source: tags/arb-6.0/PHYLO/PH_filter.hxx

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1// =========================================================== //
2//                                                             //
3//   File      : PH_filter.hxx                                 //
4//   Purpose   :                                               //
5//                                                             //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)   //
7//   http://www.arb-home.de/                                   //
8//                                                             //
9// =========================================================== //
10
11#ifndef PH_FILTER_HXX
12#define PH_FILTER_HXX
13
14#ifndef ARBTOOLS_H
15#include <arbtools.h>
16#endif
17
18enum {
19    OPT_START_COL    = 0,
20    OPT_STOP_COL     = 1,
21    OPT_MIN_HOM      = 2,
22    OPT_MAX_HOM      = 3,
23    OPT_FILTER_POINT = 4,
24    OPT_FILTER_MINUS = 5,
25    OPT_FILTER_AMBIG = 6,
26    OPT_FILTER_LOWER = 7,
27
28    OPT_COUNT = 8,
29};
30
31struct PH_filter : virtual Noncopyable {
32    char *filter;                                   // 0 1
33    long  filter_len;
34    long  real_len;                                 // how many 1
35    long  update;
36    long *options_vector;                           // options used to calculate current filter
37
38    char *init(char *filter, char *zerobases, long size);
39    char *init(long size);
40
41    PH_filter();
42    ~PH_filter();
43    float *calculate_column_homology();
44};
45
46#else
47#error PH_filter.hxx included twice
48#endif
49
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.