| 1 | /* |
|---|
| 2 | * protproc.c Adachi, J. 1994.01.31 |
|---|
| 3 | * Copyright (C) 1992, 1993 J. Adachi & M. Hasegawa, All rights reserved. |
|---|
| 4 | */ |
|---|
| 5 | |
|---|
| 6 | #include "protml.h" |
|---|
| 7 | |
|---|
| 8 | |
|---|
| 9 | char |
|---|
| 10 | *Cacid1[] = { |
|---|
| 11 | "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", |
|---|
| 12 | "L", "K", "M", "F", "P", "S", "T", "W", "Y", "V", |
|---|
| 13 | "B", "Z", "X", "*", "-" |
|---|
| 14 | }; |
|---|
| 15 | |
|---|
| 16 | |
|---|
| 17 | char |
|---|
| 18 | *Cacid3[] = { |
|---|
| 19 | "Ala", "Arg", "Asn", "Asp", "Cys", "Gln", "Glu", "Gly", "His", "Ile", |
|---|
| 20 | "Leu", "Lys", "Met", "Phe", "Pro", "Ser", "Thr", "Trp", "Tyr", "Val", |
|---|
| 21 | "Asx", "Glx", "Xxx", " * ", " - " |
|---|
| 22 | }; |
|---|
| 23 | |
|---|
| 24 | |
|---|
| 25 | int |
|---|
| 26 | isacid(c) |
|---|
| 27 | char c; |
|---|
| 28 | { |
|---|
| 29 | /* amino acid */ |
|---|
| 30 | switch (c) { |
|---|
| 31 | case 'A': case 'R': case 'N': case 'D': case 'C': |
|---|
| 32 | case 'Q': case 'E': case 'G': case 'H': case 'I': |
|---|
| 33 | case 'L': case 'K': case 'M': case 'F': case 'P': |
|---|
| 34 | case 'S': case 'T': case 'W': case 'Y': case 'V': |
|---|
| 35 | case 'B': case 'Z': case 'X': case '*': case '-': |
|---|
| 36 | return 1; |
|---|
| 37 | default: |
|---|
| 38 | return 0; |
|---|
| 39 | } |
|---|
| 40 | } /*_ isacid */ |
|---|
| 41 | |
|---|
| 42 | |
|---|
| 43 | int |
|---|
| 44 | acid2int(c) |
|---|
| 45 | char c; |
|---|
| 46 | { |
|---|
| 47 | switch (c) { |
|---|
| 48 | case 'A': return 0; |
|---|
| 49 | case 'R': return 1; |
|---|
| 50 | case 'N': return 2; |
|---|
| 51 | case 'D': return 3; |
|---|
| 52 | case 'C': return 4; |
|---|
| 53 | case 'Q': return 5; |
|---|
| 54 | case 'E': return 6; |
|---|
| 55 | case 'G': return 7; |
|---|
| 56 | case 'H': return 8; |
|---|
| 57 | case 'I': return 9; |
|---|
| 58 | case 'L': return 10; |
|---|
| 59 | case 'K': return 11; |
|---|
| 60 | case 'M': return 12; |
|---|
| 61 | case 'F': return 13; |
|---|
| 62 | case 'P': return 14; |
|---|
| 63 | case 'S': return 15; |
|---|
| 64 | case 'T': return 16; |
|---|
| 65 | case 'W': return 17; |
|---|
| 66 | case 'Y': return 18; |
|---|
| 67 | case 'V': return 19; |
|---|
| 68 | default : return 20; |
|---|
| 69 | } |
|---|
| 70 | } /*_ acid2int */ |
|---|
| 71 | |
|---|
| 72 | |
|---|
| 73 | char |
|---|
| 74 | acid2chint(c) |
|---|
| 75 | char c; |
|---|
| 76 | { |
|---|
| 77 | switch (c) { |
|---|
| 78 | case 'A': return 0; |
|---|
| 79 | case 'R': return 1; |
|---|
| 80 | case 'N': return 2; |
|---|
| 81 | case 'D': return 3; |
|---|
| 82 | case 'C': return 4; |
|---|
| 83 | case 'Q': return 5; |
|---|
| 84 | case 'E': return 6; |
|---|
| 85 | case 'G': return 7; |
|---|
| 86 | case 'H': return 8; |
|---|
| 87 | case 'I': return 9; |
|---|
| 88 | case 'L': return 10; |
|---|
| 89 | case 'K': return 11; |
|---|
| 90 | case 'M': return 12; |
|---|
| 91 | case 'F': return 13; |
|---|
| 92 | case 'P': return 14; |
|---|
| 93 | case 'S': return 15; |
|---|
| 94 | case 'T': return 16; |
|---|
| 95 | case 'W': return 17; |
|---|
| 96 | case 'Y': return 18; |
|---|
| 97 | case 'V': return 19; |
|---|
| 98 | default : return -1; |
|---|
| 99 | } |
|---|
| 100 | } /*_ acid2chint */ |
|---|
| 101 | |
|---|
| 102 | |
|---|
| 103 | char |
|---|
| 104 | chint2acid(c) |
|---|
| 105 | char c; |
|---|
| 106 | { |
|---|
| 107 | switch (c) { |
|---|
| 108 | case 0 : return 'A'; |
|---|
| 109 | case 1 : return 'R'; |
|---|
| 110 | case 2 : return 'N'; |
|---|
| 111 | case 3 : return 'D'; |
|---|
| 112 | case 4 : return 'C'; |
|---|
| 113 | case 5 : return 'Q'; |
|---|
| 114 | case 6 : return 'E'; |
|---|
| 115 | case 7 : return 'G'; |
|---|
| 116 | case 8 : return 'H'; |
|---|
| 117 | case 9 : return 'I'; |
|---|
| 118 | case 10 : return 'L'; |
|---|
| 119 | case 11 : return 'K'; |
|---|
| 120 | case 12 : return 'M'; |
|---|
| 121 | case 13 : return 'F'; |
|---|
| 122 | case 14 : return 'P'; |
|---|
| 123 | case 15 : return 'S'; |
|---|
| 124 | case 16 : return 'T'; |
|---|
| 125 | case 17 : return 'W'; |
|---|
| 126 | case 18 : return 'Y'; |
|---|
| 127 | case 19 : return 'V'; |
|---|
| 128 | default : return '-'; |
|---|
| 129 | } |
|---|
| 130 | } /*_ chint2acid */ |
|---|
| 131 | |
|---|
| 132 | |
|---|
| 133 | char |
|---|
| 134 | int2acid(i) |
|---|
| 135 | int i; |
|---|
| 136 | { |
|---|
| 137 | switch (i) { |
|---|
| 138 | case 0 : return 'A'; |
|---|
| 139 | case 1 : return 'R'; |
|---|
| 140 | case 2 : return 'N'; |
|---|
| 141 | case 3 : return 'D'; |
|---|
| 142 | case 4 : return 'C'; |
|---|
| 143 | case 5 : return 'Q'; |
|---|
| 144 | case 6 : return 'E'; |
|---|
| 145 | case 7 : return 'G'; |
|---|
| 146 | case 8 : return 'H'; |
|---|
| 147 | case 9 : return 'I'; |
|---|
| 148 | case 10 : return 'L'; |
|---|
| 149 | case 11 : return 'K'; |
|---|
| 150 | case 12 : return 'M'; |
|---|
| 151 | case 13 : return 'F'; |
|---|
| 152 | case 14 : return 'P'; |
|---|
| 153 | case 15 : return 'S'; |
|---|
| 154 | case 16 : return 'T'; |
|---|
| 155 | case 17 : return 'W'; |
|---|
| 156 | case 18 : return 'Y'; |
|---|
| 157 | case 19 : return 'V'; |
|---|
| 158 | default : return '-'; |
|---|
| 159 | } |
|---|
| 160 | } /*_ int2acid */ |
|---|
