source: tags/arb_5.2/ALIV3/a3_seq.cxx

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Include-Dateien
// -----------------------------------------------------------------------------

#include <iostream>
#include <fstream>
#include <cstdlib>
#include <ctime>

#include <arbdb.h>

#include "a3_basen.h"
#include "a3_seq.hxx"

#include <inline.h>

using std::ifstream;
using std::cout;

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Erzeugen einer Zufallssequenz mit vorgebener Laenge
// -----------------------------------------------------------------------------
    static str RandomSequence ( UINT len )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    str seq = new char [len + 1];

    if (seq) {
        UINT pos = 0;

        while (pos < len) {
            // Sequenz mit zufaellig ausgewaehlten Basen besetzen
            seq[pos++] = BCharacter[GB_random(BASEN)];
        }
        seq[pos] = 0;
    }
    
    return seq;
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Liefert die Kopie einer Sequenz mit vorgegbener Laenge, aus der
//  alle ueberfluessigen und unzulaessigen Zeichen entfernt wurden.
// -----------------------------------------------------------------------------
    static str CompressSequence ( str  sequence,
                                  UINT length )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    str compressed = NULL;
    
    if (sequence && length)
    {
        str tmp = new char [length + 1];
        
        if (tmp)
        {
            str ptr = tmp;
            
            while (*sequence)   // Zeichenweises Lesen der Sequenz
            {
                switch (BIndex[safeCharIndex(*sequence)])  // Bearbeitung ist abhaengig vom
                {                           // Typ des jeweiligen Zeichens
                    case ADENIN:
                    case CYTOSIN:
                    case GUANIN:
                    case URACIL:
                    case ONE:               // Zulaessige Zeichen werden uebrnommen
                    {
                        *ptr++ = *sequence;
                        break;
                    }
                    case ANY:                   // Aufeinanderfolgende, nicht sequenzierte
                    {                           // Bereiche werden zusammengefasst.

                        if ((ptr == tmp) ||     // Nur ein ANY-Zeichen
                            ((ptr > tmp) &&
                             (BIndex[safeCharIndex(*(ptr - 1))] != ANY))) *ptr++ = *sequence;

                        while(*sequence &&      // Ueberspringen
                              BIndex[safeCharIndex(*sequence)] == ANY) sequence++;

                        sequence--;
                        break;
                    }
                    case INSERT:    break;      // Insertionen werden uebersprungen
                    case INVALID:
                    default:                    // Ungueltige oder sonstige Zeichen werden
                    {                           // als eine beliebige Base dargestellt
                        *ptr++ = BCharacter[ONE];
                        break;
                    }
                }
                
                sequence++;     // Naechste Base der Sequenz
            }

            *ptr = 0;           // Neue Sequnez mit 0 abschliessen

            compressed = strdup(tmp);   // Kopie der neuen Sequenz
            
            delete tmp;
        }
    }
    
    return compressed;
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Einlesen einer Sequenz aus eine vorgegebene
//  Datei mit einer vorgegebene Zeilennummer
// -----------------------------------------------------------------------------
    static str ReadSequence ( str  file,
                              UINT line )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    str seq = NULL;
    
    if (file && *file)
    {
        ifstream input (file);
        
        if (input)
        {
            int error = 0;
            str tmp   = NULL;
            
            while (!error && line)      // Ueberlesen bis zur gewuenschten Zeile
            {
                if (tmp) delete tmp, tmp = NULL;
                
//              if (!input.gets(&tmp)) error = 1;

                line--;
            }

            if (error && tmp)
            {
                if      (line)         delete tmp, tmp = NULL;
                else if (!input.eof()) delete tmp, tmp = NULL;
            }

            if (((seq = tmp)              != NULL) &&           // Sequenz zurueckgeben
                ((tmp = strchr(seq,'\n')) != NULL)) *tmp = 0;   // Vorher LF entfernen
        }
    }

    return seq;
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Umwandeln der T-Zeichen einer Sequenz in U-Zeichen
// -----------------------------------------------------------------------------
    static void T2U ( str sequence )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    int base;
    
    while ((base = *sequence) != 0)     // Zeichenweises Abarbeiten der Sequenz
    {
        if (BIndex[base] == URACIL)         // Alle Vorkommen von URACIL durch
            *sequence = BCharacter[URACIL]; // dasselbe Zeichen ersetzen

        sequence++;
    }
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Konstruktor zum Erzeugen einer leeren Instanz der Klasse Sequenz
// -----------------------------------------------------------------------------
    Sequence::Sequence ( void )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    original   = NULL;
    origlen    = 0;
    compressed = NULL;
    complen    = 0;
}
// -----------------------------------------------------------------------------
//  Konstruktor zum Erzeugen einer Instanz der
//  Klasse Sequenz aus einer vorgegebenen Sequenz
// -----------------------------------------------------------------------------
    Sequence::Sequence ( str seq )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    original   = NULL;
    origlen    = 0;
    compressed = NULL;
    complen    = 0;

    if (seq) original = strdup(seq);    // Sequenz kopieren
    
    if (original)
    {
        origlen = strlen(original);

        T2U(original);      // T- nach U-Zeichen umwandeln

                                                    // Sequenz kompremieren     
        if ((compressed = CompressSequence(original,origlen)) != NULL)
            complen = strlen(compressed);
    }
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Konstruktor zum Erzeugen einer zufaellig besetzten
//  Instanz der Klasse Sequenz mit vorgebener Sequenzlaenge
// -----------------------------------------------------------------------------
    Sequence::Sequence ( UINT len )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    original   = NULL;
    origlen    = 0;
    compressed = NULL;
    complen    = 0;
    
    if ((original = RandomSequence(len)) != NULL)   // Zufaellige Sequenz erzeugen
    {
        origlen = len;
                                                    // Sequenz kompremieren
        if ((compressed = CompressSequence(original,origlen)) != NULL)
            complen = strlen(compressed);
    }
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Konstruktor zum Erzeugen einer Instanz der Klasse Sequenz
//  aus einer vorgebener Datei mit vorgegebener Zeilennummer
// -----------------------------------------------------------------------------
    Sequence::Sequence ( str  file,
                         UINT line )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    original   = NULL;
    origlen    = 0;
    compressed = NULL;
    complen    = 0;
    
    if ((original = ReadSequence(file,line)) != NULL)   // Sequenz einlesen
    {
        origlen = strlen(original);

        T2U(original);      // T- nach U-Zeichen umwandeln

                                                    // Sequenz kompremieren     
        if ((compressed = CompressSequence(original,origlen)) != NULL)
            complen = strlen(compressed);
    }
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Kopierkonstruktor der Klasse Sequenz
// -----------------------------------------------------------------------------
    Sequence::Sequence ( Sequence &sequence )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    if (sequence.original) original = strdup(sequence.original);
    origlen = sequence.origlen;
    
    if (sequence.compressed) compressed = strdup(sequence.compressed);
    complen = sequence.complen;
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Destruktor der Klasse Sequenz
// -----------------------------------------------------------------------------
    Sequence::~Sequence ( void )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    if (original)   delete original;
    if (compressed) delete compressed;
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Ersetzen der alten Sequenz
// -----------------------------------------------------------------------------
    int Sequence::Set ( str seq )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    int error = 0;
    
    if (!seq) error = 1;    // Ungueltige Sequenz
    else
    {
        str tmp = strdup(seq);  // Kopieren der Sequenz
        
        if (!tmp) error = 2;    // Kopieren ist schiefgelaufen
        else
        {
            if (original)   delete original;    // Altlasten freigeben
            if (compressed) delete compressed;

            original = tmp;                     // Sequenz neu besetzen
            origlen  = strlen(original);
            
            T2U(original);      // T- nach U-Zeichen umwandeln

                                                    // Sequenz kompremieren     
            if ((compressed = CompressSequence(original,origlen)) != NULL)
                complen = strlen(compressed);
            else
                complen = 0;
        }
    }

    return error;
}

// -----------------------------------------------------------------------------
//  Ausgabefunktion fur eine Instanz der Klasse Sequenz zu debug-Zwecken
// -----------------------------------------------------------------------------
    void Sequence::Dump ( void )
// -----------------------------------------------------------------------------
{
    cout << "\noriginal   = " << original;
    cout << "\noriglen    = " << origlen;

    cout << "\ncompressed = " << compressed;
    cout << "\ncomplen    = " << complen;

    cout << "\n\n";
}