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  • fixes
    • some free/delete mismatches
    • wrong definition of ORF objects (Level was no bit value)
    • amino consensus (failed for columns only containing 'C')
  • rename
    • AA_sequence_term → orf_term
    • ED4_sequence_terminal_basic → ED4_abstract_sequence_terminal
  • cleaned up hierarchy dumps
  • tweaked is_terminal()/to_terminal()
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : adRevCompl.cxx                                    //
4//   Purpose   : reverse / complement nucleotide sequences         //
5//                                                                 //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in January 2001   //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
8//   http://www.arb-home.de/                                       //
9//                                                                 //
10// =============================================================== //
11
12#include "arbdbt.h"
13#include <cctype>
14
15static char GBT_complementNucleotide(char c, char T_or_U) {
16    char n = c;
17
18    switch (c)
19    {
20        case 'A': n = T_or_U; break;                // A <-> TU
21        case 'a': n = tolower(T_or_U); break;
22        case 'U':
23        case 'T': n = 'A'; break;
24        case 'u':
25        case 't': n = 'a'; break;
26
27        case 'C': n = 'G'; break;                   // C <-> G
28        case 'c': n = 'g'; break;
29        case 'G': n = 'C'; break;
30        case 'g': n = 'c'; break;
31
32        case 'M': n = 'K'; break;                   // M=A/C <-> TU/G=K
33        case 'm': n = 'k'; break;
34        case 'K': n = 'M'; break;
35        case 'k': n = 'm'; break;
36
37        case 'R': n = 'Y'; break;                   // R=A/G <-> TU/C=Y
38        case 'r': n = 'y'; break;
39        case 'Y': n = 'R'; break;
40        case 'y': n = 'r'; break;
41
42        case 'V': n = 'B'; break;                   // V=A/C/G <-> TU/G/C=B
43        case 'v': n = 'b'; break;
44        case 'B': n = 'V'; break;
45        case 'b': n = 'v'; break;
46
47        case 'H': n = 'D'; break;                   // H=A/C/TU <-> TU/G/A=D
48        case 'h': n = 'd'; break;
49        case 'D': n = 'H'; break;
50        case 'd': n = 'h'; break;
51
52        case 'S':                                   // S = C/G <-> G/C=S
53        case 's':
54        case 'W':                                   // W = A/TU <-> TU/A=W
55        case 'w':
56        case 'N':                                   // N = A/C/G/TU
57        case 'n':
58        case '.':
59        case '-': break;
60
61        default: break;
62    }
63
64    return n;
65}
66
67char *GBT_reverseNucSequence(const char *s, int len) {
68    char *n = (char*)malloc(len+1);
69    int p;
70
71    if (!n) {
72        GB_memerr();
73        return 0;
74    }
75
76    len--;
77    for (p=0; len>=0; p++, len--) {
78        n[p] = s[len];
79    }
80    n[p] = 0;
81
82    return n;
83}
84char *GBT_complementNucSequence(const char *s, int len, char T_or_U) {
85    char *n = (char*)malloc(len+1);
86    int p;
87
88    for (p=0; p<len; p++) {
89        n[p] = GBT_complementNucleotide(s[p], T_or_U);
90    }
91    n[p] = 0;
92
93    return n;
94}
95
96NOT4PERL GB_ERROR GBT_determine_T_or_U(GB_alignment_type alignment_type, char *T_or_U, const char *supposed_target) {
97    switch (alignment_type)
98    {
99        case GB_AT_RNA: *T_or_U = 'U'; break;
100        case GB_AT_DNA: *T_or_U = 'T'; break;
101        default: {
102            *T_or_U = 0;
103            return GBS_global_string("%s not available for alignment-type", supposed_target);
104        }
105    }
106    return 0;
107}
108
109NOT4PERL void GBT_reverseComplementNucSequence(char *seq, long length, char T_or_U) {
110    long     i, l;
111    for (i=0, l=length-1; i <= l; i++, l--) {
112        char c = seq[i];
113
114        seq[i] = GBT_complementNucleotide(seq[l], T_or_U);
115        seq[l] = GBT_complementNucleotide(c, T_or_U);
116    }
117}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.