source: tags/arb-6.0/TOOLS/arb_export_tree.cxx

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  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : arb_export_tree.cxx                               //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include <TreeWrite.h>
12#include <arbdbt.h>
13#include <arb_handlers.h>
14#include <arb_global_defs.h>
15
16int main(int argc, char **argv) {
17    int exitcode = EXIT_SUCCESS;
18
19    ARB_redirect_handlers_to(stderr, stderr);
20
21    if (argc < 2) {
22        fprintf(stderr,
23                "\n"
24                "arb_export_tree - exports tree from running ARB to stdout\n"
25                "syntax: arb_export_tree [--bifurcated] TREE_NAME [DBNAME]\n"
26                "        --bifurcated     write a bifurcated tree (default is a trifurcated tree)\n"
27                "        --nobranchlens   do not write branchlengths\n"
28                "        --doublequotes   use doublequotes (default is singlequotes)\n"
29                "\n"
30                "Note: If TREE_NAME is '\?\?\?\?' or '' an empty tree is written.\n"
31                "      If DBNAME is not specified, the default DB server ':' will be used.\n"
32                );
33        exitcode = EXIT_FAILURE;
34    }
35    else {
36        GB_ERROR    error        = NULL;
37        bool        trifurcated  = true;
38        bool        branchlens   = true;
39        bool        doublequotes = false;
40        const char *tree_name    = NULL;
41        const char *db_name      = NULL;
42
43        for (int a = 1; a < argc && !error; a++) {
44            if      (strcmp(argv[a], "--bifurcated")   == 0) trifurcated  = false;
45            else if (strcmp(argv[a], "--nobranchlens") == 0) branchlens   = false;
46            else if (strcmp(argv[a], "--doublequotes") == 0) doublequotes = true;
47            else {
48                if      (!tree_name) tree_name = argv[a];
49                else if (!db_name)   db_name   = argv[a];
50                else {
51                    error = GBS_global_string("Superfluous argument '%s'", argv[a]);
52                }
53            }
54        }
55
56        if (!tree_name && !error) error = "Missing argument TREE_NAME";
57
58        if (!error) {
59            if (!db_name) db_name = ":";
60
61            GB_shell  shell;
62            GBDATA   *gb_main = GBT_open(db_name, "r");
63
64            if (!gb_main) error = GB_await_error();
65            else {
66                { 
67                    GB_transaction ta(gb_main);
68
69                    GBT_TREE *tree = GBT_read_tree(gb_main, tree_name, GBT_TREE_NodeFactory());
70                    if (tree) {
71                        error = TREE_export_tree(gb_main, stdout, tree, trifurcated, branchlens, doublequotes);
72                        delete tree;
73                    }
74                    else {
75                        GB_ERROR why_cant_read = GB_await_error();
76                        if (tree_name[0] && strcmp(tree_name, NO_TREE_SELECTED) != 0) {
77                            // if no tree selected -> no error, just export empty tree
78                            char *warning = GBS_global_string_copy("arb_export_tree from '%s': %s", db_name, why_cant_read);
79                            GBT_message(gb_main, warning);
80                            free(warning);
81                        }
82                    }
83                }
84
85                if (!error) fprintf(stdout, ";\n"); // aka empty tree
86                GB_close(gb_main);
87            }
88        }
89
90        if (error) {
91            fprintf(stderr, "\narb_export_tree: Error: %s\n", error);
92            exitcode = EXIT_FAILURE;
93        }
94       
95    }
96    return exitcode;
97}
98
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.