source: tags/arb_5.1/TREEGEN/rns.h

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Line 
1#ifndef __RNS_H
2#define __RNS_H
3
4#ifndef __DEFINES_H
5#include "defines.h"
6#endif
7#ifndef __BASE_H
8#include "base.h"
9#endif
10#ifndef __SIMCFG_H
11#include "simcfg.h"
12#endif
13#ifndef __FRAND_H
14#include "frand.h"
15#endif
16
17typedef double SingleProb[BASETYPES];
18typedef double DoubleProb[BASETYPES][BASETYPES];
19
20/* /------------------------\ */
21/* |  Erzeugung der Ur-RNS  | */
22/* \------------------------/ */
23
24extern int        orgLen;
25extern double     orgHelixPart;
26
27/* /------------\ */
28/* |  Mutation  | */
29/* \------------/ */
30
31extern int    timeSteps;
32extern Frand  mrpb_Init,
33              l2hrpb_Init,
34              pairPart,
35              mutationRate,
36              splitRate,
37              helixGcDruck,
38              helixGcRate,
39              helixAtRate,
40              loopGcDruck,
41              loopGcRate,
42              loopAtRate;
43extern double transitionRate,
44              transversionRate;
45
46/* /----------------------\ */
47/* |  Ausgabefilepointer  | */
48/* \----------------------/ */
49
50extern FILE *topo,
51            *seq;
52
53/* /----------------\ */
54/* |  Eine Species  | */
55/* \----------------/ */
56
57typedef struct S_RNS
58{
59    char *base;    /* Array der Basen */
60    int   bases,   /* Anzahl Basen */
61          helix,   /* Anzahl Basenpaare in helikalen Bereichen */
62          pairing, /* Anzahl paarender Basenpaare (G-C und A-T) */
63          laufNr;  /* erh”ht sich mit jeder neuen RNS (fr Namensvergabe) */
64
65} *RNS;
66
67#ifdef __cplusplus
68extern "C" {
69#endif   
70
71    RNS  createOriginRNS (void);
72    void freeRNS         (RNS rns);
73    void splitRNS        (int no_of_father, RNS origin, double age, int steps, int depth);
74
75    void dumpDepths      (void);
76
77#ifdef __cplusplus
78}
79#endif   
80
81#endif
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.