAHVEYSTANRHYAHVDCPGHADYVKNMVTGAAQMDGAILVVAATDG----PM---PQTREHILLARQVGVPQLVVFMNKVDMVDDP---ELLELVEMEIRELLSFYDFDGDNIPVVQGSALGGLN-----GDAKWVGT-----------IEQLMDSVDNWIPIPPRLTDQPFLMPVEDVFSITGRGTVATGRIERGVINSGEPVEILGMGAENLKSTVTGVEMFRKILDRGEAGDNVGLLLRGIEKEAIRRGMVICKPGSVTPHK--KFKAEVYVLSK--EEGGRHTPFFNNYRPQFYFRTTDVTGII------SLAEGVEMVMPGDNVTISVELINAVA---MEKGLR---FAIREGGRTVGAGQVTEILD-----------------" |
|---|
| 33 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 34 | |
|---|
| 35 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 36 | data :7500 "ATGGCTAAAGAAACTTTTGACCGGTCCAAGCCGCACGTAAACATCGGCACGATCGGTCACGTGGACCACGGCAAAACGACTCTGACCGCTGCTATCACCACGGTGCTG---------------------------------------------GCTAACAAAGGTCTGGCCGCT---------AAGCGTGACTTC---TCCTCGATCGACAACGCTCCGGAGGAAAAAGAGCGCGGTATCACCATCAACACCGCTCACGTTGAGTACTCGACCGCTAATCGTCACTACGCTCACGTTGACTGCCCTGGTCACGCTGACTACGTGAAGAACATGGTAACCGGTGCTGCTCAAATGGACGGTGCTATCCTCGTGGTAGCTGCTACCGACGGG------------CCGATG---------CCCCAGACCCGTGAGCACATCCTGCTGGCTCGCCAGGTAGGTGTACCGCAGCTGGTTGTGTTCATGAACAAAGTGGACATGGTGGACGACCCC---------GAGCTGCTCGAACTCGTTGAGATGGAAATCCGCGAGCTGCTGTCGTTCTACGACTTCGACGGTGACAACATCCCGGTAGTGCAAGGTTCGGCTCTCGGCGGCCTGAAC---------------GGCGACGCCAAGTGGGTAGGCACC---------------------------------ATCGAGCAACTGATGGACTCGGTTGACAACTGGATTCCGATTCCCCCGCGTCTGACGGACCAGCCGTTCCTGATGCCGGTAGAAGACGTGTTCTCGATTACCGGCCGTGGCACCGTAGCTACGGGTCGTATCGAGCGCGGCGTAATCAACTCGGGTGAGCCGGTTGAAATCCTCGGTATGGGTGCTGAAAACCTCAAGTCGACCGTAACGGGCGTTGAGATGTTCCGCAAGATCCTTGACCGTGGCGAAGCTGGTGACAACGTAGGTCTGCTGCTCCGTGGTATTGAAAAAGAAGCCATCCGTCGCGGCATGGTTATCTGCAAACCTGGCTCGGTAACCCCCCACAAA------AAGTTCAAGGCTGAAGTTTACGTTCTGTCGAAG------GAAGAAGGTGGCCGTCACACGCCGTTCTTCAACAACTACCGTCCGCAGTTCTACTTCCGCACCACCGACGTTACCGGTATTATC------------------TCGCTGGCTGAAGGCGTAGAAATGGTAATGCCCGGCGACAACGTGACCATCTCGGTTGAGCTGATCAACGCTGTAGCT---------ATGGAGAAAGGCCTGCGC---------TTCGCTATCCGCGAAGGTGGCCGCACGGTAGGTGCCGGTCAGGTAACCGAAATCCTCGAC---------------------------------------------------......." |
|---|
| 37 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 38 | |
|---|
| 39 | strain "Myx 2105" |
|---|
| 40 | aacid "395 " |
|---|
| 41 | acc "ARB_21595EF" |
|---|
| 42 | tmp "397 " |
|---|
| 43 | status "sorted" |
|---|
| 44 | aa "395 " |
|---|
| 45 | exclude "double entry" |
|---|
| 46 | aa_pro "395 " |
|---|
| 47 | %) /*species*/ |
|---|
| 48 | |
|---|
| 49 | species :5000 %% (% |
|---|
| 50 | name :7600 "BctFra12" |
|---|
| 51 | flag :7000 "h" |
|---|
| 52 | full_name "Bacteroides fragilis" |
|---|
| 53 | short_name "B. fragilis" |
|---|
| 54 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 55 | data :7500 "MAKEKFERTKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITTVL---------------AKKGLSE---LRS-FDSIDNAPEEKERGITINTSHVEYETANRHYAHVDCPGHADYVKNMVTGAAQMDGAIIVVAATDG----PM---PQTREHILLARQVNVPKLVVFMNKCDMVEDA---EMLELVEMEMRELLSFYDFDGDNTPIIQGSALGALN-----GVEKWEDK-----------VMELMEAVDTWIPLPPRDVDKPFLMPVEDVFSITGRGTVATGRIETGVIHVGDEIEILGLGED-KKSVVTGVEMFRKLLDQGEAGDNVGLLLRGVDKNEIKRGMVLCKPGQIKPHS--KFKAEVYILKK--EEGGRHTPFHNKYRPQFYLRTMDCTGEI------TLPEGTEMVMPGDNVTITVELIYPVA---LNIGLR---FAIREGGRTVGAGQITEIID-----------------" |
|---|
| 56 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 57 | |
|---|
| 58 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 59 | data :7500 "ATGGCTAAAGAGAAATTTGAACGTACCAAACCGCACGTAAACATTGGTACAATCGGTCACGTTGACCACGGTAAAACCACTTTGACTGCTGCTATCACTACTGTGTTG---------------------------------------------GCAAAGAAAGGTCTTTCTGAA---------CTTCGTTCT---TTCGATTCTATCGATAATGCTCCTGAAGAAAAAGAAAGAGGTATTACTATCAATACTTCACACGTTGAGTATGAAACTGCTAACCGTCACTACGCACACGTTGACTGTCCGGGTCACGCTGACTACGTAAAGAACATGGTTACTGGTGCTGCTCAGATGGACGGTGCTATCATTGTAGTTGCTGCTACTGATGGT------------CCGATG---------CCTCAGACTCGTGAGCACATCCTTTTGGCTCGTCAGGTAAACGTTCCGAAGCTGGTTGTATTCATGAACAAGTGCGATATGGTTGAAGATGCT---------GAGATGTTGGAACTTGTTGAAATGGAAATGAGAGAATTGCTTTCATTCTATGATTTCGACGGTGACAATACTCCGATCATTCAGGGTTCTGCTCTTGGTGCATTGAAC---------------GGCGTAGAAAAATGGGAAGACAAA---------------------------------GTAATGGAACTGATGGAAGCTGTTGATACTTGGATTCCACTGCCTCCGCGCGATGTTGATAAACCTTTCTTGATGCCGGTAGAAGACGTGTTCTCTATCACAGGTCGTGGTACTGTAGCTACAGGTCGTATCGAAACTGGTGTTATCCATGTAGGTGATGAAATCGAAATCCTCGGTTTGGGTGAAGAT---AAGAAATCAGTTGTAACAGGTGTTGAAATGTTCCGCAAACTTCTGGATCAGGGTGAAGCTGGTGACAACGTAGGTCTGTTGCTTCGTGGTGTTGACAAGAACGAAATCAAACGTGGTATGGTTCTTTGTAAACCGGGTCAGATTAAACCTCACTCT------AAATTCAAAGCAGAGGTTTATATCCTGAAGAAA------GAAGAAGGTGGTCGTCACACTCCATTCCATAACAAATATCGTCCTCAGTTCTACCTGCGTACTATGGACTGTACAGGTGAAATC------------------ACTCTTCCGGAAGGAACTGAAATGGTAATGCCGGGTGATAACGTAACTATCACTGTAGAGTTGATCTATCCGGTTGCA---------CTGAACATCGGTCTTCGT---------TTCGCTATCCGCGAAGGTGGACGTACAGTAGGTGCTGGTCAGATTACTGAAATTATCGAC---------------------------------------------------......." |
|---|
| 60 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 61 | |
|---|
| 62 | aacid "394 " |
|---|
| 63 | acc "ARB_4560B41C" |
|---|
| 64 | tmp "396 " |
|---|
| 65 | status "sorted" |
|---|
| 66 | aa "394 " |
|---|
| 67 | aa_pro "394 " |
|---|
| 68 | %) /*species*/ |
|---|
| 69 | |
|---|
| 70 | species :5000 %% (% |
|---|
| 71 | name :7600 "StrRamo3" |
|---|
| 72 | flag :7000 "h" |
|---|
| 73 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 74 | data :7500 "MSKTAYVRTKPHLNIGTMGHVDHGKTTLTAAITKVL---------------AERGSGT---FVP-FDRIDRAPEEAARGITINIAHVEYETDTRHYAHVDMPGHADYVKNMVTGAAQLDGAILVVSALDG----IM---PQTAEHVLLARQVGVDHIVVALNKADA-GDE---ELTDLVELEVRDLLSEHGYGGDGAPVVRVSGLKALE-----GDPKWTAS-----------IEALLDAVDTYVPMPERYVDAPFLLPVENVLTITGRGTVVTGAVERGTVRVGNRVEVLGAGLE---TVVTGLETFGKPMDEAQAGDNVALLLRGVPRDAVRRGHVVAAPGSVVPRS--RFSAQVYVLSA--REGGRTTPVTSGYRPQFYIRTADVVGDV------DLGEV-GVARPGETVSMIVELGREVP---LEPGLG---FAIREGGRTVGAGTVTALV------------------" |
|---|
| 75 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 76 | |
|---|
| 77 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 78 | data :7500 "ATGTCCAAGACGGCATACGTGCGCACCAAACCGCATCTGAACATCGGCACGATGGGTCATGTCGACCACGGCAAGACCACGTTGACCGCCGCCATCACCAAGGTCCTC---------------------------------------------GCCGAGCGTGGCTCCGGGACG---------TTCGTCCCG---TTCGACCGCATCGACCGGGCCCCGGAGGAGGCCGCGCGCGGCATCACCATCAACATCGCGCACGTCGAGTACGAGACCGACACCCGGCACTACGCGCACGTCGACATGCCGGGCCACGCCGACTACGTCAAGAACATGGTCACCGGCGCCGCGCAGCTCGACGGGGCGATCCTCGTCGTCTCCGCGCTCGACGGG------------ATCATG---------CCGCAGACCGCCGAACACGTCCTGCTCGCCCGGCAGGTGGGCGTCGACCACATCGTCGTCGCCCTCAACAAGGCCGACGCG---GGCGACGAG---------GAGCTCACCGACCTCGTCGAGCTGGAGGTCCGCGATCTGCTCTCCGAGCACGGCTACGGCGGCGACGGTGCCCCCGTCGTACGGGTCTCGGGGCTGAAGGCGCTGGAG---------------GGCGACCCCAAGTGGACGGCGTCC---------------------------------ATCGAGGCGCTGCTCGACGCGGTGGACACCTACGTGCCGATGCCGGAGCGGTATGTGGACGCGCCGTTCCTGCTGCCCGTGGAGAACGTGCTCACCATCACCGGTCGGGGGACCGTGGTCACCGGAGCCGTCGAGCGGGGCACCGTGCGCGTGGGCAACCGGGTCGAAGTGCTCGGCGCCGGGCTGGAG---------ACCGTGGTCACCGGCCTGGAGACGTTCGGCAAGCCCATGGACGAGGCGCAGGCCGGGGACAACGTGGCGCTGTTGCTGCGTGGGGTTCCGCGGGACGCCGTACGGCGTGGGCATGTGGTCGCGGCGCCGGGGAGCGTGGTGCCCCGGAGT------CGATTCTCCGCGCAGGTGTATGTGCTCTCGGCC------CGCGAGGGCGGTCGTACGACTCCTGTCACCAGCGGGTATCGGCCGCAGTTCTACATCCGTACGGCGGATGTGGTGGGGGACGTC------------------GACCTGGGGGAGGTG---GGGGTCGCTCGGCCTGGGGAGACGGTTTCGATGATCGTCGAGTTGGGCCGGGAGGTTCCG---------CTGGAGCCCGGGTTGGGG---------TTCGCCATTCGTGAGGGCGGCAGGACCGTGGGGGCGGGGACCGTTACGGCCCTTGTG------------------------------------------------------......." |
|---|
| 79 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 80 | |
|---|
| 81 | full_name "Streptomyces ramocissimus" |
|---|
| 82 | aacid "389 " |
|---|
| 83 | acc "ARB_30F12BA8" |
|---|
| 84 | tmp "392 " |
|---|
| 85 | aa "389 " |
|---|
| 86 | aa_pro "389 " |
|---|
| 87 | %) /*species*/ |
|---|
| 88 | |
|---|
| 89 | species :5000 %% (% |
|---|
| 90 | name :7600 "StrCoel9" |
|---|
| 91 | file "[EBI] sctiuf3.em_ba" |
|---|
| 92 | gcg_id "SCTIUF3" |
|---|
| 93 | acc "X77040" |
|---|
| 94 | date "[EBI] 14-JAN-1994 (Rel. 38, Created) 15-MAY-1995 (Rel. 43, Last updated, Version 8)" |
|---|
| 95 | full_name "Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 96 | tax "[EBI] Eubacteria; Firmicutes; Actinomycetes; Streptomycetes; Streptomycetaceae; Streptomyces." |
|---|
| 97 | author "[EBI] van Wezel G.P., Woudt L.P., Vervenne R., Verdurmen M.L., Vijgenboom E., Bosch L. van Wezel G.P." |
|---|
| 98 | title "[EBI] Cloning and sequencing of the tuf genes of Streptomyces coelicolor A3(2)." |
|---|
| 99 | journal "[EBI] Biochim. Biophys. Acta 1219:543-547(1994). Submitted (05-JAN-1994) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. G.P. Van Wezel, Leiden Uni., Dep. of Biochemistry, PO Box 9502, 2300 RA Leiden, NETHERLANDS" |
|---|
| 100 | strain "[EBI] M145" |
|---|
| 101 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 102 | data :7500 "ATGTCCAAGACGGCGTACGTCCGCACCAAACCGCATCTGAACATCGGCACGATGGGCCATGTCGACCACGGCAAGACCACCCTGACCGCCGCCATCACCAAGGTCCTC---------------------------------------------GCCGAGCGCGGGGCCGGCAGCACCACCCAGTACGTTTCG---TTCGACCGCATCGACCGCGCCCCGGAGGAGGCGGCGCGCGGCATCACCATCAACATCGCGCACGTCGAGTACGAAACCGACACCCGGCACTACGCCCACGTCGACATGCCCGGCCACGCCGACTACGTCAAGAACATGGTCACCGGCGCCGCCCAGCTCGACGGGGCGATCCTCGTCGTATCCGCGCTGGACGGG------------ATCATG---------CCGCAGACCGCCGAACACGTGCTGCTCGCCCGGCAGGTGGGCGTCGACCACATCGTGGTCGCGCTCAACAAGGCCGACGCG---GGTGACGAG---------GAGCTGACCGACCTGGTCGAGCTGGAGGTGCGCGAACTGCTCACCGCGCACGGCTACGGCGGCGACGCCGTGCCCGTCGTACGGGTCTCGGGGCTGAAGGCCCTGGAG---------------GGCGACCCGCGGTGGACGGCCTCC---------------------------------GTCGAGGCGCTGCTCGACGCCGTGGACACGTACGTGCCCATGCCCGAGCGGTACCTGGACGCGCCGTTCCTGCTGCCGGTGGAGAACGTGCTCACCATCACCGGCCGCGGCACCGTCGTCACCGGCGCCGTCGAGCCGGGCACCGTGCGCGTCGGCGACCGGGTCGAGGTGCTCGGGGCGTCCGTCGAG---------ACGGTCGTCACCGGCCTGGAGACCTTCGGCAAGCCGATGGAGGAGGCGCAGGCCGGGGACAACGTGGCGCTGCTGCTGCGCGGGGTCGCCCGCGACACGGTGCGCCGCGGGCAGGTGGTCGCCGCACCCGGCAGCGTCGTCCCCGCGCGG------CGTTTCCGGGCCCGGGTGTACGTGCTCTCGGCG------CGCGAGGGCGGGCGCTCGACACCGCTCACCACCGGATACCGGCCGCAGTTCTACATCCGCACCGCCGACGTGGTCGGCGACGTG------------------GACCTCGGCGAGGAG---GCCGTCGCCCGGCCCGGGGACACCGTCACCATGACGGTCGAGCTGGGACGGGACGTGCCG---------CTGGAGACGGGGCTCGGC---------TTCGCGATCCGCGAGGGCGGTCGCACCGTGGGGGCGGGGACCGTGACCGCGGTGGAG------------------------------------------------------......." |
|---|
| 103 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 104 | |
|---|
| 105 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 106 | data :7500 "MSKTAYVRTKPHLNIGTMGHVDHGKTTLTAAITKVL---------------AERGAGSTTQYVS-FDRIDRAPEEAARGITINIAHVEYETDTRHYAHVDMPGHADYVKNMVTGAAQLDGAILVVSALDG----IM---PQTAEHVLLARQVGVDHIVVALNKADA-GDE---ELTDLVELEVRELLTAHGYGGDAVPVVRVSGLKALE-----GDPRWTAS-----------VEALLDAVDTYVPMPERYLDAPFLLPVENVLTITGRGTVVTGAVEPGTVRVGDRVEVLGASVE---TVVTGLETFGKPMEEAQAGDNVALLLRGVARDTVRRGQVVAAPGSVVPAR--RFRARVYVLSA--REGGRSTPLTTGYRPQFYIRTADVVGDV------DLGEE-AVARPGDTVTMTVELGRDVP---LETGLG---FAIREGGRTVGAGTVTAVE------------------" |
|---|
| 107 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 108 | |
|---|
| 109 | aacid "392 " |
|---|
| 110 | nuc "1179 " |
|---|
| 111 | db_name "[EBI] Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 112 | gene "[EBI] S.coelicolor tuf3 gene" |
|---|
| 113 | id "[EBI] SCTIUF3" |
|---|
| 114 | keywords "[EBI] elongation factor Tu3 tuf3 gene." |
|---|
| 115 | tmp "395 " |
|---|
| 116 | aa "392 " |
|---|
| 117 | aa_pro "392 " |
|---|
| 118 | %) /*species*/ |
|---|
| 119 | |
|---|
| 120 | species :5000 %% (% |
|---|
| 121 | name :7600 "MucRacem" |
|---|
| 122 | flag :7000 "h" |
|---|
| 123 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 124 | data :7500 "MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYNVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAILIIAGGTGEFEAGISKDGQTREHALLAFTLGFRQLIVAINKMDTTKW-SQDRYNEIVKEVSGFI-KKIGFNPKSVPFVPISGWHGDNMLDESTNMPWFKGWNKETKAGSKTGKTLLEAID-AIEPPVRPSDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGTIKAGMVVNFAPAAV---TTEVKSVEMHHETLTEGLPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCSDSKNDPAKESASFTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFSELIEKIDRRSGKKMEDSPKFVKSGDSAIVKMVPSKPMCVEAYTDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVEKVDKAGKVTKAAAKASKK" |
|---|
| 125 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 126 | |
|---|
| 127 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 128 | data :7500 "ATGGGTAAAGAG---------------AAGACTCACGTTAACGTCGTCGTCATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAATCTACTACTACTGGTCACTTGATTTACAAGTGTGGTGGTATTGATAAGCGTACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGAAGCTGCCGAACTCGGTAAGGGTTCT---------TTCAAGTACGCC---TGGGTCCTTGATAAACTTAAGGCTGAACGTGAGCGTGGTATCACCATTGATATCGCTCTCTGGAAGTTCGAGACCCCCAAGTACAACGTTACTGTTATTGATGCTCCCGGCCATCGTGATTTCATCAAGAACATGATTACTGGTACTTCTCAAGCTGATTGTGCTATTCTTATCATTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTCAAACCCGTGAGCACGCTCTTCTTGCCTTCACCTTGGGTTTCCGTCAATTGATTGTTGCTATCAACAAGATGGATACCACCAAGTGG---TCTCAAGATCGTTACAACGAAATCGTCAAGGAAGTTTCCGGTTTCATC---AAGAAGATTGGTTTCAACCCCAAGTCTGTTCCCTTCGTCCCCATCTCTGGCTGGCACGGTGATAACATGTTGGATGAATCCACCAACATGCCCTGGTTCAAGGGATGGAACAAGGAGACCAAGGCTGGTTCCAAGACCGGTAAGACTCTCCTCGAAGCCATCGAT---GCTATTGAGCCCCCTGTCCGTCCTTCCGACAAGCCTCTCCGTCTTCCCCTCCAAGATGTCTACAAGATTGGTGGTATTGGTACAGTTCCCGTTGGTCGTGTTGAGACTGGTACTATCAAGGCTGGTATGGTTGTCAACTTTGCTCCCGCTGCTGTC---------ACCACCGAAGTCAAGTCCGTCGAAATGCATCACGAAACCCTCACTGAAGGTCTCCCCGGTGACAACGTCGGTTTCAACGTCAAGAACGTCTCCGTCAAGGATATCCGTCGTGGTAACGTCTGTTCCGACTCCAAGAACGATCCCGCTAAGGAATCTGCCTCTTTCACCGCTCAAGTTATTATCTTGAACCACCCCGGTCAAATCTCTGCTGGTTACGCACCAGTTCTCGATTGTCACACTGCTCACATCGCCTGTAAGTTCTCTGAACTCATTGAGAAGATTGATCGTCGTTCCGGTAAGAAGATGGAGGATTCTCCCAAGTTCGTCAAGTCTGGTGATTCCGCTATCGTCAAGATGGTTCCCTCCAAGCCCATGTGTGTCGAAGCTTACACTGACTATCCTCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTCCGTGATATGCGTCAAACCGTCGCTGTCGGTGTCATCAAGGCTGTCGAGAAGGTTGACAAGGCTGGTAAGGTCACCAAGGCCGCTGCCAAGGCTTCCAAGAAA......." |
|---|
| 129 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 130 | |
|---|
| 131 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 132 | aacid "458 " |
|---|
| 133 | acc "ARB_5ADBD66E" |
|---|
| 134 | tmp "445 " |
|---|
| 135 | exclude "does not align" |
|---|
| 136 | aa "458 " |
|---|
| 137 | aa_pro "441 " |
|---|
| 138 | %) /*species*/ |
|---|
| 139 | |
|---|
| 140 | species :5000 %% (% |
|---|
| 141 | name :7600 "MucRace2" |
|---|
| 142 | flag :7000 "h" |
|---|
| 143 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 144 | data :7500 "MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYNVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAILIIAGGTGEFEAGISKDGQTREHALLAFTLGVRQLIVAINKMDTTKW-SQDRYNEIVKEVSGFI-KKIGFNPKSVPFVPISGWHGDNMLDESTNMPWFKGWNKETKAGSKTGKTLLEAID-AIEPPVRPSDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGTIKAGMVVNFAPAAV---TTEVKSVEMHHETLTEGLPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCSDSKNDPAKESASFTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFSELIEKIDRRS-EKMEDSPKFVKSGDSAIVKMVPSKPMCVEAYTDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVEKVDKAGKVTKAAAKASKK" |
|---|
| 145 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 146 | |
|---|
| 147 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 148 | data :7500 "ATGGGTAAGGAG---------------AAGACTCACGTTAACGTCGTCGTCATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAATCTACTACTACTGGTCACTTGATTTACAAGTGTGGTGGTATTGATAAGCGTACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGAAGCTGCCGAACTCGGTAAGGGTTCT---------TTCAAGTACGCT---TGGGTCCTTGATAAACTTAAGGCTGAACGTGAGCGTGGTATCACCATTGATATCGCTCTCTGGAAGTTCGAGACCCCCAAGTACAACGTCACCGTTATTGATGCTCCCGGTCATCGTGATTTCATCAAGAACATGATTACTGGTACTTCTCAAGCCGATTGTGCCATTCTTATTATTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTCAAACCCGTGAGCACGCTCTTCTTGCCTTCACCTTGGGTGTCCGTCAATTGATTGTTGCTATCAACAAGATGGATACCACCAAGTGG---TCTCAAGATCGTTACAACGAAATCGTCAAGGAAGTTTCCGGTTTCATC---AAGAAGATTGGTTTCAACCCCAAGTCTGTTCCCTTCGTCCCCATCTCTGGCTGGCACGGTGATAACATGTTGGATGAATCCACCAACATGCCCTGGTTCAAGGGATGGAACAAGGAGACCAAGGCTGGTTCCAAGACCGGTAAGACTCTCCTCGAAGCCATCGAT---GCTATTGAGCCCCCTGTCCGTCCTTCCGACAAGCCTCTCCGTCTTCCCCTCCAAGATGTCTACAAGATTGGTGGTATTGGTACAGTTCCCGTTGGTCGTGTTGAGACTGGTACTATCAAGGCTGGTATGGTTGTCAACTTTGCTCCCGCTGCTGTC---------ACCACCGAAGTCAAGTCCGTCGAAATGCACCACGAAACCCTCACTGAAGGTCTCCCCGGTGACAACGTTGGTTTCAACGTCAAGAACGTCTCCGTCAAGGATATCCGTCGTGGTAACGTCTGTTCCGACTCCAAGAACGATCCCGCTAAGGAATCTGCCTCTTTCACCGCTCAAGTTATCATCTTGAACCACCCCGGTCAAATCTCTGCTGGTTACGCACCAGTTCTCGATTGTCACACTGCTCACATCGCCTGTAAGTTCTCTGAACTCATTGAGAAGATTGATCGTCGTTCC---GAGAAGATGGAGGATTCTCCTAAGTTTGTCAAGTCTGGTGATTCCGCTATCGTCAAGATGGTTCCCTCCAAGCCCATGTGTGTCGAAGCTTACACTGACTATCCTCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTCCGTGATATGCGTCAAACCGTCGCTGTCGGTGTCATCAAGGCCGTCGAGAAGGTTGACAAGGCTGGTAAGGTCACCAAGGCCGCTGCCAAGGCTTCCAAGAAA......." |
|---|
| 149 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 150 | |
|---|
| 151 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 152 | aacid "457 " |
|---|
| 153 | acc "ARB_3627F120" |
|---|
| 154 | tmp "444 " |
|---|
| 155 | exclude "does not align" |
|---|
| 156 | aa "457 " |
|---|
| 157 | aa_pro "440 " |
|---|
| 158 | %) /*species*/ |
|---|
| 159 | |
|---|
| 160 | species :5000 %% (% |
|---|
| 161 | name :7600 "MucRace3" |
|---|
| 162 | flag :7000 "h" |
|---|
| 163 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 164 | data :7500 "MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEEFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYNVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAILIIAGGTGEFEAGISKDGQTREHALLAFTLGFRQLIVAINKMDTTKW-SQDRYNEIVKEVSGFI-KKIGFNPKSVPFVPISGWHGDNMLDESTNMPWFKGWNKETKAGSKTGKTLLEAID-AIEPPVRPSDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGTIKAGMVVNFAPAAV---TTEVKSVEMHHETLTEGLPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCSDSKNDPAKESASFTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFSELIEKIDRRSGKKMEDSPKFVKSGDSAIVKMVPSKPMCVEAYTDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVEKVDKAGKVTKAAAKASKK" |
|---|
| 165 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 166 | |
|---|
| 167 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 168 | data :7500 "ATGGGTAAAGAG---------------AAGACTCACGTTAACGTTGTCGTTATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAGTCCACCACCACTGGTCACTTGATTTACAAGTGTGGTGGTATCGACAAGCGTACCATCGAAGAGTTCGAGAAGGAAGCTGCTGAACTCGGTAAGGGTTCC---------TTCAAGTACGCC---TGGGTTCTTGACAAACTCAAGGCTGAACGTGAGCGTGGTATCACCATCGATATTGCTCTCTGGAAGTTCGAGACCCCCAAGTACAATGTCACTGTCATTGATGCTCCTGGCCATCGTGATTTCATCAAGAACATGATTACTGGTACTTCTCAAGCTGATTGTGCTATTCTTATCATTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTCAAACCCGTGAGCACGCTCTTCTTGCCTTCACCTTGGGGTTCCGTCAATTGATTGTTGCTATCAACAAGATGGATACCACCAAGTGG---TCTCAAGATCGTTACAACGAAATCGTCAAGGAAGTTTCCGGTTTCATC---AAGAAGATTGGTTTCAACCCCAAGTCTGTTCCCTTCGTCCCCATCTCTGGCTGGCACGGTGATAACATGTTGGATGAATCCACCAACATGCCCTGGTTCAAGGGATGGAACAAGGAGACCAAGGCTGGTTCCAAGACCGGTAAGACTCTCCTCGAAGCCATCGAT---GCTATTGAGCCCCCTGTCCGTCCCTCCGACAAGCCTCTCCGTCTTCCCCTCCAAGATGTCTACAAGATTGGTGGTATTGGTACAGTTCCCGTTGGTCGTGTTGAGACTGGTACTATCAAGGCTGGTATGGTTGTCAACTTTGCTCCCGCTGCTGTC---------ACCACCGAAGTCAAGTCCGTCGAAATGCACCACGAAACCCTCACTGAAGGTCTCCCCGGTGACAACGTCGGTTTCAACGTCAAGAACGTCTCCGTCAAGGATATCCGTCGTGGTAACGTCTGTTCCGACTCCAAGAACGATCCCGCCAAGGAATCTGCCTCTTTCACCGCTCAAGTTATTATCTTGAACCACCCCGGTCAAATCTCTGCTGGTTACGCACCAGTTCTCGATTGTCACACTGCTCACATCGCCTGTAAGTTCTCTGAACTCATTGAGAAGATTGATCGTCGTTCCGGTAAGAAGATGGAGGATAGCCCCAAGTTCGTCAAGTCTGGTGATTCCGCTATCGTCAAGATGGTTCCCTCCAAGCCCATGTGTGTCGAAGCTTACACTGACTATCCTCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTCCGTGATATGCGTCAAACCGTCGCTGTCGGTGTCATCAAGGCCGTCGAGAAGGTTGACAAGGCTGGTAAGGTCACCAAGGCCGCTGCCAAGGCTTCCAAGAAA......." |
|---|
| 169 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 170 | |
|---|
| 171 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 172 | aacid "458 " |
|---|
| 173 | acc "ARB_73CEEA74" |
|---|
| 174 | tmp "445 " |
|---|
| 175 | exclude "does not align" |
|---|
| 176 | aa "458 " |
|---|
| 177 | aa_pro "441 " |
|---|
| 178 | %) /*species*/ |
|---|
| 179 | |
|---|
| 180 | species :5000 %% (% |
|---|
| 181 | name :7600 "AbdGlauc" |
|---|
| 182 | flag :7000 "h" |
|---|
| 183 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 184 | data :7500 "MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYHVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCGILIIAAGTGEFEAGISKDGQTREHALLAFTLGVRQLIVAINKMDSTKW-SEQRFNEIIKEVSGFI-KKIGFNPKSVPFVPISGWHGDNMLEESTNMPWYKGWNKETKAGAKSGKTLLDAID-AIDPPQRPSDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVIKAGMVVTFAPANV---TTEVKSVEMHHEQLVEGLPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCSDSKNDPAKEAGSFTAQVIVLNHPGQIGAGYAPVLDCHTAHIACKFAELLEKIDRRSGKKLEDAPKFVKSGDSAIVKMIPSKPMCVEAYTDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVEKVDKAGKVTKAAAKAGEK" |
|---|
| 185 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 186 | |
|---|
| 187 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 188 | data :7500 "ATGGGTAAAGAA---------------AAGACTCACGTTAACGTCGTTGTCATTGGTCACGTCGATTCTGGTAAATCCACCACCACTGGTCATTTGATCTACAAGTGCGGTGGTATTGACAAGCGTACCATTGAAAAGTTCGAAAAGGAAGCTGCTGAACTCGGTAAGGGTTCC---------TTCAAGTACGCC---TGGGTGTTGGACAAGCTCAAGGCCGAACGTGAACGTGGTATCACCATCGATATCGCTCTCTGGAAGTTCGAAACCCCCAAGTACCACGTCACCGTCATTGACGCCCCTGGCCATCGTGATTTCATCAAGAACATGATTACTGGTACTTCTCAAGCTGATTGCGGTATTCTTATCATTGCTGCCGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTCAAACCCGTGAACACGCTTTGTTGGCTTTCACCCTCGGTGTCCGTCAATTGATCGTCGCCATTAACAAGATGGATTCCACCAAGTGG---TCCGAACAACGCTTCAACGAAATCATCAAGGAAGTGTCTGGCTTCATC---AAGAAGATCGGTTTCAACCCCAAGTCTGTCCCCTTCGTCCCCATCTCTGGCTGGCACGGTGACAACATGTTGGAAGAATCTACCAACATGCCCTGGTACAAGGGATGGAACAAGGAAACCAAGGCTGGTGCCAAGTCTGGCAAGACTCTCTTGGATGCCATCGAT---GCTATTGATCCTCCTCAACGTCCTTCCGACAAGCCCCTCCGTCTCCCTCTTCAAGATGTGTACAAGATCGGTGGTATTGGTACTGTCCCCGTCGGTCGTGTCGAAACTGGTGTCATCAAGGCCGGTATGGTCGTCACCTTCGCTCCCGCTAACGTC---------ACCACTGAAGTCAAGTCCGTCGAAATGCATCACGAACAATTGGTTGAAGGTCTCCCCGGTGACAACGTCGGTTTCAACGTCAAGAACGTCTCCGTCAAGGATATCCGTCGTGGTAACGTCTGCTCTGACTCCAAGAACGACCCCGCCAAGGAAGCCGGCTCCTTCACTGCCCAAGTCATTGTCCTTAACCATCCTGGTCAAATCGGTGCTGGTTACGCTCCTGTCTTGGATTGCCACACTGCTCACATTGCCTGTAAGTTCGCCGAACTCTTGGAAAAGATCGATCGTCGTTCCGGTAAGAAGCTCGAAGATGCTCCCAAGTTCGTCAAGTCTGGTGATTCCGCTATCGTCAAGATGATCCCCTCCAAGCCCATGTGTGTCGAAGCTTACACTGACTACCCTCCTCTTGGTCGTTTCGCCGTCCGTGATATGCGTCAAACCGTCGCTGTTGGTGTCATCAAGGCCGTCGAAAAGGTTGACAAGGCTGGCAAGGTCACCAAGGCTGCTGCCAAGGCTGGCGAGAAA......." |
|---|
| 189 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 190 | |
|---|
| 191 | full_name "Absidia glauca" |
|---|
| 192 | aacid "458 " |
|---|
| 193 | acc "ARB_A706F312" |
|---|
| 194 | tmp "445 " |
|---|
| 195 | exclude "does not align" |
|---|
| 196 | aa "458 " |
|---|
| 197 | aa_pro "441 " |
|---|
| 198 | %) /*species*/ |
|---|
| 199 | |
|---|
| 200 | species :5000 %% (% |
|---|
| 201 | name :7600 "SacCere5" |
|---|
| 202 | flag :7000 "h" |
|---|
| 203 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 204 | data :7500 "MGKE-----KSHINVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYQVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAILIIAGGVGEFEAGISKDGQTREHALLAFTLGVRQLIVAVNKMDSVKW-DESRFQEIVKETSNFI-KKVGYNPKTVPFVPISGWNGDNMIEATTNAPWYKGWEKETKAGVVKGKTLLEAID-AIEQPSRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVIKPGMVVTFAPAGV---TTEVKSVEMHHEQLEQGVPGDNVGFNVKNVSVKEIRRGNVCGDAKNDPPKGCASFNATVIVLNHPGQISAGYSPVLDCHTAHIACRFDELLEKNDRRSGKKLEDHPKFLKSGDAALVKFVPSKPMCVEAFSEYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKSVDKTEKAAKVTKAAQKAAKK" |
|---|
| 205 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 206 | |
|---|
| 207 | full_name "Saccharomyces cerevisiae" |
|---|
| 208 | aacid "458 " |
|---|
| 209 | acc "ARB_63F7364D" |
|---|
| 210 | tmp "445 " |
|---|
| 211 | exclude "does not align" |
|---|
| 212 | aa "458 " |
|---|
| 213 | aa_pro "441 " |
|---|
| 214 | %) /*species*/ |
|---|
| 215 | |
|---|
| 216 | species :5000 %% (% |
|---|
| 217 | name :7600 "CddAlbic" |
|---|
| 218 | flag :7000 "h" |
|---|
| 219 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 220 | data :7500 "MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYHVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAILIIAGGTGEFEAGISKDGQTREHALLAYTLGVKQLIVAVNKMDSVKW-DKNRFEEIIKETSNFV-KKVGYNPKTVPFVPISGWNGDNMIEPSTNCPWYKGWEKETKSGKVTGKTLLEAID-AIEPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGIIKAGMVVTFAPAGV---TTEVKSVEMHHEQLAEGVPGDNVGFNVKNVSVKEIRRGNVCGDSNNDPPKGCDSFNAQVIVLNHPGQISAGYSPVLDCHTAHIACKFDTLVEKIDRRTGKKLEENPKFVKSGDAAIVKMVPTKPMCVEAFTDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKSVEKSDKAGKVTKAAQKAAKK" |
|---|
| 221 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 222 | |
|---|
| 223 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 224 | data :7500 "ATGGGTAAAGAA---------------AAAACTCACGTTAACGTTGTTGTTATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAATCTACTACCACCGGTCACTTAATTTACAAGTGTGGTGGTATCGATAAAAGAACCATTGAAAAATTCGAAAAAGAAGCTGCTGAATTGGGTAAAGGTTCT---------TTCAAATACGCT---TGGGTCTTGGACAAATTGAAGGCTGAAAGAGAAAGAGGTATCACCATTGATATTGCTTTGTGGAAATTCGAAACTCCAAAATACCACGTTACCGTCATTGATGCTCCAGGTCACAGAGATTTCATCAAGAATATGATCACTGGTACTTCTCAAGCTGATTGTGCTATTTTGATTATTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCCGGTATTTCTAAGGATGGTCAAACCAGAGAACACGCTTTGTTGGCTTACACTTTGGGTGTCAAACAATTGATTGTTGCTGTCAACAAGATGGACTCTGTCAAATGG---GACAAAAACAGATTTGAAGAAATCATCAAGGAAACCTCCAACTTCGTC---AAGAAGGTTGGTTACAACCCAAAGACTGTTCCATTCGTTCCAATCTCTGGTTGGAATGGTGACAACATGATTGAACCATCCACCAACTGTCCATGGTACAAGGGTTGGGAAAAGGAAACCAAATCCGGTAAAGTTACTGGTAAGACCTTGTTAGAAGCTATTGAC---GCTATTGAACCACCAACCAGACCAACCGACAAACCATTGAGATTGCCATTGCAAGATGTTTACAAGATTGGTGGTATTGGTACTGTGCCAGTCGGTAGAGTTGAAACTGGTATCATCAAAGCCGGTATGGTTGTTACTTTCGCCCCAGCTGGTGTT---------ACCACTGAAGTCAAGTCCGTTGAAATGCATCACGAACAATTGGCTGAAGGTGTTCCAGGTGACAATGTTGGTTTCAACGTTAAGAACGTTTCCGTTAAAGAAATTAGAAGAGGTAACGTTTGTGGTGACTCCAATAACGATCCACCAAAGGGTTGTGACTCTTTCAATGCCCAAGTCATTGTTTTGAACCATCCAGGTCAAATCTCTGCTGGTTACTCTCCAGTCTTGGATTGTCACACTGCCCACATTGCTTGTAAATTCGACACTTTGGTTGAAAAGATTGACAGAAGAACTGGTAAGAAATTGGAAGAAAATCCAAAATTCGTCAAATCCGGTGATGCTGCTATCGTCAAGATGGTCCCAACCAAACCAATGTGTGTTGAAGCTTTCACTGACTACCCACCATTAGGTAGATTCGCTGTCAGAGATATGAGACAAACCGTTGCTGTTGGTGTCATCAAATCTGTTGAAAAATCCGACAAAGCTGGTAAAGTTACCAAGGCTGCTCAAAAAGCTGCTAAGAAA......." |
|---|
| 225 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 226 | |
|---|
| 227 | full_name "Candida albicans" |
|---|
| 228 | aacid "458 " |
|---|
| 229 | acc "ARB_10F3627F" |
|---|
| 230 | tmp "445 " |
|---|
| 231 | exclude "does not align" |
|---|
| 232 | aa "458 " |
|---|
| 233 | aa_pro "441 " |
|---|
| 234 | %) /*species*/ |
|---|
| 235 | |
|---|
| 236 | %) /*species_data*/ |
|---|
| 237 | |
|---|
| 238 | tree_data %% (% |
|---|
| 239 | tree_prot %% (% |
|---|
| 240 | tree "N0.58482,3.41564;N0.58248,0.66885;N0.04119,0.27423;N0.27475,0.31772;LBctFra12\ALCytLyti6\ALTaxOcell\AN0.09705,0.15387;LStrRamo3\ALStrCoel9\AN0.12346,0.09193;N0.07553,0.07358;N0.06787,0.09757;N0.01554,-0.00981;LMucRacem\ALMucRace2\ALMucRace3\ALAbdGlauc\AN0.17475,0.02915;LSacCere5\ALCddAlbic\A" |
|---|
| 241 | nnodes %i 10 |
|---|
| 242 | ruler %% (% |
|---|
| 243 | size %f 0.1 |
|---|
| 244 | RADIAL %% (% |
|---|
| 245 | ruler_y %f 5.80564 |
|---|
| 246 | ruler_x %f 0 |
|---|
| 247 | %) /*RADIAL*/ |
|---|
| 248 | |
|---|
| 249 | text_x %f 0 |
|---|
| 250 | text_y %f 0 |
|---|
| 251 | ruler_width %i 0 |
|---|
| 252 | LIST %% (% |
|---|
| 253 | ruler_y %f 0 |
|---|
| 254 | ruler_x %f 0 |
|---|
| 255 | text_x %f 0 |
|---|
| 256 | text_y %f 0 |
|---|
| 257 | %) /*LIST*/ |
|---|
| 258 | |
|---|
| 259 | %) /*ruler*/ |
|---|
| 260 | |
|---|
| 261 | security %i 0 |
|---|
| 262 | remark "Phylip Categories Neighbour dotgapmax _834\n[created as copy of 'tree_workdec']" |
|---|
| 263 | node %% (% |
|---|
| 264 | id %i 5 |
|---|
| 265 | group_name "Eukarya EF-Tu" |
|---|
| 266 | %) /*node*/ |
|---|
| 267 | |
|---|
| 268 | node %% (% |
|---|
| 269 | id %i 1 |
|---|
| 270 | group_name "Bacteria EF-Tu" |
|---|
| 271 | %) /*node*/ |
|---|
| 272 | |
|---|
| 273 | node %% (% |
|---|
| 274 | id %i 0 |
|---|
| 275 | group_name "EF-Tu / EF-1a" |
|---|
| 276 | %) /*node*/ |
|---|
| 277 | |
|---|
| 278 | %) /*tree_prot*/ |
|---|
| 279 | |
|---|
| 280 | %) /*tree_data*/ |
|---|
| 281 | |
|---|
| 282 | arb_presets %% (% |
|---|
| 283 | fonts %% (% |
|---|
| 284 | font0 %% (% |
|---|
| 285 | family %i 2 |
|---|
| 286 | style %i 3 |
|---|
| 287 | size %i 6 |
|---|
| 288 | %) /*font0*/ |
|---|
| 289 | |
|---|
| 290 | font1 %% (% |
|---|
| 291 | family %i 2 |
|---|
| 292 | style %i 3 |
|---|
| 293 | size %i 5 |
|---|
| 294 | %) /*font1*/ |
|---|
| 295 | |
|---|
| 296 | font2 %% (% |
|---|
| 297 | family %i 0 |
|---|
| 298 | style %i 0 |
|---|
| 299 | size %i 0 |
|---|
| 300 | %) /*font2*/ |
|---|
| 301 | |
|---|
| 302 | font3 %% (% |
|---|
| 303 | family %i 0 |
|---|
| 304 | style %i 0 |
|---|
| 305 | size %i 0 |
|---|
| 306 | %) /*font3*/ |
|---|
| 307 | |
|---|
| 308 | font4 %% (% |
|---|
| 309 | family %i 0 |
|---|
| 310 | style %i 0 |
|---|
| 311 | size %i 0 |
|---|
| 312 | %) /*font4*/ |
|---|
| 313 | |
|---|
| 314 | font5 %% (% |
|---|
| 315 | family %i 0 |
|---|
| 316 | style %i 0 |
|---|
| 317 | size %i 0 |
|---|
| 318 | %) /*font5*/ |
|---|
| 319 | |
|---|
| 320 | %) /*fonts*/ |
|---|
| 321 | |
|---|
| 322 | div %% (% |
|---|
| 323 | add_width_xfig %i 2 |
|---|
| 324 | ruler_len %f 0.1 |
|---|
| 325 | ruler_width %i 2 |
|---|
| 326 | ruler_x_offset %f 0 |
|---|
| 327 | ruler_y_offset %f 0.5 |
|---|
| 328 | %) /*div*/ |
|---|
| 329 | |
|---|
| 330 | tool0 %% (% |
|---|
| 331 | text "fastdnaml" |
|---|
| 332 | tool_command "fastdnaml <!s &" |
|---|
| 333 | tool_file_type_save %i 3 |
|---|
| 334 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 335 | %) /*tool0*/ |
|---|
| 336 | |
|---|
| 337 | tool1 %% (% |
|---|
| 338 | text "treetool " |
|---|
| 339 | tool_command "treetool !s" |
|---|
| 340 | tool_file_type_save %i 6 |
|---|
| 341 | tool_file_type_load %i 6 |
|---|
| 342 | %) /*tool1*/ |
|---|
| 343 | |
|---|
| 344 | tool2 %% (% |
|---|
| 345 | text "edtu" |
|---|
| 346 | tool_command "arb_edtu : &" |
|---|
| 347 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 348 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 349 | %) /*tool2*/ |
|---|
| 350 | |
|---|
| 351 | tool3 %% (% |
|---|
| 352 | text "phyl" |
|---|
| 353 | tool_command "arb_phyl : &" |
|---|
| 354 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 355 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 356 | %) /*tool3*/ |
|---|
| 357 | |
|---|
| 358 | tool4 %% (% |
|---|
| 359 | text "adm" |
|---|
| 360 | tool_command "arb_adm : &" |
|---|
| 361 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 362 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 363 | %) /*tool4*/ |
|---|
| 364 | |
|---|
| 365 | tool5 %% (% |
|---|
| 366 | text "TOOL 6 " |
|---|
| 367 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 368 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 369 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 370 | %) /*tool5*/ |
|---|
| 371 | |
|---|
| 372 | tool6 %% (% |
|---|
| 373 | text "TOOL 7 " |
|---|
| 374 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 375 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 376 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 377 | %) /*tool6*/ |
|---|
| 378 | |
|---|
| 379 | tool7 %% (% |
|---|
| 380 | text "TOOL 8 " |
|---|
| 381 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 382 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 383 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 384 | %) /*tool7*/ |
|---|
| 385 | |
|---|
| 386 | tool8 %% (% |
|---|
| 387 | text "TOOL 9 " |
|---|
| 388 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 389 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 390 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 391 | %) /*tool8*/ |
|---|
| 392 | |
|---|
| 393 | viewkey %% (% |
|---|
| 394 | key_text "name" |
|---|
| 395 | len1 %i 10 |
|---|
| 396 | flag2 %i 0 |
|---|
| 397 | len2 %i 10 |
|---|
| 398 | start %i 0 |
|---|
| 399 | pars "" |
|---|
| 400 | group %i 0 |
|---|
| 401 | leaf %i 1 |
|---|
| 402 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 403 | |
|---|
| 404 | changekey %% (% |
|---|
| 405 | changekey_text "name" |
|---|
| 406 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 407 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 408 | |
|---|
| 409 | changekey %% (% |
|---|
| 410 | changekey_text "full_name" |
|---|
| 411 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 412 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 413 | |
|---|
| 414 | changekey %% (% |
|---|
| 415 | changekey_text "group_name" |
|---|
| 416 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 417 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 418 | |
|---|
| 419 | changekey %% (% |
|---|
| 420 | changekey_text "flag" |
|---|
| 421 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 422 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 423 | |
|---|
| 424 | changekey %% (% |
|---|
| 425 | changekey_text "alignment" |
|---|
| 426 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 427 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 428 | |
|---|
| 429 | changekey %% (% |
|---|
| 430 | changekey_text "errors" |
|---|
| 431 | changekey_type %i 1 |
|---|
| 432 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 433 | |
|---|
| 434 | changekey %% (% |
|---|
| 435 | changekey_text "acc" |
|---|
| 436 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 437 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 438 | |
|---|
| 439 | changekey %% (% |
|---|
| 440 | changekey_text "author" |
|---|
| 441 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 442 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 443 | |
|---|
| 444 | changekey %% (% |
|---|
| 445 | changekey_text "date" |
|---|
| 446 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 447 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 448 | |
|---|
| 449 | changekey %% (% |
|---|
| 450 | changekey_text "in use" |
|---|
| 451 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 452 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 453 | |
|---|
| 454 | changekey %% (% |
|---|
| 455 | changekey_text "font" |
|---|
| 456 | changekey_type %i 1 |
|---|
| 457 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 458 | |
|---|
| 459 | viewkey %% (% |
|---|
| 460 | key_text "full_name" |
|---|
| 461 | len1 %i 30 |
|---|
| 462 | flag2 %i 0 |
|---|
| 463 | len2 %i 10 |
|---|
| 464 | start %i 0 |
|---|
| 465 | pars "" |
|---|
| 466 | group %i 0 |
|---|
| 467 | leaf %i 1 |
|---|
| 468 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 469 | |
|---|
| 470 | viewkey %% (% |
|---|
| 471 | key_text "" |
|---|
| 472 | len1 %i 40 |
|---|
| 473 | flag2 %i 0 |
|---|
| 474 | len2 %i 10 |
|---|
| 475 | start %i 0 |
|---|
| 476 | pars "taxonomy(1)" |
|---|
| 477 | group %i 1 |
|---|
| 478 | leaf %i 1 |
|---|
| 479 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 480 | |
|---|
| 481 | viewkey %% (% |
|---|
| 482 | key_text "acc" |
|---|
| 483 | len1 %i 90 |
|---|
| 484 | flag2 %i 0 |
|---|
| 485 | len2 %i 10 |
|---|
| 486 | start %i 0 |
|---|
| 487 | pars ":*=[*]" |
|---|
| 488 | group %i 0 |
|---|
| 489 | leaf %i 1 |
|---|
| 490 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 491 | |
|---|
| 492 | changekey %% (% |
|---|
| 493 | changekey_text "short_name" |
|---|
| 494 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 495 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 496 | |
|---|
| 497 | viewkey %% (% |
|---|
| 498 | key_text "def" |
|---|
| 499 | len1 %i 10 |
|---|
| 500 | flag2 %i 0 |
|---|
| 501 | len2 %i 10 |
|---|
| 502 | start %i 0 |
|---|
| 503 | pars "" |
|---|
| 504 | group %i 0 |
|---|
| 505 | leaf %i 0 |
|---|
| 506 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 507 | |
|---|
| 508 | changekey %% (% |
|---|
| 509 | changekey_text "strain" |
|---|
| 510 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 511 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 512 | |
|---|
| 513 | viewkey %% (% |
|---|
| 514 | key_text "ali_tuf_pro/data" |
|---|
| 515 | pars "" |
|---|
| 516 | len1 %i 30 |
|---|
| 517 | start %i 0 |
|---|
| 518 | group %i 0 |
|---|
| 519 | leaf %i 0 |
|---|
| 520 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 521 | |
|---|
| 522 | viewkey %% (% |
|---|
| 523 | key_text "aacid" |
|---|
| 524 | pars "" |
|---|
| 525 | len1 %i 30 |
|---|
| 526 | start %i 0 |
|---|
| 527 | group %i 0 |
|---|
| 528 | leaf %i 0 |
|---|
| 529 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 530 | |
|---|
| 531 | viewkey %% (% |
|---|
| 532 | key_text "ebi_tax" |
|---|
| 533 | pars "" |
|---|
| 534 | len1 %i 30 |
|---|
| 535 | start %i 0 |
|---|
| 536 | group %i 0 |
|---|
| 537 | leaf %i 0 |
|---|
| 538 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 539 | |
|---|
| 540 | viewkey %% (% |
|---|
| 541 | key_text "aa" |
|---|
| 542 | pars "" |
|---|
| 543 | len1 %i 30 |
|---|
| 544 | start %i 0 |
|---|
| 545 | group %i 0 |
|---|
| 546 | leaf %i 0 |
|---|
| 547 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 548 | |
|---|
| 549 | viewkey %% (% |
|---|
| 550 | key_text "aa_pro" |
|---|
| 551 | pars "" |
|---|
| 552 | len1 %i 30 |
|---|
| 553 | start %i 0 |
|---|
| 554 | group %i 0 |
|---|
| 555 | leaf %i 0 |
|---|
| 556 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 557 | |
|---|
| 558 | viewkey %% (% |
|---|
| 559 | key_text "" |
|---|
| 560 | len1 %i 30 |
|---|
| 561 | pars "" |
|---|
| 562 | group %i 0 |
|---|
| 563 | leaf %i 0 |
|---|
| 564 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 565 | |
|---|
| 566 | viewkey %% (% |
|---|
| 567 | key_text "" |
|---|
| 568 | len1 %i 30 |
|---|
| 569 | pars "" |
|---|
| 570 | group %i 0 |
|---|
| 571 | leaf %i 0 |
|---|
| 572 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 573 | |
|---|
| 574 | viewkey %% (% |
|---|
| 575 | key_text "" |
|---|
| 576 | len1 %i 30 |
|---|
| 577 | pars "" |
|---|
| 578 | group %i 0 |
|---|
| 579 | leaf %i 0 |
|---|
| 580 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 581 | |
|---|
| 582 | viewkey %% (% |
|---|
| 583 | key_text "" |
|---|
| 584 | len1 %i 30 |
|---|
| 585 | pars "" |
|---|
| 586 | group %i 0 |
|---|
| 587 | leaf %i 0 |
|---|
| 588 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 589 | |
|---|
| 590 | viewkey %% (% |
|---|
| 591 | key_text "" |
|---|
| 592 | len1 %i 30 |
|---|
| 593 | pars "" |
|---|
| 594 | group %i 0 |
|---|
| 595 | leaf %i 0 |
|---|
| 596 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 597 | |
|---|
| 598 | viewkey %% (% |
|---|
| 599 | key_text "" |
|---|
| 600 | len1 %i 30 |
|---|
| 601 | pars "" |
|---|
| 602 | group %i 0 |
|---|
| 603 | leaf %i 0 |
|---|
| 604 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 605 | |
|---|
| 606 | viewkey %% (% |
|---|
| 607 | key_text "" |
|---|
| 608 | len1 %i 30 |
|---|
| 609 | pars "" |
|---|
| 610 | group %i 0 |
|---|
| 611 | leaf %i 0 |
|---|
| 612 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 613 | |
|---|
| 614 | viewkey %% (% |
|---|
| 615 | key_text "" |
|---|
| 616 | len1 %i 30 |
|---|
| 617 | pars "" |
|---|
| 618 | group %i 0 |
|---|
| 619 | leaf %i 0 |
|---|
| 620 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 621 | |
|---|
| 622 | viewkey %% (% |
|---|
| 623 | key_text "" |
|---|
| 624 | len1 %i 30 |
|---|
| 625 | pars "" |
|---|
| 626 | group %i 0 |
|---|
| 627 | leaf %i 0 |
|---|
| 628 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 629 | |
|---|
| 630 | viewkey %% (% |
|---|
| 631 | key_text "" |
|---|
| 632 | len1 %i 30 |
|---|
| 633 | pars "" |
|---|
| 634 | group %i 0 |
|---|
| 635 | leaf %i 0 |
|---|
| 636 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 637 | |
|---|
| 638 | viewkey %% (% |
|---|
| 639 | key_text "" |
|---|
| 640 | len1 %i 30 |
|---|
| 641 | pars "" |
|---|
| 642 | group %i 0 |
|---|
| 643 | leaf %i 0 |
|---|
| 644 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 645 | |
|---|
| 646 | viewkey %% (% |
|---|
| 647 | key_text "" |
|---|
| 648 | len1 %i 30 |
|---|
| 649 | pars "" |
|---|
| 650 | group %i 0 |
|---|
| 651 | leaf %i 0 |
|---|
| 652 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 653 | |
|---|
| 654 | viewkey %% (% |
|---|
| 655 | key_text "" |
|---|
| 656 | len1 %i 30 |
|---|
| 657 | pars "" |
|---|
| 658 | group %i 0 |
|---|
| 659 | leaf %i 0 |
|---|
| 660 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 661 | |
|---|
| 662 | viewkey %% (% |
|---|
| 663 | key_text "" |
|---|
| 664 | len1 %i 30 |
|---|
| 665 | pars "" |
|---|
| 666 | group %i 0 |
|---|
| 667 | leaf %i 0 |
|---|
| 668 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 669 | |
|---|
| 670 | viewkey %% (% |
|---|
| 671 | key_text "" |
|---|
| 672 | len1 %i 30 |
|---|
| 673 | pars "" |
|---|
| 674 | group %i 0 |
|---|
| 675 | leaf %i 0 |
|---|
| 676 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 677 | |
|---|
| 678 | viewkey %% (% |
|---|
| 679 | key_text "" |
|---|
| 680 | len1 %i 30 |
|---|
| 681 | pars "" |
|---|
| 682 | group %i 0 |
|---|
| 683 | leaf %i 0 |
|---|
| 684 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 685 | |
|---|
| 686 | viewkey %% (% |
|---|
| 687 | key_text "" |
|---|
| 688 | len1 %i 30 |
|---|
| 689 | pars "" |
|---|
| 690 | group %i 0 |
|---|
| 691 | leaf %i 0 |
|---|
| 692 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 693 | |
|---|
| 694 | viewkey %% (% |
|---|
| 695 | key_text "" |
|---|
| 696 | len1 %i 30 |
|---|
| 697 | pars "" |
|---|
| 698 | group %i 0 |
|---|
| 699 | leaf %i 0 |
|---|
| 700 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 701 | |
|---|
| 702 | viewkey %% (% |
|---|
| 703 | key_text "" |
|---|
| 704 | len1 %i 30 |
|---|
| 705 | pars "" |
|---|
| 706 | group %i 0 |
|---|
| 707 | leaf %i 0 |
|---|
| 708 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 709 | |
|---|
| 710 | viewkey %% (% |
|---|
| 711 | key_text "" |
|---|
| 712 | len1 %i 30 |
|---|
| 713 | pars "" |
|---|
| 714 | group %i 0 |
|---|
| 715 | leaf %i 0 |
|---|
| 716 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 717 | |
|---|
| 718 | viewkey %% (% |
|---|
| 719 | key_text "" |
|---|
| 720 | len1 %i 30 |
|---|
| 721 | pars "" |
|---|
| 722 | group %i 0 |
|---|
| 723 | leaf %i 0 |
|---|
| 724 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 725 | |
|---|
| 726 | viewkey %% (% |
|---|
| 727 | key_text "" |
|---|
| 728 | len1 %i 30 |
|---|
| 729 | pars "" |
|---|
| 730 | group %i 0 |
|---|
| 731 | leaf %i 0 |
|---|
| 732 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 733 | |
|---|
| 734 | viewkey %% (% |
|---|
| 735 | key_text "" |
|---|
| 736 | len1 %i 30 |
|---|
| 737 | pars "" |
|---|
| 738 | group %i 0 |
|---|
| 739 | leaf %i 0 |
|---|
| 740 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 741 | |
|---|
| 742 | viewkey %% (% |
|---|
| 743 | key_text "" |
|---|
| 744 | len1 %i 30 |
|---|
| 745 | pars "" |
|---|
| 746 | group %i 0 |
|---|
| 747 | leaf %i 0 |
|---|
| 748 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 749 | |
|---|
| 750 | viewkey %% (% |
|---|
| 751 | key_text "" |
|---|
| 752 | len1 %i 30 |
|---|
| 753 | pars "" |
|---|
| 754 | group %i 0 |
|---|
| 755 | leaf %i 0 |
|---|
| 756 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 757 | |
|---|
| 758 | viewkey %% (% |
|---|
| 759 | key_text "" |
|---|
| 760 | len1 %i 30 |
|---|
| 761 | pars "" |
|---|
| 762 | group %i 0 |
|---|
| 763 | leaf %i 0 |
|---|
| 764 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 765 | |
|---|
| 766 | viewkey %% (% |
|---|
| 767 | key_text "" |
|---|
| 768 | len1 %i 30 |
|---|
| 769 | pars "" |
|---|
| 770 | group %i 0 |
|---|
| 771 | leaf %i 0 |
|---|
| 772 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 773 | |
|---|
| 774 | viewkey %% (% |
|---|
| 775 | key_text "" |
|---|
| 776 | len1 %i 30 |
|---|
| 777 | pars "" |
|---|
| 778 | group %i 0 |
|---|
| 779 | leaf %i 0 |
|---|
| 780 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 781 | |
|---|
| 782 | viewkey %% (% |
|---|
| 783 | key_text "" |
|---|
| 784 | len1 %i 30 |
|---|
| 785 | pars "" |
|---|
| 786 | group %i 0 |
|---|
| 787 | leaf %i 0 |
|---|
| 788 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 789 | |
|---|
| 790 | viewkey %% (% |
|---|
| 791 | key_text "" |
|---|
| 792 | len1 %i 30 |
|---|
| 793 | pars "" |
|---|
| 794 | group %i 0 |
|---|
| 795 | leaf %i 0 |
|---|
| 796 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 797 | |
|---|
| 798 | viewkey %% (% |
|---|
| 799 | key_text "" |
|---|
| 800 | len1 %i 30 |
|---|
| 801 | pars "" |
|---|
| 802 | group %i 0 |
|---|
| 803 | leaf %i 0 |
|---|
| 804 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 805 | |
|---|
| 806 | viewkey %% (% |
|---|
| 807 | key_text "" |
|---|
| 808 | len1 %i 30 |
|---|
| 809 | pars "" |
|---|
| 810 | group %i 0 |
|---|
| 811 | leaf %i 0 |
|---|
| 812 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 813 | |
|---|
| 814 | viewkey %% (% |
|---|
| 815 | key_text "" |
|---|
| 816 | len1 %i 30 |
|---|
| 817 | pars "" |
|---|
| 818 | group %i 0 |
|---|
| 819 | leaf %i 0 |
|---|
| 820 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 821 | |
|---|
| 822 | viewkey %% (% |
|---|
| 823 | key_text "" |
|---|
| 824 | len1 %i 30 |
|---|
| 825 | pars "" |
|---|
| 826 | group %i 0 |
|---|
| 827 | leaf %i 0 |
|---|
| 828 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 829 | |
|---|
| 830 | viewkey %% (% |
|---|
| 831 | key_text "" |
|---|
| 832 | len1 %i 30 |
|---|
| 833 | pars "" |
|---|
| 834 | group %i 0 |
|---|
| 835 | leaf %i 0 |
|---|
| 836 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 837 | |
|---|
| 838 | viewkey %% (% |
|---|
| 839 | key_text "" |
|---|
| 840 | len1 %i 30 |
|---|
| 841 | pars "" |
|---|
| 842 | group %i 0 |
|---|
| 843 | leaf %i 0 |
|---|
| 844 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 845 | |
|---|
| 846 | viewkey %% (% |
|---|
| 847 | key_text "" |
|---|
| 848 | len1 %i 30 |
|---|
| 849 | pars "" |
|---|
| 850 | group %i 0 |
|---|
| 851 | leaf %i 0 |
|---|
| 852 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 853 | |
|---|
| 854 | viewkey %% (% |
|---|
| 855 | key_text "" |
|---|
| 856 | len1 %i 30 |
|---|
| 857 | pars "" |
|---|
| 858 | group %i 0 |
|---|
| 859 | leaf %i 0 |
|---|
| 860 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 861 | |
|---|
| 862 | viewkey %% (% |
|---|
| 863 | key_text "" |
|---|
| 864 | len1 %i 30 |
|---|
| 865 | pars "" |
|---|
| 866 | group %i 0 |
|---|
| 867 | leaf %i 0 |
|---|
| 868 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 869 | |
|---|
| 870 | viewkey %% (% |
|---|
| 871 | key_text "" |
|---|
| 872 | len1 %i 30 |
|---|
| 873 | pars "" |
|---|
| 874 | group %i 0 |
|---|
| 875 | leaf %i 0 |
|---|
| 876 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 877 | |
|---|
| 878 | viewkey %% (% |
|---|
| 879 | key_text "" |
|---|
| 880 | len1 %i 30 |
|---|
| 881 | pars "" |
|---|
| 882 | group %i 0 |
|---|
| 883 | leaf %i 0 |
|---|
| 884 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 885 | |
|---|
| 886 | viewkey %% (% |
|---|
| 887 | key_text "" |
|---|
| 888 | len1 %i 30 |
|---|
| 889 | pars "" |
|---|
| 890 | group %i 0 |
|---|
| 891 | leaf %i 0 |
|---|
| 892 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 893 | |
|---|
| 894 | viewkey %% (% |
|---|
| 895 | key_text "" |
|---|
| 896 | len1 %i 30 |
|---|
| 897 | pars "" |
|---|
| 898 | group %i 0 |
|---|
| 899 | leaf %i 0 |
|---|
| 900 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 901 | |
|---|
| 902 | viewkey %% (% |
|---|
| 903 | key_text "" |
|---|
| 904 | len1 %i 30 |
|---|
| 905 | pars "" |
|---|
| 906 | group %i 0 |
|---|
| 907 | leaf %i 0 |
|---|
| 908 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 909 | |
|---|
| 910 | viewkey %% (% |
|---|
| 911 | key_text "" |
|---|
| 912 | len1 %i 30 |
|---|
| 913 | pars "" |
|---|
| 914 | group %i 0 |
|---|
| 915 | leaf %i 0 |
|---|
| 916 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 917 | |
|---|
| 918 | viewkey %% (% |
|---|
| 919 | key_text "" |
|---|
| 920 | len1 %i 30 |
|---|
| 921 | pars "" |
|---|
| 922 | group %i 0 |
|---|
| 923 | leaf %i 0 |
|---|
| 924 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 925 | |
|---|
| 926 | viewkey %% (% |
|---|
| 927 | key_text "" |
|---|
| 928 | len1 %i 30 |
|---|
| 929 | pars "" |
|---|
| 930 | group %i 0 |
|---|
| 931 | leaf %i 0 |
|---|
| 932 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 933 | |
|---|
| 934 | viewkey %% (% |
|---|
| 935 | key_text "" |
|---|
| 936 | len1 %i 30 |
|---|
| 937 | pars "" |
|---|
| 938 | group %i 0 |
|---|
| 939 | leaf %i 0 |
|---|
| 940 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 941 | |
|---|
| 942 | viewkey %% (% |
|---|
| 943 | key_text "" |
|---|
| 944 | len1 %i 30 |
|---|
| 945 | pars "" |
|---|
| 946 | group %i 0 |
|---|
| 947 | leaf %i 0 |
|---|
| 948 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 949 | |
|---|
| 950 | viewkey %% (% |
|---|
| 951 | key_text "" |
|---|
| 952 | len1 %i 30 |
|---|
| 953 | pars "" |
|---|
| 954 | group %i 0 |
|---|
| 955 | leaf %i 0 |
|---|
| 956 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 957 | |
|---|
| 958 | %) /*arb_presets*/ |
|---|
| 959 | |
|---|
| 960 | presets %% (% |
|---|
| 961 | alignment :6000 %% (% |
|---|
| 962 | alignment_name :7600 "ali_tuf_pro" |
|---|
| 963 | alignment_len :7600 %i 473 |
|---|
| 964 | aligned :7000 %i 1 |
|---|
| 965 | alignment_write_security :7600 %i 5 |
|---|
| 966 | alignment_type :7600 "ami" |
|---|
| 967 | alignment_rem "" |
|---|
| 968 | auto_format %i 0 |
|---|
| 969 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 970 | |
|---|
| 971 | use "ali_tuf_dna" |
|---|
| 972 | max_alignment_len %i 2000 |
|---|
| 973 | alignment_len %i 0 |
|---|
| 974 | max_name_len %i 9 |
|---|
| 975 | alignment :6000 %% (% |
|---|
| 976 | alignment_name :7600 "ali_tuf_dna" |
|---|
| 977 | alignment_len :7600 %i 1426 |
|---|
| 978 | aligned :7000 %i 1 |
|---|
| 979 | alignment_write_security :7600 %i 5 |
|---|
| 980 | alignment_type :7600 "dna" |
|---|
| 981 | alignment_rem "" |
|---|
| 982 | auto_format %i 0 |
|---|
| 983 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 984 | |
|---|
| 985 | key_data %% (% |
|---|
| 986 | key %% (% |
|---|
| 987 | key_name "name" |
|---|
| 988 | key_type %i 12 |
|---|
| 989 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 990 | %) /*key*/ |
|---|
| 991 | |
|---|
| 992 | key %% (% |
|---|
| 993 | key_name "full_name" |
|---|
| 994 | key_type %i 12 |
|---|
| 995 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 996 | %) /*key*/ |
|---|
| 997 | |
|---|
| 998 | key %% (% |
|---|
| 999 | key_name "strain" |
|---|
| 1000 | key_type %i 12 |
|---|
| 1001 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1002 | %) /*key*/ |
|---|
| 1003 | |
|---|
| 1004 | key %% (% |
|---|
| 1005 | key_name "acc" |
|---|
| 1006 | key_type %i 12 |
|---|
| 1007 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1008 | %) /*key*/ |
|---|
| 1009 | |
|---|
| 1010 | key %% (% |
|---|
| 1011 | key_name "author" |
|---|
| 1012 | key_type %i 12 |
|---|
| 1013 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1014 | %) /*key*/ |
|---|
| 1015 | |
|---|
| 1016 | key %% (% |
|---|
| 1017 | key_name "title" |
|---|
| 1018 | key_type %i 12 |
|---|
| 1019 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1020 | %) /*key*/ |
|---|
| 1021 | |
|---|
| 1022 | key %% (% |
|---|
| 1023 | key_name "journal" |
|---|
| 1024 | key_type %i 12 |
|---|
| 1025 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1026 | %) /*key*/ |
|---|
| 1027 | |
|---|
| 1028 | key %% (% |
|---|
| 1029 | key_name "gene" |
|---|
| 1030 | key_type %i 12 |
|---|
| 1031 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1032 | %) /*key*/ |
|---|
| 1033 | |
|---|
| 1034 | key %% (% |
|---|
| 1035 | key_name "tmp" |
|---|
| 1036 | key_type %i 12 |
|---|
| 1037 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1038 | %) /*key*/ |
|---|
| 1039 | |
|---|
| 1040 | key %% (% |
|---|
| 1041 | key_name "ali_tuf_dna" |
|---|
| 1042 | key_type %i 15 |
|---|
| 1043 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1044 | %) /*key*/ |
|---|
| 1045 | |
|---|
| 1046 | key %% (% |
|---|
| 1047 | key_name "ali_tuf_dna/data" |
|---|
| 1048 | key_type %i 12 |
|---|
| 1049 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1050 | %) /*key*/ |
|---|
| 1051 | |
|---|
| 1052 | key %% (% |
|---|
| 1053 | key_name "ali_tuf_pro" |
|---|
| 1054 | key_type %i 15 |
|---|
| 1055 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1056 | %) /*key*/ |
|---|
| 1057 | |
|---|
| 1058 | key %% (% |
|---|
| 1059 | key_name "ali_tuf_pro/data" |
|---|
| 1060 | key_type %i 12 |
|---|
| 1061 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1062 | %) /*key*/ |
|---|
| 1063 | |
|---|
| 1064 | key %% (% |
|---|
| 1065 | key_name "flag" |
|---|
| 1066 | key_type %i 12 |
|---|
| 1067 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1068 | %) /*key*/ |
|---|
| 1069 | |
|---|
| 1070 | key %% (% |
|---|
| 1071 | key_name "short_name" |
|---|
| 1072 | key_type %i 12 |
|---|
| 1073 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1074 | %) /*key*/ |
|---|
| 1075 | |
|---|
| 1076 | key %% (% |
|---|
| 1077 | key_name "date" |
|---|
| 1078 | key_type %i 12 |
|---|
| 1079 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1080 | %) /*key*/ |
|---|
| 1081 | |
|---|
| 1082 | key %% (% |
|---|
| 1083 | key_name "file" |
|---|
| 1084 | key_type %i 12 |
|---|
| 1085 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1086 | %) /*key*/ |
|---|
| 1087 | |
|---|
| 1088 | key %% (% |
|---|
| 1089 | key_name "gcg_id" |
|---|
| 1090 | key_type %i 12 |
|---|
| 1091 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1092 | %) /*key*/ |
|---|
| 1093 | |
|---|
| 1094 | key %% (% |
|---|
| 1095 | key_name "tax" |
|---|
| 1096 | key_type %i 12 |
|---|
| 1097 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1098 | %) /*key*/ |
|---|
| 1099 | |
|---|
| 1100 | key %% (% |
|---|
| 1101 | key_name "aacid" |
|---|
| 1102 | key_type %i 12 |
|---|
| 1103 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1104 | %) /*key*/ |
|---|
| 1105 | |
|---|
| 1106 | key %% (% |
|---|
| 1107 | key_name "ali_tuf_sim" |
|---|
| 1108 | key_type %i 15 |
|---|
| 1109 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1110 | %) /*key*/ |
|---|
| 1111 | |
|---|
| 1112 | key %% (% |
|---|
| 1113 | key_name "ali_tuf_sim/data" |
|---|
| 1114 | key_type %i 12 |
|---|
| 1115 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1116 | %) /*key*/ |
|---|
| 1117 | |
|---|
| 1118 | key %% (% |
|---|
| 1119 | key_name "ali_tuf_pro_2" |
|---|
| 1120 | key_type %i 15 |
|---|
| 1121 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1122 | %) /*key*/ |
|---|
| 1123 | |
|---|
| 1124 | key %% (% |
|---|
| 1125 | key_name "ali_tuf_pro_2/data" |
|---|
| 1126 | key_type %i 12 |
|---|
| 1127 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1128 | %) /*key*/ |
|---|
| 1129 | |
|---|
| 1130 | key %% (% |
|---|
| 1131 | key_name "nuc" |
|---|
| 1132 | key_type %i 12 |
|---|
| 1133 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1134 | %) /*key*/ |
|---|
| 1135 | |
|---|
| 1136 | key %% (% |
|---|
| 1137 | key_name "db_name" |
|---|
| 1138 | key_type %i 12 |
|---|
| 1139 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1140 | %) /*key*/ |
|---|
| 1141 | |
|---|
| 1142 | key %% (% |
|---|
| 1143 | key_name "id" |
|---|
| 1144 | key_type %i 12 |
|---|
| 1145 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1146 | %) /*key*/ |
|---|
| 1147 | |
|---|
| 1148 | key %% (% |
|---|
| 1149 | key_name "keywords" |
|---|
| 1150 | key_type %i 12 |
|---|
| 1151 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1152 | %) /*key*/ |
|---|
| 1153 | |
|---|
| 1154 | key %% (% |
|---|
| 1155 | key_name "exclude" |
|---|
| 1156 | key_type %i 12 |
|---|
| 1157 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1158 | %) /*key*/ |
|---|
| 1159 | |
|---|
| 1160 | key %% (% |
|---|
| 1161 | key_name "ali_tuf_dna_work" |
|---|
| 1162 | key_type %i 15 |
|---|
| 1163 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1164 | %) /*key*/ |
|---|
| 1165 | |
|---|
| 1166 | key %% (% |
|---|
| 1167 | key_name "ali_tuf_dna_work/data" |
|---|
| 1168 | key_type %i 12 |
|---|
| 1169 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1170 | %) /*key*/ |
|---|
| 1171 | |
|---|
| 1172 | key %% (% |
|---|
| 1173 | key_name "ali_tuf_pro_work" |
|---|
| 1174 | key_type %i 15 |
|---|
| 1175 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1176 | %) /*key*/ |
|---|
| 1177 | |
|---|
| 1178 | key %% (% |
|---|
| 1179 | key_name "ali_tuf_pro_work/data" |
|---|
| 1180 | key_type %i 12 |
|---|
| 1181 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1182 | %) /*key*/ |
|---|
| 1183 | |
|---|
| 1184 | key %% (% |
|---|
| 1185 | key_name "ali_tuf_pro_1" |
|---|
| 1186 | key_type %i 15 |
|---|
| 1187 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1188 | %) /*key*/ |
|---|
| 1189 | |
|---|
| 1190 | key %% (% |
|---|
| 1191 | key_name "ali_tuf_pro_1/data" |
|---|
| 1192 | key_type %i 12 |
|---|
| 1193 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1194 | %) /*key*/ |
|---|
| 1195 | |
|---|
| 1196 | key %% (% |
|---|
| 1197 | key_name "ali_tuf_pro_3" |
|---|
| 1198 | key_type %i 15 |
|---|
| 1199 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1200 | %) /*key*/ |
|---|
| 1201 | |
|---|
| 1202 | key %% (% |
|---|
| 1203 | key_name "ali_tuf_pro_3/data" |
|---|
| 1204 | key_type %i 12 |
|---|
| 1205 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1206 | %) /*key*/ |
|---|
| 1207 | |
|---|
| 1208 | key %% (% |
|---|
| 1209 | key_name "status" |
|---|
| 1210 | key_type %i 12 |
|---|
| 1211 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1212 | %) /*key*/ |
|---|
| 1213 | |
|---|
| 1214 | key %% (% |
|---|
| 1215 | key_name "aa" |
|---|
| 1216 | key_type %i 12 |
|---|
| 1217 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1218 | %) /*key*/ |
|---|
| 1219 | |
|---|
| 1220 | key %% (% |
|---|
| 1221 | key_name "aa_pro" |
|---|
| 1222 | key_type %i 12 |
|---|
| 1223 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1224 | %) /*key*/ |
|---|
| 1225 | |
|---|
| 1226 | key %% (% |
|---|
| 1227 | key_name "group_name" |
|---|
| 1228 | key_type %i 12 |
|---|
| 1229 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 1230 | %) /*key*/ |
|---|
| 1231 | |
|---|
| 1232 | %) /*key_data*/ |
|---|
| 1233 | |
|---|
| 1234 | %) /*presets*/ |
|---|
| 1235 | |
|---|
| 1236 | description "protein datenbank MBI 06/2002" |
|---|
| 1237 | arb_edit %% (% |
|---|
| 1238 | top_area_species "conbac9:1 coneuc9:1 conarc9:1 " |
|---|
| 1239 | bottom_area_species "" |
|---|
| 1240 | %) /*arb_edit*/ |
|---|
| 1241 | |
|---|
| 1242 | awt %% (% |
|---|
| 1243 | dtree %% (% |
|---|
| 1244 | baselinewidth %i 3 |
|---|
| 1245 | verticaldist %f 1 |
|---|
| 1246 | autojump %i 1 |
|---|
| 1247 | greylevel %i 100 |
|---|
| 1248 | show_circle %i 0 |
|---|
| 1249 | circle_zoom %f 1 |
|---|
| 1250 | ellipse %i 1 |
|---|
| 1251 | max_size %f 1.5 |
|---|
| 1252 | show_brackets %i 1 |
|---|
| 1253 | %) /*dtree*/ |
|---|
| 1254 | |
|---|
| 1255 | %) /*awt*/ |
|---|
| 1256 | |
|---|
| 1257 | pars %% (% |
|---|
| 1258 | pars_type %i 0 |
|---|
| 1259 | %) /*pars*/ |
|---|
| 1260 | |
|---|
| 1261 | genetic %% (% |
|---|
| 1262 | kh %% (% |
|---|
| 1263 | nodes %f 1.7 |
|---|
| 1264 | maxdepth %i 15 |
|---|
| 1265 | incdepth %i 5 |
|---|
| 1266 | static %% (% |
|---|
| 1267 | enable %i 1 |
|---|
| 1268 | depth0 %i 2 |
|---|
| 1269 | depth1 %i 2 |
|---|
| 1270 | depth2 %i 2 |
|---|
| 1271 | depth3 %i 2 |
|---|
| 1272 | depth4 %i 1 |
|---|
| 1273 | %) /*static*/ |
|---|
| 1274 | |
|---|
| 1275 | dynamic %% (% |
|---|
| 1276 | enable %i 1 |
|---|
| 1277 | start %i 100 |
|---|
| 1278 | maxx %i 6 |
|---|
| 1279 | maxy %i 150 |
|---|
| 1280 | %) /*dynamic*/ |
|---|
| 1281 | |
|---|
| 1282 | function_type %i 5 |
|---|
| 1283 | %) /*kh*/ |
|---|
| 1284 | |
|---|
| 1285 | %) /*genetic*/ |
|---|
| 1286 | |
|---|
| 1287 | focus %% (% |
|---|
| 1288 | tree_name "tree_prot" |
|---|
| 1289 | configuration "tuf_feb05_SS_2" |
|---|
| 1290 | %) /*focus*/ |
|---|
| 1291 | |
|---|
| 1292 | search %% (% |
|---|
| 1293 | configuration %% (% |
|---|
| 1294 | middle_area "\AFSAI:SAI's\ASCOUNTED_CHARS\ASHELIX_LINE\ASHELIX_PAIRS\ASall295_907rr3\ASall295_907rr5\ASbacr30\AScharpos\ASconarc9\ASconbac9\ASconbacif9\ASconbacselb9\ASconeuc9\ASconeucif9\ASdorgap\ASeucif2r3\ASif230\ASif2metvafil\ASif2mvan\ASif2r3\ASifgap\ASmvif2\ASposvar\AE\AFMore Sequences\ALcharpos\AE\ALtstmram3\ALtaqxpyro\ALtfrbisla\ALtthtmari\ALtcytlyti\ALttaxocel\ALtbadfrag\ALtfibsucc\ALtflbferr\ALtmypgall\ALtmypgeni\ALtmyppneu\ALtmyphomi\ALtslaplat\ALtccyanop\ALtananidu\ALtccryphi\ALtcchlore\ALtcchlrei\ALtcastlon\ALtceuggra\ALtcarabid\ALtcglymax\ALtcnictab\ALtptcnige\ALtstcoral\ALtbacsubt\ALtflxsinu\ALtchfaura\ALthesgiga\ALtclatrac\ALtspcaura\ALtchlvibr\ALtnanexed\ALtwolsucc\ALttibcupr\ALtpsmcepa\ALtsheputr\ALtesccol2\ALtsaltyp2\ALtesccoli\ALtsaltypm\ALtstiaura\ALtdnemasp\ALtthmther\ALtthmaqua\ALtmybtube\ALtcorglut\ALtbrevlin\ALtmiclute\ALtstmramo\ALtstmram2\ALtmsaccha" |
|---|
| 1295 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1296 | |
|---|
| 1297 | configuration %% (% |
|---|
| 1298 | name "charpos" |
|---|
| 1299 | top_area "\ASECOLI\AScharpos" |
|---|
| 1300 | middle_area "\AFSAI:SAI's\ASCOUNTED_CHARS\ASHELIX_LINE\ASHELIX_PAIRS\ASall295_907rr3\ASall295_907rr5\ASbacr30\ASconarc9\ASconbac9\ASconbacif9\ASconbacselb9\ASconeuc9\ASconeucif9\ASdorgap\ASeucif2r3\ASif230\ASif2metvafil\ASif2mvan\ASif2r3\ASifgap\ASmvif2\ASposvar\AE\AFMore Sequences\ALcharpos\AE\ALtstmram3\ALtaqxpyro\ALtfrbisla\ALtthtmari\ALtcytlyti\ALttaxocel\ALtbadfrag\ALtfibsucc\ALtflbferr\ALtmypgall\ALtmypgeni\ALtmyppneu\ALtmyphomi\ALtslaplat\ALtccyanop\ALtananidu\ALtccryphi\ALtcchlore\ALtcchlrei\ALtcastlon\ALtceuggra\ALtcarabid\ALtcglymax\ALtcnictab\ALtptcnige\ALtstcoral\ALtbacsubt\ALtflxsinu\ALtchfaura\ALthesgiga\ALtclatrac\ALtspcaura\ALtchlvibr\ALtnanexed\ALtwolsucc\ALttibcupr\ALtpsmcepa\ALtsheputr\ALtesccol2\ALtsaltyp2\ALtesccoli\ALtsaltypm\ALtstiaura\ALtdnemasp\ALtthmther\ALtthmaqua\ALtmybtube\ALtcorglut\ALtbrevlin\ALtmiclute\ALtstmramo\ALtstmram2\ALtmsaccha" |
|---|
| 1301 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1302 | |
|---|
| 1303 | pattern "aagctacct" |
|---|
| 1304 | case %i 1 |
|---|
| 1305 | tu %i 1 |
|---|
| 1306 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1307 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1308 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1309 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1310 | show %i 1 |
|---|
| 1311 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1312 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1313 | probe %% (% |
|---|
| 1314 | case %i 1 |
|---|
| 1315 | tu %i 1 |
|---|
| 1316 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1317 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1318 | show %i 0 |
|---|
| 1319 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1320 | autoJump %i 0 |
|---|
| 1321 | reverse %i 0 |
|---|
| 1322 | complement %i 0 |
|---|
| 1323 | exact %i 0 |
|---|
| 1324 | %) /*probe*/ |
|---|
| 1325 | |
|---|
| 1326 | primer %% (% |
|---|
| 1327 | pattern "AC-G--TU" |
|---|
| 1328 | case %i 1 |
|---|
| 1329 | tu %i 1 |
|---|
| 1330 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1331 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1332 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1333 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1334 | show %i 0 |
|---|
| 1335 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1336 | autoJump %i 0 |
|---|
| 1337 | %) /*primer*/ |
|---|
| 1338 | |
|---|
| 1339 | user1 %% (% |
|---|
| 1340 | pattern "LVELEnVDHGKTTnGAILVVnEGGRHTPnIREGGR" |
|---|
| 1341 | case %i 1 |
|---|
| 1342 | tu %i 0 |
|---|
| 1343 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1344 | reverse %i 0 |
|---|
| 1345 | complement %i 0 |
|---|
| 1346 | exact %i 0 |
|---|
| 1347 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1348 | max_mismatches %i 1 |
|---|
| 1349 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1350 | show %i 1 |
|---|
| 1351 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1352 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1353 | %) /*user1*/ |
|---|
| 1354 | |
|---|
| 1355 | user2 %% (% |
|---|
| 1356 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1357 | case %i 1 |
|---|
| 1358 | tu %i 1 |
|---|
| 1359 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1360 | reverse %i 0 |
|---|
| 1361 | complement %i 0 |
|---|
| 1362 | exact %i 0 |
|---|
| 1363 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1364 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1365 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1366 | show %i 0 |
|---|
| 1367 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1368 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1369 | %) /*user2*/ |
|---|
| 1370 | |
|---|
| 1371 | primer1 %% (% |
|---|
| 1372 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1373 | case %i 1 |
|---|
| 1374 | tu %i 1 |
|---|
| 1375 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1376 | reverse %i 0 |
|---|
| 1377 | complement %i 0 |
|---|
| 1378 | exact %i 0 |
|---|
| 1379 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1380 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1381 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1382 | show %i 0 |
|---|
| 1383 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1384 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1385 | %) /*primer1*/ |
|---|
| 1386 | |
|---|
| 1387 | primer2 %% (% |
|---|
| 1388 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1389 | case %i 1 |
|---|
| 1390 | tu %i 1 |
|---|
| 1391 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1392 | reverse %i 0 |
|---|
| 1393 | complement %i 0 |
|---|
| 1394 | exact %i 0 |
|---|
| 1395 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1396 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1397 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1398 | show %i 0 |
|---|
| 1399 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1400 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1401 | %) /*primer2*/ |
|---|
| 1402 | |
|---|
| 1403 | primer3 %% (% |
|---|
| 1404 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1405 | case %i 1 |
|---|
| 1406 | tu %i 1 |
|---|
| 1407 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1408 | reverse %i 0 |
|---|
| 1409 | complement %i 0 |
|---|
| 1410 | exact %i 0 |
|---|
| 1411 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1412 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1413 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1414 | show %i 0 |
|---|
| 1415 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1416 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1417 | %) /*primer3*/ |
|---|
| 1418 | |
|---|
| 1419 | sig1 %% (% |
|---|
| 1420 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1421 | case %i 1 |
|---|
| 1422 | tu %i 1 |
|---|
| 1423 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1424 | reverse %i 0 |
|---|
| 1425 | complement %i 0 |
|---|
| 1426 | exact %i 0 |
|---|
| 1427 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1428 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1429 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1430 | show %i 0 |
|---|
| 1431 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1432 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1433 | %) /*sig1*/ |
|---|
| 1434 | |
|---|
| 1435 | sig2 %% (% |
|---|
| 1436 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1437 | case %i 1 |
|---|
| 1438 | tu %i 1 |
|---|
| 1439 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1440 | reverse %i 0 |
|---|
| 1441 | complement %i 0 |
|---|
| 1442 | exact %i 0 |
|---|
| 1443 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1444 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1445 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1446 | show %i 0 |
|---|
| 1447 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1448 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1449 | %) /*sig2*/ |
|---|
| 1450 | |
|---|
| 1451 | sig3 %% (% |
|---|
| 1452 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1453 | case %i 1 |
|---|
| 1454 | tu %i 1 |
|---|
| 1455 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1456 | reverse %i 0 |
|---|
| 1457 | complement %i 0 |
|---|
| 1458 | exact %i 0 |
|---|
| 1459 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1460 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1461 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1462 | show %i 0 |
|---|
| 1463 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1464 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1465 | %) /*sig3*/ |
|---|
| 1466 | |
|---|
| 1467 | %) /*search*/ |
|---|
| 1468 | |
|---|
| 1469 | nt %% (% |
|---|
| 1470 | protein_codon_type %i 1 |
|---|
| 1471 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1472 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1473 | target_string "" |
|---|
| 1474 | itarget_string "" |
|---|
| 1475 | primer_target_string "" |
|---|
| 1476 | gene_content "" |
|---|
| 1477 | nameserver_addid "" |
|---|
| 1478 | %) /*nt*/ |
|---|
| 1479 | |
|---|
| 1480 | ARB_EDIT %% (% |
|---|
| 1481 | action "" |
|---|
| 1482 | value "" |
|---|
| 1483 | awar "" |
|---|
| 1484 | %) /*ARB_EDIT*/ |
|---|
| 1485 | |
|---|
| 1486 | www %% (% |
|---|
| 1487 | url_0 %% (% |
|---|
| 1488 | srt "" |
|---|
| 1489 | desc "" |
|---|
| 1490 | select %i 0 |
|---|
| 1491 | %) /*url_0*/ |
|---|
| 1492 | |
|---|
| 1493 | url_1 %% (% |
|---|
| 1494 | srt "" |
|---|
| 1495 | desc "" |
|---|
| 1496 | select %i 0 |
|---|
| 1497 | %) /*url_1*/ |
|---|
| 1498 | |
|---|
| 1499 | url_2 %% (% |
|---|
| 1500 | srt "" |
|---|
| 1501 | desc "" |
|---|
| 1502 | select %i 0 |
|---|
| 1503 | %) /*url_2*/ |
|---|
| 1504 | |
|---|
| 1505 | url_3 %% (% |
|---|
| 1506 | srt "" |
|---|
| 1507 | desc "" |
|---|
| 1508 | select %i 0 |
|---|
| 1509 | %) /*url_3*/ |
|---|
| 1510 | |
|---|
| 1511 | url_4 %% (% |
|---|
| 1512 | srt "" |
|---|
| 1513 | desc "" |
|---|
| 1514 | select %i 0 |
|---|
| 1515 | %) /*url_4*/ |
|---|
| 1516 | |
|---|
| 1517 | url_5 %% (% |
|---|
| 1518 | srt "" |
|---|
| 1519 | desc "" |
|---|
| 1520 | select %i 0 |
|---|
| 1521 | %) /*url_5*/ |
|---|
| 1522 | |
|---|
| 1523 | url_6 %% (% |
|---|
| 1524 | srt "" |
|---|
| 1525 | desc "" |
|---|
| 1526 | select %i 0 |
|---|
| 1527 | %) /*url_6*/ |
|---|
| 1528 | |
|---|
| 1529 | url_7 %% (% |
|---|
| 1530 | srt "" |
|---|
| 1531 | desc "" |
|---|
| 1532 | select %i 0 |
|---|
| 1533 | %) /*url_7*/ |
|---|
| 1534 | |
|---|
| 1535 | url_8 %% (% |
|---|
| 1536 | srt "" |
|---|
| 1537 | desc "" |
|---|
| 1538 | select %i 0 |
|---|
| 1539 | %) /*url_8*/ |
|---|
| 1540 | |
|---|
| 1541 | url_9 %% (% |
|---|
| 1542 | srt "" |
|---|
| 1543 | desc "" |
|---|
| 1544 | select %i 0 |
|---|
| 1545 | %) /*url_9*/ |
|---|
| 1546 | |
|---|
| 1547 | url_select %i 0 |
|---|
| 1548 | browser "(netscape -remote 'openURL($(URL))' || netscape '$(URL)')&" |
|---|
| 1549 | %) /*www*/ |
|---|
| 1550 | |
|---|
| 1551 | table_data %% (% |
|---|
| 1552 | %) /*table_data*/ |
|---|
| 1553 | |
|---|
| 1554 | merge %% (% |
|---|
| 1555 | remap_species_list "" |
|---|
| 1556 | remap_enable %i 0 |
|---|
| 1557 | %) /*merge*/ |
|---|
| 1558 | |
|---|
| 1559 | submission %% (% |
|---|
| 1560 | source "" |
|---|
| 1561 | file "" |
|---|
| 1562 | %) /*submission*/ |
|---|
| 1563 | |
|---|
| 1564 | genom_db %i 0 |
|---|
| 1565 | sai_visualize %% (% |
|---|
| 1566 | sai_2_probe "" |
|---|
| 1567 | db_field_name "name" |
|---|
| 1568 | db_field_width %i 10 |
|---|
| 1569 | aci_command "" |
|---|
| 1570 | selected_probe "" |
|---|
| 1571 | %) /*sai_visualize*/ |
|---|
| 1572 | |
|---|
| 1573 | MAUS %% (% |
|---|
| 1574 | excl_acc "" |
|---|
| 1575 | %) /*MAUS*/ |
|---|
| 1576 | |
|---|
| 1577 | checks %% (% |
|---|
| 1578 | check "fix gene_data" |
|---|
| 1579 | check "del_mark_move_REF" |
|---|
| 1580 | check "fix_dict_compress" |
|---|
| 1581 | check "duplicated_item_colors" |
|---|
| 1582 | %) /*checks*/ |
|---|
| 1583 | |
|---|
| 1584 | track %% (% |
|---|
| 1585 | ali "???" |
|---|
| 1586 | initials "westram" |
|---|
| 1587 | %) /*track*/ |
|---|
| 1588 | |
|---|
| 1589 | secedit %% (% |
|---|
| 1590 | structs %% (% |
|---|
| 1591 | %) /*structs*/ |
|---|
| 1592 | |
|---|
| 1593 | %) /*secedit*/ |
|---|
| 1594 | |
|---|
| 1595 | extended_data %% (% |
|---|
| 1596 | %) /*extended_data*/ |
|---|
| 1597 | |
|---|
| 1598 | configuration_data %% (% |
|---|
| 1599 | configuration %% (% |
|---|
| 1600 | name "default_configuration" |
|---|
| 1601 | top_area "" |
|---|
| 1602 | middle_area "\AGSAI-Maingroup\AE\AFMore Sequences\AE\AGEF-Tu / EF-1a\AGBacteria EF-Tu\ALBctFra12\ALCytLyti6\ALTaxOcell\ALStrRamo3\ALStrCoel9\AE\AGEukarya EF-Tu\ALMucRacem\ALMucRace2\ALMucRace3\ALAbdGlauc\ALSacCere5\ALCddAlbic\AE\AE" |
|---|
| 1603 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1604 | |
|---|
| 1605 | %) /*configuration_data*/ |
|---|
| 1606 | |
|---|
