source: tags/arb-6.0/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/f2cl.c

Last change on this file was 10371, checked in by aboeckma, 11 years ago

updated mafft version. Added extensions (no svn ignore, yet)
File size: 5.3 KB
Line 
1#include "mltaln.h"
2
3#define DEBUG 0
4
5
6static char *comment;
7static char *orderfile;
8static int format;
9static int namelen;
10
11static void fillspace( char *seq, int lenmax )
12{
13        int len = strlen( seq );
14        seq += len;
15        lenmax -= len;
16        while( lenmax-- ) *seq++ = ' ';
17        *seq = 0;
18}
19
20void setmark_clustal( int nlen, int nseq, char **seq, char *mark )
21{
22        int i, j, k, nalpha;
23        char firstletter;
24        char *strong[9];
25        char *weaker[11];
26        int nstrong, nweaker;
27        char s;
28
29        if( dorp == 'd' ) 
30        {
31                strong[0] = "TU";
32                nstrong = 1;
33                weaker[0] = "AG";
34                weaker[1] = "CT";
35                nweaker = 2;
36                nalpha = 10;
37        }
38        else
39        {
40                strong[0] = "STA";
41                strong[1] = "NEQK";
42                strong[2] = "NHQK";
43                strong[3] = "NDEQ";
44                strong[4] = "QHRK";
45                strong[5] = "MILV";
46                strong[6] = "MILF";
47                strong[7] = "HY";
48                strong[8] = "FYW";
49                nstrong = 9;
50                weaker[0] = "CSA";
51                weaker[1] = "ATV";
52                weaker[2] = "SAG";
53                weaker[3] = "STNK";
54                weaker[4] = "STPA";
55                weaker[5] = "SGND";
56                weaker[6] = "SNDEQK";
57                weaker[7] = "NDEQHK";
58                weaker[8] = "NEQHRK";
59                weaker[9] = "FVLIM";
60                weaker[10] = "HFY";
61                nweaker = 11;
62                nalpha = 20;
63        }
64
65        for( i=0; i<nlen; i++ )
66        {
67                mark[i] = ' ';
68                for( j=0; j<nseq; j++ )
69                {
70                        s = seq[j][i];
71                        if( '-' == s || ' ' == s ) break;
72                }
73                if( j != nseq ) 
74                {
75                        continue;
76                }
77                firstletter = toupper( seq[0][i] );
78                if( amino_n[(int)firstletter] >= nalpha || amino_n[(int)firstletter] < 0 ) continue;
79
80                for( j=0; j<nseq; j++ )
81                        if( toupper( seq[j][i] ) != firstletter ) break;
82                if( j == nseq ) 
83                {
84                        mark[i] = '*';
85                        continue;
86                }
87                for( k=0; k<nstrong; k++ )
88                {
89                        for( j=0; j<nseq; j++ )
90                        {
91                                if( !strchr( strong[k], toupper( seq[j][i] ) ) ) break;
92                        }
93                        if( j == nseq ) break;
94                }
95                if( k < nstrong )
96                {
97                        mark[i] = ':';
98                        continue;
99                }
100                for( k=0; k<nweaker; k++ )
101                {
102                        for( j=0; j<nseq; j++ )
103                        {
104                                if( !strchr( weaker[k], toupper( seq[j][i] ) ) ) break;
105                        }
106                        if( j == nseq ) break;
107                }
108                if( k < nweaker )
109                {
110                        mark[i] = '.';
111                        continue;
112                }
113        }
114        mark[nlen] = 0;
115}
116
117void setmark( int nlen, int nseq, char **seq, char *mark )
118{
119        int i, j;
120
121        for( i=0; i<nlen; i++ )
122        {
123                mark[i] = ' ';
124                for( j=0; j<nseq; j++ )
125                        if( '-' == seq[j][i] ) break;
126                if( j != nseq ) 
127                {
128                        continue;
129                }
130                for( j=0; j<nseq; j++ )
131                        if( seq[0][i] != seq[j][i] ) break;
132                if( j == nseq ) 
133                {
134                        mark[i] = '*';
135                        continue;
136                }
137                for( j=0; j<nseq; j++ )
138                        if( amino_grp[(int)seq[0][i]] != amino_grp[(int)seq[j][i]] ) break;
139                if( j == nseq ) 
140                {
141                        mark[i] = '.';
142                        continue;
143                }
144        }
145        mark[nlen] = 0;
146}
147
148void arguments( int argc, char *argv[] )
149{
150    int c;
151        namelen = -1;
152        scoremtx = 1;
153        nblosum = 62;
154        dorp = NOTSPECIFIED;
155        kimuraR = NOTSPECIFIED;
156        pamN = NOTSPECIFIED;
157        inputfile = NULL;
158        comment = NULL;
159        orderfile = NULL;
160        format = 'c';
161
162    while( --argc > 0 && (*++argv)[0] == '-' )
163        {
164        while ( (c = *++argv[0]) )
165                {
166            switch( c )
167            {
168                                case 'i':
169                                        inputfile = *++argv;
170                                        fprintf( stderr, "inputfile = %s\n", inputfile );
171                                        --argc;
172                                        goto nextoption;
173                                case 'c':
174                                        comment = *++argv;
175                                        fprintf( stderr, "comment = %s\n", comment );
176                                        --argc;
177                                        goto nextoption;
178                                case 'r':
179                                        orderfile = *++argv;
180                                        fprintf( stderr, "orderfile = %s\n", orderfile );
181                                        --argc;
182                                        goto nextoption;
183                                case 'n':
184                                        namelen = atoi( *++argv );
185                                        fprintf( stderr, "namelen = %d\n", namelen );
186                                        --argc;
187                                        goto nextoption;
188                                case 'f':
189                                        format = 'f';
190                                        break;
191                                case 'y':
192                                        format = 'y';
193                                        break;
194                default:
195                    fprintf( stderr, "illegal option %c\n", c );
196                    argc = 0;
197                    break;
198            }
199                }
200                nextoption:
201                        ;
202        }
203    if( argc != 0 ) 
204    {
205        fprintf( stderr, "options: Check source file !\n" );
206        exit( 1 );
207    }
208}
209
210
211int main( int argc, char *argv[] )
212{
213        static int  *nlen;     
214        static char **name, **seq, *mark;
215        static int *order;
216        int i;
217        FILE *infp;
218        FILE *orderfp;
219        char gett[B];
220        int nlenmin;
221
222        arguments( argc, argv );
223
224
225        if( inputfile )
226        {
227                infp = fopen( inputfile, "r" );
228                if( !infp )
229                {
230                        fprintf( stderr, "Cannot open %s\n", inputfile );
231                        exit( 1 );
232                }
233        }
234        else
235                infp = stdin;
236
237        getnumlen_casepreserve( infp, &nlenmin );
238        rewind( infp );
239
240        seq = AllocateCharMtx( njob, nlenmax*2+1 );
241        mark = AllocateCharVec( nlenmax*2+1 );
242        order = AllocateIntVec( njob );
243        name = AllocateCharMtx( njob, B+1 );
244    nlen = AllocateIntVec( njob );
245
246
247        if( orderfile )
248        {
249                orderfp = fopen( orderfile, "r" );
250                if( !orderfp )
251                {
252                        fprintf( stderr, "Cannot open %s\n", orderfile );
253                        exit( 1 );
254                }
255                for( i=0; i<njob; i++ )
256                {
257                        fgets( gett, B-1, orderfp );
258                        order[i] = atoi( gett );
259                }
260                fclose( orderfp );
261        }
262        else
263        {
264                for( i=0; i<njob; i++ ) order[i] = i;
265        }
266
267        readData_pointer_casepreserve( infp, name, nlen, seq );
268        fclose( infp );
269
270        if( format == 'c' || format == 'y' ) for( i=0; i<njob; i++ ) fillspace( seq[i], nlenmax );
271        constants( njob, seq );
272
273//      initSignalSM();
274
275//      initFiles();
276
277
278
279//      setmark( nlenmax, njob, seq, mark );
280        setmark_clustal( nlenmax, njob, seq, mark );
281
282        if( format == 'f' )
283                writeData_reorder_pointer( stdout, njob, name, nlen, seq, order );
284        else if( format == 'c' )
285                clustalout_pointer( stdout, njob, nlenmax, seq, name, mark, comment, order, namelen );
286        else if( format == 'y' )
287                phylipout_pointer( stdout, njob, nlenmax, seq, name, order, namelen );
288        else
289                fprintf( stderr, "Unknown format\n" );
290
291//      SHOWVERSION;
292        return( 0 );
293}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.